ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
   7       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
  13
  14     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  15       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
  16
  17     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
  18       length.
  19
  20     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
  21       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
  22
  23
  24 OTHER CHANGES
  25
  26     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
  27
  28     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
  29       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
  30       man page of as.matching().
  31
  32
  33
  34                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
  35
  36
  37 NEW FEATURES
  38
  39     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
  40       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
  41       second function requires Phylip to be installed on the computer.
  42
  43     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
  44       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
  45
  46
  47 BUG FIXES
  48
  49     o write.tree() failed to output correctly tree names.
  50
  51     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
  52       multichotomous trees.
  53
  54     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
  55       turned off.
  56
  57     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
  58
  59     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
  60
  61     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
  62       = FALSE.
  63
  64     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
  65       cutree() or rect.hclust().
  66
  67     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
  68       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
  69
  70     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
  71       Jeremy Beaulieu.
  72
  73
  74
  75                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
  76
  77
  78 NEW FEATURES
  79
  80     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
  81       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
  82       and shallowest divergence tree.
  83
  84
  85 BUG FIXES
  86
  87     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
  88
  89     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
  90
  91     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  92       Filipe Vieira for the fix).
  93
  94
  95
  96                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
  97
  98
  99 NEW FEATURES
 100
 101     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 102       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 103       use continuous time algorithms.
 104
 105     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 106       phylogeny.
 107
 108     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 109       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 110       extinction into account.
 111
 112     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 113       discrete characters.
 114
 115     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 116       frequencies from a pair of sequences.
 117
 118     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 119
 120     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 121       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 122
 123     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 124       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 125       and height = NULL.
 126
 127     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 128       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 129       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 130       results has also been improved.
 131
 132     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 133       the gene (FALSE by default).
 134
 135
 136 BUG FIXES
 137
 138     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 139
 140     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 141       Schliep for the fix)
 142
 143     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 144       documentation has been clarified on the formulae used.
 145
 146
 147 OTHER CHANGES
 148
 149     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 150       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 151
 152     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 153       available) as names.
 154
 155     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 156       to contributions by Klaus Schliep.
 157
 158
 159
 160                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 161
 162
 163 NEW FEATURES
 164
 165     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 166       text to be plotted in different fonts.
 167
 168     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 169       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 170       check that the tip labels are the same in all trees.
 171
 172     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 173       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 174
 175     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 176       now documented.
 177
 178
 179 BUG FIXES
 180
 181     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 182       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 183
 184     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 185       simulating a Brownian motion model.
 186
 187
 188
 189                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 190
 191
 192 NEW FEATURES
 193
 194     o There is now a print method for results from ace().
 195
 196     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 197
 198     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 199       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 200
 201
 202 BUG FIXES
 203
 204     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 205
 206     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 207
 208     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 209       failed).
 210
 211
 212 DEPRECATED & DEFUNCT
 213
 214     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 215
 216     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 217
 218
 219 OTHER CHANGES
 220
 221     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 222
 223     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 224       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 225
 226     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 227       removed.
 228
 229
 230
 231                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 232
 233
 234 NEW FEATURES
 235
 236     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 237
 238     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 239       details).
 240
 241     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 242       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 243
 244     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 245       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 246
 247
 248 BUG FIXES
 249
 250     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 251       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 252
 253     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 254       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 255       The same bug occurred with the 'pie' option.
 256
 257     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 258
 259     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 260       more efficient.
 261
 262     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 263       vertical lines representing the nodes.
 264
 265     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 266       in the correct direction though the tip labels were displayed
 267       correctly.
 268
 269
 270 OTHER CHANGES
 271
 272     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 273       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 274       for the two other functions).
 275
 276
 277
 278                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 279
 280
 281 NEW FEATURES
 282
 283     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 284       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 285       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 286       The latter has a biplot method.
 287
 288     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 289       regression through the origin with testing by permutation.
 290
 291     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 292       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 293
 294     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 295       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 296
 297     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 298       and/or tips on a plotted tree.
