ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function trex does tree exploration with multiple
   7       graphical devices.
   8
   9     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  10       the scale scale.
  11
  12     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  13
  14
  15 BUG FIXES
  16
  17     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  18
  19     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  20       some '-' and no 'N'.
  21
  22     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  23       are very different.
  24
  25
  26 OTHER CHANGES
  27
  28     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
  29       left-)clicks (an error was returned previously).
  30
  31
  32
  33                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
  34
  35
  36 NEW FEATURES
  37
  38     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
  39       alignments in a flexible and efficient way.
  40
  41     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  42       trees of class "phylo" into these respective network classes
  43       defined in the packages of the same names.
  44
  45     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  46       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  47       of the same names.
  48
  49     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
  50       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
  51       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
  52
  53     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  54       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  55
  56     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  57       list of trees with names.
  58
  59
  60 BUG FIXES
  61
  62     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  63
  64     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  65       present.
  66
  67     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
  68
  69     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
  70       was not the root.
  71
  72
  73 OTHER CHANGES
  74
  75     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
  76
  77     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
  78
  79     o The matching representation has now only two columns as the third
  80       column was redundant.
  81
  82
  83
  84                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
  85
  86
  87 NEW FEATURES
  88
  89     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
  90       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
  91
  92
  93 BUG FIXES
  94
  95     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
  96
  97     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
  98       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
  99
 100     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 101       length.
 102
 103     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 104       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 105
 106     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 107       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 108       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 109
 110
 111 OTHER CHANGES
 112
 113     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 114
 115     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 116       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 117       man page of as.matching().
 118
 119
 120
 121                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 122
 123
 124 NEW FEATURES
 125
 126     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 127       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 128       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 129
 130     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 131       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 132
 133
 134 BUG FIXES
 135
 136     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 137
 138     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 139       multichotomous trees.
 140
 141     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 142       turned off.
 143
 144     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 145
 146     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 147
 148     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 149       = FALSE.
 150
 151     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 152       cutree() or rect.hclust().
 153
 154     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 155       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 156
 157     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 158       Jeremy Beaulieu.
 159
 160
 161
 162                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 163
 164
 165 NEW FEATURES
 166
 167     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 168       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 169       and shallowest divergence tree.
 170
 171
 172 BUG FIXES
 173
 174     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 175
 176     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 177
 178     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 179       Filipe Vieira for the fix).
 180
 181
 182
 183                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 184
 185
 186 NEW FEATURES
 187
 188     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 189       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 190       use continuous time algorithms.
 191
 192     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 193       phylogeny.
 194
 195     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 196       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 197       extinction into account.
 198
 199     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 200       discrete characters.
 201
 202     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 203       frequencies from a pair of sequences.
 204
 205     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 206
 207     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 208       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 209
 210     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 211       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 212       and height = NULL.
 213
 214     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 215       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 216       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 217       results has also been improved.
 218
 219     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 220       the gene (FALSE by default).
 221
 222
 223 BUG FIXES
 224
 225     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 226
 227     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 228       Schliep for the fix)
 229
 230     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 231       documentation has been clarified on the formulae used.
 232
 233
 234 OTHER CHANGES
 235
 236     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 237       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 238
 239     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 240       available) as names.
 241
 242     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 243       to contributions by Klaus Schliep.
 244
 245
 246
 247                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 248
 249
 250 NEW FEATURES
 251
 252     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 253       text to be plotted in different fonts.
 254
 255     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 256       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 257       check that the tip labels are the same in all trees.
 258
 259     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 260       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 261
 262     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 263       now documented.
 264
 265
 266 BUG FIXES
 267
 268     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 269       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 270
 271     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 272       simulating a Brownian motion model.
 273
 274
 275
 276                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 277
 278
 279 NEW FEATURES
 280
 281     o There is now a print method for results from ace().
 282
 283     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 284
 285     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 286       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 287
 288
 289 BUG FIXES
 290
 291     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 292
 293     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 294
 295     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 296       failed).
 297
 298
 299 DEPRECATED & DEFUNCT
 300
 301     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 302
 303     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 304
 305
 306 OTHER CHANGES
 307
 308     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 309
 310     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 311       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 312
 313     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 314       removed.
