ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-4
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
   7       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
   8
   9     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a list
  10       of trees with names.
  11
  12
  13 BUG FIXES
  14
  15     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  16
  17     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  18       present
  19
  20
  21 OTHER CHANGES
  22
  23     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
  24
  25     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
  26
  27     o The matching representation has now only two columns as the third
  28       column was repetitive.
  29
  30
  31
  32                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
  33
  34
  35 NEW FEATURES
  36
  37     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
  38       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
  39
  40
  41 BUG FIXES
  42
  43     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
  44
  45     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  46       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
  47
  48     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
  49       length.
  50
  51     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
  52       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
  53
  54     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
  55       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
  56       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
  57
  58
  59 OTHER CHANGES
  60
  61     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
  62
  63     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
  64       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
  65       man page of as.matching().
  66
  67
  68
  69                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
  70
  71
  72 NEW FEATURES
  73
  74     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
  75       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
  76       second function requires Phylip to be installed on the computer.
  77
  78     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
  79       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
  80
  81
  82 BUG FIXES
  83
  84     o write.tree() failed to output correctly tree names.
  85
  86     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
  87       multichotomous trees.
  88
  89     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
  90       turned off.
  91
  92     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
  93
  94     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
  95
  96     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
  97       = FALSE.
  98
  99     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 100       cutree() or rect.hclust().
 101
 102     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 103       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 104
 105     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 106       Jeremy Beaulieu.
 107
 108
 109
 110                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 111
 112
 113 NEW FEATURES
 114
 115     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 116       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 117       and shallowest divergence tree.
 118
 119
 120 BUG FIXES
 121
 122     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 123
 124     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 125
 126     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 127       Filipe Vieira for the fix).
 128
 129
 130
 131                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 132
 133
 134 NEW FEATURES
 135
 136     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 137       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 138       use continuous time algorithms.
 139
 140     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 141       phylogeny.
 142
 143     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 144       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 145       extinction into account.
 146
 147     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 148       discrete characters.
 149
 150     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 151       frequencies from a pair of sequences.
 152
 153     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 154
 155     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 156       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 157
 158     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 159       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 160       and height = NULL.
 161
 162     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 163       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 164       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 165       results has also been improved.
 166
 167     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 168       the gene (FALSE by default).
 169
 170
 171 BUG FIXES
 172
 173     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 174
 175     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 176       Schliep for the fix)
 177
 178     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 179       documentation has been clarified on the formulae used.
 180
 181
 182 OTHER CHANGES
 183
 184     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 185       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 186
 187     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 188       available) as names.
 189
 190     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 191       to contributions by Klaus Schliep.
 192
 193
 194
 195                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 196
 197
 198 NEW FEATURES
 199
 200     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 201       text to be plotted in different fonts.
 202
 203     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 204       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 205       check that the tip labels are the same in all trees.
 206
 207     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 208       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 209
 210     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 211       now documented.
 212
 213
 214 BUG FIXES
 215
 216     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 217       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 218
 219     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 220       simulating a Brownian motion model.
 221
 222
 223
 224                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 225
 226
 227 NEW FEATURES
 228
 229     o There is now a print method for results from ace().
 230
 231     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 232
 233     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 234       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 235
 236
 237 BUG FIXES
 238
 239     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 240
 241     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 242
 243     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 244       failed).
 245
 246
 247 DEPRECATED & DEFUNCT
 248
 249     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 250
 251     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 252
 253
 254 OTHER CHANGES
 255
 256     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 257
 258     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 259       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 260
 261     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 262       removed.
 263
 264
 265
 266                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 267
 268
 269 NEW FEATURES
 270
 271     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 272
 273     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 274       details).
 275
 276     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 277       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 278
 279     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 280       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 281
 282
 283 BUG FIXES
 284
 285     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 286       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 287
 288     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 289       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 290       The same bug occurred with the 'pie' option.
 291
 292     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 293
 294     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 295       more efficient.
 296
 297     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 298       vertical lines representing the nodes.
 299
 300     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 301       in the correct direction though the tip labels were displayed
 302       correctly.
