ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
   7       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
  13
  14     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  15       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
  16
  17
  18
  19                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
  20
  21
  22 NEW FEATURES
  23
  24     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
  25       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
  26       second function requires Phylip to be installed on the computer.
  27
  28     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
  29       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
  30
  31
  32 BUG FIXES
  33
  34     o write.tree() failed to output correctly tree names.
  35
  36     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
  37       multichotomous trees.
  38
  39     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
  40       turned off.
  41
  42     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
  43
  44     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
  45
  46     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
  47       = FALSE.
  48
  49     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
  50       cutree() or rect.hclust().
  51
  52     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
  53       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
  54
  55     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
  56       Jeremy Beaulieu.
  57
  58
  59
  60                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
  61
  62
  63 NEW FEATURES
  64
  65     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
  66       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
  67       and shallowest divergence tree.
  68
  69
  70 BUG FIXES
  71
  72     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
  73
  74     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
  75
  76     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  77       Filipe Vieira for the fix).
  78
  79
  80
  81                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
  82
  83
  84 NEW FEATURES
  85
  86     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
  87       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
  88       use continuous time algorithms.
  89
  90     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
  91       phylogeny.
  92
  93     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
  94       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
  95       extinction into account.
  96
  97     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
  98       discrete characters.
  99
 100     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 101       frequencies from a pair of sequences.
 102
 103     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 104
 105     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 106       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 107
 108     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 109       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 110       and height = NULL.
 111
 112     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 113       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 114       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 115       results has also been improved.
 116
 117     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 118       the gene (FALSE by default).
 119
 120
 121 BUG FIXES
 122
 123     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 124
 125     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 126       Schliep for the fix)
 127
 128     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 129       documentation has been clarified on the formulae used.
 130
 131
 132 OTHER CHANGES
 133
 134     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 135       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 136
 137     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 138       available) as names.
 139
 140     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 141       to contributions by Klaus Schliep.
 142
 143
 144
 145                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 146
 147
 148 NEW FEATURES
 149
 150     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 151       text to be plotted in different fonts.
 152
 153     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 154       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 155       check that the tip labels are the same in all trees.
 156
 157     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 158       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 159
 160     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 161       now documented.
 162
 163
 164 BUG FIXES
 165
 166     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 167       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 168
 169     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 170       simulating a Brownian motion model.
 171
 172
 173
 174                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 175
 176
 177 NEW FEATURES
 178
 179     o There is now a print method for results from ace().
 180
 181     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 182
 183     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 184       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 185
 186
 187 BUG FIXES
 188
 189     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 190
 191     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 192
 193     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 194       failed).
 195
 196
 197 DEPRECATED & DEFUNCT
 198
 199     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 200
 201     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 202
 203
 204 OTHER CHANGES
 205
 206     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 207
 208     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 209       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 210
 211     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 212       removed.
 213
 214
 215
 216                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 217
 218
 219 NEW FEATURES
 220
 221     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 222
 223     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 224       details).
 225
 226     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 227       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 228
 229     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 230       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 231
 232
 233 BUG FIXES
 234
 235     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 236       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 237
 238     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 239       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 240       The same bug occurred with the 'pie' option.
 241
 242     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 243
 244     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 245       more efficient.
 246
 247     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 248       vertical lines representing the nodes.
 249
 250     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 251       in the correct direction though the tip labels were displayed
 252       correctly.
 253
 254
 255 OTHER CHANGES
 256
 257     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 258       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 259       for the two other functions).
 260
 261
 262
 263                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 264
 265
 266 NEW FEATURES
 267
 268     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 269       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 270       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 271       The latter has a biplot method.
 272
 273     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 274       regression through the origin with testing by permutation.
 275
 276     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 277       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 278
 279     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 280       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 281
 282     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 283       and/or tips on a plotted tree.
 284
 285     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 286       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 287
 288     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 289
 290     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 291
 292     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 293       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 294       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 295       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 296
 297
 298 BUG FIXES
 299
 300     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 301       default options with unrooted or radial trees.
