treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         //initialize node
  16         name = "";
  17         branchLength = -1;
  18         parent = -1;
  19         lchild = -1;
  20         rchild = -1;
  21         length2leaf = 0.0;
  22         label = -1;
  23
  24 }
  25 /****************************************************************/
  26 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  27 /****************************************************************/
  28 void Node::setGroup(string groups)  { group =groups; }
  29 /****************************************************************/
  30 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  31 /****************************************************************/
  32 void Node::setLabel(float l) { label = l; }
  33 /****************************************************************/
  34 void Node::setLengthToLeaves(float l) { length2leaf = l; }
  35 /****************************************************************/
  36 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  37 /****************************************************************/
  38 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  39 /****************************************************************/
  40 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  41 /****************************************************************/
  42 string Node::getName() { return name; }
  43 /****************************************************************/
  44 string Node::getGroup() { return group; }
  45 /****************************************************************/
  46 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  47 /****************************************************************/
  48 float Node::getLabel() { return label; }
  49 /****************************************************************/
  50 float Node::getLengthToLeaves() { return length2leaf; }
  51 /****************************************************************/
  52 int Node::getParent() { return parent; }
  53 /****************************************************************/
  54 int Node::getLChild() { return lchild; }
  55 /****************************************************************/
  56 int Node::getRChild() { return rchild; }
  57 /****************************************************************/
  58 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  59 /****************************************************************/
  60 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  61 void Node::printNode() {
  62         try{
  63                 cout << parent << ' ' << lchild << ' ' << rchild << ' ' << group;
  64                 //there is a branch length
  65                 if (branchLength != -1) {
  66                         cout << ' ' << setprecision(4) << branchLength;
  67                 }
  68                 cout << " |";
  69                 map<string, int>::iterator it;
  70                 for(it=pGroups.begin();it!=pGroups.end();it++){
  71                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  72                 }
  73                 cout << " |";
  74                 for(it=pcount.begin();it!=pcount.end();it++){
  75                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  76                 }
  77                 cout << endl;
  78
  79
  80         }
  81         catch(exception& e) {
  82                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Node class Function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  83                 exit(1);
  84         }
  85         catch(...) {
  86                 cout << "An unknown error has occurred in the Node class function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  87                 exit(1);
  88         }
  89 }
  90 /****************************************************************/