 303
 304
 305 OTHER CHANGES
 306
 307     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 308       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 309       for the two other functions).
 310
 311
 312
 313                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 314
 315
 316 NEW FEATURES
 317
 318     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 319       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 320       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 321       The latter has a biplot method.
 322
 323     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 324       regression through the origin with testing by permutation.
 325
 326     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 327       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 328
 329     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 330       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 331
 332     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 333       and/or tips on a plotted tree.
 334
 335     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 336       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 337
 338     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 339
 340     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 341
 342     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 343       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 344       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 345       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 346
 347
 348 BUG FIXES
 349
 350     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 351       default options with unrooted or radial trees.
 352
 353     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 354       to Otto Cordero for the fix).
 355
 356
 357 OTHER CHANGES
 358
 359     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 360       in dist.topo().
 361
 362
 363
 364                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 365
 366
 367 NEW FEATURES
 368
 369     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 370       argument.
 371
 372     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 373       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 374       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 375       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 376
 377
 378 BUG FIXES
 379
 380     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 381
 382     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 383       lengths and there is a TRANSLATE block.
 384
 385     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 386       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 387       clarification on this behaviour.
 388
 389     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 390       compressed tip labels.
 391
 392     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 393
 394     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 395       when the tree has branch lengths.
 396
 397     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 398       negative (which resulted in an error).
 399
 400     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 401       returned.
 402
 403
 404
 405                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 406
 407
 408 NEW FEATURES
 409
 410     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 411       default is still to return the proportions.
 412
 413
 414 BUG FIXES
 415
 416     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 417       are now ignored.
 418
 419     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 420       the tree: the argument is now ignored.
 421
 422     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 423       Young for the fix).
 424
 425
 426 OTHER CHANGES
 427
 428     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 429       warning (it returned an error previously).
 430
 431     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 432       been modified (as well as their widths and types) following some
 433       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 434
 435     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 436       using 'pie' or 'thermo'.
 437
 438     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 439       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 440       done now).
 441
 442     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 443       help("ape-defunct") with the quotes.
 444
 445
 446 DEPRECATED & DEFUNCT
 447
 448     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 449       theta.s have been moved from ape to pegas.
 450
 451     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 452
 453
 454
 455                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 456
 457
 458 BUG FIXES
 459
 460     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 461
 462     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 463
 464     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 465       attribute.
 466
 467     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 468
 469     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 470       Phelan for the fix).
 471
 472     o seg.sites() failed when passing a vector.
 473
 474     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 475
 476     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 477
 478
 479
 480                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 481
 482
 483 BUG FIXES
 484
 485     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 486
 487     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 488       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 489
 490     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 491       outgroup correctly.
 492
 493     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 494
 495     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 496       "pruningwise" order.
 497
 498     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 499       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 500       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 501
 502
 503
 504                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 505
 506
 507 NEW FEATURES
 508
 509     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 510
 511     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 512
 513     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 514       corrected with respect to this change.
 515
 516     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 517       to be treated as (un)rooted.
 518
 519
 520 BUG FIXES
 521
 522     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 523       pairwise.deletion = FALSE.
 524
 525     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 526
 527     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 528
 529     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 530
 531     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 532
 533     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 534       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 535       times faster.
 536
 537     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 538
 539     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 540
 541
 542 OTHER CHANGES
 543
 544     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 545
 546     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 547       by inherits(phy, "phylo").
 548
 549     o rcoal() is now faster.
 550
 551
 552 DEPRECATED & DEFUNCT
 553
 554     o klastorin() has been removed.
 555
 556
 557
 558                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 559
 560
 561 NEW FEATURES
 562
 563     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 564       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 565       matrices.
 566
 567     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 568       Yule model by maximum likelihood.
 569
 570     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 571       labels in a flexible way.
 572
 573     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 574       handle individual tree names.
 575
 576     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 577       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 578
 579     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 580
 581
 582 BUG FIXES
 583
 584     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 585
 586     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 587
 588     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 589
 590     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 591       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 592       lasting bug).
 593
 594
 595 OTHER CHANGES
 596
 597     o The data set xenarthra has been removed.