 315
 316
 317
 318                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 319
 320
 321 NEW FEATURES
 322
 323     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 324
 325     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 326       details).
 327
 328     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 329       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 330
 331     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 332       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 333
 334
 335 BUG FIXES
 336
 337     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 338       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 339
 340     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 341       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 342       The same bug occurred with the 'pie' option.
 343
 344     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 345
 346     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 347       more efficient.
 348
 349     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 350       vertical lines representing the nodes.
 351
 352     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 353       in the correct direction though the tip labels were displayed
 354       correctly.
 355
 356
 357 OTHER CHANGES
 358
 359     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 360       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 361       for the two other functions).
 362
 363
 364
 365                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 366
 367
 368 NEW FEATURES
 369
 370     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 371       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 372       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 373       The latter has a biplot method.
 374
 375     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 376       regression through the origin with testing by permutation.
 377
 378     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 379       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 380
 381     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 382       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 383
 384     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 385       and/or tips on a plotted tree.
 386
 387     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 388       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 389
 390     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 391
 392     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 393
 394     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 395       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 396       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 397       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 398
 399
 400 BUG FIXES
 401
 402     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 403       default options with unrooted or radial trees.
 404
 405     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 406       to Otto Cordero for the fix).
 407
 408
 409 OTHER CHANGES
 410
 411     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 412       in dist.topo().
 413
 414
 415
 416                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 417
 418
 419 NEW FEATURES
 420
 421     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 422       argument.
 423
 424     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 425       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 426       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 427       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 428
 429
 430 BUG FIXES
 431
 432     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 433
 434     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 435       lengths and there is a TRANSLATE block.
 436
 437     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 438       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 439       clarification on this behaviour.
 440
 441     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 442       compressed tip labels.
 443
 444     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 445
 446     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 447       when the tree has branch lengths.
 448
 449     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 450       negative (which resulted in an error).
 451
 452     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 453       returned.
 454
 455
 456
 457                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 458
 459
 460 NEW FEATURES
 461
 462     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 463       default is still to return the proportions.
 464
 465
 466 BUG FIXES
 467
 468     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 469       are now ignored.
 470
 471     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 472       the tree: the argument is now ignored.
 473
 474     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 475       Young for the fix).
 476
 477
 478 OTHER CHANGES
 479
 480     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 481       warning (it returned an error previously).
 482
 483     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 484       been modified (as well as their widths and types) following some
 485       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 486
 487     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 488       using 'pie' or 'thermo'.
 489
 490     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 491       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 492       done now).
 493
 494     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 495       help("ape-defunct") with the quotes.
 496
 497
 498 DEPRECATED & DEFUNCT
 499
 500     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 501       theta.s have been moved from ape to pegas.
 502
 503     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 504
 505
 506
 507                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 508
 509
 510 BUG FIXES
 511
 512     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 513
 514     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 515
 516     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 517       attribute.
 518
 519     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 520
 521     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 522       Phelan for the fix).
 523
 524     o seg.sites() failed when passing a vector.
 525
 526     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 527
 528     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 529
 530
 531
 532                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 533
 534
 535 BUG FIXES
 536
 537     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 538
 539     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 540       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 541
 542     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 543       outgroup correctly.
 544
 545     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 546
 547     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 548       "pruningwise" order.
 549
 550     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 551       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 552       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 553
 554
 555
 556                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 557
 558
 559 NEW FEATURES
 560
 561     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 562
 563     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 564
 565     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 566       corrected with respect to this change.
 567
 568     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 569       to be treated as (un)rooted.
 570
 571
 572 BUG FIXES
 573
 574     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 575       pairwise.deletion = FALSE.
 576
 577     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 578
 579     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 580
 581     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 582
 583     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 584
 585     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 586       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 587       times faster.
 588
 589     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 590
 591     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 592
 593
 594 OTHER CHANGES
 595
 596     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 597
 598     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 599       by inherits(phy, "phylo").
 600
 601     o rcoal() is now faster.
 602
 603
 604 DEPRECATED & DEFUNCT
 605
 606     o klastorin() has been removed.
 607
 608
 609
 610                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 611
 612
 613 NEW FEATURES
 614
 615     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 616       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 617       matrices.