 299
 300     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 301       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 302
 303     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 304
 305     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 306
 307     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 308       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 309       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 310       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 311
 312
 313 BUG FIXES
 314
 315     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 316       default options with unrooted or radial trees.
 317
 318     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 319       to Otto Cordero for the fix).
 320
 321
 322 OTHER CHANGES
 323
 324     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 325       in dist.topo().
 326
 327
 328
 329                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 330
 331
 332 NEW FEATURES
 333
 334     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 335       argument.
 336
 337     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 338       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 339       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 340       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 341
 342
 343 BUG FIXES
 344
 345     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 346
 347     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 348       lengths and there is a TRANSLATE block.
 349
 350     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 351       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 352       clarification on this behaviour.
 353
 354     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 355       compressed tip labels.
 356
 357     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 358
 359     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 360       when the tree has branch lengths.
 361
 362     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 363       negative (which resulted in an error).
 364
 365     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 366       returned.
 367
 368
 369
 370                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 371
 372
 373 NEW FEATURES
 374
 375     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 376       default is still to return the proportions.
 377
 378
 379 BUG FIXES
 380
 381     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 382       are now ignored.
 383
 384     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 385       the tree: the argument is now ignored.
 386
 387     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 388       Young for the fix).
 389
 390
 391 OTHER CHANGES
 392
 393     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 394       warning (it returned an error previously).
 395
 396     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 397       been modified (as well as their widths and types) following some
 398       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 399
 400     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 401       using 'pie' or 'thermo'.
 402
 403     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 404       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 405       done now).
 406
 407     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 408       help("ape-defunct") with the quotes.
 409
 410
 411 DEPRECATED & DEFUNCT
 412
 413     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 414       theta.s have been moved from ape to pegas.
 415
 416     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 417
 418
 419
 420                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 421
 422
 423 BUG FIXES
 424
 425     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 426
 427     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 428
 429     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 430       attribute.
 431
 432     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 433
 434     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 435       Phelan for the fix).
 436
 437     o seg.sites() failed when passing a vector.
 438
 439     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 440
 441     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 442
 443
 444
 445                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 446
 447
 448 BUG FIXES
 449
 450     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 451
 452     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 453       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 454
 455     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 456       outgroup correctly.
 457
 458     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 459
 460     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 461       "pruningwise" order.
 462
 463     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 464       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 465       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 466
 467
 468
 469                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 470
 471
 472 NEW FEATURES
 473
 474     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 475
 476     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 477
 478     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 479       corrected with respect to this change.
 480
 481     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 482       to be treated as (un)rooted.
 483
 484
 485 BUG FIXES
 486
 487     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 488       pairwise.deletion = FALSE.
 489
 490     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 491
 492     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 493
 494     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 495
 496     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 497
 498     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 499       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 500       times faster.
 501
 502     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 503
 504     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 505
 506
 507 OTHER CHANGES
 508
 509     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 510
 511     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 512       by inherits(phy, "phylo").
 513
 514     o rcoal() is now faster.
 515
 516
 517 DEPRECATED & DEFUNCT
 518
 519     o klastorin() has been removed.
 520
 521
 522
 523                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 524
 525
 526 NEW FEATURES
 527
 528     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 529       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 530       matrices.
 531
 532     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 533       Yule model by maximum likelihood.
 534
 535     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 536       labels in a flexible way.
 537
 538     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 539       handle individual tree names.
 540
 541     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 542       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 543
 544     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 545
 546
 547 BUG FIXES
 548
 549     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 550
 551     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 552
 553     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 554
 555     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 556       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 557       lasting bug).
 558
 559
 560 OTHER CHANGES
 561
 562     o The data set xenarthra has been removed.
 563
 564
 565
 566                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 567
 568 BUG FIXES
 569
 570     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 571       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 572
 573     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 574
 575
 576 OTHER CHANGES
 577
 578     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 579
 580
 581
 582                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 583
 584
 585 NEW FEATURES
 586
 587     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 588       specifying a node number or label.
 589
 590     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 591       operations of the same names.
 592
 593     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 594       specifying model="N".
