print QUAL as floating numbers

 * samtools-0.1.8-12 (r692)
 * group data by samples in "mpileup -g"

remove VCF output in mpileup

 * use the revised MAQ error model for mpileup
 * prepare to remove the independent model from mpileup

added revised MAQ error model

allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.

 * write a little more VCF header
 * concatenate BCFs

use float for QUAL

faster for large sample size (in principle)

 * a numerically stable method to calculate z_{jk}
 * currently slower than the old method but will be important for large sample size
 * in principle, we can speed up for large n, but have not tried

fixed an issue in parsing integer

do not print refname if file is converted from VCF

 * parse PL
 * fixed a bug in parsing VCF

 * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
 * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
 * improved view interface

 * improved kstring (added kstrtok)
 * removed the limit on the format string length in bcftools
 * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code

help messages

perform single-tail test for ED4

 * test depth, end distance and HWE

reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste

 * bcftools: add HWE (no testing for now)
 * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more

 * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
 * Not using Numerical Recipe due to licensing issues

Fisher's exact test

 * samtools-0.1.8-11 (r672)
 * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)

 * the code base is stablized again.
 * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now

minor

unfinished vcf parser

 * added prelimiary VCF parser (not finished)
 * change struct a bit

 * allow to set min base q
 * fixed a bug in mpileup -u

spec

added more examples

fixed compilation error

move bcftools to samtools

fixed another minor bug

 * samtools-0.1.8-10 (r658)
 * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N

 * fixed a bug
 * treat ambiguous ref base as the fifth base

missing a column in VCF output...

fixed a memory leak

fixed a bug in bcf reader

fixed a bug

 * samtools-0.1.8-9 (r649)
 * lossless representation of PL in BCF output

Generate binary VCF

 * samtools-0.1.8-8 (r644)
 * mpileup becomes a little stable again
 * the method is slightly different, but is more theoretically correct
 * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)

 * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
 * I am going to clean up mcns a little bit

supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed

NOT ready yet. Going to make further changes...

 * samtools-0.1.8-7 (r639)
 * fixed the reference allele assignment

 * samtools-0.1.8-6 (r638)
 * skip isnan/isinf in case of float underflow
 * added the flat prior
 * fixed an issue where there are no reads supporting the reference

minor changes

minor tweaks

posterior expectation FINALLY working. I am so tired...

another minor fix to mpileup

added the format column

added an alternative prior

calculate posterior allele frequency

 * samtools-0.1.8-3 (r627)
 * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.

 * preliminary multisample SNP caller.
 * something looks not so right, but it largely works

 * samtools-0.1.8-2 (r617)
 * allele frequency calculation apparently works...

 * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
 * improved the mpileup interface

 * samtools-0.1.8-1 (r615)
 * allow to get mpileup at required sites

Release samtools-0.1.8

fixed a compiling issue for Windows

fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)

change the command line option of pileup

make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end

 * make tview more friendly
 * a temporary remedy for an issue in indel calling

 * samtools-0.1.7-r607
 * improved the genotype accuracy for indels
 * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.

removed a debugging example

 * samtools-.1.7-18 (r605)
 * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
   and the base quality is higher than 40 (if -I40).

fixed a minor bug in idxstats

fixed a minor bug in indexing

change printf() to puts in exporting

minor fix. No actual effect.

added Makefile targets to compile shared/dynamic library

 * samtools-0.1.7-17 (r596)
 * also keep the number of coor-less reads in the index file

 * samtools-0.1.7-16 (r595)
 * write additional information to bam index

fixed a bug for unmapped sequences in indexing

rename iterf as iter

 * samtools-0.1.7-15 (r592)
 * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
 * improved the functionality of mpileup

 * samtools-0.1.7-14 (r591)
 * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.

 * samtools-0.1.7-13 (r590)
 * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.

 * samtools-0.1.7-12 (r589)
 * added iterator-like APIs for pileup

 * samtools-0.1.7-11 (r588)
 * ported a few improvements from tabix back to samtools

 * samtools-0.1.7-10 (r587)
 * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)

 * samtools-0.1.7-9 (r586)
 * added "reheader" to replace the BAM header

 * samtools-0.1.7-8 (r585)
 * speed up "view"

 * samtools-0.1.7-7 (r584)
 * ported tabix BGZF to samtools
 * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries

Initial release on behalf of Aylwyn Scally

Added a note about the indels coordinates

Added the possibility to print or not to print the reference allele

More descriptive message for space separated tags

Speedup with -i, no need to query the reference all the time

Fixed the order of sequences in the header

Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.

Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
user error case when a SAM file has accidentally been supplied.

Improved efficiency of header parsing

Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.

Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.

Print an error for pileups in simple format

added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)

Added possibility to specify a custom column title for the data column