ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
   7       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
   8       matrices.
   9
  10     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
  11       Yule model by maximum likelihood.
  12
  13     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
  14       labels in a flexible way.
  15
  16
  17 BUG FIXES
  18
  19     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
  20
  21     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
  22
  23     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
  24
  25     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
  26       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
  27       lasting bug).
  28
  29
  30 OTHER CHANGES
  31
  32     o The data set xenarthra has been removed.
  33
  34
  35
  36                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
  37
  38 BUG FIXES
  39
  40     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
  41       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
  42
  43     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
  44
  45
  46 OTHER CHANGES
  47
  48     o There is now a general help page displayed with '?ape'
  49
  50
  51
  52                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
  53
  54
  55 NEW FEATURES
  56
  57     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
  58       specifying a node number or label.
  59
  60     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
  61       operations of the same names.
  62
  63     o dist.dna() can now return the number of site differences by
  64       specifying model="N".
  65
  66
  67 BUG FIXES
  68
  69     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
  70
  71     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
  72       multiple lines with different numbers of lines and/or with
  73       comments inserted within the trees).
  74
  75     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
  76       the number of lineages with non-binary trees.
  77
  78
  79 OTHER CHANGES
  80
  81     o ape has now a namespace.
  82
  83     o drip.tip() has been improved: it should be much faster and work
  84       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
  85
  86
  87
  88                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
  89
  90
  91 NEW FEATURES
  92
  93     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
  94       'pairwise.deletion'.
  95
  96     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
  97       more flexible.
  98
  99
 100 BUG FIXES
 101
 102     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 103      'check.labels = TRUE'.
 104
 105    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 106      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 107      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 108
 109    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 110      breaks in the Newick string.
 111
 112    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 113      gaps.
 114
 115
 116 OTHER CHANGES
 117
 118     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 119       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 120
 121     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 122       which is returned unchanged (instead of an error).
 123
 124     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 125       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 126       read.tree().
 127
 128
 129
 130                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 131
 132
 133 NEW FEATURES
 134
 135     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 136       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 137       truncate and/or make them unique, substituting some
 138       characters, and so on.
 139
 140     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 141       set of DNA sequences.
 142
 143     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 144
 145
 146 BUG FIXES
 147
 148     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 149       already the specified root.
 150
 151     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 152
 153     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 154       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 155
 156     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 157       trees.
 158
 159     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 160       translation of tip labels.
 161
 162     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 163       a single tree with no edge lengths.
 164
 165     o A bug was fixed in sh.test().
 166
 167
 168 OTHER CHANGES
 169
 170     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 171       Minin.
 172
 173     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 174       TRUE by default.
 175
 176     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 177       the Phylip formats.
 178
 179
 180
 181                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 182
 183
 184 NEW FEATURES
 185
 186     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 187       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 188       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 189       (without plotting).
 190
 191     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 192       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 193
 194     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 195       help page for details.
 196
 197     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 198       bootstraped trees (the default is FALSE).
 199
 200     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 201       situations.
 202
 203
 204 BUG FIXES
 205
 206     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 207       first sequence.
 208
 209     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 210       circular tree (type = "r" or "f").
 211
 212     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 213       trees.
 214
 215     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 216       (thanks to Yan Wong for the fix).
 217
 218     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 219
 220     o seg.sites() failed with a list.
 221
 222     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 223       as well and is faster.
 224
 225
 226
 227                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 228
 229
 230 BUG FIXES
 231
 232     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 233
 234     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 235       states by generalized least squares in ace().
 236
 237     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 238
 239     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 240       "cladewise".
 241
 242
 243
 244                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 245
 246
 247 NEW FEATURES
 248
 249     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 250       and [[.
 251
 252     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 253       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 254
 255     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 256       than in plot.default().
 257
 258
 259 BUG FIXES
 260
 261     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 262       list of trees.
 263
 264     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 265       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 266       worked already for thermometers).
 267
 268     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 269
 270
 271 OTHER CHANGES
 272
 273     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 274       as well as a character string.
 275
 276     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 277       'tree.names = NULL'.
 278
 279     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 280       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 281       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 282       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 283       correctly when extracting trees.