 302
 303     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 304       to Otto Cordero for the fix).
 305
 306
 307 OTHER CHANGES
 308
 309     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 310       in dist.topo().
 311
 312
 313
 314                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 315
 316
 317 NEW FEATURES
 318
 319     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 320       argument.
 321
 322     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 323       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 324       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 325       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 326
 327
 328 BUG FIXES
 329
 330     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 331
 332     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 333       lengths and there is a TRANSLATE block.
 334
 335     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 336       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 337       clarification on this behaviour.
 338
 339     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 340       compressed tip labels.
 341
 342     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 343
 344     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 345       when the tree has branch lengths.
 346
 347     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 348       negative (which resulted in an error).
 349
 350     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 351       returned.
 352
 353
 354
 355                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 356
 357
 358 NEW FEATURES
 359
 360     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 361       default is still to return the proportions.
 362
 363
 364 BUG FIXES
 365
 366     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 367       are now ignored.
 368
 369     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 370       the tree: the argument is now ignored.
 371
 372     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 373       Young for the fix).
 374
 375
 376 OTHER CHANGES
 377
 378     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 379       warning (it returned an error previously).
 380
 381     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 382       been modified (as well as their widths and types) following some
 383       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 384
 385     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 386       using 'pie' or 'thermo'.
 387
 388     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 389       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 390       done now).
 391
 392     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 393       help("ape-defunct") with the quotes.
 394
 395
 396 DEPRECATED & DEFUNCT
 397
 398     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 399       theta.s have been moved from ape to pegas.
 400
 401     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 402
 403
 404
 405                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 406
 407
 408 BUG FIXES
 409
 410     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 411
 412     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 413
 414     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 415       attribute.
 416
 417     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 418
 419     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 420       Phelan for the fix).
 421
 422     o seg.sites() failed when passing a vector.
 423
 424     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 425
 426     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 427
 428
 429
 430                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 431
 432
 433 BUG FIXES
 434
 435     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 436
 437     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 438       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 439
 440     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 441       outgroup correctly.
 442
 443     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 444
 445     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 446       "pruningwise" order.
 447
 448     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 449       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 450       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 451
 452
 453
 454                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 455
 456
 457 NEW FEATURES
 458
 459     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 460
 461     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 462
 463     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 464       corrected with respect to this change.
 465
 466     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 467       to be treated as (un)rooted.
 468
 469
 470 BUG FIXES
 471
 472     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 473       pairwise.deletion = FALSE.
 474
 475     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 476
 477     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 478
 479     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 480
 481     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 482
 483     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 484       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 485       times faster.
 486
 487     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 488
 489     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 490
 491
 492 OTHER CHANGES
 493
 494     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 495
 496     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 497       by inherits(phy, "phylo").
 498
 499     o rcoal() is now faster.
 500
 501
 502 DEPRECATED & DEFUNCT
 503
 504     o klastorin() has been removed.
 505
 506
 507
 508                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 509
 510
 511 NEW FEATURES
 512
 513     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 514       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 515       matrices.
 516
 517     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 518       Yule model by maximum likelihood.
 519
 520     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 521       labels in a flexible way.
 522
 523     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 524       handle individual tree names.
 525
 526     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 527       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 528
 529     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 530
 531
 532 BUG FIXES
 533
 534     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 535
 536     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 537
 538     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 539
 540     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 541       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 542       lasting bug).
 543
 544
 545 OTHER CHANGES
 546
 547     o The data set xenarthra has been removed.
 548
 549
 550
 551                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 552
 553 BUG FIXES
 554
 555     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 556       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 557
 558     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 559
 560
 561 OTHER CHANGES
 562
 563     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 564
 565
 566
 567                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 568
 569
 570 NEW FEATURES
 571
 572     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 573       specifying a node number or label.
 574
 575     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 576       operations of the same names.
 577
 578     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 579       specifying model="N".
 580
 581
 582 BUG FIXES
 583
 584     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 585
 586     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 587       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 588       comments inserted within the trees).
 589
 590     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 591       the number of lineages with non-binary trees.
