CC= gcc.exe
AR= ar.exe
CFLAGS= -g -Wall -O2
-DFLAGS= -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+DFLAGS= -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
- $(KNETFILE_O)
-AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o sam_header.o
-PROG= samtools
-INCLUDES= -Iwin32
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
+BCFOBJS= bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
+ bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
+ bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
+PROG= samtools.exe bcftools.exe
+INCLUDES= -I. -Iwin32
SUBDIRS= .
-LIBPATH=
+LIBPATH=
.SUFFIXES:.c .o
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
-samtools:$(AOBJS) libbam.a
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
+samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
-razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
-
-bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
-glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
+errmod.o:errmod.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
clean:
- rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a
+ rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib