string clearTypes;
vector<string> types;
- string accnosfile, phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, designfile, taxonomyfile, biomfile, countfile;
+ string accnosfile, phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, designfile, taxonomyfile, biomfile, countfile, summaryfile;
string orderfile, treefile, sharedfile, ordergroupfile, relabundfile, fastafile, qualfile, sfffile, oligosfile, processors, flowfile;