 618
 619     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 620       Yule model by maximum likelihood.
 621
 622     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 623       labels in a flexible way.
 624
 625     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 626       handle individual tree names.
 627
 628     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 629       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 630
 631     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 632
 633
 634 BUG FIXES
 635
 636     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 637
 638     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 639
 640     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 641
 642     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 643       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 644       lasting bug).
 645
 646
 647 OTHER CHANGES
 648
 649     o The data set xenarthra has been removed.
 650
 651
 652
 653                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 654
 655 BUG FIXES
 656
 657     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 658       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 659
 660     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 661
 662
 663 OTHER CHANGES
 664
 665     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 666
 667
 668
 669                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 670
 671
 672 NEW FEATURES
 673
 674     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 675       specifying a node number or label.
 676
 677     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 678       operations of the same names.
 679
 680     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 681       specifying model="N".
 682
 683
 684 BUG FIXES
 685
 686     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 687
 688     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 689       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 690       comments inserted within the trees).
 691
 692     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 693       the number of lineages with non-binary trees.
 694
 695
 696 OTHER CHANGES
 697
 698     o ape has now a namespace.
 699
 700     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 701       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 702
 703
 704
 705                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 706
 707
 708 NEW FEATURES
 709
 710     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 711       'pairwise.deletion'.
 712
 713     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 714       more flexible.
 715
 716
 717 BUG FIXES
 718
 719     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 720      'check.labels = TRUE'.
 721
 722    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 723      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 724      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 725
 726    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 727      breaks in the Newick string.
 728
 729    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 730      gaps.
 731
 732
 733 OTHER CHANGES
 734
 735     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 736       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 737
 738     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 739       which is returned unchanged (instead of an error).
 740
 741     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 742       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 743       read.tree().
 744
 745
 746
 747                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 748
 749
 750 NEW FEATURES
 751
 752     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 753       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 754       truncate and/or make them unique, substituting some
 755       characters, and so on.
 756
 757     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 758       set of DNA sequences.
 759
 760     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 761
 762
 763 BUG FIXES
 764
 765     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 766       already the specified root.
 767
 768     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 769
 770     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 771       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 772
 773     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 774       trees.
 775
 776     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 777       translation of tip labels.
 778
 779     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 780       a single tree with no edge lengths.
 781
 782     o A bug was fixed in sh.test().
 783
 784
 785 OTHER CHANGES
 786
 787     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 788       Minin.
 789
 790     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 791       TRUE by default.
 792
 793     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 794       the Phylip formats.
 795
 796
 797
 798                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 799
 800
 801 NEW FEATURES
 802
 803     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 804       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 805       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 806       (without plotting).
 807
 808     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 809       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 810
 811     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 812       help page for details.
 813
 814     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 815       bootstraped trees (the default is FALSE).
 816
 817     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 818       situations.
 819
 820
 821 BUG FIXES
 822
 823     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 824       first sequence.
 825
 826     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 827       circular tree (type = "r" or "f").
 828
 829     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 830       trees.
 831
 832     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 833       (thanks to Yan Wong for the fix).
 834
 835     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 836
 837     o seg.sites() failed with a list.
 838
 839     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 840       as well and is faster.
 841
 842
 843
 844                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 845
 846
 847 BUG FIXES
 848
 849     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 850
 851     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 852       states by generalized least squares in ace().
 853
 854     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 855
 856     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 857       "cladewise".
 858
 859
 860
 861                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 862
 863
 864 NEW FEATURES
 865
 866     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 867       and [[.
 868
 869     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 870       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 871
 872     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 873       than in plot.default().
 874
 875
 876 BUG FIXES
 877
 878     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 879       list of trees.
 880
 881     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 882       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 883       worked already for thermometers).
 884
 885     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 886
 887
 888 OTHER CHANGES
 889
 890     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 891       as well as a character string.
 892
 893     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 894       'tree.names = NULL'.
 895
 896     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 897       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 898       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 899       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 900       correctly when extracting trees.
 901
 902
 903
 904                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 905
 906
 907 NEW FEATURES
 908
 909     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 910
 911     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 912       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 913
 914
 915 BUG FIXES
 916
 917     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 918       pairwise.deletion = FALSE.