 284
 285
 286
 287                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 288
 289
 290 NEW FEATURES
 291
 292     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 293
 294     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 295       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 296
 297
 298 BUG FIXES
 299
 300     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 301       pairwise.deletion = FALSE.
 302
 303
 304 OTHER CHANGES
 305
 306     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 307       have been improved so that they are stabler and faster.
 308
 309     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 310       are loaded only when needed.
 311
 312
 313
 314                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 315
 316
 317 NEW FEATURES
 318
 319     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 320       tree using the mouse.
 321
 322     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 323       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 324
 325     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 326       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 327       an object of class "DNAbin".
 328
 329     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 330       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 331
 332     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 333       as its main argument.
 334
 335     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 336       improved, and gain several options (see the help page for
 337       details). A legend is now plotted by default.
 338
 339
 340 BUG FIXES
 341
 342     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 343       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 344       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 345       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 346
 347     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 348       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 349       single line).
 350
 351     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 352       edges (see OTHER CHANGES).
 353
 354
 355 OTHER CHANGES
 356
 357     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 358       should be much stabler. The options have been also greatly
 359       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 360
 361     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 362
 363     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 364       been cleaned-up.
 365
 366     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 367       improved.
 368
 369     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 370       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 371       correction applied in previous version did not work in all
 372       situations.
 373
 374     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 375       "multiPhylo".
 376
 377
 378 DOCUMENTATION
 379
 380     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 381
 382
 383 DEPRECATED & DEFUNCT
 384
 385     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 386       lengths.
 387
 388     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 389
 390
 391
 392                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 393
 394
 395 NEW FEATURES
 396
 397     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 398       matrix.
 399
 400     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 401       a list.
 402
 403     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 404       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 405
 406
 407 BUG FIXES
 408
 409     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 410       looked for.
 411
 412     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 413       incorrect.
 414
 415     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 416       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 417
 418     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 419       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 420       GTR in mlphylo().
 421
 422     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 423       Bullard).
 424
 425     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 426       limited number of labelled topologies could be generated.
 427
 428
 429
 430                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 431
 432
 433 NEW FEATURES
 434
 435     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 436       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 437       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 438       previous programs done by Vincent Lefort.
 439
 440     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 441       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 442       Evol. 24: 58).
 443
 444     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 445       two clades connected to the same node. It works also with
 446       multichotomous nodes.
 447
 448     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 449       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 450       keeping the names and the class.
 451
 452
 453 BUG FIXES
 454
 455     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 456       an error message is now returned.
 457
 458     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 459       to remove.
 460
 461
 462
 463                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 464
 465
 466 NEW FEATURES
 467
 468     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 469       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 470
 471     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 472       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 473       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 474       should be much faster.
 475
 476
 477 BUG FIXES
 478
 479     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 480       from ape 1.10: this is fixed in this version
 481
 482     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 483       object is now returned unchanged.
 484
 485
 486
 487                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 488
 489
 490 NEW FEATURES
 491
 492     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 493       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 494
 495
 496 BUG FIXES
 497
 498     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 499       object when reading multiple trees.
 500
 501     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 502       "phylo").
 503
 504     o unroot() did not work correctly in most cases.
 505
 506     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 507
 508     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 509
 510     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 511       correctly positioned if the option `cex' was used.
 512
 513
 514
 515                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 516
 517
 518 NEW FEATURES
 519
 520     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 521       DNA sequences in binary format (see below).
 522
 523     o Three new functions have been introduced to convert between the
 524       new binary and the character formats.
 525
 526     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 527       single characters into the class "alignment" used by the package
 528       seqinr.
 529
 530     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 531       controlling whether the sequences are returned in binary format
 532       or as character.
 533
 534
 535 BUG FIXES
 536
 537     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 538
 539     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 540       the default setting: this is fixed.
 541
 542     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 543       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 544
 545
 546 OTHER CHANGES
 547
 548     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 549       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 550       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 551       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 552       ca. 60 times faster).
 553
 554
 555
 556                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 557
 558
 559 BUG FIXES
 560
 561     o A bug was fixed in edgelabels().
 562
 563     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 564       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 565       now its tip labels set to "1", "2", ...
 566
 567     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 568       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 569
 570     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 571       initial tree were greater than one: an error message is now
 572       issued.
 573
 574     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 575       invariants: this is fixed.