 598
 599
 600
 601                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 602
 603 BUG FIXES
 604
 605     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 606       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 607
 608     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 609
 610
 611 OTHER CHANGES
 612
 613     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 614
 615
 616
 617                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 618
 619
 620 NEW FEATURES
 621
 622     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 623       specifying a node number or label.
 624
 625     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 626       operations of the same names.
 627
 628     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 629       specifying model="N".
 630
 631
 632 BUG FIXES
 633
 634     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 635
 636     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 637       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 638       comments inserted within the trees).
 639
 640     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 641       the number of lineages with non-binary trees.
 642
 643
 644 OTHER CHANGES
 645
 646     o ape has now a namespace.
 647
 648     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 649       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 650
 651
 652
 653                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 654
 655
 656 NEW FEATURES
 657
 658     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 659       'pairwise.deletion'.
 660
 661     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 662       more flexible.
 663
 664
 665 BUG FIXES
 666
 667     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 668      'check.labels = TRUE'.
 669
 670    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 671      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 672      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 673
 674    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 675      breaks in the Newick string.
 676
 677    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 678      gaps.
 679
 680
 681 OTHER CHANGES
 682
 683     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 684       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 685
 686     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 687       which is returned unchanged (instead of an error).
 688
 689     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 690       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 691       read.tree().
 692
 693
 694
 695                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 696
 697
 698 NEW FEATURES
 699
 700     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 701       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 702       truncate and/or make them unique, substituting some
 703       characters, and so on.
 704
 705     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 706       set of DNA sequences.
 707
 708     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 709
 710
 711 BUG FIXES
 712
 713     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 714       already the specified root.
 715
 716     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 717
 718     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 719       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 720
 721     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 722       trees.
 723
 724     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 725       translation of tip labels.
 726
 727     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 728       a single tree with no edge lengths.
 729
 730     o A bug was fixed in sh.test().
 731
 732
 733 OTHER CHANGES
 734
 735     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 736       Minin.
 737
 738     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 739       TRUE by default.
 740
 741     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 742       the Phylip formats.
 743
 744
 745
 746                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 747
 748
 749 NEW FEATURES
 750
 751     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 752       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 753       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 754       (without plotting).
 755
 756     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 757       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 758
 759     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 760       help page for details.
 761
 762     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 763       bootstraped trees (the default is FALSE).
 764
 765     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 766       situations.
 767
 768
 769 BUG FIXES
 770
 771     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 772       first sequence.
 773
 774     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 775       circular tree (type = "r" or "f").
 776
 777     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 778       trees.
 779
 780     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 781       (thanks to Yan Wong for the fix).
 782
 783     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 784
 785     o seg.sites() failed with a list.
 786
 787     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 788       as well and is faster.
 789
 790
 791
 792                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 793
 794
 795 BUG FIXES
 796
 797     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 798
 799     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 800       states by generalized least squares in ace().
 801
 802     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 803
 804     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 805       "cladewise".
 806
 807
 808
 809                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 810
 811
 812 NEW FEATURES
 813
 814     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 815       and [[.
 816
 817     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 818       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 819
 820     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 821       than in plot.default().
 822
 823
 824 BUG FIXES
 825
 826     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 827       list of trees.
 828
 829     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 830       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 831       worked already for thermometers).
 832
 833     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 834
 835
 836 OTHER CHANGES
 837
 838     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 839       as well as a character string.
 840
 841     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 842       'tree.names = NULL'.
 843
 844     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 845       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 846       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 847       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 848       correctly when extracting trees.
 849
 850
 851
 852                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 853
 854
 855 NEW FEATURES
 856
 857     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 858
 859     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 860       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 861
 862
 863 BUG FIXES
 864
 865     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 866       pairwise.deletion = FALSE.
 867
 868
 869 OTHER CHANGES
 870
 871     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 872       have been improved so that they are stabler and faster.
 873
 874     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 875       are loaded only when needed.
 876
 877
 878
 879                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 880
 881
 882 NEW FEATURES
 883
 884     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 885       tree using the mouse.
 886
 887     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 888       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 889
 890     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 891       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 892       an object of class "DNAbin".
 893
 894     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 895       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 896
 897     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 898       as its main argument.
