Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
   2
   3
   4 BUG FIXES
   5
   6     o An error was fixed in the computation of ancestral character
   7       states by generalized least squares in ace().
   8
   9     o di2multi() did not modify node labels correctly.
  10
  11     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
  12       "cladewise".
  13
  14
  15
  16                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
  17
  18
  19 NEW FEATURES
  20
  21     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
  22       and [[.
  23
  24     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
  25       (FALSE by default) as well as its code being improved.
  26
  27     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
  28       than in plot.default().
  29
  30
  31 BUG FIXES
  32
  33     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
  34       list of trees.
  35
  36     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
  37       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
  38       worked already for thermometers).
  39
  40     o read.nexus() generally failed to read very big files.
  41
  42
  43 OTHER CHANGES
  44
  45     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
  46       as well as a character string.
  47
  48     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
  49       'tree.names = NULL'.
  50
  51     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
  52       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
  53       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
  54       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
  55       correctly when extracting trees.
  56
  57
  58
  59                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
  60
  61
  62 NEW FEATURES
  63
  64     o The new function rmtree generates lists of random trees.
  65
  66     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
  67       (thanks to Vladimir Minin for the code).
  68
  69
  70 BUG FIXES
  71
  72     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
  73       pairwise.deletion = FALSE.
  74
  75
  76 OTHER CHANGES
  77
  78     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
  79       have been improved so that they are stabler and faster.
  80
  81     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
  82       are loaded only when needed.
  83
  84
  85
  86                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
  87
  88
  89 NEW FEATURES
  90
  91     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
  92       tree using the mouse.
  93
  94     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
  95       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
  96
  97     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
  98       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
  99       an object of class "DNAbin".
 100
 101     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 102       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 103
 104     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 105       as its main argument.
 106
 107     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 108       improved, and gain several options (see the help page for
 109       details). A legend is now plotted by default.
 110
 111
 112 BUG FIXES
 113
 114     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 115       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 116       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 117       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 118
 119     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 120       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 121       single line).
 122
 123     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 124       edges (see OTHER CHANGES).
 125
 126
 127 OTHER CHANGES
 128
 129     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 130       much stabler now. The options have been also greatly simplified
 131       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 132
 133     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 134
 135     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 136       been cleaned-up.
 137
 138     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 139       improved.
 140
 141     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 142       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 143       correction applied in previous version did not work in all
 144       situations.
 145
 146     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 147       "multiPhylo".
 148
 149
 150 DOCUMENTATION
 151
 152     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 153
 154
 155 DEPRECATED & DEFUNCT
 156
 157     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 158       lengths.
 159
 160     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 161
 162
 163
 164                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 165
 166
 167 NEW FEATURES
 168
 169     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 170       matrix.
 171
 172     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 173       a list.
 174
 175     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 176       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 177
 178
 179 BUG FIXES
 180
 181     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 182       looked for.
 183
 184     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 185       incorrect.
 186
 187     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 188       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 189
 190     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 191       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 192       GTR in mlphylo().
 193
 194     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 195       Bullard).
 196
 197     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 198       limited number of labelled topologies could be generated.
 199
 200
 201
 202                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 203
 204
 205 NEW FEATURES
 206
 207     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 208       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 209       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 210       previous programs done by Vincent Lefort.
 211
 212     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 213       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 214       Evol. 24: 58).
 215
 216     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 217       two clades connected to the same node. It works also with
 218       multichotomous nodes.
 219
 220     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 221       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 222       keeping the names and the class.
 223
 224
 225 BUG FIXES
 226
 227     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 228       an error message is now returned.
 229
 230     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 231       to remove.
 232
 233
 234
 235                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 236
 237
 238 NEW FEATURES
 239
 240     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 241       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 242
 243     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 244       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 245       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 246       should be much faster.
 247
 248
 249 BUG FIXES
 250
 251     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 252       from ape 1.10: this is fixed in this version
 253
 254     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 255       object is now returned unchanged.
 256
 257
 258
 259                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 260
 261
 262 NEW FEATURES
 263
 264     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 265       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 266
 267
 268 BUG FIXES
 269
 270     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 271       object when reading multiple trees.
 272
 273     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 274       "phylo").
 275
 276     o unroot() did not work correctly in most cases.
 277
 278     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 279
 280     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 281
 282     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 283       correctly positioned if the option `cex' was used.
 284
 285
 286
 287                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 288
 289
 290 NEW FEATURES
 291
 292     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 293       DNA sequences in binary format (see below).
 294
 295     o Three new functions have been introduced to convert between the
 296       new binary and the character formats.
 297
 298     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 299       single characters into the class "alignment" used by the package
 300       seqinr.
 301
 302     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 303       controlling whether the sequences are returned in binary format
 304       or as character.
 305
 306
 307 BUG FIXES
 308
 309     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 310
 311     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 312       the default setting: this is fixed.
 313
 314     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 315       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 316
 317
 318 OTHER CHANGES
 319
 320     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 321       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 322       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 323       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 324       ca. 60 times faster).
 325
 326
 327
 328                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 329
 330
 331 BUG FIXES
 332
 333     o A bug was fixed in edgelabels().
 334
 335     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 336       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 337       now its tip labels set to "1", "2", ...
 338
 339     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 340       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 341
 342     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 343       initial tree were greater than one: an error message is now
 344       issued.
 345
 346     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 347       invariants: this is fixed.
 348
 349
 350
 351                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 352
 353
 354 NEW FEATURES
 355
 356     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 357       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 358
 359
 360 BUG FIXES
 361
 362     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 363       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 364
 365     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 366
 367     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 368       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 369       prop.clades, and boot.phylo.
 370
 371     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 372       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 373
 374
 375
 376                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 377
 378
 379 NEW FEATURES
 380
 381     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 382       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 383
 384     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 385       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 386       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 387
 388
 389 BUG FIXES
 390
 391     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 392
 393     o Some bugs were fixed in chronopl().
 394
 395     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 396       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 397
 398     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 399       fixed.
 400
 401
 402 OTHER CHANGES
 403
 404     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 405       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 406       format are still returned in a list.
 407
 408     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 409       it could not be used from the generic.
 410
 411
 412 DEPRECATED & DEFUNCT
 413
 414     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 415       since ape 1.9.
 416
 417
 418
 419                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 420
 421
 422 BUG FIXES
 423
 424     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 425       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 426
 427     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 428       unrooted tree in most cases.
 429
 430     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 431       particularly of the BX-series.
 432
 433     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 434       fixed
 435
 436
 437
 438                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 439
 440
 441 NEW FEATURES
 442
 443     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 444       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 445       displayed in a compact and informative way.
 446
 447     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 448       for converting between the old and new coding of the class
 449       "phylo".
 450
 451     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 452       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 453
 454     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 455       available to compute branch lengths.
 456
 457     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 458
 459
 460 BUG FIXES
 461
 462     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 463       multichotomous trees: this is fixed.
 464
 465     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 466       returned unchanged.
 467
 468     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 469       models: this is fixed.
 470
 471     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 472       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 473       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 474       accepts trees with no branch lengths.
 475
 476     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 477       user distribution was specified. This has been corrected, and
 478       the help page of this function has been expanded.
 479
 480
 481 OTHER CHANGES
 482
 483     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 484       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 485       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 486       functions has been improved.
 487
 488     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 489       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 490
 491     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 492
 493     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 494       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 495
 496     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 497       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 498       labels.
 499
 500     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 501
 502     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 503       been removed.
 504
 505     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 506
 507     o The use of node.depth() has been simplified.
 508
 509
 510
 511                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 512
 513
 514 NEW FEATURES
 515
 516     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 517       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 518       sequences in NEXUS files.
 519
 520     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 521       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 522       reorder(tr).
 523
 524     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 525       edge.
 526
 527     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 528       in NEXUS format.
 529
 530
 531 BUG FIXES
 532
 533     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 534       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 535
 536     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 537       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 538       Newick format (parentheses, etc.)
 539
 540     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 541       now fixed.
 542
 543
 544
 545                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 546
 547
 548 NEW FEATURES
 549
 550     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 551       Hasegawa test.
 552
 553     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 554       single descendant from a tree.
 555
 556     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 557       colours of the tips.
 558
 559     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 560       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 561
 562
 563 BUG FIXES
 564
 565     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 566       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 567
 568     o ace() returned a list with no class so that the generic
 569       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 570       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 571
 572     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 573       of freedom: this is fixed.
 574
 575     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 576       a data frame: this is fixed.
 577
 578     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 579       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 580
 581
 582 OTHER CHANGES
 583
 584     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 585       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 586       respectively.
 587
 588
 589
 590                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 591
 592
 593 NEW FEATURES
 594
 595     o There are four new `method' functions to be used with the
 596       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 597
 598     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 599       change the title, and `col' to control the colour of the
 600       segments showing the AIC values.
 601
 602     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 603       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 604       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 605       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 606
 607     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 608       represent proportions, with any number of categories, as
 609       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 610       there is now no limitation on the number of categories.
 611
 612
 613 BUG FIXES
 614
 615     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 616       fixed.
 617
 618     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 619       in the tree: this is fixed.
 620
 621     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 622       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 623
 624     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 625       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 626
 627     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 628       is fixed and a message error is now returned.
 629
 630     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 631       the calculation of P-values.
 632
 633     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 634       and in the variables were different: this is fixed.
 635
 636
 637
 638                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 639
 640
 641 NEW FEATURES
 642
 643     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 644       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 645       is used to define the substitution model which may include
 646       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 647       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 648       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 649       functionality is limited to estimating the substitution and
 650       associated parameters and computing the likelihood.
 651
 652     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 653       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 654       warning message is printed if there is not enough degrees of
 655       freedom.
 656
 657
 658 BUG FIXES
 659
 660     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 661       though with no consequence.
 662
 663
 664
 665                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 666
 667
 668 NEW FEATURES
 669
 670     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 671       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 672       documented on the same help page.
 673
 674
 675 BUG FIXES
 676
 677     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 678       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 679       boot.phylo, or consensus.
 680
 681     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 682       more than one element: this is fixed.
 683
 684     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 685       has been corrected.
 686
 687     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 688       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 689       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 690
 691
 692 OTHER CHANGES
 693
 694     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 695       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 696       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 697
 698
 699
 700                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 701
 702
 703 NEW FEATURES
 704
 705     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 706       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 707
 708     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 709       list of trees.
 710
 711     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 712       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 713
 714     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 715       tree together with ancestral values, as returned by the above
 716       function.
 717
 718     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 719       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 720
 721     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 722
 723     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 724       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 725
 726     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 727
 728     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 729       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 730
 731     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 732       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 733       and summary (to extract the numbers) methods.
 734
 735     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 736       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 737
 738     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 739       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 740       respectively.
 741
 742     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 743
 744
 745 BUG FIXES
 746
 747     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 748       handled corretly, and node labels are now output normally.
 749
 750     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 751       in some cases.
 752
 753     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 754       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 755       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 756       warning message is now returned; this latter bug was also
 757       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 758
 759     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 760       is now returned.
 761
 762     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 763       was not always correctly dispatched.
 764
 765     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 766       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 767
 768
 769 OTHER CHANGES
 770
 771     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 772
 773     o Various error and warning messages have been improved.
 774
 775
 776
 777                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 778 NEW FEATURES
 779
 780     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 781       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 782       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 783
 784     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 785       of directional evolution for continuous characters. The user
 786       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 787       changes.
 788
 789     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 790       "phylo") is rooted.
 791
 792     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 793       the possibility to specify the function that generates the
 794       inter-nodes distances.
 795
 796     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 797       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 798
 799     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 800       to three classes) on the nodes of a tree.
 801
 802     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 803       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 804       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 805       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 806       3) are now handled correctly.
 807
 808     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 809       for Penny and Henny's method (already available before and now
 810       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 811       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 812
 813     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 814       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 815       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 816       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 817
 818     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 819       DNA sequences by specifying model = "raw".
 820
 821     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 822       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 823       `full = FALSE'.
 824
 825
 826 BUG FIXES
 827
 828     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 829
 830     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 831       they are now considered as missing data.
 832
 833     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 834       fixed.
 835
 836     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 837       and the function has been improved and is now faster.
 838
 839     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 840       incorrect.
 841
 842     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 843       this is fixed.
 844
 845     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 846       rooted and unrooted trees.
 847
 848     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 849       fixed.
 850
 851     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 852
 853
 854
 855                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 856
 857
 858 NEW FEATURES
 859
 860     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 861       between two trees.
 862
 863     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 864       phylogeny estimation.
 865
 866     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 867       bipartitions from a series of trees.
 868
 869
 870 OTHER CHANGES
 871
 872     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 873       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 874       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 875
 876
 877 BUG FIXES
 878
 879     o Several bugs were fixed in read.dna().
 880
 881     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 882
 883     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 884       lengths: this is fixed.
 885
 886     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
 887       tree: this is fixed.
 888
 889
 890
 891                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
 892
 893
 894 NEW FEATURES
 895
 896     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
 897       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
 898       latter implements the representation of binary trees introduced by
 899       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
 900       as.matching() has been introduced as well.
 901
 902     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
 903       and collapse multichotomies with branches of length zero.
 904
 905     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
 906       from a sample a DNA sequences.
 907
 908     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
 909       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
 910       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
 911       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
 912       is available for all models. A gamma-correction is possible for
 913       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
 914       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
 915       `GCcontent' has been removed.
 916
 917     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
 918       whether to return the species names of the organisms in addition
 919       to the accession numbers of the sequences (this is the default
 920       behaviour).
 921
 922     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
 923
 924     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
 925       new root edge if internal branches are trimmed.
 926
 927
 928 BUG FIXES
 929
 930     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
 931       is fixed.
 932
 933     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
 934       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
 935       different representations (a report was printed previously).
 936
 937     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
 938       this is fixed.
 939
 940
 941 OTHER CHANGES
 942
 943     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
 944       which there is a print method.
 945
 946
 947
 948                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
 949
 950
 951 NEW FEATURES
 952
 953     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
 954       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
 955       Evol., 4:406).
 956
 957     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
 958       that belong to a group specified as a set of tips.
 959
 960     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
 961       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
 962       "phylo".
 963
 964     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
 965       phylogeny plot.
 966
 967     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
 968       in different cases and giving a number of tips.
 969
 970     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
 971       write a Newick tree on several lines rather than on a single
 972       line.
 973
 974     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
 975       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
 976       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
 977       marked with the option `subtree' (see below).
 978
 979     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
 980       specifies whether to output in the tree how many tips have been
 981       deleted and where.
 982
 983     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
 984       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
 985       function now works even if the plotted tree has no edge length.
 986
 987     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
 988       edge lengths into account.
 989
 990     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
 991       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
 992       they are propagated to the vertical line that link them.
 993
 994
 995 BUG FIXES
 996
 997     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
 998       crashing. This is fixed.
 999
1000     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1001       now properly recycled; their default values are now "black" and
1002       1, respectively.
1003
1004     o A bug has been fixed in write.nexus().
1005
1006
1007 OTHER CHANGES
1008
1009     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1010       replaced by a C code.
1011
1012
1013
1014                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1015
1016
1017 NEW FEATURES
1018
1019     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1020       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1021
1022     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1023       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1024       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1025       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1026       limit (as before).
1027
1028
1029
1030                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1031
1032
1033 NEW FEATURES
1034
1035     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1036       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1037       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1038       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1039       display graphically the AIC values of each model.
1040
1041     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1042       a model where the speciation rate is affected by several species
1043       traits through a generalized linear model. The parameters are
1044       estimated by maximum likelihood.
1045
1046     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1047       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1048       species given a phylogeny under different models of evolution.
1049       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1050       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1051       Initialize.corPhyl() function associated.
1052
1053     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1054       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1055
1056     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1057       a plot method.
1058
1059     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1060       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1061       correlograms.
1062
1063     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1064       of a subtree defined by a particular node.
1065
1066     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1067       given parent node.
1068
1069     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1070       a tree according to a specified method.
1071
1072     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1073       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1074       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1075       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1076       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1077
1078
1079 BUG FIXES
1080
1081     o Some functions which try to match tip labels and names of
1082       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1083       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1084       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1085       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1086       have been clarified on this point.
1087
1088
1089
1090                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1091
1092
1093 NEW FEATURES
1094
1095     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1096       to a specified outgroup.
1097
1098     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1099
1100     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1101       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1102       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1103       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1104       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1105       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1106       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1107
1108     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1109
1110
1111 BUG FIXES
1112
1113     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1114       lengths: this is fixed.
1115
1116     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1117       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1118
1119
1120
1121                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1122
1123
1124 NEW FEATURES
1125
1126     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1127       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1128       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1129
1130     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1131       has been included.
1132
1133
1134 BUG FIXES
1135
1136     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1137
1138
1139 OTHER CHANGES
1140
1141     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1142       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1143
1144
1145
1146                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1147
1148
1149 NEW FEATURES
1150
1151     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1152       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1153       speciation and extinction rates.
1154
1155
1156 OTHER CHANGES
1157
1158     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1159       since only the function compar.gee() calls gee.
1160
1161
1162
1163                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1164
1165
1166 NEW FEATURES
1167
1168     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1169       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1170       demographic history from genealogies using a reversible jump
1171       MCMC have been introduced.
1172
1173     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1174       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1175
1176
1177
1178                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1179
1180
1181 NEW FEATURES
1182
1183     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1184       without branch lengths.
1185
1186     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1187       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1188       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1189       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1190
1191
1192 BUG FIXES
1193
1194     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1195       this is fixed.
1196
1197     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1198       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1199
1200
1201 OTHER CHANGES
1202
1203     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1204       algorithm: it is now about four times faster.
1205
1206     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1207       twice faster.
1208
1209
1210
1211                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1212
1213
1214 NEW FEATURES
1215
1216     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1217       sample of DNA sequences.
1218
1219
1220 BUG FIXES
1221
1222     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1223       1.2-1 was fixed.
1224
1225     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1226       help pages.
1227
1228
1229
1230                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1231
1232
1233 NEW FEATURES
1234
1235     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1236       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1237
1238
1239 BUG FIXES
1240
1241     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1242       comment blocks were not read correctly.
1243
1244     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1245       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1246       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1247       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1248       a warning message is now issued.
1249
1250
1251
1252                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1253
1254
1255 NEW FEATURES
1256
1257     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1258       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1259       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1260       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1261       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1262       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1263       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1264       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1265       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1266       see the respective help pages for details.
1267
1268     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1269       focusing on a small portion of it.
1270
1271     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1272       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1273
1274     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1275       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1276       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1277       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1278       (see below); the default behaviour is no more to display the
1279       sequences on the standard output. Several options have been
1280       introduced to control the sequence printing in a flexible
1281       way. The help page has been extended.
1282
1283     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1284
1285
1286 BUG FIXES
1287
1288     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1289       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1290
1291     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1292
1293     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1294       function did not work with `format = "interleaved"'.
1295
1296     o Various errors were corrected in the help pages.
1297
1298
1299 OTHER CHANGES
1300
1301     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1302       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1303       the corresponding generic function.
1304
1305     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1306       since gamma() is a generic function.
1307
1308
1309
1310                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1311
1312
1313 BUG FIXES
1314
1315     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1316       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1317       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1318       vector of length 4 is always returned).
1319
1320     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1321       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1322       command in the NEXUS file, and that the commands were
1323       case-sensitive.
1324
1325
1326
1327                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1328
1329
1330 NEW FEATURES
1331
1332     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1333       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1334
1335     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1336       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1337       sylvaticus).
1338
1339
1340 BUG FIXES
1341
1342     o A bug in read.nexus() was fixed.
1343
1344     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1345       The function has been completely re-written and its help page
1346       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1347       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1348       spaces (this behaviour was undocumented).
1349
1350     o A bug was fixed in write.dna().
1351
1352
1353
1354                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1355
1356
1357 BUG FIXES
1358
1359     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1360
1361     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1362       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1363
1364
1365
1366                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1367
1368
1369 NEW FEATURES
1370
1371     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1372       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1373       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1374       the function klastorin()).
1375
1376     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1377       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1378       as.phylo for details).
1379
1380     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1381       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1382       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1383       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1384       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1385
1386     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1387       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1388
1389     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1390       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1391       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1392       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1393       (this behaviour was undocumented).
1394
1395     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1396       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1397       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1398
1399     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1400       the estimated parameters using profile likelihood.
1401
1402     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1403       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1404       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1405
1406
1407 BUG FIXES
1408
1409     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1410
1411     o A bug in plot.mst() was fixed.
1412
1413     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1414       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1415
1416
1417
1418                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1419
1420
1421 NEW FEATURES
1422
1423     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1424       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1425
1426     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1427       in a NEXUS file.
1428
1429     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1430       possibly handling root edges to give internal branches.
1431
1432     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1433       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1434
1435     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1436
1437     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1438       branches with different colours and/or different widths, showing the
1439       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1440       the labels, and controling the space around the plot.
1441
1442     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1443       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1444       objects of class "phylo" is now optional.
1445
1446     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1447       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1448       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1449       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1450
1451     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1452       to read the tree in a variable of mode character.
1453
1454     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1455       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1456
1457
1458
1459                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1460
1461
1462 BUG FIXES
1463
1464     o Several bugs were fixed in the help pages.
1465
1466
1467
1468                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1469
1470
1471 NEW FEATURES
1472
1473     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1474       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1475
1476     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1477       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1478       extinction rates.
1479
1480     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1481       tree.
1482
1483     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1484
1485     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1486       as well as some methods are introduced.
1487
1488     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1489       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1490       population size through time are introduced and replace the function
1491       skyline.plot() in version 0.1.
1492
1493     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1494       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1495       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1496       Democratic Republic of Congo.
1497
1498
1499 DEPRECATED & DEFUNCT
1500
1501     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1502       replaced by more elaborate functions (see above).
1503
1504
1505 BUG FIXES
1506
1507     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1508       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1509       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1510       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1511
1512     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1513       AICs and LRTs.
1514
1515     o Various errors were corrected in the help pages.