 595
 596
 597 BUG FIXES
 598
 599     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 600
 601     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 602       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 603       comments inserted within the trees).
 604
 605     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 606       the number of lineages with non-binary trees.
 607
 608
 609 OTHER CHANGES
 610
 611     o ape has now a namespace.
 612
 613     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 614       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 615
 616
 617
 618                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 619
 620
 621 NEW FEATURES
 622
 623     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 624       'pairwise.deletion'.
 625
 626     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 627       more flexible.
 628
 629
 630 BUG FIXES
 631
 632     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 633      'check.labels = TRUE'.
 634
 635    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 636      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 637      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 638
 639    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 640      breaks in the Newick string.
 641
 642    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 643      gaps.
 644
 645
 646 OTHER CHANGES
 647
 648     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 649       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 650
 651     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 652       which is returned unchanged (instead of an error).
 653
 654     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 655       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 656       read.tree().
 657
 658
 659
 660                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 661
 662
 663 NEW FEATURES
 664
 665     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 666       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 667       truncate and/or make them unique, substituting some
 668       characters, and so on.
 669
 670     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 671       set of DNA sequences.
 672
 673     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 674
 675
 676 BUG FIXES
 677
 678     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 679       already the specified root.
 680
 681     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 682
 683     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 684       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 685
 686     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 687       trees.
 688
 689     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 690       translation of tip labels.
 691
 692     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 693       a single tree with no edge lengths.
 694
 695     o A bug was fixed in sh.test().
 696
 697
 698 OTHER CHANGES
 699
 700     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 701       Minin.
 702
 703     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 704       TRUE by default.
 705
 706     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 707       the Phylip formats.
 708
 709
 710
 711                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 712
 713
 714 NEW FEATURES
 715
 716     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 717       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 718       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 719       (without plotting).
 720
 721     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 722       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 723
 724     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 725       help page for details.
 726
 727     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 728       bootstraped trees (the default is FALSE).
 729
 730     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 731       situations.
 732
 733
 734 BUG FIXES
 735
 736     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 737       first sequence.
 738
 739     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 740       circular tree (type = "r" or "f").
 741
 742     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 743       trees.
 744
 745     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 746       (thanks to Yan Wong for the fix).
 747
 748     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 749
 750     o seg.sites() failed with a list.
 751
 752     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 753       as well and is faster.
 754
 755
 756
 757                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 758
 759
 760 BUG FIXES
 761
 762     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 763
 764     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 765       states by generalized least squares in ace().
 766
 767     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 768
 769     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 770       "cladewise".
 771
 772
 773
 774                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 775
 776
 777 NEW FEATURES
 778
 779     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 780       and [[.
 781
 782     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 783       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 784
 785     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 786       than in plot.default().
 787
 788
 789 BUG FIXES
 790
 791     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 792       list of trees.
 793
 794     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 795       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 796       worked already for thermometers).
 797
 798     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 799
 800
 801 OTHER CHANGES
 802
 803     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 804       as well as a character string.
 805
 806     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 807       'tree.names = NULL'.
 808
 809     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 810       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 811       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 812       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 813       correctly when extracting trees.
 814
 815
 816
 817                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 818
 819
 820 NEW FEATURES
 821
 822     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 823
 824     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 825       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 826
 827
 828 BUG FIXES
 829
 830     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 831       pairwise.deletion = FALSE.
 832
 833
 834 OTHER CHANGES
 835
 836     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 837       have been improved so that they are stabler and faster.
 838
 839     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 840       are loaded only when needed.
 841
 842
 843
 844                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 845
 846
 847 NEW FEATURES
 848
 849     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 850       tree using the mouse.
 851
 852     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 853       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 854
 855     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 856       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 857       an object of class "DNAbin".
 858
 859     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 860       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 861
 862     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 863       as its main argument.
 864
 865     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 866       improved, and gain several options (see the help page for
 867       details). A legend is now plotted by default.
 868
 869
 870 BUG FIXES
 871
 872     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 873       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 874       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 875       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 876
 877     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 878       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 879       single line).
 880
 881     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 882       edges (see OTHER CHANGES).
