- /* for(int i=0;i<numRows;i++){
- cout << seqs[i]->getName();
- for(int j=0;j<numCols;j++){
- cout << '\t' << ms[i][j].mismatches;
- }
- cout << endl;
- }
- cout << endl;*/
- /*cout << numRows << '\t' << numCols << endl;
- for(int i=0;i<numRows;i++){
- cout << seqs[i]->getName() << endl << seqs[i]->getAligned() << endl << endl;
- if ((seqs[i]->getName() == "S000003470") || (seqs[i]->getName() == "S000383265") || (seqs[i]->getName() == "7000004128191054")) {
- for(int j=0;j<numCols;j++){
- cout << '\t' << ms[i][j].score;
- }
- cout << endl;
- }
- }
- cout << endl;*/
- /*for(int i=0;i<numRows;i++){
- cout << seqs[i]->getName();
- for(int j=0;j<numCols;j++){
- cout << '\t' << ms[i][j].prev;
- }
- cout << endl;
- }*/
+
+
+
+
+// cout << numRows << '\t' << numCols << endl;
+// for(int i=0;i<numRows;i++){
+// cout << seqs[i]->getName();
+// for(int j=0;j<numCols;j++){
+// cout << '\t' << ms[i][j].score;
+// }
+// cout << endl;
+// }
+// cout << endl;
+//
+// for(int i=0;i<numRows;i++){
+// cout << seqs[i]->getName();
+// for(int j=0;j<numCols;j++){
+// cout << '\t' << ms[i][j].prev;
+// }
+// cout << endl;
+// }