source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -I $in -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -I $in -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -I $in -p SEQ -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -I $in -p SEQ -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -p SEQ,COUNT -O $tmp.2"
-assert_no_diff $tmp.2 $out.2
-rm $tmp.2
+run "$bp -I $in -p SEQ,COUNT -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.2
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -P $in.pat -O $tmp.3"
-assert_no_diff $tmp.3 $out.3
-rm $tmp.3
+run "$bp -I $in -P $in.pat -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.3
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -p SEQ -i -O $tmp.4"
-assert_no_diff $tmp.4 $out.4
-rm $tmp.4
+run "$bp -I $in -p SEQ -i -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.4
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -p SEQ -K -O $tmp.5"
-assert_no_diff $tmp.5 $out.5
-rm $tmp.5
+run "$bp -I $in -p SEQ -K -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.5
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -p SEQ -V -O $tmp.6"
-assert_no_diff $tmp.6 $out.6
-rm $tmp.6
+run "$bp -I $in -p SEQ -V -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.6
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -p SEQ -k PAT -O $tmp.7"
-assert_no_diff $tmp.7 $out.7
-rm $tmp.7
+run "$bp -I $in -p SEQ -k PAT -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.7
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -r a -k SEQ -O $tmp.8"
-assert_no_diff $tmp.8 $out.8
-rm $tmp.8
+run "$bp -I $in -r a -k SEQ -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.8
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -r a -k SEQ -c -O $tmp.9"
-assert_no_diff $tmp.9 $out.9
-rm $tmp.9
+run "$bp -I $in -r a -k SEQ -c -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.9
+rm $tmp
-run "$bp -I $in -e 'SEQ_LEN<10' -O $tmp.10"
-assert_no_diff $tmp.10 $out.10
-rm $tmp.10
+run "$bp -I $in -e 'SEQ_LEN<10' -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.10
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -I $in -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -I $in -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -i $in -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -i $in -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
-run "$bp -i $in -n 1 -O $tmp.2"
-assert_no_diff $tmp.2 $out.2
-rm $tmp.2
+run "$bp -i $in -n 1 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.2
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -i $in.1 -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -i $in.1 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.1 -s 1 -O $tmp.2"
-assert_no_diff $tmp.2 $out.2
-rm $tmp.2
+run "$bp -i $in.1 -s 1 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.2
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.1 -s 1 -k ORGANISM,SEQ,COUNT -O $tmp.3"
-assert_no_diff $tmp.3 $out.3
-rm $tmp.3
+run "$bp -i $in.1 -s 1 -k ORGANISM,SEQ,COUNT -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.3
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -O $tmp.4"
-assert_no_diff $tmp.4 $out.4
-rm $tmp.4
+run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.4
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -k COUNT,SEQ -O $tmp.5"
-assert_no_diff $tmp.5 $out.5
-rm $tmp.5
+run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -k COUNT,SEQ -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.5
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.2 -O $tmp.6"
-assert_no_diff $tmp.6 $out.6
-rm $tmp.6
+run "$bp -i $in.2 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.6
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.2 -n 1 -O $tmp.7"
-assert_no_diff $tmp.7 $out.7
-rm $tmp.7
+run "$bp -i $in.2 -n 1 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.7
+rm $tmp
-run "$bp -i $in.3 -d ';' -O $tmp.8"
-assert_no_diff $tmp.8 $out.8
-rm $tmp.8
+run "$bp -i $in.3 -d ';' -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.8
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -I $in -O $tmp.1"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "$bp -I $in -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "write_fasta -I $in -o $tmp.1 -x"
-assert_no_diff $tmp.1 $out.1
-rm $tmp.1
+run "write_fasta -I $in -o $tmp -x"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+rm $tmp
-run "write_fasta -I $in -w 4 -o $tmp.2 -x"
-assert_no_diff $tmp.2 $out.2
-rm $tmp.2
+run "write_fasta -I $in -w 4 -o $tmp -x"
+assert_no_diff $tmp $out.2
+rm $tmp
+
+# This one will not work for some reason?
+# run "write_fasta -I $in -w 4 -Z -o $tmp -x"
+# assert_no_diff $tmp $out.3
+# rm $tmp