 592
 593
 594 OTHER CHANGES
 595
 596     o ape has now a namespace.
 597
 598     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 599       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 600
 601
 602
 603                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 604
 605
 606 NEW FEATURES
 607
 608     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 609       'pairwise.deletion'.
 610
 611     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 612       more flexible.
 613
 614
 615 BUG FIXES
 616
 617     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 618      'check.labels = TRUE'.
 619
 620    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 621      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 622      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 623
 624    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 625      breaks in the Newick string.
 626
 627    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 628      gaps.
 629
 630
 631 OTHER CHANGES
 632
 633     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 634       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 635
 636     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 637       which is returned unchanged (instead of an error).
 638
 639     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 640       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 641       read.tree().
 642
 643
 644
 645                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 646
 647
 648 NEW FEATURES
 649
 650     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 651       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 652       truncate and/or make them unique, substituting some
 653       characters, and so on.
 654
 655     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 656       set of DNA sequences.
 657
 658     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 659
 660
 661 BUG FIXES
 662
 663     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 664       already the specified root.
 665
 666     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 667
 668     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 669       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 670
 671     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 672       trees.
 673
 674     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 675       translation of tip labels.
 676
 677     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 678       a single tree with no edge lengths.
 679
 680     o A bug was fixed in sh.test().
 681
 682
 683 OTHER CHANGES
 684
 685     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 686       Minin.
 687
 688     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 689       TRUE by default.
 690
 691     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 692       the Phylip formats.
 693
 694
 695
 696                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 697
 698
 699 NEW FEATURES
 700
 701     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 702       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 703       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 704       (without plotting).
 705
 706     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 707       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 708
 709     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 710       help page for details.
 711
 712     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 713       bootstraped trees (the default is FALSE).
 714
 715     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 716       situations.
 717
 718
 719 BUG FIXES
 720
 721     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 722       first sequence.
 723
 724     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 725       circular tree (type = "r" or "f").
 726
 727     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 728       trees.
 729
 730     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 731       (thanks to Yan Wong for the fix).
 732
 733     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 734
 735     o seg.sites() failed with a list.
 736
 737     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 738       as well and is faster.
 739
 740
 741
 742                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 743
 744
 745 BUG FIXES
 746
 747     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 748
 749     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 750       states by generalized least squares in ace().
 751
 752     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 753
 754     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 755       "cladewise".
 756
 757
 758
 759                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 760
 761
 762 NEW FEATURES
 763
 764     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 765       and [[.
 766
 767     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 768       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 769
 770     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 771       than in plot.default().
 772
 773
 774 BUG FIXES
 775
 776     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 777       list of trees.
 778
 779     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 780       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 781       worked already for thermometers).
 782
 783     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 784
 785
 786 OTHER CHANGES
 787
 788     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 789       as well as a character string.
 790
 791     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 792       'tree.names = NULL'.
 793
 794     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 795       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 796       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 797       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 798       correctly when extracting trees.
 799
 800
 801
 802                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 803
 804
 805 NEW FEATURES
 806
 807     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 808
 809     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 810       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 811
 812
 813 BUG FIXES
 814
 815     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 816       pairwise.deletion = FALSE.
 817
 818
 819 OTHER CHANGES
 820
 821     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 822       have been improved so that they are stabler and faster.
 823
 824     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 825       are loaded only when needed.
 826
 827
 828
 829                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 830
 831
 832 NEW FEATURES
 833
 834     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 835       tree using the mouse.
 836
 837     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 838       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 839
 840     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 841       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 842       an object of class "DNAbin".
 843
 844     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 845       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 846
 847     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 848       as its main argument.
 849
 850     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 851       improved, and gain several options (see the help page for
 852       details). A legend is now plotted by default.
 853
 854
 855 BUG FIXES
 856
 857     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 858       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 859       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 860       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 861
 862     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 863       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 864       single line).
 865
 866     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 867       edges (see OTHER CHANGES).
 868
 869
 870 OTHER CHANGES
 871
 872     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 873       should be much stabler. The options have been also greatly
 874       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 875
 876     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 877
 878     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 879       been cleaned-up.