 919
 920
 921 OTHER CHANGES
 922
 923     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 924       have been improved so that they are stabler and faster.
 925
 926     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 927       are loaded only when needed.
 928
 929
 930
 931                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 932
 933
 934 NEW FEATURES
 935
 936     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 937       tree using the mouse.
 938
 939     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 940       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 941
 942     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 943       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 944       an object of class "DNAbin".
 945
 946     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 947       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 948
 949     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 950       as its main argument.
 951
 952     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 953       improved, and gain several options (see the help page for
 954       details). A legend is now plotted by default.
 955
 956
 957 BUG FIXES
 958
 959     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 960       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 961       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 962       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 963
 964     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 965       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 966       single line).
 967
 968     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 969       edges (see OTHER CHANGES).
 970
 971
 972 OTHER CHANGES
 973
 974     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 975       should be much stabler. The options have been also greatly
 976       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 977
 978     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 979
 980     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 981       been cleaned-up.
 982
 983     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 984       improved.
 985
 986     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 987       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 988       correction applied in previous version did not work in all
 989       situations.
 990
 991     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 992       "multiPhylo".
 993
 994
 995 DOCUMENTATION
 996
 997     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 998
 999
1000 DEPRECATED & DEFUNCT
1001
1002     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1003       lengths.
1004
1005     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1006
1007
1008
1009                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1010
1011
1012 NEW FEATURES
1013
1014     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1015       matrix.
1016
1017     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1018       a list.
1019
1020     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1021       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1022
1023
1024 BUG FIXES
1025
1026     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1027       looked for.
1028
1029     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1030       incorrect.
1031
1032     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1033       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1034
1035     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1036       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1037       GTR in mlphylo().
1038
1039     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1040       Bullard).
1041
1042     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1043       limited number of labelled topologies could be generated.
1044
1045
1046
1047                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1048
1049
1050 NEW FEATURES
1051
1052     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1053       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1054       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1055       previous programs done by Vincent Lefort.
1056
1057     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1058       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1059       Evol. 24: 58).
1060
1061     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1062       two clades connected to the same node. It works also with
1063       multichotomous nodes.
1064
1065     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1066       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1067       keeping the names and the class.
1068
1069
1070 BUG FIXES
1071
1072     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1073       an error message is now returned.
1074
1075     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1076       to remove.
1077
1078
1079
1080                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1081
1082
1083 NEW FEATURES
1084
1085     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1086       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1087
1088     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1089       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1090       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1091       should be much faster.
1092
1093
1094 BUG FIXES
1095
1096     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1097       from ape 1.10: this is fixed in this version
1098
1099     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1100       object is now returned unchanged.
1101
1102
1103
1104                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1105
1106
1107 NEW FEATURES
1108
1109     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1110       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1111
1112
1113 BUG FIXES
1114
1115     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1116       object when reading multiple trees.
1117
1118     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1119       "phylo").
1120
1121     o unroot() did not work correctly in most cases.
1122
1123     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1124
1125     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1126
1127     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1128       correctly positioned if the option `cex' was used.
1129
1130
1131
1132                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1133
1134
1135 NEW FEATURES
1136
1137     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1138       DNA sequences in binary format (see below).
1139
1140     o Three new functions have been introduced to convert between the
1141       new binary and the character formats.
1142
1143     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1144       single characters into the class "alignment" used by the package
1145       seqinr.
1146
1147     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1148       controlling whether the sequences are returned in binary format
1149       or as character.
1150
1151
1152 BUG FIXES
1153
1154     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1155
1156     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1157       the default setting: this is fixed.
1158
1159     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1160       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1161
1162
1163 OTHER CHANGES
1164
1165     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1166       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1167       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1168       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1169       ca. 60 times faster).
1170
1171
1172
1173                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1174
1175
1176 BUG FIXES
1177
1178     o A bug was fixed in edgelabels().
1179
1180     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1181       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1182       now its tip labels set to "1", "2", ...
1183
1184     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1185       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1186
1187     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1188       initial tree were greater than one: an error message is now
1189       issued.
1190
1191     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1192       invariants: this is fixed.
