DESCRIPTION

   1 Package: ape
   2 Version: 3.0-2
   3 Date: 2012-03-30
   4 Title: Analyses of Phylogenetics and Evolution
   5 Author: Emmanuel Paradis, Ben Bolker, Julien Claude, Hoa Sien Cuong, Richard Desper, Benoit Durand, Julien Dutheil, Olivier Gascuel, Christoph Heibl, Daniel Lawson, Vincent Lefort, Pierre Legendre, Jim Lemon, Yvonnick Noel, Johan Nylander, Rainer Opgen-Rhein, Andrei-Alin Popescu, Klaus Schliep, Korbinian Strimmer, Damien de Vienne
   6 Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@ird.fr>
   7 Depends: R (>= 2.6.0)
   8 Suggests: gee
   9 Imports: gee, nlme, lattice
  10 ZipData: no
  11 Description: ape provides functions for reading, writing, plotting,
  12   and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in
  13   a phylogenetic framework, ancestral character analyses, analyses of
  14   diversification and macroevolution, computing distances from allelic
  15   and nucleotide data, reading and writing nucleotide sequences, and
  16   several tools such as Mantel's test, minimum spanning tree,
  17   generalized skyline plots, graphical exploration of phylogenetic
  18   data (alex, trex, kronoviz), estimation of absolute evolutionary
  19   rates and clock-like trees using mean path lengths and penalized
  20   likelihood. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, ME,
  21   MVR, SDM, and triangle methods, and several methods handling
  22   incomplete distance matrices (NJ*, BIONJ*, MVR*, and the
  23   corresponding triangle method). Some functions call external
  24   applications (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) whose results are
  25   returned into R.
  26 License: GPL (>= 2)
  27 URL: http://ape.mpl.ird.fr/