 883
 884
 885 OTHER CHANGES
 886
 887     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 888       should be much stabler. The options have been also greatly
 889       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 890
 891     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 892
 893     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 894       been cleaned-up.
 895
 896     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 897       improved.
 898
 899     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 900       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 901       correction applied in previous version did not work in all
 902       situations.
 903
 904     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 905       "multiPhylo".
 906
 907
 908 DOCUMENTATION
 909
 910     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 911
 912
 913 DEPRECATED & DEFUNCT
 914
 915     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 916       lengths.
 917
 918     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 919
 920
 921
 922                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 923
 924
 925 NEW FEATURES
 926
 927     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 928       matrix.
 929
 930     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 931       a list.
 932
 933     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 934       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 935
 936
 937 BUG FIXES
 938
 939     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 940       looked for.
 941
 942     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 943       incorrect.
 944
 945     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 946       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 947
 948     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 949       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 950       GTR in mlphylo().
 951
 952     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 953       Bullard).
 954
 955     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 956       limited number of labelled topologies could be generated.
 957
 958
 959
 960                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 961
 962
 963 NEW FEATURES
 964
 965     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 966       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 967       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 968       previous programs done by Vincent Lefort.
 969
 970     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 971       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 972       Evol. 24: 58).
 973
 974     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 975       two clades connected to the same node. It works also with
 976       multichotomous nodes.
 977
 978     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 979       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 980       keeping the names and the class.
 981
 982
 983 BUG FIXES
 984
 985     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 986       an error message is now returned.
 987
 988     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 989       to remove.
 990
 991
 992
 993                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 994
 995
 996 NEW FEATURES
 997
 998     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 999       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1000
1001     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1002       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1003       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1004       should be much faster.
1005
1006
1007 BUG FIXES
1008
1009     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1010       from ape 1.10: this is fixed in this version
1011
1012     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1013       object is now returned unchanged.
1014
1015
1016
1017                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1018
1019
1020 NEW FEATURES
1021
1022     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1023       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1024
1025
1026 BUG FIXES
1027
1028     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1029       object when reading multiple trees.
1030
1031     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1032       "phylo").
1033
1034     o unroot() did not work correctly in most cases.
1035
1036     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1037
1038     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1039
1040     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1041       correctly positioned if the option `cex' was used.
1042
1043
1044
1045                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1046
1047
1048 NEW FEATURES
1049
1050     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1051       DNA sequences in binary format (see below).
1052
1053     o Three new functions have been introduced to convert between the
1054       new binary and the character formats.
1055
1056     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1057       single characters into the class "alignment" used by the package
1058       seqinr.
1059
1060     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1061       controlling whether the sequences are returned in binary format
1062       or as character.
1063
1064
1065 BUG FIXES
1066
1067     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1068
1069     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1070       the default setting: this is fixed.
1071
1072     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1073       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1074
1075
1076 OTHER CHANGES
1077
1078     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1079       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1080       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1081       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1082       ca. 60 times faster).
1083
1084
1085
1086                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1087
1088
1089 BUG FIXES
1090
1091     o A bug was fixed in edgelabels().
1092
1093     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1094       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1095       now its tip labels set to "1", "2", ...
1096
1097     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1098       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1099
1100     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1101       initial tree were greater than one: an error message is now
1102       issued.
1103
1104     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1105       invariants: this is fixed.
1106
1107
1108
1109                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1110
1111
1112 NEW FEATURES
1113
1114     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1115       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1116
1117
1118 BUG FIXES
1119
1120     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1121       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1122
1123     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1124
1125     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1126       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1127       prop.clades, and boot.phylo.
1128
1129     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1130       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1131
1132
1133
1134                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1135
1136
1137 NEW FEATURES
1138
1139     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1140       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1141
1142     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1143       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1144       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1145
1146
1147 BUG FIXES
1148
1149     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1150
1151     o Some bugs were fixed in chronopl().
1152
1153     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1154       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1155
1156     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1157       fixed.
1158
1159
1160 OTHER CHANGES
1161
1162     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1163       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1164       format are still returned in a list.
