ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.7-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function trex does tree exploration with multiple
   7       graphical devices.
   8
   9     o The new function kronoviz plots several rooted (dated) trees on
  10       the scale scale.
  11
  12     o identify.phylo() has a new option 'quiet' (FALSE by default).
  13
  14
  15 BUG FIXES
  16
  17     o A bug was introduced in read.nexus() in ape 2.7.
  18
  19     o image.DNAbin() did not colour correctly the bases if there were
  20       some '-' and no 'N'.
  21
  22     o .compressTipLabel() failed with a list with a single tree.
  23
  24     o identify.phylo() returned a wrong answer when the x- and y-scales
  25       are very different.
  26
  27     o write.nexus() failed with lists of trees with compressed labels.
  28
  29
  30 OTHER CHANGES
  31
  32     o identify.phylo() now returns NULL if the user right-(instead of
  33       left-)clicks (an error was returned previously).
  34
  35     o read.nexus() should be robust to commands inserted in the TREES
  36       block.
  37
  38
  39
  40                 CHANGES IN APE VERSION 2.7
  41
  42
  43 NEW FEATURES
  44
  45     o There is a new image() method for "DNAbin" objects: it plots DNA
  46       alignments in a flexible and efficient way.
  47
  48     o Two new functions as.network.phylo and as.igraph.phylo convert
  49       trees of class "phylo" into these respective network classes
  50       defined in the packages of the same names.
  51
  52     o The three new functions clustal, muscle, and tcoffee perform
  53       nucleotide sequence alignment by calling the external programs
  54       of the same names.
  55
  56     o Four new functions, diversity.contrast.test, mcconwaysims.test,
  57       richness.yule.test, and slowinskiguyer.test, implement various
  58       tests of diversification shifts using sister-clade comparisons.
  59
  60     o base.freq() gains an option 'all' to count all the possible bases
  61       including the ambiguous ones (defaults to FALSE).
  62
  63     o read.nexus() now writes tree names in the NEXUS file if given a
  64       list of trees with names.
  65
  66
  67 BUG FIXES
  68
  69     o prop.part() failed in some situations with unrooted trees.
  70
  71     o read.nexus() shuffled node labels when a TRANSLATE block was
  72       present.
  73
  74     o varCompPhylip() did not work if 'exec' was specified.
  75
  76     o bind.tree() shuffled node labels when position > 0 and 'where'
  77       was not the root.
  78
  79
  80 OTHER CHANGES
  81
  82     o BaseProportion in src/dist_dna.c has been modified.
  83
  84     o A number of functions in src/tree_build.c have been modified.
  85
  86     o The matching representation has now only two columns as the third
  87       column was redundant.
  88
  89
  90
  91                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-3
  92
  93
  94 NEW FEATURES
  95
  96     o rTraitCont() and rTraitDisc() gains a '...' argument used with
  97       user-defined models (suggestion by Gene Hunt).
  98
  99
 100 BUG FIXES
 101
 102     o as.hclust.phylo() now returns an error with unrooted trees.
 103
 104     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 105       Jinlong Zhang for pointing this bug out).
 106
 107     o read.dna(, "fasta") failed if sequences were not all of the same
 108       length.
 109
 110     o plot.phylo() did not recycle values of 'font', 'cex' and
 111       'tip.color' correctly when type = "fan" or "radial".
 112
 113     o plot.phylo() ignored 'label.offset' when type = "radial", "fan", or
 114       "unrooted" with lab4ut = "axial" (the placement of tip labels still
 115       needs to be improved with lab4ut = "horizontal").
 116
 117
 118 OTHER CHANGES
 119
 120     o In drop.fossil() the default tol = 0 has been raised to 1e-8.
 121
 122     o The help command ?phylo now points to the man page of read.tree()
 123       where this class is described. Similarly, ?matching points to the
 124       man page of as.matching().
 125
 126
 127
 128                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-2
 129
 130
 131 NEW FEATURES
 132
 133     o Two new functions, pic.ortho and varCompPhylip, implements the
 134       orthonormal contrasts of Felsenstein (2008, Am Nat, 171:713). The
 135       second function requires Phylip to be installed on the computer.
 136
 137     o bd.ext() has a new option conditional = TRUE to use probabilities
 138       conditioned on no extinction for the taxonomic data.
 139
 140
 141 BUG FIXES
 142
 143     o write.tree() failed to output correctly tree names.
 144
 145     o dist.nodes() returned duplicated column(s) with unrooted and/or
 146       multichotomous trees.
 147
 148     o mcmc.popsize() terminated unexpectedly if the progress bar was
 149       turned off.
 150
 151     o prop.part(x) made R frozen if 'x' is of class "multiPhylo".
 152
 153     o Compilation under Mandriva failed (thanks to Jos Käfer for the fix).
 154
 155     o drop.tip() shuffled tip labels with subtree = TRUE or trim.internal
 156       = FALSE.
 157
 158     o Objects returned by as.hclust.phylo() failed when analysed with
 159       cutree() or rect.hclust().
 160
 161     o write.tree() did not output correctly node labels (thanks to Naim
 162       Matasci and Jeremy Beaulieu for the fix).
 163
 164     o ace(type = "discrete") has been improved thanks to Naim Marasci and
 165       Jeremy Beaulieu.
 166
 167
 168
 169                 CHANGES IN APE VERSION 2.6-1
 170
 171
 172 NEW FEATURES
 173
 174     o The new function speciesTree calculates the species tree from a set
 175       of gene trees. Several methods are available including maximum tree
 176       and shallowest divergence tree.
 177
 178
 179 BUG FIXES
 180
 181     o A bug introduced in write.tree() with ape 2.6 has been fixed.
 182
 183     o as.list.DNAbin() did not work correctly with vectors.
 184
 185     o as.hclust.phylo() failed with trees with node labels (thanks to
 186       Filipe Vieira for the fix).
 187
 188
 189
 190                 CHANGES IN APE VERSION 2.6
 191
 192
 193 NEW FEATURES
 194
 195     o The new functions rlineage and rbdtree simulate phylogenies under
 196       any user-defined time-dependent speciation-extinction model. They
 197       use continuous time algorithms.
 198
 199     o The new function drop.fossil removes the extinct species from a
 200       phylogeny.
 201
 202     o The new function bd.time fits a user-defined time-dependent
 203       birth-death model. It is a generalization of yule.time() taking
 204       extinction into account.
 205
 206     o The new function MPR does most parsimonious reconstruction of
 207       discrete characters.
 208
 209     o The new function Ftab computes the contingency table of base
 210       frequencies from a pair of sequences.
 211
 212     o There is now an 'as.list' method for the class "DNAbin".
 213
 214     o dist.dna() can compute the number of transitions or transversions
 215       with the option model = "Ts" or model = "Tv", respectively.
 216
 217     o [node|tip|edge]labels() gain three options with default values to
 218       control the aspect of thermometers: horiz = TRUE, width = NULL,
 219       and height = NULL.
 220
 221     o compar.gee() has been improved with the new option 'corStruct' as an
 222       alternative to 'phy' to specify the correlation structure, and
 223       calculation of the QIC (Pan 2001, Biometrics). The display of the
 224       results has also been improved.
 225
 226     o read.GenBank() has a new option 'gene.names' to return the name of
 227       the gene (FALSE by default).
 228
 229
 230 BUG FIXES
 231
 232     o extract.clade() sometimes shuffled the tip labels.
 233
 234     o plot.phylo(type = "unrooted") did not force asp = 1 (thanks to Klaus
 235       Schliep for the fix)
 236
 237     o dist.dna(model = "logdet") used to divide distances by 4. The
 238       documentation has been clarified on the formulae used.
 239
 240
 241 OTHER CHANGES
 242
 243     o rTraitCont(model = "OU") has an option 'linear = TRUE' to possibly
 244       change the parameterisation (see ?rTraitCont for details).
 245
 246     o pic() now returns a vector with the node labels of the tree (if
 247       available) as names.
 248
 249     o write.tree() and read.tree() have been substantially improved thanks
 250       to contributions by Klaus Schliep.
 251
 252
 253
 254                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-3
 255
 256
 257 NEW FEATURES
 258
 259     o The new function mixedFontLabel helps to make labels with bits of
 260       text to be plotted in different fonts.
 261
 262     o There are now replacement operators for [, [[, and $ for the class
 263       "multiPhylo" (i.e., TREES[11:20] <- rmtree(10, 100)). They possibly
 264       check that the tip labels are the same in all trees.
 265
 266     o Objects of class "multiPhylo" can be built with c(): there are
 267       methods for the classes "phylo" and "multiPhylo".
 268
 269     o The internal functions .compressTipLabel and .uncompressTipLabel are
 270       now documented.
 271
 272
 273 BUG FIXES
 274
 275     o bind.tree(x, y, where, position = 0) did not work correctly if 'y'
 276       was a single-edge tree and 'where' was a tip.
 277
 278     o rTraitCont() did not use the square-root of branch lengths when
 279       simulating a Brownian motion model.
 280
 281
 282
 283                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-2
 284
 285
 286 NEW FEATURES
 287
 288     o There is now a print method for results from ace().
 289
 290     o There is a labels() method for objects of class "DNAbin".
 291
 292     o read.dna() has a new option 'as.matrix' to possibly force sequences
 293       in a FASTA file to be stored in a matrix (see ?read.dna for details).
 294
 295
 296 BUG FIXES
 297
 298     o as.phylo.hclust() used to multiply edge lengths by 2.
 299
 300     o A minor bug was fixed in rTraitDisc().
 301
 302     o ace() sometimes failed (parameter value was NaN and the optimisation
 303       failed).
 304
 305
 306 DEPRECATED & DEFUNCT
 307
 308     o evolve.phylo() and plot.ancestral() have been removed.
 309
 310     o chronogram(), ratogram(), and NPRS.criterion() have been removed.
 311
 312
 313 OTHER CHANGES
 314
 315     o nj() has been improved and is now about 30% faster.
 316
 317     o The default option 'drop' of [.DNAbin has been changed to FALSE to
 318       avoid dropping rownames when selecting a single sequence.
 319
 320     o print.DNAbin() has been changed to summary.DNAbin() which has been
 321       removed.
 322
 323
 324
 325                 CHANGES IN APE VERSION 2.5-1
 326
 327
 328 NEW FEATURES
 329
 330     o The new function stree generates trees with regular shapes.
 331
 332     o It is now possible to bind two trees with x + y (see ?bind.tree for
 333       details).
 334
 335     o drop.tip(), extract.clade(), root(), and bind.tree() now have an
 336       'interactive' option to make the operation on a plotted tree.
 337
 338     o cophyloplot() gains two new arguments 'lwd' and 'lty' for the
 339       association links; they are recycled like 'col' (which wasn't before).
 340
 341
 342 BUG FIXES
 343
 344     o rTraitDisc() did not use its 'freq' argument correctly (it was
 345       multiplied with the rate matrix column-wise instead of row-wise).
 346
 347     o [node|tip|edge]labels(thermo = ) used to draw empty thermometers
 348       with NA values. Nothing is drawn now like with 'text' or 'pch'.
 349       The same bug occurred with the 'pie' option.
 350
 351     o A bug was fixed in compar.ou() and the help page was clarified.
 352
 353     o bind.tree() has been rewritten fixing several bugs and making it
 354       more efficient.
 355
 356     o plot.phylo(type = "p") sometimes failed to colour correctly the
 357       vertical lines representing the nodes.
 358
 359     o plot.phylo(direction = "l", x.lim = 30) failed to plot the branches
 360       in the correct direction though the tip labels were displayed
 361       correctly.
 362
 363
 364 OTHER CHANGES
 365
 366     o The c, cbind, and rbind methods for "DNAbin" objetcs now check that
 367       the sequences are correctly stored (in a list for c, in a matrix
 368       for the two other functions).
 369
 370
 371
 372                 CHANGES IN APE VERSION 2.5
 373
 374
 375 NEW FEATURES
 376
 377     o The new function parafit by Pierre Legendre tests for the
 378       coevolution between hosts and parasites. It has a companion
 379       function, pcoa, that does principal coordinate decomposition.
 380       The latter has a biplot method.
 381
 382     o The new function lmorigin by Pierre Legendre performs multiple
 383       regression through the origin with testing by permutation.
 384
 385     o The new functions rTraitCont and rTraitDisc simulate continuous and
 386       discrete traits under a wide range of evolutionary models.
 387
 388     o The new function delta.plot does a delta plot following Holland et
 389       al. (2002, Mol. Biol. Evol. 12:2051).
 390
 391     o The new function edges draws additional branches between any nodes
 392       and/or tips on a plotted tree.
 393
 394     o The new function fancyarrows enhances arrows from graphics with
 395       triangle and harpoon heads; it can be called from edges().
 396
 397     o add.scale.bar() has a new option 'ask' to draw interactively.
 398
 399     o The branch length score replaces the geodesic distance in dist.topo.
 400
 401     o Three new data sets are included: the gopher-lice data (gopher.D),
 402       SO2 air pollution in 41 US cities (lmorigin.ex1, from Sokal &
 403       Rohlf 1995), and some host-parasite specificity data
 404       (lmorigin.ex2, from Legendre & Desdevises 2009).
 405
 406
 407 BUG FIXES
 408
 409     o add.scale.bar() drew the bar outside the plotting region with the
 410       default options with unrooted or radial trees.
 411
 412     o dist.topo() made R stuck when the trees had different sizes (thanks
 413       to Otto Cordero for the fix).
 414
 415
 416 OTHER CHANGES
 417
 418     o The geodesic distance has been replaced by the branch length score
 419       in dist.topo().
 420
 421
 422
 423                 CHANGES IN APE VERSION 2.4-1
 424
 425
 426 NEW FEATURES
 427
 428     o rtree() and rcoal() now accept a numeric vector for the 'br'
 429       argument.
 430
 431     o vcv() is a new generic function with methods for the classes "phylo"
 432       and "corPhyl" so that it is possible to calculate the var-cov matrix
 433       for "transformation models". vcv.phylo() can still be used for trees
 434       of class "phylo"; its argument 'cor' has been renamed 'corr'.
 435
 436
 437 BUG FIXES
 438
 439     o bind.tree() failed when 'y' had no root edge.
 440
 441     o read.nexus() shuffled tip labels when the trees have no branch
 442       lengths and there is a TRANSLATE block.
 443
 444     o read.nexus() does not try to translate node labels if there is a
 445       translation table in the NEXUS file. See ?read.nexus for a
 446       clarification on this behaviour.
 447
 448     o plot.multiPhylo() crashed R when plotting a list of trees with
 449       compressed tip labels.
 450
 451     o write.nexus() did not translate the taxa names when asked for.
 452
 453     o plot.phylo(type = "fan") did not rotate the tip labels correctly
 454       when the tree has branch lengths.
 455
 456     o ace(type = "continuous", method = "ML") now avoids sigma² being
 457       negative (which resulted in an error).
 458
 459     o nj() crashed with NA/NaN in the distance matrix: an error in now
 460       returned.
 461
 462
 463
 464                 CHANGES IN APE VERSION 2.4
 465
 466
 467 NEW FEATURES
 468
 469     o base.freq() has a new option 'freq' to return the counts; the
 470       default is still to return the proportions.
 471
 472
 473 BUG FIXES
 474
 475     o seg.sites() did not handle ambiguous nucleotides correctly: they
 476       are now ignored.
 477
 478     o plot(phy, root.edge = TRUE) failed if there was no $root.edge in
 479       the tree: the argument is now ignored.
 480
 481     o add.scale.bar() failed when 'x' and 'y' were given (thanks to Janet
 482       Young for the fix).
 483
 484
 485 OTHER CHANGES
 486
 487     o Trying to plot a tree with a single tip now returns NULL with a
 488       warning (it returned an error previously).
 489
 490     o The way lines representing nodes are coloured in phylograms has
 491       been modified (as well as their widths and types) following some
 492       users' request; this is only for dichotomous nodes.
 493
 494     o The argument 'adj' in [node][tip][edge]labels() now works when
 495       using 'pie' or 'thermo'.
 496
 497     o A more informative message error is now returned by dist.dna() when
 498       'model' is badly specified (partial matching of this argument is
 499       done now).
 500
 501     o Deprecated functions are now listed in a help page: see
 502       help("ape-defunct") with the quotes.
 503
 504
 505 DEPRECATED & DEFUNCT
 506
 507     o The functions heterozygosity, nuc.div, theta.h, theta.k and
 508       theta.s have been moved from ape to pegas.
 509
 510     o The functions mlphylo, DNAmodel and sh.test have been removed.
 511
 512
 513
 514                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-3
 515
 516
 517 BUG FIXES
 518
 519     o add.scale.bar() always drew a horizontal bar.
 520
 521     o zoom() shuffled tips with unrooted trees.
 522
 523     o write.nexus() failed to write correctly trees with a "TipLabel"
 524       attribute.
 525
 526     o rcoal() failed to compute branch lengths with very large n.
 527
 528     o A small bug was fixed in compar.cheverud() (thanks to Michael
 529       Phelan for the fix).
 530
 531     o seg.sites() failed when passing a vector.
 532
 533     o drop.tip() sometimes shuffled tip labels.
 534
 535     o root() shuffled node labels with 'resolve.root = TRUE'.
 536
 537
 538
 539                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-2
 540
 541
 542 BUG FIXES
 543
 544     o all.equal.phylo() did not compare unrooted trees correctly.
 545
 546     o dist.topo(... method = "PH85") did not treat unrooted trees
 547       correctly (thanks to Tim Wallstrom for the fix).
