src/api/SamSequenceDictionary.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // SamSequenceDictionary.h (c) 2010 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 23 December 2010 (DB)
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Provides container operations for collection of sequence entries
   9 // *************************************************************************
  10
  11 #ifndef SAM_SEQUENCE_DICTIONARY_H
  12 #define SAM_SEQUENCE_DICTIONARY_H
  13
  14 #include <api/api_global.h>
  15 #include <api/SamSequence.h>
  16 #include <string>
  17 #include <vector>
  18
  19 namespace BamTools {
  20
  21 typedef std::vector<SamSequence>             SamSequenceContainer;
  22 typedef SamSequenceContainer::iterator       SamSequenceIterator;
  23 typedef SamSequenceContainer::const_iterator SamSequenceConstIterator;
  24
  25 class API_EXPORT SamSequenceDictionary {
  26
  27     // ctor & dtor
  28     public:
  29         SamSequenceDictionary(void);
  30         SamSequenceDictionary(const SamSequenceDictionary& other);
  31         ~SamSequenceDictionary(void);
  32
  33     // query/modify sequence data
  34     public:
  35         // add a sequence
  36         void Add(const SamSequence& sequence);
  37         void Add(const std::string& sequenceNames);
  38
  39         // add multiple sequences
  40         void Add(const std::vector<SamSequence>& sequences);
  41         void Add(const std::vector<std::string>& sequenceNames);
  42
  43         // clear all sequence records
  44         void Clear(void);
  45
  46         // returns true if dictionary contains this sequence
  47         bool Contains(const SamSequence& sequence) const;
  48         bool Contains(const std::string& sequenceName) const;
  49
  50         // returns true if dictionary is empty
  51         bool IsEmpty(void) const;
  52
  53         // remove a single sequence (does nothing if sequence not found)
  54         void Remove(const SamSequence& sequence);
  55         void Remove(const std::string& sequenceName);
  56
  57         // remove multiple sequences
  58         void Remove(const std::vector<SamSequence>& sequences);
  59         void Remove(const std::vector<std::string>& sequenceNames);
  60
  61         // returns size of dictionary (number of current elements)
  62         int Size(void) const;
  63
  64         // retrieves the SamSequence object associated with this name
  65         // if sequenceName is unknown, a new SamSequence is created with this name (and invalid length 0)
  66         // and a reference to this new sequence entry is returned (like std::map)
  67         //
  68         // * To avoid these partial entries being created, it is recommended to check
  69         //   for existence first using Contains()
  70         SamSequence& operator[](const std::string& sequenceName);
  71
  72     // retrieve sequence iterators
  73     // these are typedefs for STL iterators and thus are compatible with STL containers/algorithms
  74     public:
  75         SamSequenceIterator      Begin(void);
  76         SamSequenceConstIterator Begin(void) const;
  77         SamSequenceConstIterator ConstBegin(void) const;
  78         SamSequenceIterator      End(void);
  79         SamSequenceConstIterator End(void) const;
  80         SamSequenceConstIterator ConstEnd(void) const;
  81
  82     // internal methods
  83     private:
  84         int IndexOf(const SamSequence& sequence) const;
  85         int IndexOf(const std::string& sequenceName) const;
  86
  87     // data members
  88     private:
  89         SamSequenceContainer m_data;
  90 };
  91
  92 } // namespace BamTools
  93
  94 #endif // SAM_SEQUENCE_DICTIONARY
  95