Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-4
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
   7       graphical exploration of large trees (plot.cophylo, subtrees,
   8       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
   9       (without plotting).
  10
  11
  12 BUG FIXES
  13
  14     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
  15       first sequence.
  16
  17     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
  18       circular tree (type = "r" or "f").
  19
  20     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
  21       trees.
  22
  23     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
  24       (thanks to Yan Wong for the fix).
  25
  26
  27 OTHER CHANGES
  28
  29     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  30       help page for details.
  31
  32
  33
  34                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
  35
  36
  37 BUG FIXES
  38
  39     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
  40
  41     o An error was fixed in the computation of ancestral character
  42       states by generalized least squares in ace().
  43
  44     o di2multi() did not modify node labels correctly.
  45
  46     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
  47       "cladewise".
  48
  49
  50
  51                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
  52
  53
  54 NEW FEATURES
  55
  56     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
  57       and [[.
  58
  59     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
  60       (FALSE by default) as well as its code being improved.
  61
  62     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
  63       than in plot.default().
  64
  65
  66 BUG FIXES
  67
  68     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
  69       list of trees.
  70
  71     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
  72       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
  73       worked already for thermometers).
  74
  75     o read.nexus() generally failed to read very big files.
  76
  77
  78 OTHER CHANGES
  79
  80     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
  81       as well as a character string.
  82
  83     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
  84       'tree.names = NULL'.
  85
  86     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
  87       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
  88       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
  89       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
  90       correctly when extracting trees.
  91
  92
  93
  94                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
  95
  96
  97 NEW FEATURES
  98
  99     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 100
 101     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 102       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 103
 104
 105 BUG FIXES
 106
 107     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 108       pairwise.deletion = FALSE.
 109
 110
 111 OTHER CHANGES
 112
 113     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 114       have been improved so that they are stabler and faster.
 115
 116     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 117       are loaded only when needed.
 118
 119
 120
 121                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 122
 123
 124 NEW FEATURES
 125
 126     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 127       tree using the mouse.
 128
 129     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 130       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 131
 132     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 133       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 134       an object of class "DNAbin".
 135
 136     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 137       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 138
 139     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 140       as its main argument.
 141
 142     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 143       improved, and gain several options (see the help page for
 144       details). A legend is now plotted by default.
 145
 146
 147 BUG FIXES
 148
 149     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 150       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 151       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 152       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 153
 154     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 155       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 156       single line).
 157
 158     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 159       edges (see OTHER CHANGES).
 160
 161
 162 OTHER CHANGES
 163
 164     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 165       be much stabler. The options have been also greatly simplified
 166       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 167
 168     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 169
 170     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 171       been cleaned-up.
 172
 173     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 174       improved.
 175
 176     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 177       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 178       correction applied in previous version did not work in all
 179       situations.
 180
 181     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 182       "multiPhylo".
 183
 184
 185 DOCUMENTATION
 186
 187     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 188
 189
 190 DEPRECATED & DEFUNCT
 191
 192     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 193       lengths.
 194
 195     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 196
 197
 198
 199                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 200
 201
 202 NEW FEATURES
 203
 204     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 205       matrix.
 206
 207     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 208       a list.
 209
 210     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 211       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 212
 213
 214 BUG FIXES
 215
 216     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 217       looked for.
 218
 219     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 220       incorrect.
 221
 222     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 223       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 224
 225     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 226       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 227       GTR in mlphylo().
 228
 229     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 230       Bullard).
 231
 232     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 233       limited number of labelled topologies could be generated.
 234
 235
 236
 237                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 238
 239
 240 NEW FEATURES
 241
 242     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 243       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 244       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 245       previous programs done by Vincent Lefort.
 246
 247     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 248       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 249       Evol. 24: 58).
 250
 251     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 252       two clades connected to the same node. It works also with
 253       multichotomous nodes.
 254
 255     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 256       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 257       keeping the names and the class.
 258
 259
 260 BUG FIXES
 261
 262     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 263       an error message is now returned.
 264
 265     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 266       to remove.
 267
 268
 269
 270                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 271
 272
 273 NEW FEATURES
 274
 275     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 276       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 277
 278     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 279       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 280       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 281       should be much faster.
 282
 283
 284 BUG FIXES
 285
 286     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 287       from ape 1.10: this is fixed in this version
 288
 289     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 290       object is now returned unchanged.
 291
 292
 293
 294                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 295
 296
 297 NEW FEATURES
 298
 299     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 300       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 301
 302
 303 BUG FIXES
 304
 305     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 306       object when reading multiple trees.
 307
 308     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 309       "phylo").
 310
 311     o unroot() did not work correctly in most cases.
 312
 313     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 314
 315     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 316
 317     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 318       correctly positioned if the option `cex' was used.
 319
 320
 321
 322                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 323
 324
 325 NEW FEATURES
 326
 327     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 328       DNA sequences in binary format (see below).
 329
 330     o Three new functions have been introduced to convert between the
 331       new binary and the character formats.
 332
 333     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 334       single characters into the class "alignment" used by the package
 335       seqinr.
 336
 337     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 338       controlling whether the sequences are returned in binary format
 339       or as character.
 340
 341
 342 BUG FIXES
 343
 344     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 345
 346     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 347       the default setting: this is fixed.
 348
 349     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 350       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 351
 352
 353 OTHER CHANGES
 354
 355     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 356       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 357       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 358       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 359       ca. 60 times faster).
 360
 361
 362
 363                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 364
 365
 366 BUG FIXES
 367
 368     o A bug was fixed in edgelabels().
 369
 370     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 371       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 372       now its tip labels set to "1", "2", ...
 373
 374     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 375       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 376
 377     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 378       initial tree were greater than one: an error message is now
 379       issued.
 380
 381     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 382       invariants: this is fixed.
 383
 384
 385
 386                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 387
 388
 389 NEW FEATURES
 390
 391     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 392       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 393
 394
 395 BUG FIXES
 396
 397     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 398       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 399
 400     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 401
 402     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 403       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 404       prop.clades, and boot.phylo.
 405
 406     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 407       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 408
 409
 410
 411                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 412
 413
 414 NEW FEATURES
 415
 416     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 417       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 418
 419     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 420       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 421       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 422
 423
 424 BUG FIXES
 425
 426     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 427
 428     o Some bugs were fixed in chronopl().
 429
 430     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 431       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 432
 433     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 434       fixed.
 435
 436
 437 OTHER CHANGES
 438
 439     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 440       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 441       format are still returned in a list.
 442
 443     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 444       it could not be used from the generic.
 445
 446
 447 DEPRECATED & DEFUNCT
 448
 449     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 450       since ape 1.9.
 451
 452
 453
 454                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 455
 456
 457 BUG FIXES
 458
 459     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 460       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 461
 462     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 463       unrooted tree in most cases.
 464
 465     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 466       particularly of the BX-series.
 467
 468     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 469       fixed
 470
 471
 472
 473                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 474
 475
 476 NEW FEATURES
 477
 478     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 479       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 480       displayed in a compact and informative way.
 481
 482     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 483       for converting between the old and new coding of the class
 484       "phylo".
 485
 486     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 487       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 488
 489     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 490       available to compute branch lengths.
 491
 492     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 493
 494
 495 BUG FIXES
 496
 497     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 498       multichotomous trees: this is fixed.
 499
 500     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 501       returned unchanged.
 502
 503     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 504       models: this is fixed.
 505
 506     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 507       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 508       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 509       accepts trees with no branch lengths.
 510
 511     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 512       user distribution was specified. This has been corrected, and
 513       the help page of this function has been expanded.
 514
 515
 516 OTHER CHANGES
 517
 518     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 519       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 520       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 521       functions has been improved.
 522
 523     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 524       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 525
 526     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 527
 528     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 529       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 530
 531     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 532       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 533       labels.
 534
 535     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 536
 537     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 538       been removed.
 539
 540     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 541
 542     o The use of node.depth() has been simplified.
 543
 544
 545
 546                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 547
 548
 549 NEW FEATURES
 550
 551     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 552       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 553       sequences in NEXUS files.
 554
 555     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 556       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 557       reorder(tr).
 558
 559     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 560       edge.
 561
 562     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 563       in NEXUS format.
 564
 565
 566 BUG FIXES
 567
 568     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 569       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 570
 571     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 572       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 573       Newick format (parentheses, etc.)
 574
 575     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 576       now fixed.
 577
 578
 579
 580                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 581
 582
 583 NEW FEATURES
 584
 585     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 586       Hasegawa test.
 587
 588     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 589       single descendant from a tree.
 590
 591     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 592       colours of the tips.
 593
 594     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 595       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 596
 597
 598 BUG FIXES
 599
 600     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 601       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 602
 603     o ace() returned a list with no class so that the generic
 604       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 605       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 606
 607     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 608       of freedom: this is fixed.
 609
 610     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 611       a data frame: this is fixed.
 612
 613     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 614       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 615
 616
 617 OTHER CHANGES
 618
 619     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 620       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 621       respectively.