 548
 549     o root() sometimes failed to test for the monophyly of the
 550       outgroup correctly.
 551
 552     o extract.clade() sometimes included too many edges.
 553
 554     o vcv.phylo() did not work correctly when the tree is in
 555       "pruningwise" order.
 556
 557     o nj() did not handle correctly distance matrices with many 0's.
 558       The code has also been significantly improved: 7, 70, 160 times
 559       faster with n = 100, 500, 1000, respectively.
 560
 561
 562
 563                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
 564
 565
 566 NEW FEATURES
 567
 568     o The new function is.monophyletic tests the monophyly of a group.
 569
 570     o There is now a c() method for lists of class "DNAbin".
 571
 572     o yule.cov() now fits the null model, and its help page has been
 573       corrected with respect to this change.
 574
 575     o drop.tip() has a new option 'rooted' to force (or not) a tree
 576       to be treated as (un)rooted.
 577
 578
 579 BUG FIXES
 580
 581     o dist.gene() failed on most occasions with the default
 582       pairwise.deletion = FALSE.
 583
 584     o read.tree() failed to read correctly the tree name(s).
 585
 586     o boot.phylo() now treats correctly data frames.
 587
 588     o del.gaps() did not copy the rownames of a matrix.
 589
 590     o A small bug was fixed in CDAM.global().
 591
 592     o ace() failed with large data sets. Thanks to Rich FitzJohn for
 593       the fix. With other improvements, this function is now about 6
 594       times faster.
 595
 596     o write.tree() failed with objects of class "multiPhylo".
 597
 598     o drop.tip(, subtree = TRUE) sometimes shuffled tip labels.
 599
 600
 601 OTHER CHANGES
 602
 603     o [.multiPhylo and [.DNAbin now respect the original class.
 604
 605     o Instances of the form class(phy) == "phylo" have been replaced
 606       by inherits(phy, "phylo").
 607
 608     o rcoal() is now faster.
 609
 610
 611 DEPRECATED & DEFUNCT
 612
 613     o klastorin() has been removed.
 614
 615
 616
 617                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
 618
 619
 620 NEW FEATURES
 621
 622     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
 623       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
 624       matrices.
 625
 626     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
 627       Yule model by maximum likelihood.
 628
 629     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
 630       labels in a flexible way.
 631
 632     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
 633       handle individual tree names.
 634
 635     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
 636       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
 637
 638     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
 639
 640
 641 BUG FIXES
 642
 643     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
 644
 645     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
 646
 647     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
 648
 649     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
 650       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
 651       lasting bug).
 652
 653
 654 OTHER CHANGES
 655
 656     o The data set xenarthra has been removed.
 657
 658
 659
 660                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
 661
 662 BUG FIXES
 663
 664     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
 665       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
 666
 667     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
 668
 669
 670 OTHER CHANGES
 671
 672     o There is now a general help page displayed with '?ape'.
 673
 674
 675
 676                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
 677
 678
 679 NEW FEATURES
 680
 681     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
 682       specifying a node number or label.
 683
 684     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
 685       operations of the same names.
 686
 687     o dist.dna() can now return the number of site differences by
 688       specifying model="N".
 689
 690
 691 BUG FIXES
 692
 693     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
 694
 695     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
 696       multiple lines with different numbers of lines and/or with
 697       comments inserted within the trees).
 698
 699     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
 700       the number of lineages with non-binary trees.
 701
 702
 703 OTHER CHANGES
 704
 705     o ape has now a namespace.
 706
 707     o drop.tip() has been improved: it should be much faster and work
 708       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 709
 710
 711
 712                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 713
 714
 715 NEW FEATURES
 716
 717     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 718       'pairwise.deletion'.
 719
 720     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 721       more flexible.
 722
 723
 724 BUG FIXES
 725
 726     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 727      'check.labels = TRUE'.
 728
 729    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 730      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 731      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 732
 733    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 734      breaks in the Newick string.
 735
 736    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 737      gaps.
 738
 739
 740 OTHER CHANGES
 741
 742     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 743       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 744
 745     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 746       which is returned unchanged (instead of an error).
 747
 748     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 749       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 750       read.tree().
 751
 752
 753
 754                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 755
 756
 757 NEW FEATURES
 758
 759     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 760       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 761       truncate and/or make them unique, substituting some
 762       characters, and so on.
 763
 764     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 765       set of DNA sequences.
 766
 767     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 768
 769
 770 BUG FIXES
 771
 772     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 773       already the specified root.
 774
 775     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 776
 777     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 778       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 779
 780     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 781       trees.
 782
 783     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 784       translation of tip labels.
 785
 786     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 787       a single tree with no edge lengths.
 788
 789     o A bug was fixed in sh.test().
 790
 791
 792 OTHER CHANGES
 793
 794     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 795       Minin.
 796
 797     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 798       TRUE by default.
 799
 800     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 801       the Phylip formats.
 802
 803
 804
 805                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 806
 807
 808 NEW FEATURES
 809
 810     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 811       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 812       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 813       (without plotting).
 814
 815     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 816       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 817
 818     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 819       help page for details.
 820
 821     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 822       bootstraped trees (the default is FALSE).
 823
 824     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 825       situations.
 826
 827
 828 BUG FIXES
 829
 830     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 831       first sequence.
 832
 833     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 834       circular tree (type = "r" or "f").
 835
 836     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 837       trees.
 838
 839     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 840       (thanks to Yan Wong for the fix).
 841
 842     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 843
 844     o seg.sites() failed with a list.
 845
 846     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 847       as well and is faster.
 848
 849
 850
 851                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 852
 853
 854 BUG FIXES
 855
 856     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 857
 858     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 859       states by generalized least squares in ace().
 860
 861     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 862
 863     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 864       "cladewise".
 865
 866
 867
 868                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 869
 870
 871 NEW FEATURES
 872
 873     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 874       and [[.
 875
 876     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 877       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 878
 879     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 880       than in plot.default().
 881
 882
 883 BUG FIXES
 884
 885     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 886       list of trees.
 887
 888     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 889       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 890       worked already for thermometers).
 891
 892     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 893
 894
 895 OTHER CHANGES
 896
 897     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 898       as well as a character string.
 899
 900     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 901       'tree.names = NULL'.
 902
 903     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 904       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 905       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 906       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 907       correctly when extracting trees.
 908
 909
 910
 911                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 912
 913
 914 NEW FEATURES
 915
 916     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 917
 918     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 919       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 920
 921
 922 BUG FIXES
 923
 924     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 925       pairwise.deletion = FALSE.
 926
 927
 928 OTHER CHANGES
 929
 930     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 931       have been improved so that they are stabler and faster.
 932
 933     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 934       are loaded only when needed.
 935
 936
 937
 938                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 939
 940
 941 NEW FEATURES
 942
 943     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 944       tree using the mouse.
 945
 946     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 947       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 948
 949     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 950       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 951       an object of class "DNAbin".
 952
 953     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 954       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 955
 956     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 957       as its main argument.
 958
 959     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 960       improved, and gain several options (see the help page for
 961       details). A legend is now plotted by default.
 962
 963
 964 BUG FIXES
 965
 966     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 967       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 968       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 969       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 970
 971     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 972       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 973       single line).
 974
 975     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 976       edges (see OTHER CHANGES).
 977
 978
 979 OTHER CHANGES
 980
 981     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 982       should be much stabler. The options have been also greatly
 983       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 984
 985     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 986
 987     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 988       been cleaned-up.
 989
 990     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 991       improved.
 992
 993     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 994       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 995       correction applied in previous version did not work in all
 996       situations.
 997
 998     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 999       "multiPhylo".
1000
1001
1002 DOCUMENTATION
1003
1004     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
1005
1006
1007 DEPRECATED & DEFUNCT
1008
1009     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
1010       lengths.
1011
1012     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
1013
1014
1015
1016                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
1017
1018
1019 NEW FEATURES
1020
1021     o The new function matexpo computes the exponential of a square
1022       matrix.
1023
1024     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
1025       a list.
1026
1027     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
1028       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
1029
1030
1031 BUG FIXES
1032
1033     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
1034       looked for.
1035
1036     o In diversi.time(), the values returned for model C were
1037       incorrect.
1038
1039     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
1040       likelihood in the presence of ties in the branching times.
1041
1042     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
1043       calculations of the transition probabilities for models HKY and
1044       GTR in mlphylo().
1045
1046     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
1047       Bullard).
1048
1049     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
1050       limited number of labelled topologies could be generated.
1051
1052
1053
1054                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
1055
1056
1057 NEW FEATURES
1058
1059     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
1060       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
1061       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
1062       previous programs done by Vincent Lefort.
1063
1064     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
1065       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
1066       Evol. 24: 58).
1067
1068     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
1069       two clades connected to the same node. It works also with
1070       multichotomous nodes.
1071
1072     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
1073       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
1074       keeping the names and the class.
1075
1076
1077 BUG FIXES
1078
1079     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
1080       an error message is now returned.
1081
1082     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
1083       to remove.
1084
1085
1086
1087                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
1088
1089
1090 NEW FEATURES
1091
1092     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
1093       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
1094
1095     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
1096       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
1097       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
1098       should be much faster.
1099
1100
1101 BUG FIXES
1102
1103     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
1104       from ape 1.10: this is fixed in this version
1105
1106     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
1107       object is now returned unchanged.
1108
1109
1110
1111                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
1112
1113
1114 NEW FEATURES
1115
1116     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
1117       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
1118
1119
1120 BUG FIXES
1121
1122     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
1123       object when reading multiple trees.
1124
1125     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
1126       "phylo").
1127
1128     o unroot() did not work correctly in most cases.
1129
1130     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
1131
1132     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
1133
1134     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
1135       correctly positioned if the option `cex' was used.
1136
1137
1138
1139                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
1140
1141
1142 NEW FEATURES
1143
1144     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
1145       DNA sequences in binary format (see below).
1146
1147     o Three new functions have been introduced to convert between the
1148       new binary and the character formats.
1149
1150     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
1151       single characters into the class "alignment" used by the package
1152       seqinr.
1153
1154     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
1155       controlling whether the sequences are returned in binary format
1156       or as character.
1157
1158
1159 BUG FIXES
1160
1161     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
1162
1163     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
1164       the default setting: this is fixed.
1165
1166     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
1167       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
1168
1169
1170 OTHER CHANGES
1171
1172     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
1173       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
1174       details. Most functions analyzing DNA functions have been
1175       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
1176       ca. 60 times faster).
1177
1178
1179
1180                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
1181
1182
1183 BUG FIXES
1184
1185     o A bug was fixed in edgelabels().
1186
1187     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
1188       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
1189       now its tip labels set to "1", "2", ...
1190
1191     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
1192       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
1193
1194     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
1195       initial tree were greater than one: an error message is now
1196       issued.
1197
1198     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
1199       invariants: this is fixed.
1200
1201
1202
1203                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
1204
1205
1206 NEW FEATURES
1207
1208     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
1209       in the same way than nodelabels or tiplabels.
1210
1211
1212 BUG FIXES
1213
1214     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
1215       default option `random = TRUE': this is now fixed.
1216
1217     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
1218
1219     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
1220       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
1221       prop.clades, and boot.phylo.
1222
1223     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
1224       dist.topo was wrong: this has been fixed.
1225
1226
1227
1228                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
1229
1230
1231 NEW FEATURES
1232
1233     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
1234       a tree to plot them left- or right-ladderized.
1235
1236     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
1237       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
1238       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
1239
1240
1241 BUG FIXES
1242
1243     o A bug was fixed in old2new.phylo().
1244
1245     o Some bugs were fixed in chronopl().
1246
1247     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
1248       (thank you to Li-San Wang for the fix).