1165
1166     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1167       it could not be used from the generic.
1168
1169
1170 DEPRECATED & DEFUNCT
1171
1172     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1173       since ape 1.9.
1174
1175
1176
1177                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1178
1179
1180 BUG FIXES
1181
1182     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1183       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1184
1185     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1186       unrooted tree in most cases.
1187
1188     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1189       particularly of the BX-series.
1190
1191     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1192       fixed
1193
1194
1195
1196                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1197
1198
1199 NEW FEATURES
1200
1201     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1202       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1203       displayed in a compact and informative way.
1204
1205     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1206       for converting between the old and new coding of the class
1207       "phylo".
1208
1209     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1210       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1211
1212     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1213       available to compute branch lengths.
1214
1215     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1216
1217
1218 BUG FIXES
1219
1220     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1221       multichotomous trees: this is fixed.
1222
1223     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1224       returned unchanged.
1225
1226     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1227       models: this is fixed.
1228
1229     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1230       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1231       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1232       accepts trees with no branch lengths.
1233
1234     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1235       user distribution was specified. This has been corrected, and
1236       the help page of this function has been expanded.
1237
1238
1239 OTHER CHANGES
1240
1241     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1242       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1243       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1244       functions has been improved.
1245
1246     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1247       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1248
1249     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1250
1251     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1252       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1253
1254     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1255       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1256       labels.
1257
1258     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1259
1260     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1261       been removed.
1262
1263     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1264
1265     o The use of node.depth() has been simplified.
1266
1267
1268
1269                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1270
1271
1272 NEW FEATURES
1273
1274     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1275       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1276       sequences in NEXUS files.
1277
1278     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1279       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1280       reorder(tr).
1281
1282     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1283       edge.
1284
1285     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1286       in NEXUS format.
1287
1288
1289 BUG FIXES
1290
1291     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1292       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1293
1294     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1295       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1296       Newick format (parentheses, etc.)
1297
1298     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1299       now fixed.
1300
1301
1302
1303                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1304
1305
1306 NEW FEATURES
1307
1308     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1309       Hasegawa test.
1310
1311     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1312       single descendant from a tree.
1313
1314     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1315       colours of the tips.
1316
1317     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1318       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1319
1320
1321 BUG FIXES
1322
1323     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1324       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1325
1326     o ace() returned a list with no class so that the generic
1327       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1328       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1329
1330     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1331       of freedom: this is fixed.
1332
1333     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1334       a data frame: this is fixed.
1335
1336     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1337       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1338
1339
1340 OTHER CHANGES
1341
1342     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1343       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1344       respectively.
1345
1346
1347
1348                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1349
1350
1351 NEW FEATURES
1352
1353     o There are four new `method' functions to be used with the
1354       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1355
1356     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1357       change the title, and `col' to control the colour of the
1358       segments showing the AIC values.
1359
1360     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1361       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1362       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1363       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1364
1365     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1366       represent proportions, with any number of categories, as
1367       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1368       there is now no limitation on the number of categories.
1369
1370
1371 BUG FIXES
1372
1373     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1374       fixed.
1375
1376     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1377       in the tree: this is fixed.
1378
1379     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1380       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1381
1382     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1383       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1384
1385     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1386       is fixed and a message error is now returned.
1387
1388     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1389       the calculation of P-values.
1390
1391     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1392       and in the variables were different: this is fixed.
1393
1394
1395
1396                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1397
1398
1399 NEW FEATURES
1400
1401     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1402       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1403       is used to define the substitution model which may include
1404       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1405       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1406       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1407       functionality is limited to estimating the substitution and
1408       associated parameters and computing the likelihood.
1409
1410     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1411       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1412       warning message is printed if there is not enough degrees of
1413       freedom.
1414
1415
1416 BUG FIXES
1417
1418     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1419       though with no consequence.
1420
1421
1422
1423                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1424
1425
1426 NEW FEATURES
1427
1428     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1429       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1430       documented on the same help page.
1431
1432
1433 BUG FIXES
1434
1435     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1436       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1437       boot.phylo, or consensus.