 622
 623
 624
 625                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 626
 627
 628 NEW FEATURES
 629
 630     o There are four new `method' functions to be used with the
 631       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 632
 633     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 634       change the title, and `col' to control the colour of the
 635       segments showing the AIC values.
 636
 637     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 638       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 639       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 640       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 641
 642     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 643       represent proportions, with any number of categories, as
 644       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 645       there is now no limitation on the number of categories.
 646
 647
 648 BUG FIXES
 649
 650     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 651       fixed.
 652
 653     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 654       in the tree: this is fixed.
 655
 656     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 657       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 658
 659     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 660       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 661
 662     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 663       is fixed and a message error is now returned.
 664
 665     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 666       the calculation of P-values.
 667
 668     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 669       and in the variables were different: this is fixed.
 670
 671
 672
 673                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 674
 675
 676 NEW FEATURES
 677
 678     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 679       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 680       is used to define the substitution model which may include
 681       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 682       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 683       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 684       functionality is limited to estimating the substitution and
 685       associated parameters and computing the likelihood.
 686
 687     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 688       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 689       warning message is printed if there is not enough degrees of
 690       freedom.
 691
 692
 693 BUG FIXES
 694
 695     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 696       though with no consequence.
 697
 698
 699
 700                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 701
 702
 703 NEW FEATURES
 704
 705     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 706       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 707       documented on the same help page.
 708
 709
 710 BUG FIXES
 711
 712     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 713       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 714       boot.phylo, or consensus.
 715
 716     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 717       more than one element: this is fixed.
 718
 719     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 720       has been corrected.
 721
 722     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 723       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 724       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 725
 726
 727 OTHER CHANGES
 728
 729     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 730       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 731       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 732
 733
 734
 735                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 736
 737
 738 NEW FEATURES
 739
 740     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 741       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 742
 743     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 744       list of trees.
 745
 746     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 747       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 748
 749     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 750       tree together with ancestral values, as returned by the above
 751       function.
 752
 753     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 754       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 755
 756     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 757
 758     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 759       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 760
 761     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 762
 763     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 764       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 765
 766     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 767       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 768       and summary (to extract the numbers) methods.
 769
 770     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 771       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 772
 773     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 774       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 775       respectively.
 776
 777     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 778
 779
 780 BUG FIXES
 781
 782     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 783       handled corretly, and node labels are now output normally.
 784
 785     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 786       in some cases.
 787
 788     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 789       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 790       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 791       warning message is now returned; this latter bug was also
 792       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 793
 794     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 795       is now returned.
 796
 797     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 798       was not always correctly dispatched.
 799
 800     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 801       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 802
 803
 804 OTHER CHANGES
 805
 806     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 807
 808     o Various error and warning messages have been improved.
 809
 810
 811
 812                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 813 NEW FEATURES
 814
 815     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 816       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 817       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 818
 819     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 820       of directional evolution for continuous characters. The user
 821       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 822       changes.
 823
 824     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 825       "phylo") is rooted.
 826
 827     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 828       the possibility to specify the function that generates the
 829       inter-nodes distances.
 830
 831     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 832       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 833
 834     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 835       to three classes) on the nodes of a tree.
 836
 837     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 838       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 839       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 840       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 841       3) are now handled correctly.
 842
 843     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 844       for Penny and Henny's method (already available before and now
 845       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 846       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 847
 848     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 849       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 850       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 851       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 852
 853     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 854       DNA sequences by specifying model = "raw".
 855
 856     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 857       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 858       `full = FALSE'.
 859
 860
 861 BUG FIXES
 862
 863     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 864
 865     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 866       they are now considered as missing data.
 867
 868     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 869       fixed.
 870
 871     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 872       and the function has been improved and is now faster.
 873
 874     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 875       incorrect.
 876
 877     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 878       this is fixed.
 879
 880     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 881       rooted and unrooted trees.
 882
 883     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 884       fixed.
 885
 886     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 887
 888
 889
 890                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 891
 892
 893 NEW FEATURES
 894
 895     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 896       between two trees.
 897
 898     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 899       phylogeny estimation.
 900
 901     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 902       bipartitions from a series of trees.
 903
 904
 905 OTHER CHANGES
 906
 907     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 908       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 909       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 910
 911
 912 BUG FIXES
 913
 914     o Several bugs were fixed in read.dna().
 915
 916     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 917
 918     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 919       lengths: this is fixed.
 920
 921     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
 922       tree: this is fixed.
 923
 924
 925
 926                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
 927
 928
 929 NEW FEATURES
 930
 931     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
 932       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
 933       latter implements the representation of binary trees introduced by
 934       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
 935       as.matching() has been introduced as well.
