ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o plot.phylo() has a new option 'draw = TRUE'. If FALSE, the tree
   7       is not plotted but the graphical device is set and the
   8       coordinates are saved as normal.
   9
  10
  11
  12                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
  13
  14
  15 NEW FEATURES
  16
  17     o The new function trex does tree exploration with multiple
  18       graphical devices.
  19
  20     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  21       the scale scale.
  22
  23     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  24
  25
  26 BUG FIXES
  27
  28     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  29
  30     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  31       some '-' and no 'N'.
  32
  33     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  34
  35     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  36       are very different.
  37
  38     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
  39
  40
  41 OTHER CHANGES
  42
  43     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
  44       left-)clicks (an error was returned previously).
  45
  46     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
  47       block.
  48
  49
  50
  51                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
  52
  53
  54 NEW FEATURES
  55
  56     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
  57       alignments in a flexible and efficient way.
  58
  59     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  60       trees of class "phylo" into these respective network classes
  61       defined in the packages of the same names.
  62
  63     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  64       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  65       of the same names.
  66
  67     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
  68       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
  69       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
  70
  71     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  72       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  73
  74     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  75       list of trees with names.
  76
  77
  78 BUG FIXES
  79
  80     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  81
  82     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  83       present.
  84
  85     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
  86
  87     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
  88       was not the root.
  89
  90
  91 OTHER CHANGES
  92
  93     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
  94
  95     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
  96
  97     o The matching representation has now only two columns as the third
  98       column was redundant.
  99
 100
 101
 102                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
 103
 104
 105 NEW FEATURES
 106
 107     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
 108       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
 109
 110
 111 BUG FIXES
 112
 113     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 114
 115     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 116       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 117
 118     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 119       length.
 120
 121     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 122       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 123
 124     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 125       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 126       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 127
 128
 129 OTHER CHANGES
 130
 131     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 132
 133     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 134       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 135       man page of as.matching().
 136
 137
 138
 139                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 140
 141
 142 NEW FEATURES
 143
 144     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 145       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 146       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 147
 148     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 149       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 150
 151
 152 BUG FIXES
 153
 154     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 155
 156     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 157       multichotomous trees.
 158
 159     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 160       turned off.
 161
 162     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 163
 164     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 165
 166     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 167       = FALSE.
 168
 169     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 170       cutree() or rect.hclust().
 171
 172     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 173       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 174
 175     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 176       Jeremy Beaulieu.
 177
 178
 179
 180                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 181
 182
 183 NEW FEATURES
 184
 185     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 186       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 187       and shallowest divergence tree.
 188
 189
 190 BUG FIXES
 191
 192     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 193
 194     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 195
 196     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 197       Filipe Vieira for the fix).
 198
 199
 200
 201                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 202
 203
 204 NEW FEATURES
 205
 206     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 207       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 208       use continuous time algorithms.
 209
 210     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 211       phylogeny.
 212
 213     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 214       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 215       extinction into account.
 216
 217     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 218       discrete characters.
 219
 220     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 221       frequencies from a pair of sequences.
 222
 223     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 224
 225     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 226       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 227
 228     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 229       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 230       and height = NULL.
 231
 232     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 233       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 234       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 235       results has also been improved.
 236
 237     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 238       the gene (FALSE by default).
 239
 240
 241 BUG FIXES
 242
 243     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 244
 245     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 246       Schliep for the fix)
 247
 248     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 249       documentation has been clarified on the formulae used.
 250
 251
 252 OTHER CHANGES
 253
 254     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 255       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 256
 257     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 258       available) as names.
 259
 260     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 261       to contributions by Klaus Schliep.
 262
 263
 264
 265                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 266
 267
 268 NEW FEATURES
 269
 270     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 271       text to be plotted in different fonts.
 272
 273     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 274       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 275       check that the tip labels are the same in all trees.
 276
 277     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 278       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 279
 280     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 281       now documented.
 282
 283
 284 BUG FIXES
 285
 286     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 287       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 288
 289     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 290       simulating a Brownian motion model.
 291
 292
 293
 294                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 295
 296
 297 NEW FEATURES
 298
 299     o There is now a print method for results from ace().
 300
 301     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 302
 303     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 304       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 305
 306
 307 BUG FIXES
 308
 309     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 310
 311     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 312
 313     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 314       failed).
