treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         m = MothurOut::getInstance();
  16         //initialize node
  17         name = "";
  18         branchLength = -1;
  19         parent = -1;
  20         lchild = -1;
  21         rchild = -1;
  22         length2leaf = 0.0;
  23         label = -1;
  24
  25 }
  26 /****************************************************************/
  27 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  28 /****************************************************************/
  29 void Node::setGroup(vector<string> groups)  { group =groups; }
  30 /****************************************************************/
  31 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  32 /****************************************************************/
  33 void Node::setLabel(float l) { label = l; }
  34 /****************************************************************/
  35 void Node::setLengthToLeaves(float l) { length2leaf = l; }
  36 /****************************************************************/
  37 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  38 /****************************************************************/
  39 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  40 /****************************************************************/
  41 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  42 /****************************************************************/
  43 string Node::getName() { return name; }
  44 /****************************************************************/
  45 vector<string> Node::getGroup() { return group; }
  46 /****************************************************************/
  47 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  48 /****************************************************************/
  49 float Node::getLabel() { return label; }
  50 /****************************************************************/
  51 float Node::getLengthToLeaves() { return length2leaf; }
  52 /****************************************************************/
  53 int Node::getParent() { return parent; }
  54 /****************************************************************/
  55 int Node::getLChild() { return lchild; }
  56 /****************************************************************/
  57 int Node::getRChild() { return rchild; }
  58 /****************************************************************/
  59 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  60 /****************************************************************/
  61 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  62 void Node::printNode() {
  63         try{
  64                 m->mothurOut(name + " " + toString(parent) + " " + toString(lchild) + " " + toString(rchild) + " ");
  65
  66                 /*for (int i = 0; i < group.size(); i++) {  m->mothurOut( group[i] + " "); }
  67
  68                 //there is a branch length
  69                 if (branchLength != -1) {
  70                         m->mothurOut(" " + toString(branchLength));
  71                 }
  72                 m->mothurOut(" |");
  73
  74                 map<string, int>::iterator it;
  75                 for(it=pGroups.begin();it!=pGroups.end();it++){
  76                         m->mothurOut(" " + it->first + ":" + toString(it->second));
  77                 }
  78                 m->mothurOut(" |");
  79                 for(it=pcount.begin();it!=pcount.end();it++){
  80                         m->mothurOut(" " + it->first + ":" + toString(it->second));
  81                 }*/
  82                 m->mothurOutEndLine();
  83
  84
  85         }
  86         catch(exception& e) {
  87                 m->errorOut(e, "Node", "printNode");
  88                 exit(1);
  89         }
  90 }
  91 /****************************************************************/