1 // Generated by /p/py/alphac.py
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67 INVALID_LETTER, // [ 61] '='
68 INVALID_LETTER, // [ 62] '>'
69 INVALID_LETTER, // [ 63] '?'
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71 0 , // [ 65] 'A' = Ala
72 INVALID_LETTER, // [ 66] 'B'
73 1 , // [ 67] 'C' = Cys
74 2 , // [ 68] 'D' = Asp
75 3 , // [ 69] 'E' = Glu
76 4 , // [ 70] 'F' = Phe
77 5 , // [ 71] 'G' = Gly
78 6 , // [ 72] 'H' = His
79 7 , // [ 73] 'I' = Ile
80 INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
81 8 , // [ 75] 'K' = Lys
82 9 , // [ 76] 'L' = Leu
83 10 , // [ 77] 'M' = Met
84 11 , // [ 78] 'N' = Asn
85 INVALID_LETTER, // [ 79] 'O'
86 12 , // [ 80] 'P' = Pro
87 13 , // [ 81] 'Q' = Gln
88 14 , // [ 82] 'R' = Arg
89 15 , // [ 83] 'S' = Ser
90 16 , // [ 84] 'T' = Thr
91 INVALID_LETTER, // [ 85] 'U'
92 17 , // [ 86] 'V' = Val
93 18 , // [ 87] 'W' = Trp
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98 INVALID_LETTER, // [ 92] '\'
99 INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
100 INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
101 INVALID_LETTER, // [ 95] '_'
102 INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
103 0 , // [ 97] 'a' = Ala
104 INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
105 1 , // [ 99] 'c' = Cys
106 2 , // [100] 'd' = Asp
107 3 , // [101] 'e' = Glu
108 4 , // [102] 'f' = Phe
109 5 , // [103] 'g' = Gly
110 6 , // [104] 'h' = His
111 7 , // [105] 'i' = Ile
112 INVALID_LETTER, // [106] 'j'
113 8 , // [107] 'k' = Lys
114 9 , // [108] 'l' = Leu
115 10 , // [109] 'm' = Met
116 11 , // [110] 'n' = Asn
117 INVALID_LETTER, // [111] 'o'
118 12 , // [112] 'p' = Pro
119 13 , // [113] 'q' = Gln
120 14 , // [114] 'r' = Arg
121 15 , // [115] 's' = Ser
122 16 , // [116] 't' = Thr
123 INVALID_LETTER, // [117] 'u'
124 17 , // [118] 'v' = Val
125 18 , // [119] 'w' = Trp
126 INVALID_LETTER, // [120] 'x'
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130 INVALID_LETTER, // [124] '|'
131 INVALID_LETTER, // [125] '}'
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133 INVALID_LETTER, // [127] 0x7f
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857 INVALID_LETTER, // [ 72] = 72
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871 INVALID_LETTER, // [ 86] = 86
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882 0 , // [ 97] = a (Nucleotide)
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885 INVALID_LETTER, // [100] = 100
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1299 INVALID_CHAR, // [254]
1300 INVALID_CHAR, // [255]
1303 unsigned g_CodonWordToAminoLetter[4*4*4] =
1305 8 , // [ 0] = AAA K (Lys)
1306 11, // [ 1] = AAC N (Asn)
1307 8 , // [ 2] = AAG K (Lys)
1308 11, // [ 3] = AAT N (Asn)
1309 16, // [ 4] = ACA T (Thr)
1310 16, // [ 5] = ACC T (Thr)
1311 16, // [ 6] = ACG T (Thr)
1312 16, // [ 7] = ACT T (Thr)
1313 14, // [ 8] = AGA R (Arg)
1314 15, // [ 9] = AGC S (Ser)
1315 14, // [10] = AGG R (Arg)
1316 15, // [11] = AGT S (Ser)
1317 7 , // [12] = ATA I (Ile)
1318 7 , // [13] = ATC I (Ile)
1319 10, // [14] = ATG M (Met)
1320 7 , // [15] = ATT I (Ile)
1321 13, // [16] = CAA Q (Gln)
1322 6 , // [17] = CAC H (His)
1323 13, // [18] = CAG Q (Gln)
1324 6 , // [19] = CAT H (His)
1325 12, // [20] = CCA P (Pro)
1326 12, // [21] = CCC P (Pro)
1327 12, // [22] = CCG P (Pro)
1328 12, // [23] = CCT P (Pro)
1329 14, // [24] = CGA R (Arg)
1330 14, // [25] = CGC R (Arg)
1331 14, // [26] = CGG R (Arg)
1332 14, // [27] = CGT R (Arg)
1333 9 , // [28] = CTA L (Leu)
1334 9 , // [29] = CTC L (Leu)
1335 9 , // [30] = CTG L (Leu)
1336 9 , // [31] = CTT L (Leu)
1337 3 , // [32] = GAA E (Glu)
1338 2 , // [33] = GAC D (Asp)
1339 3 , // [34] = GAG E (Glu)
1340 2 , // [35] = GAT D (Asp)
1341 0 , // [36] = GCA A (Ala)
1342 0 , // [37] = GCC A (Ala)
1343 0 , // [38] = GCG A (Ala)
1344 0 , // [39] = GCT A (Ala)
1345 5 , // [40] = GGA G (Gly)
1346 5 , // [41] = GGC G (Gly)
1347 5 , // [42] = GGG G (Gly)
1348 5 , // [43] = GGT G (Gly)
1349 17, // [44] = GTA V (Val)
1350 17, // [45] = GTC V (Val)
1351 17, // [46] = GTG V (Val)
1352 17, // [47] = GTT V (Val)
1353 20, // [48] = TAA * (STP)
1354 19, // [49] = TAC Y (Tyr)
1355 20, // [50] = TAG * (STP)
1356 19, // [51] = TAT Y (Tyr)
1357 15, // [52] = TCA S (Ser)
1358 15, // [53] = TCC S (Ser)
1359 15, // [54] = TCG S (Ser)
1360 15, // [55] = TCT S (Ser)
1361 20, // [56] = TGA * (STP)
1362 1 , // [57] = TGC C (Cys)
1363 18, // [58] = TGG W (Trp)
1364 1 , // [59] = TGT C (Cys)
1365 9 , // [60] = TTA L (Leu)
1366 4 , // [61] = TTC F (Phe)
1367 9 , // [62] = TTG L (Leu)
1368 4 , // [63] = TTT F (Phe)
1371 char g_CodonWordToAminoChar[4*4*4] =
1373 'K', // [ 0] = AAA (Lys)
1374 'N', // [ 1] = AAC (Asn)
1375 'K', // [ 2] = AAG (Lys)
1376 'N', // [ 3] = AAT (Asn)
1377 'T', // [ 4] = ACA (Thr)
1378 'T', // [ 5] = ACC (Thr)
1379 'T', // [ 6] = ACG (Thr)
1380 'T', // [ 7] = ACT (Thr)
1381 'R', // [ 8] = AGA (Arg)
1382 'S', // [ 9] = AGC (Ser)
1383 'R', // [10] = AGG (Arg)
1384 'S', // [11] = AGT (Ser)
1385 'I', // [12] = ATA (Ile)
1386 'I', // [13] = ATC (Ile)
1387 'M', // [14] = ATG (Met)
1388 'I', // [15] = ATT (Ile)
1389 'Q', // [16] = CAA (Gln)
1390 'H', // [17] = CAC (His)
1391 'Q', // [18] = CAG (Gln)
1392 'H', // [19] = CAT (His)
1393 'P', // [20] = CCA (Pro)
1394 'P', // [21] = CCC (Pro)
1395 'P', // [22] = CCG (Pro)
1396 'P', // [23] = CCT (Pro)
1397 'R', // [24] = CGA (Arg)
1398 'R', // [25] = CGC (Arg)
1399 'R', // [26] = CGG (Arg)
1400 'R', // [27] = CGT (Arg)
1401 'L', // [28] = CTA (Leu)
1402 'L', // [29] = CTC (Leu)
1403 'L', // [30] = CTG (Leu)
1404 'L', // [31] = CTT (Leu)
1405 'E', // [32] = GAA (Glu)
1406 'D', // [33] = GAC (Asp)
1407 'E', // [34] = GAG (Glu)
1408 'D', // [35] = GAT (Asp)
1409 'A', // [36] = GCA (Ala)
1410 'A', // [37] = GCC (Ala)
1411 'A', // [38] = GCG (Ala)
1412 'A', // [39] = GCT (Ala)
1413 'G', // [40] = GGA (Gly)
1414 'G', // [41] = GGC (Gly)
1415 'G', // [42] = GGG (Gly)
1416 'G', // [43] = GGT (Gly)
1417 'V', // [44] = GTA (Val)
1418 'V', // [45] = GTC (Val)
1419 'V', // [46] = GTG (Val)
1420 'V', // [47] = GTT (Val)
1421 '*', // [48] = TAA (STP)
1422 'Y', // [49] = TAC (Tyr)
1423 '*', // [50] = TAG (STP)
1424 'Y', // [51] = TAT (Tyr)
1425 'S', // [52] = TCA (Ser)
1426 'S', // [53] = TCC (Ser)
1427 'S', // [54] = TCG (Ser)
1428 'S', // [55] = TCT (Ser)
1429 '*', // [56] = TGA (STP)
1430 'C', // [57] = TGC (Cys)
1431 'W', // [58] = TGG (Trp)
1432 'C', // [59] = TGT (Cys)
1433 'L', // [60] = TTA (Leu)
1434 'F', // [61] = TTC (Phe)
1435 'L', // [62] = TTG (Leu)
1436 'F', // [63] = TTT (Phe)
1439 unsigned char g_CharToCompChar[256] =
1441 INVALID_CHAR, // [ 0]
1442 INVALID_CHAR, // [ 1]
1443 INVALID_CHAR, // [ 2]
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1543 INVALID_CHAR, // [102]
1544 'C', // [103] g -> C
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