 936
 937     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
 938       and collapse multichotomies with branches of length zero.
 939
 940     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
 941       from a sample a DNA sequences.
 942
 943     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
 944       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
 945       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
 946       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
 947       is available for all models. A gamma-correction is possible for
 948       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
 949       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
 950       `GCcontent' has been removed.
 951
 952     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
 953       whether to return the species names of the organisms in addition
 954       to the accession numbers of the sequences (this is the default
 955       behaviour).
 956
 957     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
 958
 959     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
 960       new root edge if internal branches are trimmed.
 961
 962
 963 BUG FIXES
 964
 965     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
 966       is fixed.
 967
 968     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
 969       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
 970       different representations (a report was printed previously).
 971
 972     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
 973       this is fixed.
 974
 975
 976 OTHER CHANGES
 977
 978     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
 979       which there is a print method.
 980
 981
 982
 983                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
 984
 985
 986 NEW FEATURES
 987
 988     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
 989       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
 990       Evol., 4:406).
 991
 992     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
 993       that belong to a group specified as a set of tips.
 994
 995     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
 996       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
 997       "phylo".
 998
 999     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1000       phylogeny plot.
1001
1002     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1003       in different cases and giving a number of tips.
1004
1005     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1006       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1007       line.
1008
1009     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1010       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1011       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1012       marked with the option `subtree' (see below).
1013
1014     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1015       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1016       deleted and where.
1017
1018     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1019       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1020       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1021
1022     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1023       edge lengths into account.
1024
1025     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1026       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1027       they are propagated to the vertical line that link them.
1028
1029
1030 BUG FIXES
1031
1032     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1033       crashing. This is fixed.
1034
1035     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1036       now properly recycled; their default values are now "black" and
1037       1, respectively.
1038
1039     o A bug has been fixed in write.nexus().
1040
1041
1042 OTHER CHANGES
1043
1044     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1045       replaced by a C code.
1046
1047
1048
1049                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1050
1051
1052 NEW FEATURES
1053
1054     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1055       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1056
1057     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1058       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1059       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1060       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1061       limit (as before).
1062
1063
1064
1065                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1066
1067
1068 NEW FEATURES
1069
1070     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1071       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1072       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1073       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1074       display graphically the AIC values of each model.
1075
1076     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1077       a model where the speciation rate is affected by several species
1078       traits through a generalized linear model. The parameters are
1079       estimated by maximum likelihood.
1080
1081     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1082       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1083       species given a phylogeny under different models of evolution.
1084       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1085       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1086       Initialize.corPhyl() function associated.
1087
1088     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1089       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1090
1091     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1092       a plot method.
1093
1094     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1095       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1096       correlograms.
1097
1098     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1099       of a subtree defined by a particular node.
1100
1101     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1102       given parent node.
1103
1104     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1105       a tree according to a specified method.
1106
1107     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1108       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1109       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1110       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1111       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1112
1113
1114 BUG FIXES
1115
1116     o Some functions which try to match tip labels and names of
1117       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1118       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1119       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1120       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1121       have been clarified on this point.
1122
1123
1124
1125                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1126
1127
1128 NEW FEATURES
1129
1130     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1131       to a specified outgroup.
1132
1133     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1134
1135     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1136       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1137       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1138       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1139       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1140       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1141       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1142
1143     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1144
1145
1146 BUG FIXES
1147
1148     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1149       lengths: this is fixed.
1150
1151     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1152       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1153
1154
1155
1156                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1157
1158
1159 NEW FEATURES
1160
1161     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1162       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1163       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1164
1165     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1166       has been included.
1167
1168
1169 BUG FIXES
1170
1171     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1172
1173
1174 OTHER CHANGES
1175
1176     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1177       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1178
1179
1180
1181                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1182
1183
1184 NEW FEATURES
1185
1186     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1187       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1188       speciation and extinction rates.
1189
1190
1191 OTHER CHANGES
1192
1193     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1194       since only the function compar.gee() calls gee.
1195
1196
1197
1198                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1199
1200
1201 NEW FEATURES
1202
1203     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1204       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1205       demographic history from genealogies using a reversible jump
1206       MCMC have been introduced.
1207
1208     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1209       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1210
1211
1212
1213                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1214
1215
1216 NEW FEATURES
1217
1218     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1219       without branch lengths.
1220
1221     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1222       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1223       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1224       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1225
1226
1227 BUG FIXES
1228
1229     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1230       this is fixed.
1231
1232     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1233       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1234
1235
1236 OTHER CHANGES
1237
1238     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1239       algorithm: it is now about four times faster.
