3 [allele_id] [int] NOT NULL ,
4 [allele] [varchar](255) NOT NULL ,
5 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
6 [rev_allele_id] [int] NULL ,
7 [src] [varchar](10) NULL ,
8 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
12 CREATE TABLE [AlleleFlagCode]
14 [code] [tinyint] NOT NULL ,
15 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
16 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
17 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
21 CREATE TABLE [AlleleMotif]
23 [allele_id] [int] NOT NULL ,
24 [motif_order] [int] NOT NULL ,
25 [motif_id] [int] NOT NULL ,
26 [repeat_cnt] [real] NOT NULL ,
27 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
31 CREATE TABLE [AllocIds]
33 [name] [varchar](30) NOT NULL ,
36 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
37 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
38 [comment] [varchar](255) NULL
44 [pub_id] [int] NOT NULL ,
45 [position] [tinyint] NOT NULL ,
46 [author] [varchar](255) NOT NULL ,
47 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
48 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
52 CREATE TABLE [Batch_tax_id]
54 [batch_id] [int] NOT NULL ,
55 [tax_id] [int] NOT NULL ,
56 [update_time] [datetime] NOT NULL
60 CREATE TABLE [ChiSqPValueLookUp]
62 [df] [tinyint] NOT NULL ,
63 [chisq_from] [float] NOT NULL ,
64 [chisq_to] [float] NOT NULL ,
65 [pvalue_upper_bound] [float] NOT NULL
69 CREATE TABLE [CpGCode]
71 [code] [tinyint] NOT NULL ,
72 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
73 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
77 CREATE TABLE [GenBankDivisionCode]
79 [code] [varchar](6) NOT NULL ,
80 [abbrev] [varchar](40) NOT NULL ,
81 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
82 [display_order] [tinyint] NOT NULL ,
83 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
87 CREATE TABLE [GenderCode]
89 [code] [char](1) NOT NULL ,
90 [gender] [varchar](6) NOT NULL
94 CREATE TABLE [GenomeBuildInfo]
96 [snp_build_id] [int] NOT NULL ,
97 [tax_id] [int] NOT NULL ,
98 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
99 [ncbi_build_id] [int] NOT NULL ,
100 [ncbi_build_ver] [tinyint] NOT NULL ,
101 [insert_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
102 [is_major] [tinyint] NOT NULL ,
103 [ncbi_genome_tax_id] [int] NOT NULL ,
104 [ref_assembly] [varchar](32) NULL ,
105 [annot_set_acc] [varchar](32) NULL ,
106 [annot_set_ver] [smallint] NULL
110 CREATE TABLE [GtyAllele]
112 [gty_id] [int] NOT NULL ,
113 [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
114 [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
115 [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
116 [unigty_id] [int] NULL ,
117 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
118 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
122 CREATE TABLE [IUPACna]
124 [allele] [varchar](1) NOT NULL ,
125 [meaning] [varchar](10) NOT NULL ,
126 [bitcode] [varchar](4) NOT NULL ,
127 [value] [tinyint] NOT NULL ,
128 [rev_base] [char](1) NULL
132 CREATE TABLE [LoadHistory]
134 [build_id] [int] NOT NULL ,
135 [loaddate] [smalldatetime] NOT NULL ,
136 [status] [char](30) NOT NULL ,
137 [comments] [varchar](255) NULL ,
138 [script] [varchar](255) NULL ,
139 [ftp_done_date] [smalldatetime] NULL ,
140 [entrez_done_date] [smalldatetime] NULL ,
141 [blastdb_done_date] [smalldatetime] NULL ,
142 [web_date] [smalldatetime] NULL
146 CREATE TABLE [LocTypeCode]
148 [code] [tinyint] NOT NULL ,
149 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
150 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
151 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
155 CREATE TABLE [MapLinkCode]
157 [which_code] [varchar](20) NOT NULL ,
158 [code] [tinyint] NOT NULL ,
159 [abbr] [varchar](10) NULL ,
160 [note] [varchar](255) NULL ,
161 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
162 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
166 CREATE TABLE [Method]
168 [method_id] [int] NOT NULL ,
169 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
170 [loc_method_id] [varchar](64) NOT NULL ,
171 [loc_method_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
172 [method_class] [tinyint] NULL ,
173 [template_type] [tinyint] NULL ,
174 [seq_both_strands] [varchar](3) NULL ,
175 [mult_pcr_amplification] [varchar](3) NULL ,
176 [mult_clones_tested] [varchar](3) NULL ,
177 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
178 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
182 CREATE TABLE [MethodClass]
184 [meth_class_id] [tinyint] NOT NULL ,
185 [name] [varchar](64) NOT NULL ,
186 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
187 [validation_status] [tinyint] NOT NULL
191 CREATE TABLE [MethodLine]
193 [method_id] [int] NOT NULL ,
194 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
195 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