1438
1439     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1440       more than one element: this is fixed.
1441
1442     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1443       has been corrected.
1444
1445     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1446       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1447       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1448
1449
1450 OTHER CHANGES
1451
1452     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1453       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1454       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1455
1456
1457
1458                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1459
1460
1461 NEW FEATURES
1462
1463     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1464       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1465
1466     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1467       list of trees.
1468
1469     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1470       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1471
1472     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1473       tree together with ancestral values, as returned by the above
1474       function.
1475
1476     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1477       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1478
1479     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1480
1481     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1482       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1483
1484     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1485
1486     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1487       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1488
1489     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1490       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1491       and summary (to extract the numbers) methods.
1492
1493     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1494       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1495
1496     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1497       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1498       respectively.
1499
1500     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1501
1502
1503 BUG FIXES
1504
1505     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1506       handled corretly, and node labels are now output normally.
1507
1508     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1509       in some cases.
1510
1511     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1512       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1513       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1514       warning message is now returned; this latter bug was also
1515       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1516
1517     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1518       is now returned.
1519
1520     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1521       was not always correctly dispatched.
1522
1523     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1524       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1525
1526
1527 OTHER CHANGES
1528
1529     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1530
1531     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1532
1533     o Various error and warning messages have been improved.
1534
1535
1536
1537                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1538 NEW FEATURES
1539
1540     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1541       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1542       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1543
1544     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1545       of directional evolution for continuous characters. The user
1546       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1547       changes.
1548
1549     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1550       "phylo") is rooted.
1551
1552     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1553       the possibility to specify the function that generates the
1554       inter-nodes distances.
1555
1556     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1557       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1558
1559     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1560       to three classes) on the nodes of a tree.
1561
1562     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1563       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1564       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1565       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1566       3) are now handled correctly.
1567
1568     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1569       for Penny and Henny's method (already available before and now
1570       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1571       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1572
1573     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1574       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1575       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1576       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1577
1578     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1579       DNA sequences by specifying model = "raw".
1580
1581     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1582       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1583       `full = FALSE'.
1584
1585
1586 BUG FIXES
1587
1588     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1589
1590     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1591       they are now considered as missing data.
1592
1593     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1594       fixed.
1595
1596     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1597       and the function has been improved and is now faster.
1598
1599     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1600       incorrect.
1601
1602     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1603       this is fixed.
1604
1605     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1606       rooted and unrooted trees.
1607
1608     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1609       fixed.
1610
1611     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1612
1613
1614
1615                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1616
1617
1618 NEW FEATURES
1619
1620     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1621       between two trees.
1622
1623     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1624       phylogeny estimation.
1625
1626     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1627       bipartitions from a series of trees.
1628
1629
1630 OTHER CHANGES
1631
1632     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1633       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1634       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1635
1636
1637 BUG FIXES
1638
1639     o Several bugs were fixed in read.dna().
1640
1641     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1642
1643     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1644       lengths: this is fixed.
1645
1646     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1647       tree: this is fixed.
1648
1649
1650
1651                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1652
1653
1654 NEW FEATURES
1655
1656     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1657       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1658       latter implements the representation of binary trees introduced by
1659       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1660       as.matching() has been introduced as well.
1661
1662     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1663       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1664
1665     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1666       from a sample a DNA sequences.
1667
1668     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1669       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1670       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1671       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1672       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1673       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1674       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1675       `GCcontent' has been removed.
1676
1677     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1678       whether to return the species names of the organisms in addition
1679       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1680       behaviour).
1681
1682     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1683
1684     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1685       new root edge if internal branches are trimmed.
1686
1687
1688 BUG FIXES
1689
1690     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1691       is fixed.
1692
1693     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1694       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1695       different representations (a report was printed previously).
1696
1697     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1698       this is fixed.
1699
1700
1701 OTHER CHANGES
1702
1703     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1704       which there is a print method.
1705
1706
1707
1708                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1709
1710
1711 NEW FEATURES
1712
1713     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1714       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1715       Evol., 4:406).
1716
1717     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1718       that belong to a group specified as a set of tips.
1719
1720     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1721       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1722       "phylo".
1723
1724     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1725       phylogeny plot.
1726
1727     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1728       in different cases and giving a number of tips.
1729
1730     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1731       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1732       line.
1733
1734     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1735       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1736       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1737       marked with the option `subtree' (see below).
1738
1739     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1740       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1741       deleted and where.
1742
1743     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1744       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1745       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1746
1747     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1748       edge lengths into account.
1749
1750     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1751       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1752       they are propagated to the vertical line that link them.
1753
1754
1755 BUG FIXES
1756
1757     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1758       crashing. This is fixed.
1759
1760     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1761       now properly recycled; their default values are now "black" and
1762       1, respectively.
1763
1764     o A bug has been fixed in write.nexus().
1765
1766
1767 OTHER CHANGES
1768
1769     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1770       replaced by a C code.
1771
1772
1773
1774                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1775
1776
1777 NEW FEATURES
1778
1779     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1780       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1781
1782     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1783       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1784       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1785       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1786       limit (as before).
1787
1788
1789
1790                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1791
1792
1793 NEW FEATURES
1794
1795     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1796       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1797       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1798       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1799       display graphically the AIC values of each model.
1800
1801     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1802       a model where the speciation rate is affected by several species
1803       traits through a generalized linear model. The parameters are
1804       estimated by maximum likelihood.
1805
1806     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1807       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1808       species given a phylogeny under different models of evolution.
1809       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1810       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1811       Initialize.corPhyl() function associated.
1812
1813     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1814       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1815
1816     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1817       a plot method.
1818
1819     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1820       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1821       correlograms.
1822
1823     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1824       of a subtree defined by a particular node.
1825
1826     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1827       given parent node.
1828
1829     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1830       a tree according to a specified method.
1831
1832     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1833       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1834       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1835       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1836       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1837
1838
1839 BUG FIXES
1840
1841     o Some functions which try to match tip labels and names of
1842       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1843       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1844       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1845       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1846       have been clarified on this point.
1847
1848
1849
1850                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1851
1852
1853 NEW FEATURES
1854
1855     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1856       to a specified outgroup.
1857
1858     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1859
1860     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1861       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1862       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1863       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1864       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1865       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1866       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1867
1868     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1869
1870
1871 BUG FIXES
1872
1873     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1874       lengths: this is fixed.
1875
1876     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1877       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1878
1879
1880
1881                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1882
1883
1884 NEW FEATURES
1885
1886     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1887       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1888       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1889
1890     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1891       has been included.
1892
1893
1894 BUG FIXES
1895
1896     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1897
1898
1899 OTHER CHANGES
1900
1901     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1902       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1903
1904
1905
1906                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1907
1908
1909 NEW FEATURES
1910
1911     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1912       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1913       speciation and extinction rates.
1914
1915
1916 OTHER CHANGES
1917
1918     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1919       since only the function compar.gee() calls gee.
1920
1921
1922
1923                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1924
1925
1926 NEW FEATURES
1927
1928     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1929       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1930       demographic history from genealogies using a reversible jump
1931       MCMC have been introduced.
1932
1933     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1934       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1935
1936
1937
1938                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1939
1940
1941 NEW FEATURES
1942
1943     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1944       without branch lengths.
1945
1946     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1947       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1948       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1949       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1950
1951
1952 BUG FIXES
1953
1954     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1955       this is fixed.
1956
1957     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1958       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1959
1960
1961 OTHER CHANGES
1962
1963     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1964       algorithm: it is now about four times faster.
1965
1966     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1967       twice faster.
1968
1969
1970
1971                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1972
1973
1974 NEW FEATURES
1975
1976     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1977       sample of DNA sequences.
1978
1979
1980 BUG FIXES
1981
1982     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1983       1.2-1 was fixed.
1984
1985     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1986       help pages.
1987
1988
1989
1990                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1991
1992
1993 NEW FEATURES
1994
1995     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1996       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1997
1998
1999 BUG FIXES
2000
2001     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2002       comment blocks were not read correctly.
2003
2004     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2005       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2006       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2007       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2008       a warning message is now issued.
2009
2010
2011
2012                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2013
2014
2015 NEW FEATURES
2016
2017     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2018       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2019       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2020       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2021       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2022       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2023       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2024       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2025       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2026       see the respective help pages for details.
2027
2028     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2029       focusing on a small portion of it.
2030
2031     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2032       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2033
2034     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2035       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2036       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2037       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2038       (see below); the default behaviour is no more to display the
2039       sequences on the standard output. Several options have been
2040       introduced to control the sequence printing in a flexible
2041       way. The help page has been extended.
2042
2043     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2044
2045
2046 BUG FIXES
2047
2048     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2049       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2050
2051     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2052
2053     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2054       function did not work with `format = "interleaved"'.
2055
2056     o Various errors were corrected in the help pages.
2057
2058
2059 OTHER CHANGES
2060
2061     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2062       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2063       the corresponding generic function.
2064
2065     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2066       since gamma() is a generic function.
2067
2068
2069
2070                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2071
2072
2073 BUG FIXES
2074
2075     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2076       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2077       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2078       vector of length 4 is always returned).
2079
2080     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2081       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2082       command in the NEXUS file, and that the commands were
2083       case-sensitive.
2084
2085
2086
2087                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2088
2089
2090 NEW FEATURES
2091
2092     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2093       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2094
2095     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2096       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2097       sylvaticus).
2098
2099
2100 BUG FIXES
2101
2102     o A bug in read.nexus() was fixed.
2103
2104     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2105       The function has been completely re-written and its help page
2106       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2107       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2108       spaces (this behaviour was undocumented).
2109
2110     o A bug was fixed in write.dna().
2111
2112
2113
2114                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2115
2116
2117 BUG FIXES
2118
2119     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2120
2121     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2122       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2123
2124
2125
2126                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2127
2128
2129 NEW FEATURES
2130
2131     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2132       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2133       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2134       the function klastorin()).
2135
2136     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2137       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2138       as.phylo for details).
2139
2140     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2141       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2142       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2143       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2144       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2145
2146     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2147       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2148
2149     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2150       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2151       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2152       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2153       (this behaviour was undocumented).
2154
2155     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2156       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2157       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2158
2159     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2160       the estimated parameters using profile likelihood.
2161
2162     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2163       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2164       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2165
2166
2167 BUG FIXES
2168
2169     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2170
2171     o A bug in plot.mst() was fixed.
2172
2173     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2174       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2175
2176
2177
2178                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2179
2180
2181 NEW FEATURES
2182
2183     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2184       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2185
2186     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2187       in a NEXUS file.
2188
2189     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2190       possibly handling root edges to give internal branches.
2191
2192     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2193       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2194
2195     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2196
2197     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2198       branches with different colours and/or different widths, showing the
2199       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2200       the labels, and controling the space around the plot.
2201
2202     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2203       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2204       objects of class "phylo" is now optional.
2205
2206     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2207       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2208       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2209       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2210
2211     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2212       to read the tree in a variable of mode character.
2213
2214     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2215       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2216
2217
2218
2219                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2220
2221
2222 BUG FIXES
2223
2224     o Several bugs were fixed in the help pages.
2225
2226
2227
2228                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2229
2230
2231 NEW FEATURES
2232
2233     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2234       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2235
2236     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2237       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2238       extinction rates.
2239
2240     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2241       tree.
2242
2243     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2244
2245     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2246       as well as some methods are introduced.
2247
2248     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2249       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2250       population size through time are introduced and replace the function
2251       skyline.plot() in version 0.1.
2252
2253     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2254       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2255       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2256       Democratic Republic of Congo.
2257
2258
2259 DEPRECATED & DEFUNCT
2260
2261     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2262       replaced by more elaborate functions (see above).
2263
2264
2265 BUG FIXES
2266
2267     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2268       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2269       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2270       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2271
2272     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2273       AICs and LRTs.
2274
2275     o Various errors were corrected in the help pages.