 315
 316
 317 DEPRECATED & DEFUNCT
 318
 319     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 320
 321     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 322
 323
 324 OTHER CHANGES
 325
 326     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 327
 328     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 329       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 330
 331     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 332       removed.
 333
 334
 335
 336                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 337
 338
 339 NEW FEATURES
 340
 341     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 342
 343     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 344       details).
 345
 346     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 347       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 348
 349     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 350       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 351
 352
 353 BUG FIXES
 354
 355     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 356       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 357
 358     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 359       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 360       The same bug occurred with the 'pie' option.
 361
 362     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 363
 364     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 365       more efficient.
 366
 367     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 368       vertical lines representing the nodes.
 369
 370     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 371       in the correct direction though the tip labels were displayed
 372       correctly.
 373
 374
 375 OTHER CHANGES
 376
 377     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 378       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 379       for the two other functions).
 380
 381
 382
 383                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 384
 385
 386 NEW FEATURES
 387
 388     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 389       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 390       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 391       The latter has a biplot method.
 392
 393     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 394       regression through the origin with testing by permutation.
 395
 396     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 397       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 398
 399     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 400       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 401
 402     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 403       and/or tips on a plotted tree.
 404
 405     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 406       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 407
 408     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 409
 410     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 411
 412     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 413       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 414       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 415       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 416
 417
 418 BUG FIXES
 419
 420     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 421       default options with unrooted or radial trees.
 422
 423     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 424       to Otto Cordero for the fix).
 425
 426
 427 OTHER CHANGES
 428
 429     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 430       in dist.topo().
 431
 432
 433
 434                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 435
 436
 437 NEW FEATURES
 438
 439     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 440       argument.
 441
 442     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 443       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 444       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 445       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 446
 447
 448 BUG FIXES
 449
 450     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 451
 452     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 453       lengths and there is a TRANSLATE block.
 454
 455     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 456       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 457       clarification on this behaviour.
 458
 459     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 460       compressed tip labels.
 461
 462     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 463
 464     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 465       when the tree has branch lengths.
 466
 467     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 468       negative (which resulted in an error).
 469
 470     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 471       returned.
 472
 473
 474
 475                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 476
 477
 478 NEW FEATURES
 479
 480     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 481       default is still to return the proportions.
 482
 483
 484 BUG FIXES
 485
 486     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 487       are now ignored.
 488
 489     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 490       the tree: the argument is now ignored.
 491
 492     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 493       Young for the fix).
 494
 495
 496 OTHER CHANGES
 497
 498     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 499       warning (it returned an error previously).
 500
 501     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 502       been modified (as well as their widths and types) following some
 503       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 504
 505     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 506       using 'pie' or 'thermo'.
 507
 508     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 509       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 510       done now).
 511
 512     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 513       help("ape-defunct") with the quotes.
 514
 515
 516 DEPRECATED & DEFUNCT
 517
 518     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 519       theta.s have been moved from ape to pegas.
 520
 521     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 522
 523
 524
 525                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 526
 527
 528 BUG FIXES
 529
 530     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 531
 532     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 533
 534     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 535       attribute.
 536
 537     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 538
 539     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 540       Phelan for the fix).
 541
 542     o seg.sites() failed when passing a vector.
 543
 544     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 545
 546     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 547
 548
 549
 550                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 551
 552
 553 BUG FIXES
 554
 555     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 556
 557     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 558       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 559
 560     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 561       outgroup correctly.
 562
 563     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 564
 565     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 566       "pruningwise" order.
 567
 568     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 569       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 570       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 571
 572
 573
 574                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 575
 576
 577 NEW FEATURES
 578
 579     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 580
 581     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 582
 583     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 584       corrected with respect to this change.
 585
 586     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 587       to be treated as (un)rooted.
 588
 589
 590 BUG FIXES
 591
 592     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 593       pairwise.deletion = FALSE.
 594
 595     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 596
 597     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 598
 599     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 600
 601     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 602
 603     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 604       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 605       times faster.
 606
 607     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 608
 609     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 610
 611
 612 OTHER CHANGES
 613
 614     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 615
 616     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 617       by inherits(phy, "phylo").
 618
 619     o rcoal() is now faster.
