ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-4
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
   7       alignments in a flexible and efficient way.
   8
   9     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  10       trees of class "phylo" into these respective network classes
  11       defined in the packages of the same names.
  12
  13     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  14       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  15       of the same names.
  16
  17     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  18       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  19
  20     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  21       list of trees with names.
  22
  23
  24 BUG FIXES
  25
  26     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  27
  28     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  29       present.
  30
  31     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
  32
  33     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
  34       was not the root.
  35
  36
  37 OTHER CHANGES
  38
  39     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
  40
  41     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
  42
  43     o The matching representation has now only two columns as the third
  44       column was redundant.
  45
  46
  47
  48                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
  49
  50
  51 NEW FEATURES
  52
  53     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
  54       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
  55
  56
  57 BUG FIXES
  58
  59     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
  60
  61     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  62       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
  63
  64     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
  65       length.
  66
  67     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
  68       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
  69
  70     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
  71       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
  72       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
  73
  74
  75 OTHER CHANGES
  76
  77     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
  78
  79     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
  80       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
  81       man page of as.matching().
  82
  83
  84
  85                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
  86
  87
  88 NEW FEATURES
  89
  90     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
  91       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
  92       second function requires Phylip to be installed on the computer.
  93
  94     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
  95       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
  96
  97
  98 BUG FIXES
  99
 100     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 101
 102     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 103       multichotomous trees.
 104
 105     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 106       turned off.
 107
 108     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 109
 110     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 111
 112     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 113       = FALSE.
 114
 115     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 116       cutree() or rect.hclust().
 117
 118     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 119       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 120
 121     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 122       Jeremy Beaulieu.
 123
 124
 125
 126                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 127
 128
 129 NEW FEATURES
 130
 131     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 132       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 133       and shallowest divergence tree.
 134
 135
 136 BUG FIXES
 137
 138     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 139
 140     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 141
 142     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 143       Filipe Vieira for the fix).
 144
 145
 146
 147                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 148
 149
 150 NEW FEATURES
 151
 152     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 153       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 154       use continuous time algorithms.
 155
 156     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 157       phylogeny.
 158
 159     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 160       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 161       extinction into account.
 162
 163     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 164       discrete characters.
 165
 166     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 167       frequencies from a pair of sequences.
 168
 169     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 170
 171     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 172       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 173
 174     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 175       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 176       and height = NULL.
 177
 178     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 179       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 180       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 181       results has also been improved.
 182
 183     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 184       the gene (FALSE by default).
 185
 186
 187 BUG FIXES
 188
 189     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 190
 191     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 192       Schliep for the fix)
 193
 194     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 195       documentation has been clarified on the formulae used.
 196
 197
 198 OTHER CHANGES
 199
 200     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 201       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 202
 203     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 204       available) as names.
 205
 206     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 207       to contributions by Klaus Schliep.
 208
 209
 210
 211                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 212
 213
 214 NEW FEATURES
 215
 216     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 217       text to be plotted in different fonts.
 218
 219     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 220       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 221       check that the tip labels are the same in all trees.
 222
 223     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 224       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 225
 226     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 227       now documented.
 228
 229
 230 BUG FIXES
 231
 232     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 233       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 234
 235     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 236       simulating a Brownian motion model.
 237
 238
 239
 240                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 241
 242
 243 NEW FEATURES
 244
 245     o There is now a print method for results from ace().
 246
 247     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 248
 249     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 250       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 251
 252
 253 BUG FIXES
 254
 255     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 256
 257     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 258
 259     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 260       failed).
 261
 262
 263 DEPRECATED & DEFUNCT
 264
 265     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 266
 267     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 268
 269
 270 OTHER CHANGES
 271
 272     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 273
 274     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 275       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 276
 277     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 278       removed.
 279
 280
 281
 282                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 283
 284
 285 NEW FEATURES
 286
 287     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 288
 289     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 290       details).
 291
 292     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 293       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 294
 295     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 296       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 297
 298
 299 BUG FIXES
 300
 301     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 302       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 303
 304     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 305       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 306       The same bug occurred with the 'pie' option.
 307
 308     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 309
 310     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 311       more efficient.
 312
 313     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 314       vertical lines representing the nodes.
 315
 316     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 317       in the correct direction though the tip labels were displayed
 318       correctly.
 319
 320
 321 OTHER CHANGES
 322
 323     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 324       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 325       for the two other functions).
 326
 327
 328
 329                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 330
 331
 332 NEW FEATURES
 333
 334     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 335       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 336       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 337       The latter has a biplot method.
 338
 339     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 340       regression through the origin with testing by permutation.
 341
 342     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 343       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 344
 345     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 346       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 347
 348     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 349       and/or tips on a plotted tree.
 350
 351     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 352       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 353
 354     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 355
 356     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 357
 358     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 359       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 360       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 361       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 362
 363
 364 BUG FIXES
 365
 366     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 367       default options with unrooted or radial trees.
 368
 369     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 370       to Otto Cordero for the fix).
 371
 372
 373 OTHER CHANGES
 374
 375     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 376       in dist.topo().
 377
 378
 379
 380                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 381
 382
 383 NEW FEATURES
 384
 385     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 386       argument.
 387
 388     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 389       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 390       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 391       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 392
 393
 394 BUG FIXES
 395
 396     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 397
 398     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 399       lengths and there is a TRANSLATE block.
 400
 401     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 402       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 403       clarification on this behaviour.
 404
 405     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 406       compressed tip labels.
 407
 408     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 409
 410     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 411       when the tree has branch lengths.
 412
 413     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 414       negative (which resulted in an error).
 415
 416     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 417       returned.
 418
 419
 420
 421                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 422
 423
 424 NEW FEATURES
 425
 426     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 427       default is still to return the proportions.
 428
 429
 430 BUG FIXES
 431
 432     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 433       are now ignored.
 434
 435     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 436       the tree: the argument is now ignored.
 437
 438     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 439       Young for the fix).
 440
 441
 442 OTHER CHANGES
 443
 444     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 445       warning (it returned an error previously).
 446
 447     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 448       been modified (as well as their widths and types) following some
 449       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 450
 451     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 452       using 'pie' or 'thermo'.
 453
 454     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 455       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 456       done now).
 457
 458     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 459       help("ape-defunct") with the quotes.
 460
 461
 462 DEPRECATED & DEFUNCT
 463
 464     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 465       theta.s have been moved from ape to pegas.
 466
 467     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 468
 469
 470
 471                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 472
 473
 474 BUG FIXES
 475
 476     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 477
 478     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 479
 480     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 481       attribute.
 482
 483     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 484
 485     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 486       Phelan for the fix).
 487
 488     o seg.sites() failed when passing a vector.
 489
 490     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 491
 492     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 493
 494
 495
 496                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 497
 498
 499 BUG FIXES
 500
 501     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 502
 503     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 504       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 505
 506     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 507       outgroup correctly.
 508
 509     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 510
 511     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 512       "pruningwise" order.
 513
 514     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 515       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 516       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 517
 518
 519
 520                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 521
 522
 523 NEW FEATURES
 524
 525     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 526
 527     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 528
 529     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 530       corrected with respect to this change.
 531
 532     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 533       to be treated as (un)rooted.
 534
 535
 536 BUG FIXES
 537
 538     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 539       pairwise.deletion = FALSE.
 540
 541     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 542
 543     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 544
 545     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 546
 547     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 548
 549     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 550       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 551       times faster.
 552
 553     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 554
 555     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 556
 557
 558 OTHER CHANGES
 559
 560     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 561
 562     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 563       by inherits(phy, "phylo").
 564
 565     o rcoal() is now faster.
 566
 567
 568 DEPRECATED & DEFUNCT
 569
 570     o klastorin() has been removed.
 571
 572
 573
 574                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 575
 576
 577 NEW FEATURES
 578
 579     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 580       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 581       matrices.
 582
 583     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 584       Yule model by maximum likelihood.
 585
 586     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 587       labels in a flexible way.
 588
 589     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 590       handle individual tree names.
 591
 592     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 593       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 594
 595     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 596
 597
 598 BUG FIXES
 599
 600     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 601
 602     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 603
 604     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 605
 606     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 607       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 608       lasting bug).
 609
 610
 611 OTHER CHANGES
 612
 613     o The data set xenarthra has been removed.
 614
 615
 616
 617                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 618
 619 BUG FIXES
 620
 621     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 622       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 623
 624     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 625
 626
 627 OTHER CHANGES
 628
 629     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 630
 631
 632
 633                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 634
 635
 636 NEW FEATURES
 637
 638     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 639       specifying a node number or label.
 640
 641     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 642       operations of the same names.
 643
 644     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 645       specifying model="N".
 646
 647
 648 BUG FIXES
 649
 650     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 651
 652     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 653       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 654       comments inserted within the trees).
 655
 656     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 657       the number of lineages with non-binary trees.
 658
 659
 660 OTHER CHANGES
 661
 662     o ape has now a namespace.
 663
 664     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 665       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 666
 667
 668
 669                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 670
 671
 672 NEW FEATURES
 673
 674     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 675       'pairwise.deletion'.
 676
 677     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 678       more flexible.
 679
 680
 681 BUG FIXES
 682
 683     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 684      'check.labels = TRUE'.
 685
 686    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 687      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 688      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 689
 690    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 691      breaks in the Newick string.
 692
 693    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 694      gaps.
 695
 696
 697 OTHER CHANGES
 698
 699     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 700       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 701
 702     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 703       which is returned unchanged (instead of an error).
 704
 705     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 706       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 707       read.tree().
 708
 709
 710
 711                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 712
 713
 714 NEW FEATURES
 715
 716     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 717       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 718       truncate and/or make them unique, substituting some
 719       characters, and so on.
 720
 721     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 722       set of DNA sequences.
 723
 724     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 725
 726
 727 BUG FIXES
 728
 729     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 730       already the specified root.
 731
 732     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 733
 734     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 735       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 736
 737     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 738       trees.
 739
 740     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 741       translation of tip labels.
 742
 743     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 744       a single tree with no edge lengths.
 745
 746     o A bug was fixed in sh.test().
 747
 748
 749 OTHER CHANGES
 750
 751     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 752       Minin.
 753
 754     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 755       TRUE by default.
 756
 757     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 758       the Phylip formats.
 759
 760
 761
 762                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 763
 764
 765 NEW FEATURES
 766
 767     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 768       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 769       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 770       (without plotting).
 771
 772     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 773       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 774
 775     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 776       help page for details.
 777
 778     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 779       bootstraped trees (the default is FALSE).
 780
 781     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 782       situations.
 783
 784
 785 BUG FIXES
 786
 787     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 788       first sequence.
 789
 790     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 791       circular tree (type = "r" or "f").
 792
 793     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 794       trees.
 795
 796     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 797       (thanks to Yan Wong for the fix).
 798
 799     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 800
 801     o seg.sites() failed with a list.
 802
 803     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 804       as well and is faster.
 805
 806
 807
 808                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 809
 810
 811 BUG FIXES
 812
 813     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 814
 815     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 816       states by generalized least squares in ace().
 817
 818     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 819
 820     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 821       "cladewise".
 822
 823
 824
 825                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 826
 827
 828 NEW FEATURES
 829
 830     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 831       and [[.
 832
 833     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 834       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 835
 836     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 837       than in plot.default().
 838
 839
 840 BUG FIXES
 841
 842     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 843       list of trees.
 844
 845     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 846       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 847       worked already for thermometers).
 848
 849     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 850
 851
 852 OTHER CHANGES
 853
 854     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 855       as well as a character string.
 856
 857     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 858       'tree.names = NULL'.
 859
 860     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 861       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 862       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 863       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 864       correctly when extracting trees.
 865
 866
 867
 868                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 869
 870
 871 NEW FEATURES
 872
 873     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 874
 875     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 876       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 877
 878
 879 BUG FIXES
 880
 881     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 882       pairwise.deletion = FALSE.
 883
 884
 885 OTHER CHANGES
 886
 887     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 888       have been improved so that they are stabler and faster.
 889
 890     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 891       are loaded only when needed.
 892
 893
 894
 895                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 896
 897
 898 NEW FEATURES
 899
 900     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 901       tree using the mouse.
 902
 903     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 904       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 905
 906     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 907       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 908       an object of class "DNAbin".
 909
 910     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 911       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 912
 913     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 914       as its main argument.
 915
 916     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 917       improved, and gain several options (see the help page for
 918       details). A legend is now plotted by default.
 919
 920
 921 BUG FIXES
 922
 923     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 924       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 925       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 926       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 927
 928     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 929       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 930       single line).
 931
 932     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 933       edges (see OTHER CHANGES).
 934
 935
 936 OTHER CHANGES
 937
 938     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 939       should be much stabler. The options have been also greatly
 940       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 941
 942     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 943
 944     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 945       been cleaned-up.
 946
 947     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 948       improved.
 949
 950     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 951       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 952       correction applied in previous version did not work in all
 953       situations.
 954
 955     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 956       "multiPhylo".
 957
 958
 959 DOCUMENTATION
 960
 961     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 962
 963
 964 DEPRECATED & DEFUNCT
 965
 966     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 967       lengths.
 968
 969     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 970
 971
 972
 973                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 974
 975
 976 NEW FEATURES
 977
 978     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 979       matrix.
 980
 981     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 982       a list.
 983
 984     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 985       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 986
 987
 988 BUG FIXES
 989
 990     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 991       looked for.
 992
 993     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 994       incorrect.
 995
 996     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 997       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 998
 999     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1000       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1001       GTR in mlphylo().
1002
1003     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1004       Bullard).
1005
1006     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1007       limited number of labelled topologies could be generated.
1008
1009
1010
1011                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1012
1013
1014 NEW FEATURES
1015
1016     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1017       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1018       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1019       previous programs done by Vincent Lefort.
1020
1021     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1022       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1023       Evol. 24: 58).
1024
1025     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1026       two clades connected to the same node. It works also with
1027       multichotomous nodes.
1028
1029     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1030       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1031       keeping the names and the class.
1032
1033
1034 BUG FIXES
1035
1036     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1037       an error message is now returned.
1038
1039     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1040       to remove.
1041
1042
1043
1044                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1045
1046
1047 NEW FEATURES
1048
1049     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1050       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1051
1052     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1053       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1054       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1055       should be much faster.
1056
1057
1058 BUG FIXES
1059
1060     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1061       from ape 1.10: this is fixed in this version
1062
1063     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1064       object is now returned unchanged.
1065
1066
1067
1068                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1069
1070
1071 NEW FEATURES
1072
1073     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1074       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1075
1076
1077 BUG FIXES
1078
1079     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1080       object when reading multiple trees.
1081
1082     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1083       "phylo").
1084
1085     o unroot() did not work correctly in most cases.
1086
1087     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1088
1089     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1090
1091     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1092       correctly positioned if the option `cex' was used.
1093
1094
1095
1096                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1097
1098
1099 NEW FEATURES
1100
1101     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1102       DNA sequences in binary format (see below).
1103
1104     o Three new functions have been introduced to convert between the
1105       new binary and the character formats.
1106
1107     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1108       single characters into the class "alignment" used by the package
1109       seqinr.
1110
1111     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1112       controlling whether the sequences are returned in binary format
1113       or as character.
1114
1115
1116 BUG FIXES
1117
1118     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1119
1120     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1121       the default setting: this is fixed.
1122
1123     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1124       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1125
1126
1127 OTHER CHANGES
1128
1129     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1130       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1131       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1132       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1133       ca. 60 times faster).
1134
1135
1136
1137                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1138
1139
1140 BUG FIXES
1141
1142     o A bug was fixed in edgelabels().
1143
1144     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1145       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1146       now its tip labels set to "1", "2", ...
1147
1148     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1149       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1150
1151     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1152       initial tree were greater than one: an error message is now
1153       issued.
1154
1155     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1156       invariants: this is fixed.
1157
1158
1159
1160                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1161
1162
1163 NEW FEATURES
1164
1165     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1166       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1167
1168
1169 BUG FIXES
1170
1171     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1172       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1173
1174     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1175
1176     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1177       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1178       prop.clades, and boot.phylo.
1179
1180     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1181       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1182
1183
1184
1185                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1186
1187
1188 NEW FEATURES
1189
1190     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1191       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1192
1193     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1194       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1195       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1196
1197
1198 BUG FIXES
1199
1200     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1201
1202     o Some bugs were fixed in chronopl().
1203
1204     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1205       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1206
1207     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1208       fixed.
1209
1210
1211 OTHER CHANGES
1212
1213     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1214       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1215       format are still returned in a list.
1216
1217     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1218       it could not be used from the generic.
1219
1220
1221 DEPRECATED & DEFUNCT
1222
1223     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1224       since ape 1.9.
1225
1226
1227
1228                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1229
1230
1231 BUG FIXES
1232
1233     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1234       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1235
1236     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1237       unrooted tree in most cases.
1238
1239     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1240       particularly of the BX-series.
1241
1242     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1243       fixed
1244
1245
1246
1247                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1248
1249
1250 NEW FEATURES
1251
1252     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1253       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1254       displayed in a compact and informative way.
1255
1256     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1257       for converting between the old and new coding of the class
1258       "phylo".
1259
1260     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1261       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1262
1263     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1264       available to compute branch lengths.
1265
1266     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1267
1268
1269 BUG FIXES
1270
1271     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1272       multichotomous trees: this is fixed.
1273
1274     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1275       returned unchanged.
1276
1277     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1278       models: this is fixed.
1279
1280     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1281       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1282       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1283       accepts trees with no branch lengths.
1284
1285     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1286       user distribution was specified. This has been corrected, and
1287       the help page of this function has been expanded.
1288
1289
1290 OTHER CHANGES
1291
1292     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1293       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1294       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1295       functions has been improved.
1296
1297     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1298       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1299
1300     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1301
1302     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1303       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1304
1305     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1306       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1307       labels.
1308
1309     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1310
1311     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1312       been removed.
1313
1314     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1315
1316     o The use of node.depth() has been simplified.
1317
1318
1319
1320                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1321
1322
1323 NEW FEATURES
1324
1325     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1326       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1327       sequences in NEXUS files.
1328
1329     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1330       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1331       reorder(tr).
1332
1333     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1334       edge.
1335
1336     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1337       in NEXUS format.
1338
1339
1340 BUG FIXES
1341
1342     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1343       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1344
1345     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1346       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1347       Newick format (parentheses, etc.)
1348
1349     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1350       now fixed.
1351
1352
1353
1354                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1355
1356
1357 NEW FEATURES
1358
1359     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1360       Hasegawa test.
1361
1362     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1363       single descendant from a tree.
1364
1365     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1366       colours of the tips.
1367
1368     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1369       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1370
1371
1372 BUG FIXES
1373
1374     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1375       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1376
1377     o ace() returned a list with no class so that the generic
1378       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1379       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1380
1381     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1382       of freedom: this is fixed.
1383
1384     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1385       a data frame: this is fixed.
1386
1387     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1388       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1389
1390
1391 OTHER CHANGES
1392
1393     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1394       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1395       respectively.
1396
1397
1398
1399                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1400
1401
1402 NEW FEATURES
1403
1404     o There are four new `method' functions to be used with the
1405       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1406
1407     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1408       change the title, and `col' to control the colour of the
1409       segments showing the AIC values.
1410
1411     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1412       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1413       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1414       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1415
1416     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1417       represent proportions, with any number of categories, as
1418       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1419       there is now no limitation on the number of categories.
1420
1421
1422 BUG FIXES
1423
1424     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1425       fixed.
1426
1427     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1428       in the tree: this is fixed.
1429
1430     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1431       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1432
1433     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1434       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1435
1436     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1437       is fixed and a message error is now returned.
1438
1439     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1440       the calculation of P-values.
1441
1442     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1443       and in the variables were different: this is fixed.
1444
1445
1446
1447                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1448
1449
1450 NEW FEATURES
1451
1452     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1453       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1454       is used to define the substitution model which may include
1455       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1456       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1457       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1458       functionality is limited to estimating the substitution and
1459       associated parameters and computing the likelihood.
1460
1461     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1462       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1463       warning message is printed if there is not enough degrees of
1464       freedom.
1465
1466
1467 BUG FIXES
1468
1469     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1470       though with no consequence.
1471
1472
1473
1474                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1475
1476
1477 NEW FEATURES
1478
1479     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1480       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1481       documented on the same help page.
1482
1483
1484 BUG FIXES
1485
1486     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1487       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1488       boot.phylo, or consensus.
1489
1490     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1491       more than one element: this is fixed.
1492
1493     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1494       has been corrected.
1495
1496     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1497       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1498       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1499
1500
1501 OTHER CHANGES
1502
1503     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1504       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1505       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1506
1507
1508
1509                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1510
1511
1512 NEW FEATURES
1513
1514     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1515       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1516
1517     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1518       list of trees.
1519
1520     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1521       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1522
1523     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1524       tree together with ancestral values, as returned by the above
1525       function.
1526
1527     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1528       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1529
1530     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1531
1532     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1533       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1534
1535     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1536
1537     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1538       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1539
1540     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1541       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1542       and summary (to extract the numbers) methods.
1543
1544     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1545       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1546
1547     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1548       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1549       respectively.
1550
1551     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1552
1553
1554 BUG FIXES
1555
1556     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1557       handled corretly, and node labels are now output normally.
1558
1559     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1560       in some cases.
1561
1562     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1563       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1564       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1565       warning message is now returned; this latter bug was also
1566       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1567
1568     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1569       is now returned.
1570
1571     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1572       was not always correctly dispatched.
1573
1574     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1575       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1576
1577
1578 OTHER CHANGES
1579
1580     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1581
1582     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1583
1584     o Various error and warning messages have been improved.
1585
1586
1587
1588                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1589 NEW FEATURES
1590
1591     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1592       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1593       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1594
1595     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1596       of directional evolution for continuous characters. The user
1597       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1598       changes.
1599
1600     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1601       "phylo") is rooted.
1602
1603     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1604       the possibility to specify the function that generates the
1605       inter-nodes distances.
1606
1607     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1608       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1609
1610     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1611       to three classes) on the nodes of a tree.
1612
1613     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1614       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1615       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1616       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1617       3) are now handled correctly.
1618
1619     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1620       for Penny and Henny's method (already available before and now
1621       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1622       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1623
1624     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1625       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1626       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1627       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1628
1629     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1630       DNA sequences by specifying model = "raw".
1631
1632     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1633       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1634       `full = FALSE'.
1635
1636
1637 BUG FIXES
1638
1639     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1640
1641     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1642       they are now considered as missing data.
1643
1644     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1645       fixed.
1646
1647     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1648       and the function has been improved and is now faster.
1649
1650     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1651       incorrect.
1652
1653     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1654       this is fixed.
1655
1656     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1657       rooted and unrooted trees.
1658
1659     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1660       fixed.
1661
1662     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1663
1664
1665
1666                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1667
1668
1669 NEW FEATURES
1670
1671     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1672       between two trees.
1673
1674     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1675       phylogeny estimation.
1676
1677     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1678       bipartitions from a series of trees.
1679
1680
1681 OTHER CHANGES
1682
1683     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1684       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1685       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1686
1687
1688 BUG FIXES
1689
1690     o Several bugs were fixed in read.dna().
1691
1692     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1693
1694     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1695       lengths: this is fixed.
1696
1697     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1698       tree: this is fixed.
1699
1700
1701
1702                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1703
1704
1705 NEW FEATURES
1706
1707     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1708       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1709       latter implements the representation of binary trees introduced by
1710       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1711       as.matching() has been introduced as well.
1712
1713     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1714       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1715
1716     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1717       from a sample a DNA sequences.
1718
1719     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1720       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1721       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1722       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1723       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1724       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1725       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1726       `GCcontent' has been removed.
1727
1728     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1729       whether to return the species names of the organisms in addition
1730       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1731       behaviour).
1732
1733     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1734
1735     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1736       new root edge if internal branches are trimmed.
1737
1738
1739 BUG FIXES
1740
1741     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1742       is fixed.
1743
1744     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1745       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1746       different representations (a report was printed previously).
1747
1748     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1749       this is fixed.
1750
1751
1752 OTHER CHANGES
1753
1754     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1755       which there is a print method.
1756
1757
1758
1759                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1760
1761
1762 NEW FEATURES
1763
1764     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1765       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1766       Evol., 4:406).
1767
1768     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1769       that belong to a group specified as a set of tips.
1770
1771     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1772       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1773       "phylo".
1774
1775     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1776       phylogeny plot.
1777
1778     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1779       in different cases and giving a number of tips.
1780
1781     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1782       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1783       line.
1784
1785     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1786       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1787       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1788       marked with the option `subtree' (see below).
1789
1790     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1791       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1792       deleted and where.
1793
1794     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1795       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1796       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1797
1798     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1799       edge lengths into account.
1800
1801     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1802       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1803       they are propagated to the vertical line that link them.
1804
1805
1806 BUG FIXES
1807
1808     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1809       crashing. This is fixed.
1810
1811     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1812       now properly recycled; their default values are now "black" and
1813       1, respectively.
1814
1815     o A bug has been fixed in write.nexus().
1816
1817
1818 OTHER CHANGES
1819
1820     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1821       replaced by a C code.
1822
1823
1824
1825                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1826
1827
1828 NEW FEATURES
1829
1830     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1831       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1832
1833     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1834       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1835       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1836       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1837       limit (as before).
1838
1839
1840
1841                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1842
1843
1844 NEW FEATURES
1845
1846     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1847       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1848       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1849       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1850       display graphically the AIC values of each model.
1851
1852     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1853       a model where the speciation rate is affected by several species
1854       traits through a generalized linear model. The parameters are
1855       estimated by maximum likelihood.
1856
1857     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1858       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1859       species given a phylogeny under different models of evolution.
1860       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1861       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1862       Initialize.corPhyl() function associated.
1863
1864     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1865       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1866
1867     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1868       a plot method.
1869
1870     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1871       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1872       correlograms.
1873
1874     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1875       of a subtree defined by a particular node.
1876
1877     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1878       given parent node.
1879
1880     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1881       a tree according to a specified method.
1882
1883     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1884       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1885       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1886       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1887       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1888
1889
1890 BUG FIXES
1891
1892     o Some functions which try to match tip labels and names of
1893       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1894       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1895       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1896       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1897       have been clarified on this point.
1898
1899
1900
1901                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1902
1903
1904 NEW FEATURES
1905
1906     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1907       to a specified outgroup.
1908
1909     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1910
1911     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1912       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1913       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1914       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1915       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1916       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1917       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1918
1919     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1920
1921
1922 BUG FIXES
1923
1924     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1925       lengths: this is fixed.
1926
1927     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1928       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1929
1930
1931
1932                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1933
1934
1935 NEW FEATURES
1936
1937     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1938       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1939       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1940
1941     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1942       has been included.
1943
1944
1945 BUG FIXES
1946
1947     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1948
1949
1950 OTHER CHANGES
1951
1952     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1953       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1954
1955
1956
1957                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1958
1959
1960 NEW FEATURES
1961
1962     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1963       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1964       speciation and extinction rates.
1965
1966
1967 OTHER CHANGES
1968
1969     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1970       since only the function compar.gee() calls gee.
1971
1972
1973
1974                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1975
1976
1977 NEW FEATURES
1978
1979     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1980       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1981       demographic history from genealogies using a reversible jump
1982       MCMC have been introduced.
1983
1984     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1985       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1986
1987
1988
1989                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1990
1991
1992 NEW FEATURES
1993
1994     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1995       without branch lengths.
1996
1997     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1998       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1999       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2000       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2001
2002
2003 BUG FIXES
2004
2005     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2006       this is fixed.
2007
2008     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2009       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2010
2011
2012 OTHER CHANGES
2013
2014     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2015       algorithm: it is now about four times faster.
2016
2017     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2018       twice faster.
2019
2020
2021
2022                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2023
2024
2025 NEW FEATURES
2026
2027     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2028       sample of DNA sequences.
2029
2030
2031 BUG FIXES
2032
2033     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2034       1.2-1 was fixed.
2035
2036     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2037       help pages.
2038
2039
2040
2041                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2042
2043
2044 NEW FEATURES
2045
2046     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2047       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2048
2049
2050 BUG FIXES
2051
2052     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2053       comment blocks were not read correctly.
2054
2055     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2056       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2057       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2058       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2059       a warning message is now issued.
2060
2061
2062
2063                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2064
2065
2066 NEW FEATURES
2067
2068     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2069       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2070       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2071       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2072       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2073       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2074       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2075       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2076       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2077       see the respective help pages for details.
2078
2079     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2080       focusing on a small portion of it.
2081
2082     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2083       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2084
2085     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2086       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2087       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2088       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2089       (see below); the default behaviour is no more to display the
2090       sequences on the standard output. Several options have been
2091       introduced to control the sequence printing in a flexible
2092       way. The help page has been extended.
2093
2094     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2095
2096
2097 BUG FIXES
2098
2099     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2100       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2101
2102     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2103
2104     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2105       function did not work with `format = "interleaved"'.
2106
2107     o Various errors were corrected in the help pages.
2108
2109
2110 OTHER CHANGES
2111
2112     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2113       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2114       the corresponding generic function.
2115
2116     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2117       since gamma() is a generic function.
2118
2119
2120
2121                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2122
2123
2124 BUG FIXES
2125
2126     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2127       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2128       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2129       vector of length 4 is always returned).
2130
2131     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2132       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2133       command in the NEXUS file, and that the commands were
2134       case-sensitive.
2135
2136
2137
2138                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2139
2140
2141 NEW FEATURES
2142
2143     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2144       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2145
2146     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2147       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2148       sylvaticus).
2149
2150
2151 BUG FIXES
2152
2153     o A bug in read.nexus() was fixed.
2154
2155     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2156       The function has been completely re-written and its help page
2157       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2158       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2159       spaces (this behaviour was undocumented).
2160
2161     o A bug was fixed in write.dna().
2162
2163
2164
2165                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2166
2167
2168 BUG FIXES
2169
2170     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2171
2172     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2173       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2174
2175
2176
2177                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2178
2179
2180 NEW FEATURES
2181
2182     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2183       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2184       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2185       the function klastorin()).
2186
2187     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2188       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2189       as.phylo for details).
2190
2191     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2192       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2193       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2194       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2195       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2196
2197     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2198       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2199
2200     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2201       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2202       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2203       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2204       (this behaviour was undocumented).
2205
2206     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2207       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2208       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2209
2210     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2211       the estimated parameters using profile likelihood.
2212
2213     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2214       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2215       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2216
2217
2218 BUG FIXES
2219
2220     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2221
2222     o A bug in plot.mst() was fixed.
2223
2224     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2225       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2226
2227
2228
2229                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2230
2231
2232 NEW FEATURES
2233
2234     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2235       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2236
2237     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2238       in a NEXUS file.
2239
2240     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2241       possibly handling root edges to give internal branches.
2242
2243     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2244       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2245
2246     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2247
2248     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2249       branches with different colours and/or different widths, showing the
2250       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2251       the labels, and controling the space around the plot.
2252
2253     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2254       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2255       objects of class "phylo" is now optional.
2256
2257     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2258       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2259       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2260       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2261
2262     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2263       to read the tree in a variable of mode character.
2264
2265     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2266       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2267
2268
2269
2270                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2271
2272
2273 BUG FIXES
2274
2275     o Several bugs were fixed in the help pages.
2276
2277
2278
2279                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2280
2281
2282 NEW FEATURES
2283
2284     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2285       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2286
2287     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2288       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2289       extinction rates.
2290
2291     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2292       tree.
2293
2294     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2295
2296     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2297       as well as some methods are introduced.
2298
2299     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2300       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2301       population size through time are introduced and replace the function
2302       skyline.plot() in version 0.1.
2303
2304     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2305       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2306       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2307       Democratic Republic of Congo.
2308
2309
2310 DEPRECATED & DEFUNCT
2311
2312     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2313       replaced by more elaborate functions (see above).
2314
2315
2316 BUG FIXES
2317
2318     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2319       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2320       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2321       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2322
2323     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2324       AICs and LRTs.
2325
2326     o Various errors were corrected in the help pages.