1249
1250     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
1251       fixed.
1252
1253
1254 OTHER CHANGES
1255
1256     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
1257       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
1258       format are still returned in a list.
1259
1260     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
1261       it could not be used from the generic.
1262
1263
1264 DEPRECATED & DEFUNCT
1265
1266     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
1267       since ape 1.9.
1268
1269
1270
1271                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
1272
1273
1274 BUG FIXES
1275
1276     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
1277       element `Nnode' was not set: this is fixed.
1278
1279     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
1280       unrooted tree in most cases.
1281
1282     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
1283       particularly of the BX-series.
1284
1285     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
1286       fixed
1287
1288
1289
1290                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
1291
1292
1293 NEW FEATURES
1294
1295     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
1296       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
1297       displayed in a compact and informative way.
1298
1299     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
1300       for converting between the old and new coding of the class
1301       "phylo".
1302
1303     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
1304       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
1305
1306     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
1307       available to compute branch lengths.
1308
1309     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
1310
1311
1312 BUG FIXES
1313
1314     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
1315       multichotomous trees: this is fixed.
1316
1317     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
1318       returned unchanged.
1319
1320     o ace() did not return the correct index matrix with custom
1321       models: this is fixed.
1322
1323     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
1324       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
1325       of clades was randomized: this is fixed. This function now
1326       accepts trees with no branch lengths.
1327
1328     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
1329       user distribution was specified. This has been corrected, and
1330       the help page of this function has been expanded.
1331
1332
1333 OTHER CHANGES
1334
1335     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
1336       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
1337       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
1338       functions has been improved.
1339
1340     o Several functions have been improved by replacing some R codes
1341       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
1342
1343     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
1344
1345     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
1346       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
1347
1348     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
1349       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
1350       labels.
1351
1352     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
1353
1354     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
1355       been removed.
1356
1357     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
1358
1359     o The use of node.depth() has been simplified.
1360
1361
1362
1363                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
1364
1365
1366 NEW FEATURES
1367
1368     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
1369       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
1370       sequences in NEXUS files.
1371
1372     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
1373       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
1374       reorder(tr).
1375
1376     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
1377       edge.
1378
1379     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
1380       in NEXUS format.
1381
1382
1383 BUG FIXES
1384
1385     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
1386       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
1387
1388     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
1389       to remove or substitute any characters that are illegal in the
1390       Newick format (parentheses, etc.)
1391
1392     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
1393       now fixed.
1394
1395
1396
1397                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
1398
1399
1400 NEW FEATURES
1401
1402     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
1403       Hasegawa test.
1404
1405     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
1406       single descendant from a tree.
1407
1408     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
1409       colours of the tips.
1410
1411     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
1412       the progress of the analysis (the default is FALSE).
1413
1414
1415 BUG FIXES
1416
1417     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
1418       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
1419
1420     o ace() returned a list with no class so that the generic
1421       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
1422       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
1423
1424     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
1425       of freedom: this is fixed.
1426
1427     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
1428       a data frame: this is fixed.
1429
1430     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
1431       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
1432
1433
1434 OTHER CHANGES
1435
1436     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
1437       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
1438       respectively.
1439
1440
1441
1442                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
1443
1444
1445 NEW FEATURES
1446
1447     o There are four new `method' functions to be used with the
1448       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
1449
1450     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
1451       change the title, and `col' to control the colour of the
1452       segments showing the AIC values.
1453
1454     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
1455       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
1456       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
1457       of the estimated rates when analysing discrete characters.
1458
1459     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
1460       represent proportions, with any number of categories, as
1461       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
1462       there is now no limitation on the number of categories.
1463
1464
1465 BUG FIXES
1466
1467     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
1468       fixed.
1469
1470     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
1471       in the tree: this is fixed.
1472
1473     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
1474       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
1475
1476     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
1477       correctly output, and the estimation failed in some cases.
1478
1479     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
1480       is fixed and a message error is now returned.
1481
1482     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
1483       the calculation of P-values.
1484
1485     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
1486       and in the variables were different: this is fixed.
1487
1488
1489
1490                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
1491
1492
1493 NEW FEATURES
1494
1495     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
1496       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
1497       is used to define the substitution model which may include
1498       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
1499       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
1500       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
1501       functionality is limited to estimating the substitution and
1502       associated parameters and computing the likelihood.
1503
1504     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
1505       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
1506       warning message is printed if there is not enough degrees of
1507       freedom.
1508
1509
1510 BUG FIXES
1511
1512     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
1513       though with no consequence.
1514
1515
1516
1517                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
1518
1519
1520 NEW FEATURES
1521
1522     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
1523       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
1524       documented on the same help page.
1525
1526
1527 BUG FIXES
1528
1529     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
1530       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
1531       boot.phylo, or consensus.
1532
1533     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
1534       more than one element: this is fixed.
1535
1536     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
1537       has been corrected.
1538
1539     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
1540       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
1541       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
1542
1543
1544 OTHER CHANGES
1545
1546     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
1547       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
1548       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
1549
1550
1551
1552                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
1553
1554
1555 NEW FEATURES
1556
1557     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
1558       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
1559
1560     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
1561       list of trees.
1562
1563     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
1564       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
1565
1566     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
1567       tree together with ancestral values, as returned by the above
1568       function.
1569
1570     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
1571       set of nested taxonomic variables given as a formula.
1572
1573     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
1574
1575     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
1576       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1577
1578     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
1579
1580     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
1581       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
1582
1583     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
1584       there are print (to display a partition in a more friendly way)
1585       and summary (to extract the numbers) methods.
1586
1587     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
1588       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
1589
1590     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
1591       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
1592       respectively.
1593
1594     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
1595
1596
1597 BUG FIXES
1598
1599     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
1600       handled corretly, and node labels are now output normally.
1601
1602     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
1603       in some cases.
1604
1605     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1606       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1607       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1608       warning message is now returned; this latter bug was also
1609       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1610
1611     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1612       is now returned.