 576
 577
 578
 579                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 580
 581
 582 NEW FEATURES
 583
 584     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 585       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 586
 587
 588 BUG FIXES
 589
 590     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 591       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 592
 593     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 594
 595     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 596       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 597       prop.clades, and boot.phylo.
 598
 599     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 600       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 601
 602
 603
 604                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 605
 606
 607 NEW FEATURES
 608
 609     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 610       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 611
 612     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 613       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 614       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 615
 616
 617 BUG FIXES
 618
 619     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 620
 621     o Some bugs were fixed in chronopl().
 622
 623     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 624       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 625
 626     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 627       fixed.
 628
 629
 630 OTHER CHANGES
 631
 632     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 633       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 634       format are still returned in a list.
 635
 636     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 637       it could not be used from the generic.
 638
 639
 640 DEPRECATED & DEFUNCT
 641
 642     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 643       since ape 1.9.
 644
 645
 646
 647                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 648
 649
 650 BUG FIXES
 651
 652     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 653       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 654
 655     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 656       unrooted tree in most cases.
 657
 658     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 659       particularly of the BX-series.
 660
 661     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 662       fixed
 663
 664
 665
 666                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 667
 668
 669 NEW FEATURES
 670
 671     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 672       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 673       displayed in a compact and informative way.
 674
 675     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 676       for converting between the old and new coding of the class
 677       "phylo".
 678
 679     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 680       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 681
 682     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 683       available to compute branch lengths.
 684
 685     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 686
 687
 688 BUG FIXES
 689
 690     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 691       multichotomous trees: this is fixed.
 692
 693     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 694       returned unchanged.
 695
 696     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 697       models: this is fixed.
 698
 699     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 700       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 701       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 702       accepts trees with no branch lengths.
 703
 704     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 705       user distribution was specified. This has been corrected, and
 706       the help page of this function has been expanded.
 707
 708
 709 OTHER CHANGES
 710
 711     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 712       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 713       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 714       functions has been improved.
 715
 716     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 717       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 718
 719     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 720
 721     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 722       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 723
 724     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 725       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 726       labels.
 727
 728     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 729
 730     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 731       been removed.
 732
 733     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 734
 735     o The use of node.depth() has been simplified.
 736
 737
 738
 739                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 740
 741
 742 NEW FEATURES
 743
 744     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 745       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 746       sequences in NEXUS files.
 747
 748     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 749       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 750       reorder(tr).
 751
 752     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 753       edge.
 754
 755     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 756       in NEXUS format.
 757
 758
 759 BUG FIXES
 760
 761     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 762       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 763
 764     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 765       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 766       Newick format (parentheses, etc.)
 767
 768     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 769       now fixed.
 770
 771
 772
 773                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 774
 775
 776 NEW FEATURES
 777
 778     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 779       Hasegawa test.
 780
 781     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 782       single descendant from a tree.
 783
 784     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 785       colours of the tips.
 786
 787     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 788       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 789
 790
 791 BUG FIXES
 792
 793     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 794       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 795
 796     o ace() returned a list with no class so that the generic
 797       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 798       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 799
 800     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 801       of freedom: this is fixed.
 802
 803     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 804       a data frame: this is fixed.
 805
 806     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 807       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 808
 809
 810 OTHER CHANGES
 811
 812     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 813       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 814       respectively.
 815
 816
 817
 818                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 819
 820
 821 NEW FEATURES
 822
 823     o There are four new `method' functions to be used with the
 824       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 825
 826     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 827       change the title, and `col' to control the colour of the
 828       segments showing the AIC values.
 829
 830     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 831       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 832       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 833       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 834
 835     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 836       represent proportions, with any number of categories, as
 837       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 838       there is now no limitation on the number of categories.
 839
 840
 841 BUG FIXES
 842
 843     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 844       fixed.
 845
 846     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 847       in the tree: this is fixed.
 848
 849     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 850       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 851
 852     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 853       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 854
 855     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 856       is fixed and a message error is now returned.
 857
 858     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 859       the calculation of P-values.
 860
 861     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 862       and in the variables were different: this is fixed.
 863
 864
 865
 866                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 867
 868
 869 NEW FEATURES
 870
 871     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 872       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 873       is used to define the substitution model which may include
 874       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 875       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 876       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 877       functionality is limited to estimating the substitution and
 878       associated parameters and computing the likelihood.
 879
 880     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 881       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 882       warning message is printed if there is not enough degrees of
 883       freedom.
 884
 885
 886 BUG FIXES
 887
 888     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 889       though with no consequence.
 890
 891
 892
 893                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 894
 895
 896 NEW FEATURES
 897
 898     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 899       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 900       documented on the same help page.
 901
 902
 903 BUG FIXES
 904
 905     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 906       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 907       boot.phylo, or consensus.
 908
 909     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 910       more than one element: this is fixed.
 911
 912     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 913       has been corrected.
 914
 915     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 916       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 917       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 918
 919
 920 OTHER CHANGES
 921
 922     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 923       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 924       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 925
 926
 927
 928                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 929
 930
 931 NEW FEATURES
 932
 933     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 934       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 935
 936     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 937       list of trees.
 938
 939     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 940       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 941
 942     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 943       tree together with ancestral values, as returned by the above
 944       function.
 945
 946     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 947       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 948
 949     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 950
 951     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 952       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 953
 954     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 955
 956     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 957       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 958
 959     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 960       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 961       and summary (to extract the numbers) methods.
 962
 963     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 964       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 965
 966     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 967       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 968       respectively.
 969
 970     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 971
 972
 973 BUG FIXES
 974
 975     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 976       handled corretly, and node labels are now output normally.
 977
 978     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 979       in some cases.
 980
 981     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 982       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 983       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 984       warning message is now returned; this latter bug was also
 985       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 986
 987     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 988       is now returned.
 989
 990     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 991       was not always correctly dispatched.
 992
 993     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 994       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 995
 996
 997 OTHER CHANGES
 998
 999     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1000
1001     o Various error and warning messages have been improved.
1002
1003
1004
1005                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1006 NEW FEATURES
1007
1008     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1009       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1010       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1011
1012     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1013       of directional evolution for continuous characters. The user
1014       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1015       changes.
1016
1017     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1018       "phylo") is rooted.
1019
1020     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1021       the possibility to specify the function that generates the
1022       inter-nodes distances.
1023
1024     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1025       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1026
1027     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1028       to three classes) on the nodes of a tree.
1029
1030     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1031       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1032       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1033       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1034       3) are now handled correctly.
1035
1036     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1037       for Penny and Henny's method (already available before and now
1038       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1039       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1040
1041     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1042       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1043       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1044       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1045
1046     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1047       DNA sequences by specifying model = "raw".
1048
1049     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1050       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1051       `full = FALSE'.
1052
1053
1054 BUG FIXES
1055
1056     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1057
1058     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1059       they are now considered as missing data.
1060
1061     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1062       fixed.
1063
1064     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1065       and the function has been improved and is now faster.
1066
1067     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1068       incorrect.
1069
1070     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1071       this is fixed.
1072
1073     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1074       rooted and unrooted trees.
1075
1076     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1077       fixed.
1078
1079     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1080
1081
1082
1083                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1084
1085
1086 NEW FEATURES
1087
1088     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1089       between two trees.
1090
1091     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1092       phylogeny estimation.
1093
1094     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1095       bipartitions from a series of trees.
1096
1097
1098 OTHER CHANGES
1099
1100     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1101       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1102       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1103
1104
1105 BUG FIXES
1106
1107     o Several bugs were fixed in read.dna().
1108
1109     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1110
1111     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1112       lengths: this is fixed.
1113
1114     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1115       tree: this is fixed.
1116
1117
1118
1119                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1120
1121
1122 NEW FEATURES
1123
1124     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1125       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1126       latter implements the representation of binary trees introduced by
1127       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1128       as.matching() has been introduced as well.
1129
1130     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1131       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1132
1133     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1134       from a sample a DNA sequences.
1135
1136     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1137       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1138       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1139       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1140       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1141       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1142       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1143       `GCcontent' has been removed.
1144
1145     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1146       whether to return the species names of the organisms in addition
1147       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1148       behaviour).
1149
1150     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1151
1152     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1153       new root edge if internal branches are trimmed.
1154
1155
1156 BUG FIXES
1157
1158     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1159       is fixed.
1160
1161     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1162       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1163       different representations (a report was printed previously).
1164
1165     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1166       this is fixed.
1167
1168
1169 OTHER CHANGES
1170
1171     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1172       which there is a print method.
1173
1174
1175
1176                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1177
1178
1179 NEW FEATURES
1180
1181     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1182       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1183       Evol., 4:406).
1184
1185     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1186       that belong to a group specified as a set of tips.
1187
1188     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1189       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1190       "phylo".
1191
1192     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1193       phylogeny plot.
1194
1195     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1196       in different cases and giving a number of tips.
1197
1198     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1199       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1200       line.
1201
1202     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1203       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1204       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1205       marked with the option `subtree' (see below).
1206
1207     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1208       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1209       deleted and where.
1210
1211     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1212       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1213       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1214
1215     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1216       edge lengths into account.
1217
1218     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1219       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1220       they are propagated to the vertical line that link them.
1221
1222
1223 BUG FIXES
1224
1225     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1226       crashing. This is fixed.
1227
1228     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1229       now properly recycled; their default values are now "black" and
1230       1, respectively.
1231
1232     o A bug has been fixed in write.nexus().
1233
1234
1235 OTHER CHANGES
1236
1237     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1238       replaced by a C code.
1239
1240
1241
1242                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1243
1244
1245 NEW FEATURES
1246
1247     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1248       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1249
1250     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1251       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1252       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1253       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1254       limit (as before).
1255
1256
1257
1258                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1259
1260
1261 NEW FEATURES
1262
1263     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1264       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1265       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1266       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1267       display graphically the AIC values of each model.
1268
1269     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1270       a model where the speciation rate is affected by several species
1271       traits through a generalized linear model. The parameters are
1272       estimated by maximum likelihood.
1273
1274     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1275       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1276       species given a phylogeny under different models of evolution.
1277       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1278       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1279       Initialize.corPhyl() function associated.
1280
1281     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1282       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1283
1284     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1285       a plot method.
1286
1287     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1288       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1289       correlograms.
1290
1291     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1292       of a subtree defined by a particular node.
1293
1294     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1295       given parent node.
1296
1297     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1298       a tree according to a specified method.
1299
1300     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1301       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1302       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1303       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1304       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1305
1306
1307 BUG FIXES
1308
1309     o Some functions which try to match tip labels and names of
1310       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1311       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1312       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1313       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1314       have been clarified on this point.
1315
1316
1317
1318                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1319
1320
1321 NEW FEATURES
1322
1323     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1324       to a specified outgroup.
1325
1326     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1327
1328     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1329       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1330       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1331       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1332       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1333       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1334       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1335
1336     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1337
1338
1339 BUG FIXES
1340
1341     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1342       lengths: this is fixed.
1343
1344     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1345       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1346
1347
1348
1349                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1350
1351
1352 NEW FEATURES
1353
1354     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1355       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1356       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1357
1358     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1359       has been included.
1360
1361
1362 BUG FIXES
1363
1364     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1365
1366
1367 OTHER CHANGES
1368
1369     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1370       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1371
1372
1373
1374                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1375
1376
1377 NEW FEATURES
1378
1379     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1380       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1381       speciation and extinction rates.
1382
1383
1384 OTHER CHANGES
1385
1386     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1387       since only the function compar.gee() calls gee.
1388
1389
1390
1391                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1392
1393
1394 NEW FEATURES
1395
1396     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1397       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1398       demographic history from genealogies using a reversible jump
1399       MCMC have been introduced.
1400
1401     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1402       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1403
1404
1405
1406                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1407
1408
1409 NEW FEATURES
1410
1411     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1412       without branch lengths.
1413
1414     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1415       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1416       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1417       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1418
1419
1420 BUG FIXES
1421
1422     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1423       this is fixed.
1424
1425     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1426       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1427
1428
1429 OTHER CHANGES
1430
1431     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1432       algorithm: it is now about four times faster.
1433
1434     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1435       twice faster.
1436
1437
1438
1439                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1440
1441
1442 NEW FEATURES
1443
1444     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1445       sample of DNA sequences.
1446
1447
1448 BUG FIXES
1449
1450     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1451       1.2-1 was fixed.
1452
1453     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1454       help pages.
