DESCRIPTION

   1 Package: ape
   2 Version: 2.1-3
   3 Date: 2008-03-17
   4 Title: Analyses of Phylogenetics and Evolution
   5 Author: Emmanuel Paradis, Ben Bolker, Julien Claude, Hoa Sien Cuong,
   6   Richard Desper, Benoit Durand, Julien Dutheil, Olivier Gascuel,
   7   Gangolf Jobb, Christoph Heibl, Vincent Lefort, Jim Lemon,
   8   Yvonnick Noel, Johan Nylander, Rainer Opgen-Rhein, Korbinian Strimmer
   9 Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr>
  10 Depends: R (>= 2.0.0)
  11 Suggests: gee, nlme, lattice
  12 ZipData: no
  13 Description: ape provides functions for reading, writing, plotting,
  14   and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data
  15   in a phylogenetic framework, analyses of diversification and
  16   macroevolution, computing distances from allelic and nucleotide
  17   data, reading nucleotide sequences, and several tools such as
  18   Mantel's test, computation of minimum spanning tree, the population
  19   parameter theta based on various approaches, nucleotide diversity,
  20   generalized skyline plots, estimation of absolute evolutionary rates
  21   and clock-like trees using mean path lengths, non-parametric rate
  22   smoothing and penalized likelihood, classifying genes in trees using
  23   the Klastorin-Misawa-Tajima approach. Phylogeny estimation can be done
  24   with the NJ, BIONJ, ME, and ML methods.
  25 License: GPL (>= 2)
  26 URL: http://ape.mlp.ird.fr/