1240
1241     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1242       twice faster.
1243
1244
1245
1246                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1247
1248
1249 NEW FEATURES
1250
1251     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1252       sample of DNA sequences.
1253
1254
1255 BUG FIXES
1256
1257     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1258       1.2-1 was fixed.
1259
1260     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1261       help pages.
1262
1263
1264
1265                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1266
1267
1268 NEW FEATURES
1269
1270     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1271       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1272
1273
1274 BUG FIXES
1275
1276     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1277       comment blocks were not read correctly.
1278
1279     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1280       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1281       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1282       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1283       a warning message is now issued.
1284
1285
1286
1287                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1288
1289
1290 NEW FEATURES
1291
1292     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1293       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1294       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1295       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1296       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1297       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1298       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1299       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1300       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1301       see the respective help pages for details.
1302
1303     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1304       focusing on a small portion of it.
1305
1306     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1307       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1308
1309     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1310       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1311       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1312       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1313       (see below); the default behaviour is no more to display the
1314       sequences on the standard output. Several options have been
1315       introduced to control the sequence printing in a flexible
1316       way. The help page has been extended.
1317
1318     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1319
1320
1321 BUG FIXES
1322
1323     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1324       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1325
1326     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1327
1328     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1329       function did not work with `format = "interleaved"'.
1330
1331     o Various errors were corrected in the help pages.
1332
1333
1334 OTHER CHANGES
1335
1336     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1337       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1338       the corresponding generic function.
1339
1340     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1341       since gamma() is a generic function.
1342
1343
1344
1345                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1346
1347
1348 BUG FIXES
1349
1350     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1351       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1352       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1353       vector of length 4 is always returned).
1354
1355     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1356       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1357       command in the NEXUS file, and that the commands were
1358       case-sensitive.
1359
1360
1361
1362                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1363
1364
1365 NEW FEATURES
1366
1367     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1368       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1369
1370     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1371       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1372       sylvaticus).
1373
1374
1375 BUG FIXES
1376
1377     o A bug in read.nexus() was fixed.
1378
1379     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1380       The function has been completely re-written and its help page
1381       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1382       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1383       spaces (this behaviour was undocumented).
1384
1385     o A bug was fixed in write.dna().
1386
1387
1388
1389                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1390
1391
1392 BUG FIXES
1393
1394     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1395
1396     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1397       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1398
1399
1400
1401                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1402
1403
1404 NEW FEATURES
1405
1406     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1407       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1408       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1409       the function klastorin()).
1410
1411     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1412       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1413       as.phylo for details).
1414
1415     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1416       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1417       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1418       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1419       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1420
1421     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1422       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1423
1424     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1425       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1426       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1427       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1428       (this behaviour was undocumented).
1429
1430     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1431       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1432       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1433
1434     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1435       the estimated parameters using profile likelihood.
1436
1437     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1438       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1439       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1440
1441
1442 BUG FIXES
1443
1444     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1445
1446     o A bug in plot.mst() was fixed.
1447
1448     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1449       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1450
1451
1452
1453                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1454
1455
1456 NEW FEATURES
1457
1458     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1459       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1460
1461     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1462       in a NEXUS file.
1463
1464     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1465       possibly handling root edges to give internal branches.
1466
1467     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1468       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1469
1470     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1471
1472     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1473       branches with different colours and/or different widths, showing the
1474       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1475       the labels, and controling the space around the plot.
1476
1477     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1478       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1479       objects of class "phylo" is now optional.
1480
1481     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1482       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1483       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1484       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1485
1486     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1487       to read the tree in a variable of mode character.
1488
1489     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1490       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1491
1492
1493
1494                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1495
1496
1497 BUG FIXES
1498
1499     o Several bugs were fixed in the help pages.
1500
1501
1502
1503                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1504
1505
1506 NEW FEATURES
1507
1508     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1509       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1510
1511     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1512       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1513       extinction rates.
1514
1515     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1516       tree.
1517
1518     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1519
1520     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1521       as well as some methods are introduced.
1522
1523     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1524       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1525       population size through time are introduced and replace the function
1526       skyline.plot() in version 0.1.
1527
1528     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1529       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1530       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1531       Democratic Republic of Congo.
1532
1533
1534 DEPRECATED & DEFUNCT
1535
1536     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1537       replaced by more elaborate functions (see above).
1538
1539
1540 BUG FIXES
1541
1542     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1543       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1544       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1545       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1546
1547     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1548       AICs and LRTs.
1549
1550     o Various errors were corrected in the help pages.