 899
 900     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 901       improved, and gain several options (see the help page for
 902       details). A legend is now plotted by default.
 903
 904
 905 BUG FIXES
 906
 907     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 908       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 909       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 910       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 911
 912     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 913       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 914       single line).
 915
 916     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 917       edges (see OTHER CHANGES).
 918
 919
 920 OTHER CHANGES
 921
 922     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 923       should be much stabler. The options have been also greatly
 924       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 925
 926     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 927
 928     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 929       been cleaned-up.
 930
 931     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 932       improved.
 933
 934     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 935       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 936       correction applied in previous version did not work in all
 937       situations.
 938
 939     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 940       "multiPhylo".
 941
 942
 943 DOCUMENTATION
 944
 945     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 946
 947
 948 DEPRECATED & DEFUNCT
 949
 950     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 951       lengths.
 952
 953     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 954
 955
 956
 957                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 958
 959
 960 NEW FEATURES
 961
 962     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 963       matrix.
 964
 965     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 966       a list.
 967
 968     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 969       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 970
 971
 972 BUG FIXES
 973
 974     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 975       looked for.
 976
 977     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 978       incorrect.
 979
 980     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 981       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 982
 983     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 984       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 985       GTR in mlphylo().
 986
 987     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 988       Bullard).
 989
 990     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 991       limited number of labelled topologies could be generated.
 992
 993
 994
 995                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 996
 997
 998 NEW FEATURES
 999
1000     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1001       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1002       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1003       previous programs done by Vincent Lefort.
1004
1005     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1006       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1007       Evol. 24: 58).
1008
1009     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1010       two clades connected to the same node. It works also with
1011       multichotomous nodes.
1012
1013     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1014       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1015       keeping the names and the class.
1016
1017
1018 BUG FIXES
1019
1020     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1021       an error message is now returned.
1022
1023     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1024       to remove.
1025
1026
1027
1028                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1029
1030
1031 NEW FEATURES
1032
1033     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1034       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1035
1036     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1037       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1038       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1039       should be much faster.
1040
1041
1042 BUG FIXES
1043
1044     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1045       from ape 1.10: this is fixed in this version
1046
1047     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1048       object is now returned unchanged.
1049
1050
1051
1052                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1053
1054
1055 NEW FEATURES
1056
1057     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1058       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1059
1060
1061 BUG FIXES
1062
1063     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1064       object when reading multiple trees.
1065
1066     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1067       "phylo").
1068
1069     o unroot() did not work correctly in most cases.
1070
1071     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1072
1073     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1074
1075     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1076       correctly positioned if the option `cex' was used.
1077
1078
1079
1080                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1081
1082
1083 NEW FEATURES
1084
1085     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1086       DNA sequences in binary format (see below).
1087
1088     o Three new functions have been introduced to convert between the
1089       new binary and the character formats.
1090
1091     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1092       single characters into the class "alignment" used by the package
1093       seqinr.
1094
1095     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1096       controlling whether the sequences are returned in binary format
1097       or as character.
1098
1099
1100 BUG FIXES
1101
1102     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1103
1104     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1105       the default setting: this is fixed.
1106
1107     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1108       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1109
1110
1111 OTHER CHANGES
1112
1113     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1114       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1115       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1116       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1117       ca. 60 times faster).
1118
1119
1120
1121                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1122
1123
1124 BUG FIXES
1125
1126     o A bug was fixed in edgelabels().
1127
1128     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1129       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1130       now its tip labels set to "1", "2", ...
1131
1132     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1133       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1134
1135     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1136       initial tree were greater than one: an error message is now
1137       issued.
1138
1139     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1140       invariants: this is fixed.
1141
1142
1143
1144                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1145
1146
1147 NEW FEATURES
1148
1149     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1150       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1151
1152
1153 BUG FIXES
1154
1155     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1156       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1157
1158     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1159
1160     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1161       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1162       prop.clades, and boot.phylo.
1163
1164     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1165       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1166
1167
1168
1169                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1170
1171
1172 NEW FEATURES
1173
1174     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1175       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1176
1177     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1178       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1179       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1180
1181
1182 BUG FIXES
1183
1184     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1185
1186     o Some bugs were fixed in chronopl().