 620
 621
 622 DEPRECATED & DEFUNCT
 623
 624     o klastorin() has been removed.
 625
 626
 627
 628                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 629
 630
 631 NEW FEATURES
 632
 633     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 634       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 635       matrices.
 636
 637     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 638       Yule model by maximum likelihood.
 639
 640     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 641       labels in a flexible way.
 642
 643     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 644       handle individual tree names.
 645
 646     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 647       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 648
 649     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 650
 651
 652 BUG FIXES
 653
 654     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 655
 656     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 657
 658     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 659
 660     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 661       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 662       lasting bug).
 663
 664
 665 OTHER CHANGES
 666
 667     o The data set xenarthra has been removed.
 668
 669
 670
 671                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 672
 673 BUG FIXES
 674
 675     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 676       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 677
 678     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 679
 680
 681 OTHER CHANGES
 682
 683     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 684
 685
 686
 687                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 688
 689
 690 NEW FEATURES
 691
 692     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 693       specifying a node number or label.
 694
 695     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 696       operations of the same names.
 697
 698     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 699       specifying model="N".
 700
 701
 702 BUG FIXES
 703
 704     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 705
 706     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 707       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 708       comments inserted within the trees).
 709
 710     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 711       the number of lineages with non-binary trees.
 712
 713
 714 OTHER CHANGES
 715
 716     o ape has now a namespace.
 717
 718     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 719       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 720
 721
 722
 723                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 724
 725
 726 NEW FEATURES
 727
 728     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 729       'pairwise.deletion'.
 730
 731     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 732       more flexible.
 733
 734
 735 BUG FIXES
 736
 737     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 738      'check.labels = TRUE'.
 739
 740    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 741      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 742      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 743
 744    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 745      breaks in the Newick string.
 746
 747    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 748      gaps.
 749
 750
 751 OTHER CHANGES
 752
 753     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 754       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 755
 756     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 757       which is returned unchanged (instead of an error).
 758
 759     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 760       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 761       read.tree().
 762
 763
 764
 765                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 766
 767
 768 NEW FEATURES
 769
 770     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 771       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 772       truncate and/or make them unique, substituting some
 773       characters, and so on.
 774
 775     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 776       set of DNA sequences.
 777
 778     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 779
 780
 781 BUG FIXES
 782
 783     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 784       already the specified root.
 785
 786     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 787
 788     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 789       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 790
 791     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 792       trees.
 793
 794     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 795       translation of tip labels.
 796
 797     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 798       a single tree with no edge lengths.
 799
 800     o A bug was fixed in sh.test().
 801
 802
 803 OTHER CHANGES
 804
 805     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 806       Minin.
 807
 808     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 809       TRUE by default.
 810
 811     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 812       the Phylip formats.
 813
 814
 815
 816                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 817
 818
 819 NEW FEATURES
 820
 821     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 822       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 823       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 824       (without plotting).
 825
 826     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 827       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 828
 829     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 830       help page for details.
 831
 832     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 833       bootstraped trees (the default is FALSE).
 834
 835     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 836       situations.
 837
 838
 839 BUG FIXES
 840
 841     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 842       first sequence.
 843
 844     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 845       circular tree (type = "r" or "f").
 846
 847     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 848       trees.
 849
 850     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 851       (thanks to Yan Wong for the fix).
 852
 853     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 854
 855     o seg.sites() failed with a list.
 856
 857     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 858       as well and is faster.
 859
 860
 861
 862                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 863
 864
 865 BUG FIXES
 866
 867     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 868
 869     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 870       states by generalized least squares in ace().
 871
 872     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 873
 874     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 875       "cladewise".
 876
 877
 878
 879                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 880
 881
 882 NEW FEATURES
 883
 884     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 885       and [[.
 886
 887     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 888       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 889
 890     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 891       than in plot.default().
 892
 893
 894 BUG FIXES
 895
 896     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 897       list of trees.
 898
 899     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 900       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 901       worked already for thermometers).
 902
 903     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 904
 905
 906 OTHER CHANGES
 907
 908     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 909       as well as a character string.
 910
 911     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 912       'tree.names = NULL'.
 913
 914     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 915       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 916       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 917       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 918       correctly when extracting trees.
 919
 920
 921
 922                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 923
 924
 925 NEW FEATURES
 926
 927     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 928
 929     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 930       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 931
 932
 933 BUG FIXES
 934
 935     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 936       pairwise.deletion = FALSE.
 937
 938
 939 OTHER CHANGES
 940
 941     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 942       have been improved so that they are stabler and faster.
 943
 944     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 945       are loaded only when needed.
 946
 947
 948
 949                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 950
 951
 952 NEW FEATURES
 953
 954     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 955       tree using the mouse.
 956
 957     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 958       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 959
 960     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 961       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 962       an object of class "DNAbin".
 963
 964     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 965       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 966
 967     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 968       as its main argument.
 969
 970     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 971       improved, and gain several options (see the help page for
 972       details). A legend is now plotted by default.
 973
 974
 975 BUG FIXES
 976
 977     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 978       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 979       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 980       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 981
 982     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 983       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 984       single line).
 985
 986     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 987       edges (see OTHER CHANGES).
 988
 989
 990 OTHER CHANGES
 991
 992     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 993       should be much stabler. The options have been also greatly
 994       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 995
 996     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 997
 998     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 999       been cleaned-up.
1000
1001     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
1002       improved.
1003
1004     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
1005       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
1006       correction applied in previous version did not work in all
1007       situations.
1008
1009     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
1010       "multiPhylo".
1011
1012
1013 DOCUMENTATION
1014
1015     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1016
1017
1018 DEPRECATED & DEFUNCT
1019
1020     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1021       lengths.
1022
1023     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1024
1025
1026
1027                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1028
1029
1030 NEW FEATURES
1031
1032     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1033       matrix.
1034
1035     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1036       a list.
1037
1038     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1039       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1040
1041
1042 BUG FIXES
1043
1044     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1045       looked for.
1046
1047     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1048       incorrect.
1049
1050     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1051       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1052
1053     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1054       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1055       GTR in mlphylo().
1056
1057     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1058       Bullard).
1059
1060     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1061       limited number of labelled topologies could be generated.
1062
1063
1064
1065                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1066
1067
1068 NEW FEATURES
1069
1070     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1071       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1072       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1073       previous programs done by Vincent Lefort.
1074
1075     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1076       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1077       Evol. 24: 58).
1078
1079     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1080       two clades connected to the same node. It works also with
1081       multichotomous nodes.
1082
1083     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1084       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1085       keeping the names and the class.
1086
1087
1088 BUG FIXES
1089
1090     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1091       an error message is now returned.
1092
1093     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1094       to remove.
1095
1096
1097
1098                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1099
1100
1101 NEW FEATURES
1102
1103     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1104       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1105
1106     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1107       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1108       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1109       should be much faster.
1110
1111
1112 BUG FIXES
1113
1114     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1115       from ape 1.10: this is fixed in this version
1116
1117     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1118       object is now returned unchanged.
1119
1120
1121
1122                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1123
1124
1125 NEW FEATURES
1126
1127     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1128       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1129
1130
1131 BUG FIXES
1132
1133     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1134       object when reading multiple trees.
1135
1136     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1137       "phylo").
1138
1139     o unroot() did not work correctly in most cases.
1140
1141     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1142
1143     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1144
1145     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1146       correctly positioned if the option `cex' was used.
1147
1148
1149
1150                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1151
1152
1153 NEW FEATURES
1154
1155     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1156       DNA sequences in binary format (see below).
1157
1158     o Three new functions have been introduced to convert between the
1159       new binary and the character formats.
1160
1161     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1162       single characters into the class "alignment" used by the package
1163       seqinr.
1164
1165     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1166       controlling whether the sequences are returned in binary format
1167       or as character.
1168
1169
1170 BUG FIXES
1171
1172     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1173
1174     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1175       the default setting: this is fixed.
1176
1177     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1178       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1179
1180
1181 OTHER CHANGES
1182
1183     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1184       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1185       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1186       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1187       ca. 60 times faster).
1188
1189
1190
1191                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1192
1193
1194 BUG FIXES
1195
1196     o A bug was fixed in edgelabels().
1197
1198     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1199       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1200       now its tip labels set to "1", "2", ...
1201
1202     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1203       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1204
1205     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1206       initial tree were greater than one: an error message is now
1207       issued.
1208
1209     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1210       invariants: this is fixed.
1211
1212
1213
1214                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1215
1216
1217 NEW FEATURES
1218
1219     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1220       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1221
1222
1223 BUG FIXES
1224
1225     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1226       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1227
1228     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1229
1230     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1231       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1232       prop.clades, and boot.phylo.
1233
1234     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1235       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1236
1237
1238
1239                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1240
1241
1242 NEW FEATURES
1243
1244     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1245       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1246
1247     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1248       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1249       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1250
1251
1252 BUG FIXES
1253
1254     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1255
1256     o Some bugs were fixed in chronopl().
1257
1258     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1259       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1260
1261     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1262       fixed.
1263
1264
1265 OTHER CHANGES
1266
1267     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1268       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1269       format are still returned in a list.
1270
1271     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1272       it could not be used from the generic.
1273
1274
1275 DEPRECATED & DEFUNCT
1276
1277     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1278       since ape 1.9.
1279
1280
1281
1282                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1283
1284
1285 BUG FIXES
1286
1287     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1288       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1289
1290     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1291       unrooted tree in most cases.
1292
1293     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1294       particularly of the BX-series.
1295
1296     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1297       fixed
1298
1299
1300
1301                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1302
1303
1304 NEW FEATURES
1305
1306     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1307       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1308       displayed in a compact and informative way.
1309
1310     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1311       for converting between the old and new coding of the class
1312       "phylo".
1313
1314     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1315       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1316
1317     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1318       available to compute branch lengths.
1319
1320     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1321
1322
1323 BUG FIXES
1324
1325     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1326       multichotomous trees: this is fixed.
1327
1328     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1329       returned unchanged.
1330
1331     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1332       models: this is fixed.
1333
1334     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1335       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1336       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1337       accepts trees with no branch lengths.
1338
1339     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1340       user distribution was specified. This has been corrected, and
1341       the help page of this function has been expanded.
1342
1343
1344 OTHER CHANGES
1345
1346     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1347       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1348       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1349       functions has been improved.
1350
1351     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1352       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1353
1354     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1355
1356     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1357       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1358
1359     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1360       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1361       labels.
1362
1363     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1364
1365     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1366       been removed.
1367
1368     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1369
1370     o The use of node.depth() has been simplified.
1371
1372
1373
1374                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1375
1376
1377 NEW FEATURES
1378
1379     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1380       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1381       sequences in NEXUS files.
1382
1383     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1384       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1385       reorder(tr).
1386
1387     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1388       edge.
1389
1390     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1391       in NEXUS format.
1392
1393
1394 BUG FIXES
1395
1396     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1397       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1398
1399     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1400       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1401       Newick format (parentheses, etc.)
1402
1403     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1404       now fixed.
1405
1406
1407
1408                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1409
1410
1411 NEW FEATURES
1412
1413     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1414       Hasegawa test.
1415
1416     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1417       single descendant from a tree.
1418
1419     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1420       colours of the tips.
1421
1422     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1423       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1424
1425
1426 BUG FIXES
1427
1428     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1429       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1430
1431     o ace() returned a list with no class so that the generic
1432       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1433       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1434
1435     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1436       of freedom: this is fixed.
1437
1438     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1439       a data frame: this is fixed.
1440
1441     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1442       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1443
1444
1445 OTHER CHANGES
1446
1447     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1448       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1449       respectively.
1450
1451
1452
1453                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1454
1455
1456 NEW FEATURES
1457
1458     o There are four new `method' functions to be used with the
1459       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1460
1461     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1462       change the title, and `col' to control the colour of the
1463       segments showing the AIC values.
1464
1465     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1466       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1467       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1468       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1469
1470     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1471       represent proportions, with any number of categories, as
1472       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1473       there is now no limitation on the number of categories.
1474
1475
1476 BUG FIXES
1477
1478     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1479       fixed.
1480
1481     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1482       in the tree: this is fixed.
1483
1484     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1485       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1486
1487     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1488       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1489
1490     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1491       is fixed and a message error is now returned.
1492
1493     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1494       the calculation of P-values.
1495
1496     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1497       and in the variables were different: this is fixed.
