DESCRIPTION

   1 Package: ape
   2 Version: 2.3
   3 Date: 2009-03-23
   4 Title: Analyses of Phylogenetics and Evolution
   5 Author: Emmanuel Paradis,
   6 Ben Bolker,
   7 Julien Claude,
   8 Hoa Sien Cuong,
   9 Richard Desper,
  10 Benoit Durand,
  11 Julien Dutheil,
  12 Olivier Gascuel,
  13 Gangolf Jobb,
  14 Christoph Heibl,
  15 Daniel Lawson,
  16 Vincent Lefort,
  17 Pierre Legendre,
  18 Jim Lemon,
  19 Yvonnick Noel,
  20 Johan Nylander,
  21 Rainer Opgen-Rhein,
  22 Korbinian Strimmer,
  23 Damien de Vienne
  24 Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@ird.fr>
  25 Depends: R (>= 2.6.0)
  26 Suggests: gee
  27 Imports: gee, nlme, lattice
  28 ZipData: no
  29 Description: ape provides functions for reading, writing, plotting,
  30   and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data
  31   in a phylogenetic framework, analyses of diversification and
  32   macroevolution, computing distances from allelic and nucleotide
  33   data, reading nucleotide sequences, and several tools such as
  34   Mantel's test, computation of minimum spanning tree, the population
  35   parameter theta based on various approaches, nucleotide diversity,
  36   generalized skyline plots, estimation of absolute evolutionary rates
  37   and clock-like trees using mean path lengths, non-parametric rate
  38   smoothing and penalized likelihood, classifying genes in trees using
  39   the Klastorin-Misawa-Tajima approach. Phylogeny estimation can be done
  40   with the NJ, BIONJ, and ME methods.
  41 License: GPL (>= 2)
  42 URL: http://ape.mpl.ird.fr/