1193
1194
1195
1196                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1197
1198
1199 NEW FEATURES
1200
1201     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1202       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1203
1204
1205 BUG FIXES
1206
1207     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1208       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1209
1210     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1211
1212     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1213       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1214       prop.clades, and boot.phylo.
1215
1216     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1217       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1218
1219
1220
1221                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1222
1223
1224 NEW FEATURES
1225
1226     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1227       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1228
1229     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1230       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1231       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1232
1233
1234 BUG FIXES
1235
1236     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1237
1238     o Some bugs were fixed in chronopl().
1239
1240     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1241       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1242
1243     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1244       fixed.
1245
1246
1247 OTHER CHANGES
1248
1249     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1250       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1251       format are still returned in a list.
1252
1253     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1254       it could not be used from the generic.
1255
1256
1257 DEPRECATED & DEFUNCT
1258
1259     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1260       since ape 1.9.
1261
1262
1263
1264                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1265
1266
1267 BUG FIXES
1268
1269     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1270       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1271
1272     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1273       unrooted tree in most cases.
1274
1275     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1276       particularly of the BX-series.
1277
1278     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1279       fixed
1280
1281
1282
1283                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1284
1285
1286 NEW FEATURES
1287
1288     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1289       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1290       displayed in a compact and informative way.
1291
1292     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1293       for converting between the old and new coding of the class
1294       "phylo".
1295
1296     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1297       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1298
1299     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1300       available to compute branch lengths.
1301
1302     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1303
1304
1305 BUG FIXES
1306
1307     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1308       multichotomous trees: this is fixed.
1309
1310     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1311       returned unchanged.
1312
1313     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1314       models: this is fixed.
1315
1316     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1317       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1318       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1319       accepts trees with no branch lengths.
1320
1321     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1322       user distribution was specified. This has been corrected, and
1323       the help page of this function has been expanded.
1324
1325
1326 OTHER CHANGES
1327
1328     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1329       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1330       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1331       functions has been improved.
1332
1333     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1334       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1335
1336     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1337
1338     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1339       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1340
1341     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1342       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1343       labels.
1344
1345     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1346
1347     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1348       been removed.
1349
1350     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1351
1352     o The use of node.depth() has been simplified.
1353
1354
1355
1356                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1357
1358
1359 NEW FEATURES
1360
1361     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1362       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1363       sequences in NEXUS files.
1364
1365     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1366       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1367       reorder(tr).
1368
1369     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1370       edge.
1371
1372     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1373       in NEXUS format.
1374
1375
1376 BUG FIXES
1377
1378     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1379       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1380
1381     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1382       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1383       Newick format (parentheses, etc.)
1384
1385     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1386       now fixed.
1387
1388
1389
1390                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1391
1392
1393 NEW FEATURES
1394
1395     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1396       Hasegawa test.
1397
1398     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1399       single descendant from a tree.
1400
1401     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1402       colours of the tips.
1403
1404     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1405       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1406
1407
1408 BUG FIXES
1409
1410     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1411       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1412
1413     o ace() returned a list with no class so that the generic
1414       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1415       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1416
1417     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1418       of freedom: this is fixed.
1419
1420     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1421       a data frame: this is fixed.
1422
1423     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1424       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1425
1426
1427 OTHER CHANGES
1428
1429     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1430       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1431       respectively.
1432
1433
1434
1435                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1436
1437
1438 NEW FEATURES
1439
1440     o There are four new `method' functions to be used with the
1441       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1442
1443     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1444       change the title, and `col' to control the colour of the
1445       segments showing the AIC values.
1446
1447     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1448       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1449       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1450       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1451
1452     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1453       represent proportions, with any number of categories, as
1454       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1455       there is now no limitation on the number of categories.
1456
1457
1458 BUG FIXES
1459
1460     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1461       fixed.
1462
1463     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1464       in the tree: this is fixed.
1465
1466     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1467       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1468
1469     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1470       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1471
1472     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1473       is fixed and a message error is now returned.
1474
1475     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1476       the calculation of P-values.
1477
1478     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1479       and in the variables were different: this is fixed.
1480
1481
1482
1483                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1484
1485
1486 NEW FEATURES
1487
1488     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1489       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1490       is used to define the substitution model which may include
1491       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1492       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1493       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1494       functionality is limited to estimating the substitution and
1495       associated parameters and computing the likelihood.