 880
 881     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 882       improved.
 883
 884     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 885       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 886       correction applied in previous version did not work in all
 887       situations.
 888
 889     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 890       "multiPhylo".
 891
 892
 893 DOCUMENTATION
 894
 895     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 896
 897
 898 DEPRECATED & DEFUNCT
 899
 900     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 901       lengths.
 902
 903     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 904
 905
 906
 907                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 908
 909
 910 NEW FEATURES
 911
 912     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 913       matrix.
 914
 915     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 916       a list.
 917
 918     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 919       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 920
 921
 922 BUG FIXES
 923
 924     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 925       looked for.
 926
 927     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 928       incorrect.
 929
 930     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 931       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 932
 933     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 934       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 935       GTR in mlphylo().
 936
 937     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 938       Bullard).
 939
 940     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 941       limited number of labelled topologies could be generated.
 942
 943
 944
 945                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 946
 947
 948 NEW FEATURES
 949
 950     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 951       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 952       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 953       previous programs done by Vincent Lefort.
 954
 955     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 956       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 957       Evol. 24: 58).
 958
 959     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 960       two clades connected to the same node. It works also with
 961       multichotomous nodes.
 962
 963     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 964       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 965       keeping the names and the class.
 966
 967
 968 BUG FIXES
 969
 970     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 971       an error message is now returned.
 972
 973     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 974       to remove.
 975
 976
 977
 978                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 979
 980
 981 NEW FEATURES
 982
 983     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 984       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 985
 986     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 987       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 988       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 989       should be much faster.
 990
 991
 992 BUG FIXES
 993
 994     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 995       from ape 1.10: this is fixed in this version
 996
 997     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 998       object is now returned unchanged.
 999
1000
1001
1002                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1003
1004
1005 NEW FEATURES
1006
1007     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1008       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1009
1010
1011 BUG FIXES
1012
1013     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1014       object when reading multiple trees.
1015
1016     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1017       "phylo").
1018
1019     o unroot() did not work correctly in most cases.
1020
1021     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1022
1023     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1024
1025     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1026       correctly positioned if the option `cex' was used.
1027
1028
1029
1030                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1031
1032
1033 NEW FEATURES
1034
1035     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1036       DNA sequences in binary format (see below).
1037
1038     o Three new functions have been introduced to convert between the
1039       new binary and the character formats.
1040
1041     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1042       single characters into the class "alignment" used by the package
1043       seqinr.
1044
1045     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1046       controlling whether the sequences are returned in binary format
1047       or as character.
1048
1049
1050 BUG FIXES
1051
1052     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1053
1054     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1055       the default setting: this is fixed.
1056
1057     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1058       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1059
1060
1061 OTHER CHANGES
1062
1063     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1064       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1065       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1066       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1067       ca. 60 times faster).
1068
1069
1070
1071                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1072
1073
1074 BUG FIXES
1075
1076     o A bug was fixed in edgelabels().
1077
1078     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1079       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1080       now its tip labels set to "1", "2", ...
1081
1082     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1083       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1084
1085     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1086       initial tree were greater than one: an error message is now
1087       issued.
1088
1089     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1090       invariants: this is fixed.
1091
1092
1093
1094                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1095
1096
1097 NEW FEATURES
1098
1099     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1100       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1101
1102
1103 BUG FIXES
1104
1105     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1106       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1107
1108     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1109
1110     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1111       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1112       prop.clades, and boot.phylo.
1113
1114     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1115       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1116
1117
1118
1119                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1120
1121
1122 NEW FEATURES
1123
1124     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1125       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1126
1127     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1128       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1129       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1130
1131
1132 BUG FIXES
1133
1134     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1135
1136     o Some bugs were fixed in chronopl().
1137
1138     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1139       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1140
1141     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1142       fixed.
1143
1144
1145 OTHER CHANGES
1146
1147     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1148       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1149       format are still returned in a list.
1150
1151     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1152       it could not be used from the generic.
