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-string GlobalData::getColumnFile() { return columnfile; }
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-string GlobalData::getGroupFile() { return groupfile; }
-string GlobalData::getOrderFile() { return orderfile; }
-string GlobalData::getCutOff() { return cutoff; }
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-string GlobalData::getPrecision() { return precision; }
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-string GlobalData::getFileRoot() { return fileroot; }
-string GlobalData::getIters() { return iters; }
-string GlobalData::getJumble() { return jumble; }
-string GlobalData::getFreq() { return freq; }
-void GlobalData::setListFile(string file) { listfile = file; inputFileName = file;}
-void GlobalData::setRabundFile(string file) { rabundfile = file; inputFileName = file;}
-void GlobalData::setSabundFile(string file) { sabundfile = file; inputFileName = file;}
-void GlobalData::setPhylipFile(string file) { phylipfile = file; inputFileName = file;}
-void GlobalData::setColumnFile(string file) { columnfile = file; inputFileName = file;}
-//void GlobalData::setGroupFile(string file) { groupfile = file; }
-void GlobalData::setNameFile(string file) { namefile = file; }
-void GlobalData::setFormat(string Format) { format = Format; }
+string GlobalData::getPhylipFile() { return phylipfile; }
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+string GlobalData::getNameFile() { return namefile; }
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+string GlobalData::getMethod() { return method; }
+string GlobalData::getFileRoot() { return fileroot; }
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+string GlobalData::getMaxAmbig() { return maxAmbig; }
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+string GlobalData::getMaxLength() { return maxLength; }
+string GlobalData::getFlip() { return flip; }
+string GlobalData::getOligosFile() { return oligoFile; }
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+
+void GlobalData::setListFile(string file) { listfile = file; inputFileName = file; }
+void GlobalData::setRabundFile(string file) { rabundfile = file; inputFileName = file; }
+void GlobalData::setSabundFile(string file) { sabundfile = file; inputFileName = file; }
+void GlobalData::setPhylipFile(string file) { phylipfile = file; inputFileName = file; }
+void GlobalData::setColumnFile(string file) { columnfile = file; inputFileName = file; }
+void GlobalData::setGroupFile(string file) { groupfile = file; }
+void GlobalData::setSharedFile(string file) { sharedfile = file; inputFileName = file; fileroot = file; }
+void GlobalData::setNameFile(string file) { namefile = file; }
+void GlobalData::setFormat(string Format) { format = Format; }
+void GlobalData::setRandomTree(string Random) { randomtree = Random; }
+void GlobalData::setGroups(string g) { groups = g; }
+void GlobalData::setCalc(string Calc) { calc = Calc; }
+void GlobalData::setCountEnds(string e) { countends = e; }
+void GlobalData::setProcessors(string p) { processors = p; }