196 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
197 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
201 CREATE TABLE [Moltype]
203 [code] [tinyint] NOT NULL ,
204 [moltype] [varchar](10) NOT NULL ,
205 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
211 [motif_id] [int] NOT NULL ,
212 [motif] [varchar](253) NOT NULL ,
213 [rev_motif_id] [int] NULL ,
214 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
218 CREATE TABLE [ObsGenotype]
220 [gty_id] [int] NOT NULL ,
221 [obs] [varchar](512) NOT NULL ,
222 [obs_upp_fix] [varchar](512) NOT NULL ,
223 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
227 CREATE TABLE [ObsVariation]
229 [var_id] [int] NOT NULL ,
230 [pattern] [varchar](255) NOT NULL ,
231 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
232 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
233 [univar_id] [int] NULL ,
234 [var_flag] [tinyint] NULL
238 CREATE TABLE [OrgDbStatus]
240 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
241 [SNP_cnt] [int] NULL ,
242 [SubSNP_cnt] [int] NULL ,
243 [cluster_cnt] [int] NULL ,
244 [unmapped_rs_cnt] [int] NULL ,
245 [SubInd_cnt] [int] NULL ,
246 [ind_cnt] [int] NULL ,
247 [SubInd_ss_cnt] [int] NULL ,
248 [SubPop_cnt] [int] NULL ,
249 [pop_cnt] [int] NULL ,
250 [SubPop_ss_cnt] [int] NULL ,
251 [GtyFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
252 [AlleleFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
253 [SNPGtyFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
254 [SNPAlleleFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
255 [snp_build_max] [int] NULL ,
256 [genome_build_max] [varchar](8) NULL ,
257 [map_time] [smalldatetime] NULL ,
258 [cluster_time_max] [smalldatetime] NULL ,
259 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
260 [last_SNPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
261 [last_POPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
262 [last_INDBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
264 [rsMissenseMax] [int] NULL ,
265 [copy2FTP_time] [smalldatetime] NULL
269 CREATE TABLE [OrganismTax]
271 [organism] [varchar](128) NOT NULL ,
272 [tax_id] [int] NOT NULL ,
273 [common_name] [varchar](32) NULL ,
274 [gpipe_abbr] [varchar](7) NOT NULL ,
275 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
276 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
277 [comment] [varchar](255) NULL ,
278 [division_cd] [varchar](6) NULL ,
279 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
280 [short_common_name] [varchar](32) NOT NULL ,
281 [tax_id_rank] [varchar](5) NOT NULL ,
282 [species_tax_id] [int] NOT NULL ,
283 [no_freq_summary] [bit] NULL ,
284 [entrez_index] [smallint] NULL ,
285 [pub_genome_build] [decimal] NULL
289 CREATE TABLE [PopClass]
291 [pop_id] [int] NOT NULL ,
292 [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
293 [snp_count] [int] NULL
297 CREATE TABLE [PopClassCode]
299 [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
300 [pop_class] [char](50) NOT NULL ,
301 [pop_class_text] [char](255) NOT NULL
305 CREATE TABLE [Publication]
307 [pub_id] [int] NOT NULL ,
309 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
310 [meduid] [int] NULL ,
311 [title] [varchar](235) NOT NULL ,
312 [journal] [varchar](255) NULL ,
313 [vol] [varchar](255) NULL ,
314 [suppl] [varchar](128) NULL ,
315 [issue] [varchar](128) NULL ,
316 [i_suppl] [varchar](128) NULL ,
317 [pages] [varchar](255) NULL ,
318 [year] [smallint] NOT NULL ,
319 [status] [tinyint] NOT NULL ,
320 [blobflag] [tinyint] NULL ,
321 [last_updated] [smalldatetime] NOT NULL ,
322 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
323 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
327 CREATE TABLE [SNPGlossary]
329 [term] [varchar](256) NOT NULL ,
330 [description] [varchar](4000) NULL ,
331 [last_updated] [smalldatetime] NULL ,
332 [used_in] [varchar](32) NULL
336 CREATE TABLE [SNP_tax_id]
338 [snp_id] [int] NOT NULL ,
339 [tax_id] [int] NULL ,
340 [update_time] [smalldatetime] NULL ,
341 [status] [char](1) NULL
345 CREATE TABLE [SnpChrCode]
347 [code] [varchar](8) NOT NULL ,
348 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
349 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
350 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
351 [sort_order] [tinyint] NULL ,
352 [db_name] [varchar](32) NULL ,
353 [NC_acc] [varchar](16) NULL
357 CREATE TABLE [SnpClassCode]
359 [code] [tinyint] NOT NULL ,
360 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
361 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
362 [display_str] [varchar](255) NULL
366 CREATE TABLE [SnpFunctionCode]
368 [code] [tinyint] NOT NULL ,
369 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
370 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
371 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
372 [top_level_class] [char](5) NOT NULL ,