1153
1154
1155 DEPRECATED & DEFUNCT
1156
1157     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1158       since ape 1.9.
1159
1160
1161
1162                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1163
1164
1165 BUG FIXES
1166
1167     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1168       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1169
1170     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1171       unrooted tree in most cases.
1172
1173     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1174       particularly of the BX-series.
1175
1176     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1177       fixed
1178
1179
1180
1181                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1182
1183
1184 NEW FEATURES
1185
1186     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1187       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1188       displayed in a compact and informative way.
1189
1190     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1191       for converting between the old and new coding of the class
1192       "phylo".
1193
1194     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1195       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1196
1197     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1198       available to compute branch lengths.
1199
1200     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1201
1202
1203 BUG FIXES
1204
1205     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1206       multichotomous trees: this is fixed.
1207
1208     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1209       returned unchanged.
1210
1211     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1212       models: this is fixed.
1213
1214     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1215       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1216       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1217       accepts trees with no branch lengths.
1218
1219     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1220       user distribution was specified. This has been corrected, and
1221       the help page of this function has been expanded.
1222
1223
1224 OTHER CHANGES
1225
1226     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1227       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1228       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1229       functions has been improved.
1230
1231     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1232       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1233
1234     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1235
1236     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1237       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1238
1239     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1240       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1241       labels.
1242
1243     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1244
1245     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1246       been removed.
1247
1248     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1249
1250     o The use of node.depth() has been simplified.
1251
1252
1253
1254                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1255
1256
1257 NEW FEATURES
1258
1259     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1260       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1261       sequences in NEXUS files.
1262
1263     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1264       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1265       reorder(tr).
1266
1267     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1268       edge.
1269
1270     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1271       in NEXUS format.
1272
1273
1274 BUG FIXES
1275
1276     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1277       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1278
1279     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1280       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1281       Newick format (parentheses, etc.)
1282
1283     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1284       now fixed.
1285
1286
1287
1288                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1289
1290
1291 NEW FEATURES
1292
1293     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1294       Hasegawa test.
1295
1296     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1297       single descendant from a tree.
1298
1299     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1300       colours of the tips.
1301
1302     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1303       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1304
1305
1306 BUG FIXES
1307
1308     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1309       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1310
1311     o ace() returned a list with no class so that the generic
1312       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1313       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1314
1315     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1316       of freedom: this is fixed.
1317
1318     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1319       a data frame: this is fixed.
1320
1321     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1322       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1323
1324
1325 OTHER CHANGES
1326
1327     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1328       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1329       respectively.
1330
1331
1332
1333                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1334
1335
1336 NEW FEATURES
1337
1338     o There are four new `method' functions to be used with the
1339       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1340
1341     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1342       change the title, and `col' to control the colour of the
1343       segments showing the AIC values.
1344
1345     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1346       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1347       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1348       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1349
1350     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1351       represent proportions, with any number of categories, as
1352       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1353       there is now no limitation on the number of categories.
1354
1355
1356 BUG FIXES
1357
1358     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1359       fixed.
1360
1361     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1362       in the tree: this is fixed.
1363
1364     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1365       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1366
1367     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1368       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1369
1370     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1371       is fixed and a message error is now returned.
1372
1373     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1374       the calculation of P-values.
1375
1376     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1377       and in the variables were different: this is fixed.
1378
1379
1380
1381                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1382
1383
1384 NEW FEATURES
1385
1386     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1387       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1388       is used to define the substitution model which may include
1389       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1390       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1391       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1392       functionality is limited to estimating the substitution and
1393       associated parameters and computing the likelihood.
1394
1395     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1396       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1397       warning message is printed if there is not enough degrees of
1398       freedom.
1399
1400
1401 BUG FIXES
1402
1403     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1404       though with no consequence.
1405
1406
1407
1408                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1409
1410
1411 NEW FEATURES
1412
1413     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1414       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1415       documented on the same help page.
1416
1417
1418 BUG FIXES
1419
1420     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1421       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1422       boot.phylo, or consensus.
1423
1424     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1425       more than one element: this is fixed.
1426
1427     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1428       has been corrected.
1429
1430     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1431       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1432       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1433
1434
1435 OTHER CHANGES
1436
1437     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1438       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1439       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1440
1441
1442
1443                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1444
1445
1446 NEW FEATURES
1447
1448     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1449       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1450
1451     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1452       list of trees.
1453
1454     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1455       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1456
1457     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1458       tree together with ancestral values, as returned by the above
1459       function.
1460
1461     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1462       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1463
1464     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1465
1466     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1467       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1468
1469     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1470
1471     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1472       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1473
1474     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1475       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1476       and summary (to extract the numbers) methods.
1477
1478     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1479       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1480
1481     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1482       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1483       respectively.
1484
1485     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1486
1487
1488 BUG FIXES
1489
1490     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1491       handled corretly, and node labels are now output normally.
1492
1493     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1494       in some cases.
1495
1496     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1497       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1498       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1499       warning message is now returned; this latter bug was also
1500       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1501
1502     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1503       is now returned.
1504
1505     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1506       was not always correctly dispatched.
1507
1508     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1509       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1510
1511
1512 OTHER CHANGES
1513
1514     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1515
1516     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1517
1518     o Various error and warning messages have been improved.
1519
1520
1521
1522                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1523 NEW FEATURES
1524
1525     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1526       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1527       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1528
1529     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1530       of directional evolution for continuous characters. The user
1531       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1532       changes.
1533
1534     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1535       "phylo") is rooted.
1536
1537     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1538       the possibility to specify the function that generates the
1539       inter-nodes distances.
1540
1541     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1542       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1543
1544     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1545       to three classes) on the nodes of a tree.
1546
1547     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1548       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1549       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1550       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1551       3) are now handled correctly.
1552
1553     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1554       for Penny and Henny's method (already available before and now
1555       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1556       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1557
1558     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1559       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1560       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1561       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1562
1563     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1564       DNA sequences by specifying model = "raw".
1565
1566     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1567       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1568       `full = FALSE'.
1569
1570
1571 BUG FIXES
1572
1573     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1574
1575     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1576       they are now considered as missing data.
1577
1578     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1579       fixed.
1580
1581     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1582       and the function has been improved and is now faster.
1583
1584     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1585       incorrect.
1586
1587     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1588       this is fixed.
1589
1590     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1591       rooted and unrooted trees.
1592
1593     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1594       fixed.
1595
1596     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1597
1598
1599
1600                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1601
1602
1603 NEW FEATURES
1604
1605     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1606       between two trees.
1607
1608     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1609       phylogeny estimation.
1610
1611     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1612       bipartitions from a series of trees.
1613
1614
1615 OTHER CHANGES
1616
1617     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1618       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1619       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1620
1621
1622 BUG FIXES
1623
1624     o Several bugs were fixed in read.dna().
1625
1626     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1627
1628     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1629       lengths: this is fixed.
1630
1631     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1632       tree: this is fixed.
1633
1634
1635
1636                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1637
1638
1639 NEW FEATURES
1640
1641     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1642       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1643       latter implements the representation of binary trees introduced by
1644       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1645       as.matching() has been introduced as well.
1646
1647     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1648       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1649
1650     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1651       from a sample a DNA sequences.
1652
1653     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1654       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1655       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1656       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1657       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1658       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1659       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1660       `GCcontent' has been removed.
1661
1662     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1663       whether to return the species names of the organisms in addition
1664       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1665       behaviour).
1666
1667     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1668
1669     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1670       new root edge if internal branches are trimmed.
1671
1672
1673 BUG FIXES
1674
1675     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1676       is fixed.
1677
1678     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1679       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1680       different representations (a report was printed previously).
1681
1682     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1683       this is fixed.
1684
1685
1686 OTHER CHANGES
1687
1688     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1689       which there is a print method.
1690
1691
1692
1693                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1694
1695
1696 NEW FEATURES
1697
1698     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1699       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1700       Evol., 4:406).
1701
1702     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1703       that belong to a group specified as a set of tips.