1187
1188     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1189       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1190
1191     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1192       fixed.
1193
1194
1195 OTHER CHANGES
1196
1197     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1198       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1199       format are still returned in a list.
1200
1201     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1202       it could not be used from the generic.
1203
1204
1205 DEPRECATED & DEFUNCT
1206
1207     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1208       since ape 1.9.
1209
1210
1211
1212                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1213
1214
1215 BUG FIXES
1216
1217     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1218       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1219
1220     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1221       unrooted tree in most cases.
1222
1223     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1224       particularly of the BX-series.
1225
1226     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1227       fixed
1228
1229
1230
1231                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1232
1233
1234 NEW FEATURES
1235
1236     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1237       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1238       displayed in a compact and informative way.
1239
1240     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1241       for converting between the old and new coding of the class
1242       "phylo".
1243
1244     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1245       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1246
1247     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1248       available to compute branch lengths.
1249
1250     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1251
1252
1253 BUG FIXES
1254
1255     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1256       multichotomous trees: this is fixed.
1257
1258     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1259       returned unchanged.
1260
1261     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1262       models: this is fixed.
1263
1264     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1265       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1266       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1267       accepts trees with no branch lengths.
1268
1269     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1270       user distribution was specified. This has been corrected, and
1271       the help page of this function has been expanded.
1272
1273
1274 OTHER CHANGES
1275
1276     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1277       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1278       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1279       functions has been improved.
1280
1281     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1282       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1283
1284     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1285
1286     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1287       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1288
1289     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1290       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1291       labels.
1292
1293     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1294
1295     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1296       been removed.
1297
1298     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1299
1300     o The use of node.depth() has been simplified.
1301
1302
1303
1304                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1305
1306
1307 NEW FEATURES
1308
1309     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1310       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1311       sequences in NEXUS files.
1312
1313     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1314       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1315       reorder(tr).
1316
1317     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1318       edge.
1319
1320     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1321       in NEXUS format.
1322
1323
1324 BUG FIXES
1325
1326     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1327       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1328
1329     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1330       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1331       Newick format (parentheses, etc.)
1332
1333     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1334       now fixed.
1335
1336
1337
1338                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1339
1340
1341 NEW FEATURES
1342
1343     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1344       Hasegawa test.
1345
1346     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1347       single descendant from a tree.
1348
1349     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1350       colours of the tips.
1351
1352     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1353       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1354
1355
1356 BUG FIXES
1357
1358     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1359       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1360
1361     o ace() returned a list with no class so that the generic
1362       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1363       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1364
1365     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1366       of freedom: this is fixed.
1367
1368     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1369       a data frame: this is fixed.
1370
1371     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1372       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1373
1374
1375 OTHER CHANGES
1376
1377     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1378       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1379       respectively.
1380
1381
1382
1383                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1384
1385
1386 NEW FEATURES
1387
1388     o There are four new `method' functions to be used with the
1389       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1390
1391     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1392       change the title, and `col' to control the colour of the
1393       segments showing the AIC values.
1394
1395     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1396       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1397       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1398       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1399
1400     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1401       represent proportions, with any number of categories, as
1402       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1403       there is now no limitation on the number of categories.
1404
1405
1406 BUG FIXES
1407
1408     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1409       fixed.
1410
1411     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1412       in the tree: this is fixed.
1413
1414     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1415       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1416
1417     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1418       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1419
1420     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1421       is fixed and a message error is now returned.
1422
1423     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1424       the calculation of P-values.
1425
1426     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1427       and in the variables were different: this is fixed.
1428
1429
1430
1431                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1432
1433
1434 NEW FEATURES
1435
1436     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1437       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1438       is used to define the substitution model which may include
1439       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1440       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1441       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1442       functionality is limited to estimating the substitution and
1443       associated parameters and computing the likelihood.
1444
1445     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1446       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1447       warning message is printed if there is not enough degrees of
1448       freedom.
1449
1450
1451 BUG FIXES
1452
1453     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1454       though with no consequence.