1455
1456
1457
1458                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1459
1460
1461 NEW FEATURES
1462
1463     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1464       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1465
1466
1467 BUG FIXES
1468
1469     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1470       comment blocks were not read correctly.
1471
1472     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1473       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1474       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1475       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1476       a warning message is now issued.
1477
1478
1479
1480                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1481
1482
1483 NEW FEATURES
1484
1485     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1486       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1487       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1488       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1489       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1490       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1491       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1492       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1493       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1494       see the respective help pages for details.
1495
1496     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1497       focusing on a small portion of it.
1498
1499     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1500       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1501
1502     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1503       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1504       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1505       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1506       (see below); the default behaviour is no more to display the
1507       sequences on the standard output. Several options have been
1508       introduced to control the sequence printing in a flexible
1509       way. The help page has been extended.
1510
1511     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1512
1513
1514 BUG FIXES
1515
1516     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1517       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1518
1519     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1520
1521     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1522       function did not work with `format = "interleaved"'.
1523
1524     o Various errors were corrected in the help pages.
1525
1526
1527 OTHER CHANGES
1528
1529     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1530       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1531       the corresponding generic function.
1532
1533     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1534       since gamma() is a generic function.
1535
1536
1537
1538                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1539
1540
1541 BUG FIXES
1542
1543     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1544       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1545       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1546       vector of length 4 is always returned).
1547
1548     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1549       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1550       command in the NEXUS file, and that the commands were
1551       case-sensitive.
1552
1553
1554
1555                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1556
1557
1558 NEW FEATURES
1559
1560     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1561       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1562
1563     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1564       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1565       sylvaticus).
1566
1567
1568 BUG FIXES
1569
1570     o A bug in read.nexus() was fixed.
1571
1572     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1573       The function has been completely re-written and its help page
1574       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1575       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1576       spaces (this behaviour was undocumented).
1577
1578     o A bug was fixed in write.dna().
1579
1580
1581
1582                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1583
1584
1585 BUG FIXES
1586
1587     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1588
1589     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1590       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1591
1592
1593
1594                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1595
1596
1597 NEW FEATURES
1598
1599     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1600       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1601       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1602       the function klastorin()).
1603
1604     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1605       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1606       as.phylo for details).
1607
1608     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1609       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1610       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1611       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1612       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1613
1614     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1615       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1616
1617     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1618       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1619       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1620       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1621       (this behaviour was undocumented).
1622
1623     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1624       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1625       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1626
1627     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1628       the estimated parameters using profile likelihood.
1629
1630     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1631       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1632       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1633
1634
1635 BUG FIXES
1636
1637     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1638
1639     o A bug in plot.mst() was fixed.
1640
1641     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1642       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1643
1644
1645
1646                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1647
1648
1649 NEW FEATURES
1650
1651     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1652       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1653
1654     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1655       in a NEXUS file.
1656
1657     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1658       possibly handling root edges to give internal branches.
1659
1660     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1661       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1662
1663     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1664
1665     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1666       branches with different colours and/or different widths, showing the
1667       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1668       the labels, and controling the space around the plot.
1669
1670     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1671       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1672       objects of class "phylo" is now optional.
1673
1674     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1675       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1676       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1677       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1678
1679     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1680       to read the tree in a variable of mode character.
1681
1682     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1683       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1684
1685
1686
1687                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1688
1689
1690 BUG FIXES
1691
1692     o Several bugs were fixed in the help pages.
1693
1694
1695
1696                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1697
1698
1699 NEW FEATURES
1700
1701     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1702       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1703
1704     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1705       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1706       extinction rates.
1707
1708     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1709       tree.
1710
1711     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1712
1713     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1714       as well as some methods are introduced.
1715
1716     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1717       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1718       population size through time are introduced and replace the function
1719       skyline.plot() in version 0.1.
1720
1721     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1722       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1723       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1724       Democratic Republic of Congo.
1725
1726
1727 DEPRECATED & DEFUNCT
1728
1729     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1730       replaced by more elaborate functions (see above).
1731
1732
1733 BUG FIXES
1734
1735     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1736       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1737       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1738       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1739
1740     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1741       AICs and LRTs.
1742
1743     o Various errors were corrected in the help pages.