1496
1497     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1498       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1499       warning message is printed if there is not enough degrees of
1500       freedom.
1501
1502
1503 BUG FIXES
1504
1505     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1506       though with no consequence.
1507
1508
1509
1510                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1511
1512
1513 NEW FEATURES
1514
1515     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1516       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1517       documented on the same help page.
1518
1519
1520 BUG FIXES
1521
1522     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1523       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1524       boot.phylo, or consensus.
1525
1526     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1527       more than one element: this is fixed.
1528
1529     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1530       has been corrected.
1531
1532     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1533       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1534       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1535
1536
1537 OTHER CHANGES
1538
1539     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1540       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1541       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1542
1543
1544
1545                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1546
1547
1548 NEW FEATURES
1549
1550     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1551       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1552
1553     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1554       list of trees.
1555
1556     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1557       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1558
1559     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1560       tree together with ancestral values, as returned by the above
1561       function.
1562
1563     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1564       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1565
1566     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1567
1568     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1569       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1570
1571     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1572
1573     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1574       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1575
1576     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1577       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1578       and summary (to extract the numbers) methods.
1579
1580     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1581       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1582
1583     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1584       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1585       respectively.
1586
1587     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1588
1589
1590 BUG FIXES
1591
1592     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1593       handled corretly, and node labels are now output normally.
1594
1595     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1596       in some cases.
1597
1598     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1599       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1600       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1601       warning message is now returned; this latter bug was also
1602       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1603
1604     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1605       is now returned.
1606
1607     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1608       was not always correctly dispatched.
1609
1610     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1611       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1612
1613
1614 OTHER CHANGES
1615
1616     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1617
1618     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1619
1620     o Various error and warning messages have been improved.
1621
1622
1623
1624                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1625 NEW FEATURES
1626
1627     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1628       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1629       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1630
1631     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1632       of directional evolution for continuous characters. The user
1633       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1634       changes.
1635
1636     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1637       "phylo") is rooted.
1638
1639     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1640       the possibility to specify the function that generates the
1641       inter-nodes distances.
1642
1643     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1644       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1645
1646     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1647       to three classes) on the nodes of a tree.
1648
1649     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1650       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1651       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1652       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1653       3) are now handled correctly.
1654
1655     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1656       for Penny and Henny's method (already available before and now
1657       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1658       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1659
1660     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1661       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1662       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1663       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1664
1665     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1666       DNA sequences by specifying model = "raw".
1667
1668     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1669       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1670       `full = FALSE'.
1671
1672
1673 BUG FIXES
1674
1675     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1676
1677     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1678       they are now considered as missing data.
1679
1680     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1681       fixed.
1682
1683     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1684       and the function has been improved and is now faster.
1685
1686     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1687       incorrect.
1688
1689     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1690       this is fixed.
1691
1692     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1693       rooted and unrooted trees.
1694
1695     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1696       fixed.
1697
1698     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1699
1700
1701
1702                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1703
1704
1705 NEW FEATURES
1706
1707     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1708       between two trees.
1709
1710     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1711       phylogeny estimation.
1712
1713     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1714       bipartitions from a series of trees.
1715
1716
1717 OTHER CHANGES
1718
1719     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1720       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1721       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1722
1723
1724 BUG FIXES
1725
1726     o Several bugs were fixed in read.dna().
1727
1728     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1729
1730     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1731       lengths: this is fixed.
1732
1733     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1734       tree: this is fixed.
1735
1736
1737
1738                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1739
1740
1741 NEW FEATURES
1742
1743     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1744       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1745       latter implements the representation of binary trees introduced by
1746       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1747       as.matching() has been introduced as well.
1748
1749     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1750       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1751
1752     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1753       from a sample a DNA sequences.
1754
1755     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1756       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1757       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1758       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1759       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1760       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1761       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1762       `GCcontent' has been removed.
1763
1764     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1765       whether to return the species names of the organisms in addition
1766       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1767       behaviour).
1768
1769     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1770
1771     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1772       new root edge if internal branches are trimmed.
1773
1774
1775 BUG FIXES
1776
1777     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1778       is fixed.
1779
1780     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1781       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1782       different representations (a report was printed previously).