1498
1499
1500
1501                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1502
1503
1504 NEW FEATURES
1505
1506     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1507       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1508       is used to define the substitution model which may include
1509       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1510       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1511       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1512       functionality is limited to estimating the substitution and
1513       associated parameters and computing the likelihood.
1514
1515     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1516       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1517       warning message is printed if there is not enough degrees of
1518       freedom.
1519
1520
1521 BUG FIXES
1522
1523     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1524       though with no consequence.
1525
1526
1527
1528                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1529
1530
1531 NEW FEATURES
1532
1533     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1534       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1535       documented on the same help page.
1536
1537
1538 BUG FIXES
1539
1540     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1541       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1542       boot.phylo, or consensus.
1543
1544     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1545       more than one element: this is fixed.
1546
1547     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1548       has been corrected.
1549
1550     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1551       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1552       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1553
1554
1555 OTHER CHANGES
1556
1557     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1558       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1559       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1560
1561
1562
1563                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1564
1565
1566 NEW FEATURES
1567
1568     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1569       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1570
1571     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1572       list of trees.
1573
1574     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1575       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1576
1577     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1578       tree together with ancestral values, as returned by the above
1579       function.
1580
1581     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1582       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1583
1584     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1585
1586     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1587       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1588
1589     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1590
1591     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1592       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1593
1594     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1595       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1596       and summary (to extract the numbers) methods.
1597
1598     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1599       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1600
1601     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1602       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1603       respectively.
1604
1605     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1606
1607
1608 BUG FIXES
1609
1610     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1611       handled corretly, and node labels are now output normally.
1612
1613     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1614       in some cases.
1615
1616     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1617       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1618       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1619       warning message is now returned; this latter bug was also
1620       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1621
1622     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1623       is now returned.
1624
1625     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1626       was not always correctly dispatched.
1627
1628     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1629       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1630
1631
1632 OTHER CHANGES
1633
1634     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1635
1636     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1637
1638     o Various error and warning messages have been improved.
1639
1640
1641
1642                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1643 NEW FEATURES
1644
1645     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1646       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1647       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1648
1649     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1650       of directional evolution for continuous characters. The user
1651       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1652       changes.
1653
1654     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1655       "phylo") is rooted.
1656
1657     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1658       the possibility to specify the function that generates the
1659       inter-nodes distances.
1660
1661     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1662       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1663
1664     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1665       to three classes) on the nodes of a tree.
1666
1667     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1668       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1669       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1670       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1671       3) are now handled correctly.
1672
1673     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1674       for Penny and Henny's method (already available before and now
1675       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1676       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1677
1678     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1679       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1680       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1681       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1682
1683     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1684       DNA sequences by specifying model = "raw".
1685
1686     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1687       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1688       `full = FALSE'.
1689
1690
1691 BUG FIXES
1692
1693     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1694
1695     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1696       they are now considered as missing data.
1697
1698     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1699       fixed.
1700
1701     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1702       and the function has been improved and is now faster.
1703
1704     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1705       incorrect.
1706
1707     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1708       this is fixed.
1709
1710     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1711       rooted and unrooted trees.
1712
1713     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1714       fixed.
1715
1716     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1717
1718
1719
1720                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1721
1722
1723 NEW FEATURES
1724
1725     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1726       between two trees.
1727
1728     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1729       phylogeny estimation.
1730
1731     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1732       bipartitions from a series of trees.
1733
1734
1735 OTHER CHANGES
1736
1737     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1738       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1739       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1740
1741
1742 BUG FIXES
1743
1744     o Several bugs were fixed in read.dna().
1745
1746     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1747
1748     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1749       lengths: this is fixed.
1750
1751     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1752       tree: this is fixed.
1753
1754
1755
1756                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1757
1758
1759 NEW FEATURES
1760
1761     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1762       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1763       latter implements the representation of binary trees introduced by
1764       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1765       as.matching() has been introduced as well.
1766
1767     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1768       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1769
1770     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1771       from a sample a DNA sequences.
1772
1773     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1774       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1775       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1776       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1777       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1778       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1779       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1780       `GCcontent' has been removed.
1781
1782     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1783       whether to return the species names of the organisms in addition
1784       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1785       behaviour).
1786
1787     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1788
1789     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1790       new root edge if internal branches are trimmed.
1791
1792
1793 BUG FIXES
1794
1795     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1796       is fixed.
1797
1798     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1799       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1800       different representations (a report was printed previously).
1801
1802     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1803       this is fixed.
1804
1805
1806 OTHER CHANGES
1807
1808     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1809       which there is a print method.
1810
1811
1812
1813                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1814
1815
1816 NEW FEATURES
1817
1818     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1819       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1820       Evol., 4:406).
1821
1822     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1823       that belong to a group specified as a set of tips.
1824
1825     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1826       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1827       "phylo".
1828
1829     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1830       phylogeny plot.
1831
1832     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1833       in different cases and giving a number of tips.
1834
1835     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1836       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1837       line.
1838
1839     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1840       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1841       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1842       marked with the option `subtree' (see below).
1843
1844     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1845       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1846       deleted and where.
1847
1848     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1849       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1850       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1851
1852     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1853       edge lengths into account.
1854
1855     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1856       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1857       they are propagated to the vertical line that link them.
1858
1859
1860 BUG FIXES
1861
1862     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1863       crashing. This is fixed.
1864
1865     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1866       now properly recycled; their default values are now "black" and
1867       1, respectively.
1868
1869     o A bug has been fixed in write.nexus().
1870
1871
1872 OTHER CHANGES
1873
1874     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1875       replaced by a C code.
1876
1877
1878
1879                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1880
1881
1882 NEW FEATURES
1883
1884     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1885       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1886
1887     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1888       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1889       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1890       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1891       limit (as before).
1892
1893
1894
1895                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1896
1897
1898 NEW FEATURES
1899
1900     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1901       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1902       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1903       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1904       display graphically the AIC values of each model.
1905
1906     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1907       a model where the speciation rate is affected by several species
1908       traits through a generalized linear model. The parameters are
1909       estimated by maximum likelihood.
1910
1911     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1912       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1913       species given a phylogeny under different models of evolution.
1914       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1915       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1916       Initialize.corPhyl() function associated.
1917
1918     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1919       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1920
1921     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1922       a plot method.
1923
1924     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1925       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1926       correlograms.
1927
1928     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1929       of a subtree defined by a particular node.
1930
1931     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1932       given parent node.
1933
1934     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1935       a tree according to a specified method.
1936
1937     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1938       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1939       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1940       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1941       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1942
1943
1944 BUG FIXES
1945
1946     o Some functions which try to match tip labels and names of
1947       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1948       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1949       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1950       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1951       have been clarified on this point.
1952
1953
1954
1955                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1956
1957
1958 NEW FEATURES
1959
1960     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1961       to a specified outgroup.
1962
1963     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1964
1965     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1966       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1967       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1968       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1969       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1970       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1971       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1972
1973     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1974
1975
1976 BUG FIXES
1977
1978     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1979       lengths: this is fixed.
1980
1981     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1982       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1983
1984
1985
1986                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1987
1988
1989 NEW FEATURES
1990
1991     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1992       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1993       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1994
1995     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1996       has been included.
1997
1998
1999 BUG FIXES
2000
2001     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
2002
2003
2004 OTHER CHANGES
2005
2006     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
2007       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
2008
2009
2010
2011                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2012
2013
2014 NEW FEATURES
2015
2016     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2017       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2018       speciation and extinction rates.
2019
2020
2021 OTHER CHANGES
2022
2023     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2024       since only the function compar.gee() calls gee.
2025
2026
2027
2028                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2029
2030
2031 NEW FEATURES
2032
2033     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2034       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2035       demographic history from genealogies using a reversible jump
2036       MCMC have been introduced.
2037
2038     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2039       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2040
2041
2042
2043                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2044
2045
2046 NEW FEATURES
2047
2048     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2049       without branch lengths.
2050
2051     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2052       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2053       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2054       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2055
2056
2057 BUG FIXES
2058
2059     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2060       this is fixed.
2061
2062     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2063       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2064
2065
2066 OTHER CHANGES
2067
2068     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2069       algorithm: it is now about four times faster.
2070
2071     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2072       twice faster.
2073
2074
2075
2076                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2077
2078
2079 NEW FEATURES
2080
2081     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2082       sample of DNA sequences.
2083
2084
2085 BUG FIXES
2086
2087     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2088       1.2-1 was fixed.
2089
2090     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2091       help pages.
2092
2093
2094
2095                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2096
2097
2098 NEW FEATURES
2099
2100     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2101       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2102
2103
2104 BUG FIXES
2105
2106     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2107       comment blocks were not read correctly.
2108
2109     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2110       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2111       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2112       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2113       a warning message is now issued.
2114
2115
2116
2117                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2118
2119
2120 NEW FEATURES
2121
2122     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2123       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2124       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2125       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2126       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2127       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2128       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2129       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2130       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2131       see the respective help pages for details.
2132
2133     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2134       focusing on a small portion of it.
2135
2136     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2137       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2138
2139     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2140       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2141       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2142       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2143       (see below); the default behaviour is no more to display the
2144       sequences on the standard output. Several options have been
2145       introduced to control the sequence printing in a flexible
2146       way. The help page has been extended.
2147
2148     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2149
2150
2151 BUG FIXES
2152
2153     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2154       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2155
2156     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2157
2158     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2159       function did not work with `format = "interleaved"'.
2160
2161     o Various errors were corrected in the help pages.
2162
2163
2164 OTHER CHANGES
2165
2166     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2167       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2168       the corresponding generic function.
2169
2170     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2171       since gamma() is a generic function.
2172
2173
2174
2175                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2176
2177
2178 BUG FIXES
2179
2180     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2181       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2182       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2183       vector of length 4 is always returned).
2184
2185     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2186       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2187       command in the NEXUS file, and that the commands were
2188       case-sensitive.
2189
2190
2191
2192                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2193
2194
2195 NEW FEATURES
2196
2197     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2198       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2199
2200     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2201       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2202       sylvaticus).
2203
2204
2205 BUG FIXES
2206
2207     o A bug in read.nexus() was fixed.
2208
2209     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2210       The function has been completely re-written and its help page
2211       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2212       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2213       spaces (this behaviour was undocumented).
2214
2215     o A bug was fixed in write.dna().
2216
2217
2218
2219                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2220
2221
2222 BUG FIXES
2223
2224     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2225
2226     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2227       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2228
2229
2230
2231                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2232
2233
2234 NEW FEATURES
2235
2236     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2237       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2238       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2239       the function klastorin()).
2240
2241     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2242       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2243       as.phylo for details).
2244
2245     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2246       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2247       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2248       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2249       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2250
2251     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2252       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2253
2254     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2255       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2256       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2257       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2258       (this behaviour was undocumented).
2259
2260     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2261       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2262       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2263
2264     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2265       the estimated parameters using profile likelihood.
2266
2267     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2268       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2269       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2270
2271
2272 BUG FIXES
2273
2274     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2275
2276     o A bug in plot.mst() was fixed.
2277
2278     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2279       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2280
2281
2282
2283                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2284
2285
2286 NEW FEATURES
2287
2288     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2289       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2290
2291     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2292       in a NEXUS file.
2293
2294     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2295       possibly handling root edges to give internal branches.
2296
2297     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2298       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2299
2300     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2301
2302     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2303       branches with different colours and/or different widths, showing the
2304       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2305       the labels, and controling the space around the plot.
2306
2307     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2308       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2309       objects of class "phylo" is now optional.
2310
2311     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2312       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2313       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2314       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2315
2316     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2317       to read the tree in a variable of mode character.
2318
2319     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2320       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2321
2322
2323
2324                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2325
2326
2327 BUG FIXES
2328
2329     o Several bugs were fixed in the help pages.
2330
2331
2332
2333                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2334
2335
2336 NEW FEATURES
2337
2338     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2339       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2340
2341     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2342       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2343       extinction rates.
2344
2345     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2346       tree.
2347
2348     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2349
2350     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2351       as well as some methods are introduced.
2352
2353     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2354       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2355       population size through time are introduced and replace the function
2356       skyline.plot() in version 0.1.
2357
2358     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2359       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2360       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2361       Democratic Republic of Congo.
2362
2363
2364 DEPRECATED & DEFUNCT
2365
2366     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2367       replaced by more elaborate functions (see above).
2368
2369
2370 BUG FIXES
2371
2372     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2373       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2374       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2375       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2376
2377     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2378       AICs and LRTs.
2379
2380     o Various errors were corrected in the help pages.