1704
1705     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1706       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1707       "phylo".
1708
1709     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1710       phylogeny plot.
1711
1712     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1713       in different cases and giving a number of tips.
1714
1715     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1716       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1717       line.
1718
1719     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1720       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1721       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1722       marked with the option `subtree' (see below).
1723
1724     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1725       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1726       deleted and where.
1727
1728     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1729       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1730       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1731
1732     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1733       edge lengths into account.
1734
1735     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1736       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1737       they are propagated to the vertical line that link them.
1738
1739
1740 BUG FIXES
1741
1742     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1743       crashing. This is fixed.
1744
1745     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1746       now properly recycled; their default values are now "black" and
1747       1, respectively.
1748
1749     o A bug has been fixed in write.nexus().
1750
1751
1752 OTHER CHANGES
1753
1754     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1755       replaced by a C code.
1756
1757
1758
1759                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1760
1761
1762 NEW FEATURES
1763
1764     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1765       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1766
1767     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1768       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1769       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1770       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1771       limit (as before).
1772
1773
1774
1775                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1776
1777
1778 NEW FEATURES
1779
1780     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1781       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1782       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1783       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1784       display graphically the AIC values of each model.
1785
1786     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1787       a model where the speciation rate is affected by several species
1788       traits through a generalized linear model. The parameters are
1789       estimated by maximum likelihood.
1790
1791     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1792       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1793       species given a phylogeny under different models of evolution.
1794       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1795       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1796       Initialize.corPhyl() function associated.
1797
1798     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1799       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1800
1801     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1802       a plot method.
1803
1804     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1805       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1806       correlograms.
1807
1808     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1809       of a subtree defined by a particular node.
1810
1811     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1812       given parent node.
1813
1814     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1815       a tree according to a specified method.
1816
1817     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1818       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1819       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1820       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1821       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1822
1823
1824 BUG FIXES
1825
1826     o Some functions which try to match tip labels and names of
1827       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1828       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1829       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1830       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1831       have been clarified on this point.
1832
1833
1834
1835                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1836
1837
1838 NEW FEATURES
1839
1840     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1841       to a specified outgroup.
1842
1843     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1844
1845     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1846       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1847       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1848       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1849       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1850       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1851       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1852
1853     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1854
1855
1856 BUG FIXES
1857
1858     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1859       lengths: this is fixed.
1860
1861     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1862       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1863
1864
1865
1866                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1867
1868
1869 NEW FEATURES
1870
1871     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1872       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1873       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1874
1875     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1876       has been included.
1877
1878
1879 BUG FIXES
1880
1881     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1882
1883
1884 OTHER CHANGES
1885
1886     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1887       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1888
1889
1890
1891                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1892
1893
1894 NEW FEATURES
1895
1896     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1897       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1898       speciation and extinction rates.
1899
1900
1901 OTHER CHANGES
1902
1903     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1904       since only the function compar.gee() calls gee.
1905
1906
1907
1908                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1909
1910
1911 NEW FEATURES
1912
1913     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1914       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1915       demographic history from genealogies using a reversible jump
1916       MCMC have been introduced.
1917
1918     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1919       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1920
1921
1922
1923                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1924
1925
1926 NEW FEATURES
1927
1928     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1929       without branch lengths.
1930
1931     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1932       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1933       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1934       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1935
1936
1937 BUG FIXES
1938
1939     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1940       this is fixed.
1941
1942     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1943       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1944
1945
1946 OTHER CHANGES
1947
1948     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1949       algorithm: it is now about four times faster.
1950
1951     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1952       twice faster.
1953
1954
1955
1956                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1957
1958
1959 NEW FEATURES
1960
1961     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1962       sample of DNA sequences.
1963
1964
1965 BUG FIXES
1966
1967     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1968       1.2-1 was fixed.
1969
1970     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1971       help pages.
1972
1973
1974
1975                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1976
1977
1978 NEW FEATURES
1979
1980     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1981       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1982
1983
1984 BUG FIXES
1985
1986     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1987       comment blocks were not read correctly.
