schema/extra_schema/intron_exon_schema.sql

   1 CREATE TABLE contigs (
   2        tax_id int NOT NULL,
   3        chr VARCHAR(127) NOT NULL,
   4        chr_start INT NOT NULL,
   5        chr_stop INT NOT NULL,
   6        orientation VARCHAR(1) NOT NULL DEFAULT '+',
   7        feature_name VARCHAR(127) NOT NULL,
   8        gi INT,
   9        feature_type VARCHAR(127) NOT NULL
  10 );
  11
  12 CREATE TABLE exons (
  13        gi int NOT NULL,
  14        accession VARCHAR(127) NOT NULL,
  15        accession_ver INT NOT NULL,
  16        number INT NOT NULL,
  17        start INT NOT NULL,
  18        stop INT NOT NULL
  19        );
  20
  21 CREATE TABLE cds (
  22        gi int NOT NULL,
  23        accession VARCHAR(127) NOT NULL,
  24        accession_ver INT NOT NULL,
  25        variant VARCHAR(127),
  26        complement BOOLEAN DEFAULT FALSE,
  27        gene VARCHAR (127),
  28        geneid INT NOT NULL,
  29        contig_gi INT NOT NULL,
  30        chr VARCHAR (127),
  31        number INT NOT NULL,
  32        phase INT NOT NULL,
  33        start INT NOT NULL,
  34        stop INT NOT NULL,
  35        contig_start INT NOT NULL,
  36        contig_stop INT NOT NULL,
  37        position INT NOT NULL);
  38
  39 CREATE TABLE mrna (
  40        gi int NOT NULL,
  41        accession VARCHAR(127) NOT NULL,
  42        accession_ver INT NOT NULL,
  43        variant INT,
  44        complement BOOLEAN DEFAULT FALSE,
  45        gene VARCHAR (127),
  46        geneid INT NOT NULL,
  47        contig_gi INT NOT NULL,
  48        chr VARCHAR (127),
  49        exon BOOLEAN DEFAULT TRUE,
  50        number INT NOT NULL,
  51        start INT NOT NULL,
  52        stop INT NOT NULL,
  53        contig_start INT NOT NULL,
  54        contig_stop INT NOT NULL);
  55
  56