sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***********************************************
   4  Welcome to the Debian Neuroscience Repository
   5 ***********************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 This repository provides mostly neuroscience-related packages to be used on
  11 Debian_ systems (or Debian-derivatives like Ubuntu_). It contains both unofficial
  12 or prospective packages which are not (yet) available from the main Debian_
  13 archive, as well as backported or simply rebuilt packages also available
  14 elsewhere. Please see the :ref:`faq` for more information about the goals of
  15 this project, and :ref:`read what people say about it <testimonials>`.
  16 Take a look at the :ref:`list of our current and planned projects <projects>` if
  17 you want to get involved. If you appreciate this service, please |spread|.
  18
  19 .. note::
  20
  21   This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  22   works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  23   please `report <#contacts>`_ them.
  24
  25
  26 .. raw:: html
  27
  28  <p>
  29  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  30  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  31  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  32  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  33  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  34  <a href="feeds/blog.xml"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider feed" /></a>
  35  </p>
  36
  37 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  38
  39 .. _news:
  40
  41 News
  42 ====
  43
  44 .. raw:: html
  45
  46  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  47  <div id="identica_widget"></div>
  48  <script type="text/javascript">
  49  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  50                                    {service: 'identi.ca',
  51                                     mode: 'user_timeline',
  52                                     limit: 10,
  53                                     rate: 300000});
  54  </script>
  55
  56 Older news items are available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_
  57 (preferred) or twitter_ to subscribe to the NeuroDebian news.
  58
  59 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  60 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  61
  62 .. _repository_howto:
  63
  64
  65
  66 How to use this repository
  67 ==========================
  68
  69 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  70 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  71 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  72 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  73 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  74
  75 .. include:: sources_lists
  76
  77 Once this is done, you have to update the package index. Use your favorite
  78 package manager, e.g. synaptic, adept. In the terminal you can use
  79 :command:`apt-get` to achieve this::
  80
  81   sudo apt-get update
  82
  83 Now, you can install packages, e.g.::
  84
  85   sudo apt-get install mricron
  86
  87 .. note::
  88
  89   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  90   about which package version is available for which release and architecture,
  91   please have a look at the corresponding package pages.
  92
  93
  94 .. _chap_installation:
  95
  96 Ways to use NeuroDebian
  97 =======================
  98
  99 Virtual machine
 100 ---------------
 101
 102 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 103 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 104 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 105 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 106 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 107 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 108 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 109 computer lab.
 110
 111
 112 Debian installation
 113 -------------------
 114
 115 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 116 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 117 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 118 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 119 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 120 hardware architecture and then simply add |repos|.
 121
 122
 123 .. _chap_team:
 124
 125
 126 The team
 127 ========
 128
 129 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 130 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 131 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 132 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 133 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 134 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 135 to formally join the forces of
 136
 137 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 138 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 139
 140 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 141 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 142 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 143 for all their work.
 144
 145 .. _support:
 146
 147 Contacts
 148 ========
 149
 150 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 151 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 152 exist not only to provide user-support but also to establish
 153 communication channels within the NeuroDebian community
 154
 155 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 156
 157 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 158   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 159   to update you with summaries of recent relevant developments in
 160   Debian project
 161
 162 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 163   NeuroDebian development
 164
 165
 166 Acknowledgements
 167 ================
 168
 169 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 170 Italian espresso <coffeeart>`.
 171
 172 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 173
 174 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 175
 176 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 177   *[us-nh]* (primary mirror)
 178 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 179   *[de]*
 180 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 181 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 182 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 183   *[us-tn]*
 184
 185 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 186
 187 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 188 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 189 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 190 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 191 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 192
 193
 194 Publications
 195 ============
 196
 197 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 198 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 199 Neuroscience*, San Diego, USA.
 200
 201 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 202 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 203 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster to be presented at the
 204 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 205
 206 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 207 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 208 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 209 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 210 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 211
 212 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 213 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 214 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 215 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 216
 217 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 218 statistical learning, and open-source software to make research more
 219 efficient, more open, and more fun
 220 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 221 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 222
 223 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 224 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 225
 226
 227 .. toctree::
 228    :hidden:
 229
 230    faq
 231    pkgs
 232    spread
 233    vm
 234    coffeeart
 235    photoalbum
 236    projects
 237    testimonials
 238
 239 .. probably should be purged altogether
 240 .. toctree::
 241    :hidden:
 242
 243    booth_sfn2010
 244    datasets
 245    livecd
 246    quotes-nihr01
 247    quotes-nitrc
 248    sources_lists
 249    vm_welcome
 250
 251 .. include:: link_names.txt
 252 .. include:: substitutions.txt