1455
1456
1457
1458                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1459
1460
1461 NEW FEATURES
1462
1463     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1464       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1465       documented on the same help page.
1466
1467
1468 BUG FIXES
1469
1470     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1471       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1472       boot.phylo, or consensus.
1473
1474     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1475       more than one element: this is fixed.
1476
1477     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1478       has been corrected.
1479
1480     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1481       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1482       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1483
1484
1485 OTHER CHANGES
1486
1487     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1488       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1489       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1490
1491
1492
1493                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1494
1495
1496 NEW FEATURES
1497
1498     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1499       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1500
1501     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1502       list of trees.
1503
1504     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1505       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1506
1507     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1508       tree together with ancestral values, as returned by the above
1509       function.
1510
1511     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1512       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1513
1514     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1515
1516     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1517       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1518
1519     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1520
1521     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1522       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1523
1524     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1525       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1526       and summary (to extract the numbers) methods.
1527
1528     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1529       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1530
1531     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1532       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1533       respectively.
1534
1535     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1536
1537
1538 BUG FIXES
1539
1540     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1541       handled corretly, and node labels are now output normally.
1542
1543     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1544       in some cases.
1545
1546     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1547       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1548       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1549       warning message is now returned; this latter bug was also
1550       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1551
1552     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1553       is now returned.
1554
1555     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1556       was not always correctly dispatched.
1557
1558     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1559       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1560
1561
1562 OTHER CHANGES
1563
1564     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1565
1566     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1567
1568     o Various error and warning messages have been improved.
1569
1570
1571
1572                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1573 NEW FEATURES
1574
1575     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1576       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1577       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1578
1579     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1580       of directional evolution for continuous characters. The user
1581       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1582       changes.
1583
1584     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1585       "phylo") is rooted.
1586
1587     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1588       the possibility to specify the function that generates the
1589       inter-nodes distances.
1590
1591     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1592       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1593
1594     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1595       to three classes) on the nodes of a tree.
1596
1597     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1598       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1599       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1600       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1601       3) are now handled correctly.
1602
1603     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1604       for Penny and Henny's method (already available before and now
1605       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1606       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1607
1608     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1609       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1610       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1611       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1612
1613     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1614       DNA sequences by specifying model = "raw".
1615
1616     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1617       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1618       `full = FALSE'.
1619
1620
1621 BUG FIXES
1622
1623     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1624
1625     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1626       they are now considered as missing data.
1627
1628     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1629       fixed.
1630
1631     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1632       and the function has been improved and is now faster.
1633
1634     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1635       incorrect.
1636
1637     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1638       this is fixed.
1639
1640     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1641       rooted and unrooted trees.
1642
1643     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1644       fixed.
1645
1646     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1647
1648
1649
1650                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1651
1652
1653 NEW FEATURES
1654
1655     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1656       between two trees.
1657
1658     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1659       phylogeny estimation.
1660
1661     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1662       bipartitions from a series of trees.
1663
1664
1665 OTHER CHANGES
1666
1667     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1668       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1669       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1670
1671
1672 BUG FIXES
1673
1674     o Several bugs were fixed in read.dna().
1675
1676     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1677
1678     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1679       lengths: this is fixed.
1680
1681     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1682       tree: this is fixed.
1683
1684
1685
1686                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1687
1688
1689 NEW FEATURES
1690
1691     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1692       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1693       latter implements the representation of binary trees introduced by
1694       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1695       as.matching() has been introduced as well.
1696
1697     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1698       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1699
1700     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1701       from a sample a DNA sequences.
1702
1703     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1704       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1705       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1706       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1707       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1708       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1709       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1710       `GCcontent' has been removed.
1711
1712     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1713       whether to return the species names of the organisms in addition
1714       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1715       behaviour).
1716
1717     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1718
1719     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1720       new root edge if internal branches are trimmed.
1721
1722
1723 BUG FIXES
1724
1725     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1726       is fixed.
1727
1728     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1729       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1730       different representations (a report was printed previously).
1731
1732     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1733       this is fixed.
1734
1735
1736 OTHER CHANGES
1737
1738     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1739       which there is a print method.
1740
1741
1742
1743                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1744
1745
1746 NEW FEATURES
1747
1748     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1749       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1750       Evol., 4:406).
1751
1752     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1753       that belong to a group specified as a set of tips.
1754
1755     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1756       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1757       "phylo".
1758
1759     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1760       phylogeny plot.
1761
1762     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1763       in different cases and giving a number of tips.
1764
1765     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1766       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1767       line.
1768
1769     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1770       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1771       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1772       marked with the option `subtree' (see below).
1773
1774     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1775       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1776       deleted and where.
1777
1778     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1779       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1780       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1781
1782     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1783       edge lengths into account.
1784
1785     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1786       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1787       they are propagated to the vertical line that link them.
1788
1789
1790 BUG FIXES
1791
1792     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1793       crashing. This is fixed.
1794
1795     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1796       now properly recycled; their default values are now "black" and
1797       1, respectively.
1798
1799     o A bug has been fixed in write.nexus().
1800
1801
1802 OTHER CHANGES
1803
1804     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1805       replaced by a C code.
1806
1807
1808
1809                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1810
1811
1812 NEW FEATURES
1813
1814     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1815       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1816
1817     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1818       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1819       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1820       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1821       limit (as before).
1822
1823
1824
1825                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1826
1827
1828 NEW FEATURES
1829
1830     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1831       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1832       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1833       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1834       display graphically the AIC values of each model.
1835
1836     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1837       a model where the speciation rate is affected by several species
1838       traits through a generalized linear model. The parameters are
1839       estimated by maximum likelihood.
1840
1841     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1842       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1843       species given a phylogeny under different models of evolution.
1844       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1845       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1846       Initialize.corPhyl() function associated.
1847
1848     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1849       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1850
1851     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1852       a plot method.
1853
1854     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1855       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1856       correlograms.
1857
1858     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1859       of a subtree defined by a particular node.
1860
1861     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1862       given parent node.
1863
1864     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1865       a tree according to a specified method.
1866
1867     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1868       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1869       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1870       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1871       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1872
1873
1874 BUG FIXES
1875
1876     o Some functions which try to match tip labels and names of
1877       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1878       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1879       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1880       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1881       have been clarified on this point.
1882
1883
1884
1885                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1886
1887
1888 NEW FEATURES
1889
1890     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1891       to a specified outgroup.
1892
1893     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1894
1895     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1896       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1897       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1898       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1899       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1900       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1901       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1902
1903     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1904
1905
1906 BUG FIXES
1907
1908     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1909       lengths: this is fixed.
1910
1911     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1912       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1913
1914
1915
1916                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1917
1918
1919 NEW FEATURES
1920
1921     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1922       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1923       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1924
1925     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1926       has been included.
1927
1928
1929 BUG FIXES
1930
1931     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1932
1933
1934 OTHER CHANGES
1935
1936     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1937       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1938
1939
1940
1941                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1942
1943
1944 NEW FEATURES
1945
1946     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1947       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1948       speciation and extinction rates.
1949
1950
1951 OTHER CHANGES
1952
1953     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1954       since only the function compar.gee() calls gee.
1955
1956
1957
1958                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1959
1960
1961 NEW FEATURES
1962
1963     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1964       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1965       demographic history from genealogies using a reversible jump
1966       MCMC have been introduced.
1967
1968     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1969       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1970
1971
1972
1973                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1974
1975
1976 NEW FEATURES
1977
1978     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1979       without branch lengths.
1980
1981     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1982       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1983       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1984       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1985
1986
1987 BUG FIXES
1988
1989     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1990       this is fixed.
1991
1992     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1993       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1994
1995
1996 OTHER CHANGES
1997
1998     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1999       algorithm: it is now about four times faster.
2000
2001     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2002       twice faster.
2003
2004
2005
2006                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2007
2008
2009 NEW FEATURES
2010
2011     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2012       sample of DNA sequences.
2013
2014
2015 BUG FIXES
2016
2017     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2018       1.2-1 was fixed.
2019
2020     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2021       help pages.
2022
2023
2024
2025                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2026
2027
2028 NEW FEATURES
2029
2030     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2031       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2032
2033
2034 BUG FIXES
2035
2036     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2037       comment blocks were not read correctly.
2038
2039     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2040       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2041       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2042       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2043       a warning message is now issued.
2044
2045
2046
2047                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2048
2049
2050 NEW FEATURES
2051
2052     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2053       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2054       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2055       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2056       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2057       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2058       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2059       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2060       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2061       see the respective help pages for details.
2062
2063     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2064       focusing on a small portion of it.
2065
2066     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2067       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2068
2069     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2070       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2071       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2072       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2073       (see below); the default behaviour is no more to display the
2074       sequences on the standard output. Several options have been
2075       introduced to control the sequence printing in a flexible
2076       way. The help page has been extended.
2077
2078     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2079
2080
2081 BUG FIXES
2082
2083     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2084       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2085
2086     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2087
2088     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2089       function did not work with `format = "interleaved"'.
2090
2091     o Various errors were corrected in the help pages.
2092
2093
2094 OTHER CHANGES
2095
2096     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2097       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2098       the corresponding generic function.
2099
2100     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2101       since gamma() is a generic function.
2102
2103
2104
2105                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2106
2107
2108 BUG FIXES
2109
2110     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2111       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2112       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2113       vector of length 4 is always returned).
2114
2115     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2116       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2117       command in the NEXUS file, and that the commands were
2118       case-sensitive.
2119
2120
2121
2122                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2123
2124
2125 NEW FEATURES
2126
2127     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2128       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2129
2130     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2131       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2132       sylvaticus).
2133
2134
2135 BUG FIXES
2136
2137     o A bug in read.nexus() was fixed.
2138
2139     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2140       The function has been completely re-written and its help page
2141       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2142       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2143       spaces (this behaviour was undocumented).
2144
2145     o A bug was fixed in write.dna().
2146
2147
2148
2149                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2150
2151
2152 BUG FIXES
2153
2154     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2155
2156     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2157       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2158
2159
2160
2161                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2162
2163
2164 NEW FEATURES
2165
2166     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2167       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2168       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2169       the function klastorin()).
2170
2171     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2172       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2173       as.phylo for details).
2174
2175     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2176       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2177       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2178       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2179       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2180
2181     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2182       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2183
2184     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2185       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2186       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2187       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2188       (this behaviour was undocumented).
2189
2190     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2191       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2192       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2193
2194     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2195       the estimated parameters using profile likelihood.
2196
2197     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2198       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2199       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2200
2201
2202 BUG FIXES
2203
2204     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2205
2206     o A bug in plot.mst() was fixed.
2207
2208     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2209       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2210
2211
2212
2213                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2214
2215
2216 NEW FEATURES
2217
2218     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2219       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2220
2221     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2222       in a NEXUS file.
2223
2224     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2225       possibly handling root edges to give internal branches.
2226
2227     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2228       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2229
2230     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2231
2232     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2233       branches with different colours and/or different widths, showing the
2234       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2235       the labels, and controling the space around the plot.
2236
2237     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2238       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2239       objects of class "phylo" is now optional.
2240
2241     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2242       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2243       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2244       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2245
2246     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2247       to read the tree in a variable of mode character.
2248
2249     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2250       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2251
2252
2253
2254                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2255
2256
2257 BUG FIXES
2258
2259     o Several bugs were fixed in the help pages.
2260
2261
2262
2263                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2264
2265
2266 NEW FEATURES
2267
2268     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2269       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2270
2271     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2272       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2273       extinction rates.
2274
2275     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2276       tree.
2277
2278     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2279
2280     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2281       as well as some methods are introduced.
2282
2283     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2284       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2285       population size through time are introduced and replace the function
2286       skyline.plot() in version 0.1.
2287
2288     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2289       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2290       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2291       Democratic Republic of Congo.
2292
2293
2294 DEPRECATED & DEFUNCT
2295
2296     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2297       replaced by more elaborate functions (see above).
2298
2299
2300 BUG FIXES
2301
2302     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2303       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2304       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2305       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2306
2307     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2308       AICs and LRTs.
2309
2310     o Various errors were corrected in the help pages.