373 [is_coding] [tinyint] NOT NULL ,
374 [is_exon] [bit] NULL ,
375 [var_prop_effect_code] [int] NULL ,
376 [var_prop_gene_loc_code] [int] NULL ,
377 [SO_id] [varchar](32) NULL
381 CREATE TABLE [SnpValidationCode]
383 [code] [tinyint] NOT NULL ,
384 [abbrev] [varchar](64) NOT NULL ,
385 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
386 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
387 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
391 CREATE TABLE [StrandCode]
393 [code] [tinyint] NOT NULL ,
394 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
395 [rs_to_ss_orien] [bit] NOT NULL ,
396 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
397 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
401 CREATE TABLE [SubSNPDelComm]
403 [comment_id] [smallint] NOT NULL ,
404 [comment] [varchar](400) NULL ,
405 [create_time] [smalldatetime] NULL
409 CREATE TABLE [SubSNPSeqTypeCode]
411 [code] [tinyint] NOT NULL ,
412 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
413 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
417 CREATE TABLE [Submitter]
419 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
420 [name] [varchar](255) NOT NULL ,
421 [fax] [varchar](255) NULL ,
422 [phone] [varchar](255) NULL ,
423 [email] [varchar](255) NULL ,
424 [lab] [varchar](255) NULL ,
425 [institution] [varchar](255) NULL ,
426 [address] [varchar](255) NULL ,
427 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
428 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
432 CREATE TABLE [TemplateType]
434 [temp_type_id] [tinyint] NOT NULL ,
435 [name] [varchar](64) NOT NULL ,
436 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
440 CREATE TABLE [UniGty]
442 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
443 [gty_str] [varchar](255) NULL ,
444 [allele_id_1] [int] NOT NULL ,
445 [allele_id_2] [int] NULL ,
446 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
450 CREATE TABLE [UniVariAllele]
452 [univar_id] [int] NOT NULL ,
453 [allele_id] [int] NOT NULL ,
454 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
458 CREATE TABLE [UniVariation]
460 [univar_id] [int] NOT NULL ,
461 [var_str] [varchar](900) NULL ,
462 [allele_cnt] [smallint] NOT NULL ,
463 [subsnp_class] [tinyint] NOT NULL ,
464 [iupack_code] [char](1) NOT NULL ,
465 [top_or_bot_strand] [char](1) NOT NULL ,
466 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
467 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
468 [src_code] [tinyint] NULL ,
469 [rev_univar_id] [int] NULL
473 CREATE TABLE [UniVariationSrcCode]
475 [code] [tinyint] NOT NULL ,
476 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
477 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
481 CREATE TABLE [VariAllele]
483 [var_id] [int] NOT NULL ,
484 [allele_id] [int] NOT NULL ,
485 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
489 CREATE TABLE [db_ftp_table_list]
491 [table_name] [varchar](32) NOT NULL ,
492 [db_str] [varchar](64) NOT NULL ,
493 [create_time] [smalldatetime] NULL
497 CREATE TABLE [db_map_table_name]
499 [table_name] [varchar](32) NOT NULL ,
500 [to_index] [bit] NULL ,
501 [isCurrent] [char](1) NULL ,
502 [inNonHuman] [char](1) NOT NULL
506 CREATE TABLE [dn_Allele_rev]
508 [allele_id] [int] NOT NULL ,
509 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
510 [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
511 [fwd_allele] [varchar](255) NOT NULL
515 CREATE TABLE [dn_Motif_rev]
517 [motif_id] [int] NOT NULL ,
518 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
519 [fwd_motif] [varchar](253) NULL ,
520 [fwd_motif_id] [int] NULL
524 CREATE TABLE [dn_UniGty_allele]
526 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
527 [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
528 [allele_id] [int] NOT NULL ,
529 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
533 CREATE TABLE [dn_UniGty_rev]
535 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
536 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
537 [fwd_unigty_id] [int] NOT NULL ,
538 [fwd_gty_str] [varchar](255) NULL
542 CREATE TABLE [dn_UniVariation_rev]
544 [univar_id] [int] NOT NULL ,
545 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
546 [fwd_univar_id] [int] NULL ,
547 [fwd_univar_str] [varchar](900) NULL
551 CREATE TABLE [dn_baseFlip]
553 [base] [char](1) NULL ,
554 [rev_flag] [tinyint] NULL ,
555 [fwd_base] [char](1) NULL
559 CREATE TABLE [dn_gty2unigty_trueSNP]
561 [gty_id] [int] NOT NULL ,
562 [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
563 [unigty_id] [int] NULL ,
564 [obs] [varchar](512) NOT NULL ,
565 [gty_str] [varchar](255) NULL
569 CREATE TABLE [dn_summary]
571 [tax_id] [int] NOT NULL ,
572 [build_id] [int] NOT NULL ,
573 [type] [varchar](20) NOT NULL ,
574 [cnt] [int] NOT NULL ,
575 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
576 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL