* samtools-0.1.3-9 (r256)

[samtools.git] / Makefile.lite

diff --git a/Makefile.lite b/Makefile.lite
index ac2e8de0d23c7db9c2e5ecc477150e2f01871913..a539d1eb4e21cc635f25a8d693b8a6c78e3f8e54 100644 (file)
--- a/Makefile.lite
+++ b/Makefile.lite
@@ -2,10 +2,10 @@ CC=                   gcc
 CXX=           g++
 CFLAGS=                -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc
 CXXFLAGS=      $(CFLAGS)
-DFLAGS=                -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_NO_CURSES -D_NO_RAZF
+DFLAGS=                -D_IOLIB=2 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_NO_CURSES -D_NO_RAZF
 OBJS=          bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
                        bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
-                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o
+                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      
 LIBS=          -lm -lz
@@ -52,6 +52,7 @@ bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
+bam_md.o:bam.h faidx.h
 razf.o:razf.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h