1783
1784     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1785       this is fixed.
1786
1787
1788 OTHER CHANGES
1789
1790     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1791       which there is a print method.
1792
1793
1794
1795                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1796
1797
1798 NEW FEATURES
1799
1800     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1801       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1802       Evol., 4:406).
1803
1804     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1805       that belong to a group specified as a set of tips.
1806
1807     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1808       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1809       "phylo".
1810
1811     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1812       phylogeny plot.
1813
1814     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1815       in different cases and giving a number of tips.
1816
1817     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1818       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1819       line.
1820
1821     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1822       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1823       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1824       marked with the option `subtree' (see below).
1825
1826     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1827       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1828       deleted and where.
1829
1830     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1831       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1832       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1833
1834     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1835       edge lengths into account.
1836
1837     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1838       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1839       they are propagated to the vertical line that link them.
1840
1841
1842 BUG FIXES
1843
1844     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1845       crashing. This is fixed.
1846
1847     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1848       now properly recycled; their default values are now "black" and
1849       1, respectively.
1850
1851     o A bug has been fixed in write.nexus().
1852
1853
1854 OTHER CHANGES
1855
1856     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1857       replaced by a C code.
1858
1859
1860
1861                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1862
1863
1864 NEW FEATURES
1865
1866     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1867       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1868
1869     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1870       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1871       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1872       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1873       limit (as before).
1874
1875
1876
1877                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1878
1879
1880 NEW FEATURES
1881
1882     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1883       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1884       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1885       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1886       display graphically the AIC values of each model.
1887
1888     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1889       a model where the speciation rate is affected by several species
1890       traits through a generalized linear model. The parameters are
1891       estimated by maximum likelihood.
1892
1893     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1894       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1895       species given a phylogeny under different models of evolution.
1896       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1897       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1898       Initialize.corPhyl() function associated.
1899
1900     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1901       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1902
1903     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1904       a plot method.
1905
1906     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1907       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1908       correlograms.
1909
1910     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1911       of a subtree defined by a particular node.
1912
1913     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1914       given parent node.
1915
1916     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1917       a tree according to a specified method.
1918
1919     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1920       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1921       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1922       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1923       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1924
1925
1926 BUG FIXES
1927
1928     o Some functions which try to match tip labels and names of
1929       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1930       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1931       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1932       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1933       have been clarified on this point.
1934
1935
1936
1937                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1938
1939
1940 NEW FEATURES
1941
1942     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1943       to a specified outgroup.
1944
1945     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1946
1947     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1948       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1949       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1950       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1951       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1952       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1953       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1954
1955     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1956
1957
1958 BUG FIXES
1959
1960     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1961       lengths: this is fixed.
1962
1963     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1964       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1965
1966
1967
1968                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1969
1970
1971 NEW FEATURES
1972
1973     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1974       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1975       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1976
1977     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1978       has been included.
1979
1980
1981 BUG FIXES
1982
1983     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1984
1985
1986 OTHER CHANGES
1987
1988     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1989       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1990
1991
1992
1993                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1994
1995
1996 NEW FEATURES
1997
1998     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1999       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2000       speciation and extinction rates.
2001
2002
2003 OTHER CHANGES
2004
2005     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2006       since only the function compar.gee() calls gee.
2007
2008
2009
2010                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2011
2012
2013 NEW FEATURES
2014
2015     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2016       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2017       demographic history from genealogies using a reversible jump
2018       MCMC have been introduced.
2019
2020     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2021       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2022
2023
2024
2025                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2026
2027
2028 NEW FEATURES
2029
2030     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2031       without branch lengths.
2032
2033     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2034       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2035       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2036       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2037
2038
2039 BUG FIXES
2040
2041     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2042       this is fixed.
2043
2044     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2045       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2046
2047
2048 OTHER CHANGES
2049
2050     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2051       algorithm: it is now about four times faster.
2052
2053     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2054       twice faster.
2055
2056
2057
2058                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2059
2060
2061 NEW FEATURES
2062
2063     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2064       sample of DNA sequences.
2065
2066
2067 BUG FIXES
2068
2069     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2070       1.2-1 was fixed.
2071
2072     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2073       help pages.