1988
1989     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1990       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1991       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1992       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1993       a warning message is now issued.
1994
1995
1996
1997                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1998
1999
2000 NEW FEATURES
2001
2002     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2003       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2004       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2005       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2006       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2007       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2008       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2009       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2010       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2011       see the respective help pages for details.
2012
2013     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2014       focusing on a small portion of it.
2015
2016     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2017       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2018
2019     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2020       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2021       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2022       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2023       (see below); the default behaviour is no more to display the
2024       sequences on the standard output. Several options have been
2025       introduced to control the sequence printing in a flexible
2026       way. The help page has been extended.
2027
2028     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2029
2030
2031 BUG FIXES
2032
2033     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2034       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2035
2036     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2037
2038     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2039       function did not work with `format = "interleaved"'.
2040
2041     o Various errors were corrected in the help pages.
2042
2043
2044 OTHER CHANGES
2045
2046     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2047       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2048       the corresponding generic function.
2049
2050     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2051       since gamma() is a generic function.
2052
2053
2054
2055                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2056
2057
2058 BUG FIXES
2059
2060     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2061       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2062       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2063       vector of length 4 is always returned).
2064
2065     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2066       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2067       command in the NEXUS file, and that the commands were
2068       case-sensitive.
2069
2070
2071
2072                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2073
2074
2075 NEW FEATURES
2076
2077     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2078       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2079
2080     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2081       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2082       sylvaticus).
2083
2084
2085 BUG FIXES
2086
2087     o A bug in read.nexus() was fixed.
2088
2089     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2090       The function has been completely re-written and its help page
2091       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2092       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2093       spaces (this behaviour was undocumented).
2094
2095     o A bug was fixed in write.dna().
2096
2097
2098
2099                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2100
2101
2102 BUG FIXES
2103
2104     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2105
2106     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2107       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2108
2109
2110
2111                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2112
2113
2114 NEW FEATURES
2115
2116     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2117       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2118       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2119       the function klastorin()).
2120
2121     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2122       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2123       as.phylo for details).
2124
2125     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2126       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2127       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2128       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2129       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2130
2131     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2132       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2133
2134     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2135       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2136       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2137       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2138       (this behaviour was undocumented).
2139
2140     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2141       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2142       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2143
2144     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2145       the estimated parameters using profile likelihood.
2146
2147     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2148       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2149       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2150
2151
2152 BUG FIXES
2153
2154     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2155
2156     o A bug in plot.mst() was fixed.
2157
2158     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2159       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2160
2161
2162
2163                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2164
2165
2166 NEW FEATURES
2167
2168     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2169       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2170
2171     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2172       in a NEXUS file.
2173
2174     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2175       possibly handling root edges to give internal branches.
2176
2177     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2178       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2179
2180     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2181
2182     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2183       branches with different colours and/or different widths, showing the
2184       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2185       the labels, and controling the space around the plot.
2186
2187     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2188       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2189       objects of class "phylo" is now optional.
2190
2191     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2192       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2193       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2194       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2195
2196     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2197       to read the tree in a variable of mode character.
2198
2199     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2200       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2201
2202
2203
2204                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2205
2206
2207 BUG FIXES
2208
2209     o Several bugs were fixed in the help pages.
2210
2211
2212
2213                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2214
2215
2216 NEW FEATURES
2217
2218     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2219       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2220
2221     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2222       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2223       extinction rates.
2224
2225     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2226       tree.
2227
2228     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2229
2230     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2231       as well as some methods are introduced.
2232
2233     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2234       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2235       population size through time are introduced and replace the function
2236       skyline.plot() in version 0.1.
2237
2238     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2239       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2240       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2241       Democratic Republic of Congo.
2242
2243
2244 DEPRECATED & DEFUNCT
2245
2246     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2247       replaced by more elaborate functions (see above).
2248
2249
2250 BUG FIXES
2251
2252     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2253       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2254       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2255       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2256
2257     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2258       AICs and LRTs.
2259
2260     o Various errors were corrected in the help pages.