1613
1614     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1615       was not always correctly dispatched.
1616
1617     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1618       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1619
1620
1621 OTHER CHANGES
1622
1623     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1624
1625     o dist.phylo() has been replaced by the method cophenetic.phylo().
1626
1627     o Various error and warning messages have been improved.
1628
1629
1630
1631                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1632 NEW FEATURES
1633
1634     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1635       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1636       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1637
1638     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1639       of directional evolution for continuous characters. The user
1640       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1641       changes.
1642
1643     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1644       "phylo") is rooted.
1645
1646     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1647       the possibility to specify the function that generates the
1648       inter-nodes distances.
1649
1650     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1651       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1652
1653     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1654       to three classes) on the nodes of a tree.
1655
1656     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1657       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1658       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1659       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1660       3) are now handled correctly.
1661
1662     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1663       for Penny and Henny's method (already available before and now
1664       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1665       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1666
1667     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1668       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1669       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1670       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1671
1672     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1673       DNA sequences by specifying model = "raw".
1674
1675     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1676       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1677       `full = FALSE'.
1678
1679
1680 BUG FIXES
1681
1682     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1683
1684     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1685       they are now considered as missing data.
1686
1687     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1688       fixed.
1689
1690     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1691       and the function has been improved and is now faster.
1692
1693     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1694       incorrect.
1695
1696     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1697       this is fixed.
1698
1699     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1700       rooted and unrooted trees.
1701
1702     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1703       fixed.
1704
1705     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1706
1707
1708
1709                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1710
1711
1712 NEW FEATURES
1713
1714     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1715       between two trees.
1716
1717     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1718       phylogeny estimation.
1719
1720     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1721       bipartitions from a series of trees.
1722
1723
1724 OTHER CHANGES
1725
1726     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1727       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1728       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1729
1730
1731 BUG FIXES
1732
1733     o Several bugs were fixed in read.dna().
1734
1735     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1736
1737     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1738       lengths: this is fixed.
1739
1740     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1741       tree: this is fixed.
1742
1743
1744
1745                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1746
1747
1748 NEW FEATURES
1749
1750     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1751       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1752       latter implements the representation of binary trees introduced by
1753       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1754       as.matching() has been introduced as well.
1755
1756     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1757       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1758
1759     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1760       from a sample a DNA sequences.
1761
1762     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1763       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1764       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1765       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1766       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1767       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1768       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1769       `GCcontent' has been removed.
1770
1771     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1772       whether to return the species names of the organisms in addition
1773       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1774       behaviour).
1775
1776     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1777
1778     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1779       new root edge if internal branches are trimmed.
1780
1781
1782 BUG FIXES
1783
1784     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1785       is fixed.
1786
1787     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1788       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1789       different representations (a report was printed previously).
1790
1791     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1792       this is fixed.
1793
1794
1795 OTHER CHANGES
1796
1797     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1798       which there is a print method.
1799
1800
1801
1802                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1803
1804
1805 NEW FEATURES
1806
1807     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1808       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1809       Evol., 4:406).
1810
1811     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1812       that belong to a group specified as a set of tips.
1813
1814     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1815       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1816       "phylo".
1817
1818     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1819       phylogeny plot.
1820
1821     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1822       in different cases and giving a number of tips.
1823
1824     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1825       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1826       line.
1827
1828     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1829       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1830       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1831       marked with the option `subtree' (see below).
1832
1833     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1834       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1835       deleted and where.
1836
1837     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1838       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1839       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1840
1841     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1842       edge lengths into account.
1843
1844     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1845       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1846       they are propagated to the vertical line that link them.
1847
1848
1849 BUG FIXES
1850
1851     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1852       crashing. This is fixed.
1853
1854     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1855       now properly recycled; their default values are now "black" and
1856       1, respectively.
1857
1858     o A bug has been fixed in write.nexus().
1859
1860
1861 OTHER CHANGES
1862
1863     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1864       replaced by a C code.
1865
1866
1867
1868                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1869
1870
1871 NEW FEATURES
1872
1873     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1874       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1875
1876     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1877       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1878       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1879       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1880       limit (as before).
1881
1882
1883
1884                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1885
1886
1887 NEW FEATURES
1888
1889     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1890       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1891       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1892       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1893       display graphically the AIC values of each model.
1894
1895     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1896       a model where the speciation rate is affected by several species
1897       traits through a generalized linear model. The parameters are
1898       estimated by maximum likelihood.
1899
1900     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1901       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1902       species given a phylogeny under different models of evolution.
1903       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1904       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1905       Initialize.corPhyl() function associated.
1906
1907     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1908       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1909
1910     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1911       a plot method.
1912
1913     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1914       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1915       correlograms.
1916
1917     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1918       of a subtree defined by a particular node.
1919
1920     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1921       given parent node.
1922
1923     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1924       a tree according to a specified method.
1925
1926     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1927       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1928       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1929       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1930       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1931
1932
1933 BUG FIXES
1934
1935     o Some functions which try to match tip labels and names of
1936       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1937       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1938       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1939       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1940       have been clarified on this point.
1941
1942
1943
1944                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1945
1946
1947 NEW FEATURES
1948
1949     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1950       to a specified outgroup.
1951
1952     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1953
1954     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1955       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1956       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1957       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1958       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1959       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1960       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1961
1962     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1963
1964
1965 BUG FIXES
1966
1967     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1968       lengths: this is fixed.
1969
1970     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1971       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1972
1973
1974
1975                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1976
1977
1978 NEW FEATURES
1979
1980     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1981       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1982       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1983
1984     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1985       has been included.
1986
1987
1988 BUG FIXES
1989
1990     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1991
1992
1993 OTHER CHANGES
1994
1995     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1996       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1997
1998
1999
2000                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
2001
2002
2003 NEW FEATURES
2004
2005     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
2006       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
2007       speciation and extinction rates.
2008
2009
2010 OTHER CHANGES
2011
2012     o The package gee is no more required by ape but only suggested
2013       since only the function compar.gee() calls gee.
2014
2015
2016
2017                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
2018
2019
2020 NEW FEATURES
2021
2022     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
2023       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
2024       demographic history from genealogies using a reversible jump
2025       MCMC have been introduced.
2026
2027     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
2028       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
2029
2030
2031
2032                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
2033
2034
2035 NEW FEATURES
2036
2037     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
2038       without branch lengths.
2039
2040     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
2041       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
2042       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
2043       arguments (see `?ltt.plot' for details).
2044
2045
2046 BUG FIXES
2047
2048     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
2049       this is fixed.
2050
2051     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
2052       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
2053
2054
2055 OTHER CHANGES
2056
2057     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
2058       algorithm: it is now about four times faster.
2059
2060     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
2061       twice faster.
2062
2063
2064
2065                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
2066
2067
2068 NEW FEATURES
2069
2070     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
2071       sample of DNA sequences.
2072
2073
2074 BUG FIXES
2075
2076     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
2077       1.2-1 was fixed.
2078
2079     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
2080       help pages.
2081
2082
2083
2084                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
2085
2086
2087 NEW FEATURES
2088
2089     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
2090       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
2091
2092
2093 BUG FIXES
2094
2095     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
2096       comment blocks were not read correctly.
2097
2098     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
2099       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
2100       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
2101       are now correctly represented in the object of class "phylo";
2102       a warning message is now issued.
2103
2104
2105
2106                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
2107
2108
2109 NEW FEATURES
2110
2111     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
2112       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
2113       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
2114       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
2115       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
2116       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
2117       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
2118       and two new functions (potentially useful for developpers) are
2119       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
2120       see the respective help pages for details.
2121
2122     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
2123       focusing on a small portion of it.
2124
2125     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
2126       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
2127
2128     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
2129       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
2130       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
2131       The function has been completely re-written, fixing some bugs
2132       (see below); the default behaviour is no more to display the
2133       sequences on the standard output. Several options have been
2134       introduced to control the sequence printing in a flexible
2135       way. The help page has been extended.
2136
2137     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
2138
2139
2140 BUG FIXES
2141
2142     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
2143       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
2144
2145     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
2146
2147     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
2148       function did not work with `format = "interleaved"'.
2149
2150     o Various errors were corrected in the help pages.
2151
2152
2153 OTHER CHANGES
2154
2155     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
2156       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
2157       the corresponding generic function.
2158
2159     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
2160       since gamma() is a generic function.
2161
2162
2163
2164                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
2165
2166
2167 BUG FIXES
2168
2169     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
2170       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
2171       returned if one base was absent). This is now fixed (a
2172       vector of length 4 is always returned).
2173
2174     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
2175       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
2176       command in the NEXUS file, and that the commands were
2177       case-sensitive.
2178
2179
2180
2181                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
2182
2183
2184 NEW FEATURES
2185
2186     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
2187       in dist.dna(): five models are now available in this function.
2188
2189     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
2190       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
2191       sylvaticus).
2192
2193
2194 BUG FIXES
2195
2196     o A bug in read.nexus() was fixed.
2197
2198     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
2199       The function has been completely re-written and its help page
2200       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
2201       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
2202       spaces (this behaviour was undocumented).
2203
2204     o A bug was fixed in write.dna().
2205
2206
2207
2208                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
2209
2210
2211 BUG FIXES
2212
2213     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
2214
2215     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
2216       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
2217
2218
2219
2220                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
2221
2222
2223 NEW FEATURES
2224
2225     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
2226       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
2227       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
2228       the function klastorin()).
2229
2230     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
2231       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
2232       as.phylo for details).
2233
2234     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
2235       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
2236       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
2237       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
2238       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
2239
2240     o A summary method is now provided printing a summary information on a
2241       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
2242
2243     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
2244       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
2245       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
2246       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
2247       (this behaviour was undocumented).
2248
2249     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
2250       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
2251       the plot as such or replaced with spaces (the default).
2252
2253     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
2254       the estimated parameters using profile likelihood.
2255
2256     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
2257       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
2258       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
2259
2260
2261 BUG FIXES
2262
2263     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
2264
2265     o A bug in plot.mst() was fixed.
2266
2267     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
2268       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
2269
2270
2271
2272                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
2273
2274
2275 NEW FEATURES
2276
2277     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
2278       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
2279
2280     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
2281       in a NEXUS file.
2282
2283     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
2284       possibly handling root edges to give internal branches.
2285
2286     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
2287       and trims (or not) the corresponding internal branches.
2288
2289     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
2290
2291     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
2292       branches with different colours and/or different widths, showing the
2293       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
2294       the labels, and controling the space around the plot.
2295
2296     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
2297       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
2298       objects of class "phylo" is now optional.
2299
2300     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
2301       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
2302       mode character containing the tree in Newick format is returned which
2303       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
2304
2305     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
2306       to read the tree in a variable of mode character.
2307
2308     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
2309       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
2310
2311
2312
2313                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
2314
2315
2316 BUG FIXES
2317
2318     o Several bugs were fixed in the help pages.
2319
2320
2321
2322                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
2323
2324
2325 NEW FEATURES
2326
2327     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
2328       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
2329
2330     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
2331       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
2332       extinction rates.
2333
2334     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
2335       tree.
2336
2337     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
2338
2339     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
2340       as well as some methods are introduced.
2341
2342     o Several functions, including some generics and methods, for computing
2343       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
2344       population size through time are introduced and replace the function
2345       skyline.plot() in version 0.1.
2346
2347     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
2348       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
2349       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
2350       Democratic Republic of Congo.
2351
2352
2353 DEPRECATED & DEFUNCT
2354
2355     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
2356       replaced by more elaborate functions (see above).
2357
2358
2359 BUG FIXES
2360
2361     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
2362       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
2363       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
2364       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
2365
2366     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
2367       AICs and LRTs.
2368
2369     o Various errors were corrected in the help pages.