2074
2075
2076
2077                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2078
2079
2080 NEW FEATURES
2081
2082     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2083       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2084
2085
2086 BUG FIXES
2087
2088     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2089       comment blocks were not read correctly.
2090
2091     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2092       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2093       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2094       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2095       a warning message is now issued.
2096
2097
2098
2099                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2100
2101
2102 NEW FEATURES
2103
2104     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2105       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2106       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2107       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2108       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2109       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2110       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2111       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2112       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2113       see the respective help pages for details.
2114
2115     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2116       focusing on a small portion of it.
2117
2118     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2119       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2120
2121     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2122       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2123       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2124       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2125       (see below); the default behaviour is no more to display the
2126       sequences on the standard output. Several options have been
2127       introduced to control the sequence printing in a flexible
2128       way. The help page has been extended.
2129
2130     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2131
2132
2133 BUG FIXES
2134
2135     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2136       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2137
2138     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2139
2140     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2141       function did not work with `format = "interleaved"'.
2142
2143     o Various errors were corrected in the help pages.
2144
2145
2146 OTHER CHANGES
2147
2148     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2149       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2150       the corresponding generic function.
2151
2152     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2153       since gamma() is a generic function.
2154
2155
2156
2157                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2158
2159
2160 BUG FIXES
2161
2162     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2163       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2164       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2165       vector of length 4 is always returned).
2166
2167     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2168       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2169       command in the NEXUS file, and that the commands were
2170       case-sensitive.
2171
2172
2173
2174                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2175
2176
2177 NEW FEATURES
2178
2179     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2180       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2181
2182     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2183       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2184       sylvaticus).
2185
2186
2187 BUG FIXES
2188
2189     o A bug in read.nexus() was fixed.
2190
2191     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2192       The function has been completely re-written and its help page
2193       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2194       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2195       spaces (this behaviour was undocumented).
2196
2197     o A bug was fixed in write.dna().
2198
2199
2200
2201                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2202
2203
2204 BUG FIXES
2205
2206     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2207
2208     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2209       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2210
2211
2212
2213                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2214
2215
2216 NEW FEATURES
2217
2218     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2219       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2220       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2221       the function klastorin()).
2222
2223     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2224       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2225       as.phylo for details).
2226
2227     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2228       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2229       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2230       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2231       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2232
2233     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2234       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2235
2236     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2237       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2238       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2239       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2240       (this behaviour was undocumented).
2241
2242     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2243       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2244       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2245
2246     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2247       the estimated parameters using profile likelihood.
2248
2249     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2250       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2251       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2252
2253
2254 BUG FIXES
2255
2256     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2257
2258     o A bug in plot.mst() was fixed.
2259
2260     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2261       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2262
2263
2264
2265                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2266
2267
2268 NEW FEATURES
2269
2270     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2271       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2272
2273     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2274       in a NEXUS file.
2275
2276     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2277       possibly handling root edges to give internal branches.
2278
2279     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2280       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2281
2282     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2283
2284     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2285       branches with different colours and/or different widths, showing the
2286       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2287       the labels, and controling the space around the plot.
2288
2289     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2290       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2291       objects of class "phylo" is now optional.
2292
2293     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2294       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2295       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2296       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2297
2298     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2299       to read the tree in a variable of mode character.
2300
2301     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2302       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2303
2304
2305
2306                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2307
2308
2309 BUG FIXES
2310
2311     o Several bugs were fixed in the help pages.
2312
2313
2314
2315                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2316
2317
2318 NEW FEATURES
2319
2320     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2321       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2322
2323     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2324       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2325       extinction rates.
2326
2327     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2328       tree.
2329
2330     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2331
2332     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2333       as well as some methods are introduced.
2334
2335     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2336       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2337       population size through time are introduced and replace the function
2338       skyline.plot() in version 0.1.
2339
2340     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2341       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2342       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2343       Democratic Republic of Congo.
2344
2345
2346 DEPRECATED & DEFUNCT
2347
2348     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2349       replaced by more elaborate functions (see above).
2350
2351
2352 BUG FIXES
2353
2354     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2355       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2356       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2357       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2358
2359     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2360       AICs and LRTs.
2361
2362     o Various errors were corrected in the help pages.