schema/extra_schema/association_results.sql

   1 DROP VIEW ga_snp;
   2 DROP VIEW ga_chr_pos;
   3 DROP TABLE ga_study_snp CASCADE;
   4 DROP TABLE ga_study_subpart CASCADE;
   5 DROP TABLE ga_study CASCADE;
   6
   7
   8 CREATE TABLE ga_study (
   9        ga_id       SERIAL PRIMARY KEY,
  10        short_name  TEXT NOT NULL,
  11        full_name   TEXT NOT NULL,
  12        description TEXT NOT NULL DEFAULT '',
  13        date        TIMESTAMP WITH TIME ZONE NOT NULL DEFAULT NOW()
  14 );
  15
  16 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study(short_name);
  17
  18 CREATE TABLE ga_study_subpart (
  19        ga_subpart_id SERIAL PRIMARY KEY,
  20        ga_id INT NOT NULL REFERENCES ga_study ON DELETE CASCADE,
  21        short_name TEXT NOT NULL,
  22        full_name TEXT NOT NULL,
  23        description TEXT NOT NULL DEFAULT ''
  24 );
  25
  26 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study_subpart(ga_id,short_name);
  27 CREATE INDEX ON ga_study_subpart(ga_id);
  28
  29 CREATE TABLE ga_study_snp (
  30        snp_id INT NOT NULL,
  31        ga_subpart_id INT NOT NULL REFERENCES ga_study_subpart ON DELETE CASCADE,
  32        pvalue double precision,
  33        qvalue double precision,
  34        fdr double precision,
  35        significant BOOLEAN DEFAULT FALSE
  36 );
  37
  38 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study_snp(snp_id,ga_subpart_id);
  39 CREATE INDEX ON ga_study_snp(snp_id);
  40 CREATE INDEX ON ga_study_snp(fdr);
  41 CREATE INDEX ON ga_study_snp(qvalue);
  42 CREATE INDEX ON ga_study_snp(pvalue);
  43
  44 CREATE TABLE ga_study_chr_pos (
  45        chr varchar NOT NULL,
  46        pos int NOT NULL,
  47        ga_subpart_id INT NOT NULL REFERENCES ga_study_subpart ON DELETE CASCADE,
  48        pvalue double precision,
  49        qvalue double precision,
  50        fdr double precision,
  51        significant BOOLEAN DEFAULT FALSE
  52 );
  53
  54 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study_chr_pos(chr,pos,ga_subpart_id);
  55 CREATE INDEX ON ga_study_chr_pos(chr,pos);
  56 CREATE INDEX ON ga_study_chr_pos(fdr);
  57 CREATE INDEX ON ga_study_chr_pos(qvalue);
  58 CREATE INDEX ON ga_study_chr_pos(pvalue);
  59
  60
  61
  62 CREATE OR REPLACE VIEW ga_snp AS
  63        SELECT gss.snp_id AS snp_id,
  64               gs.short_name AS study_name,
  65               gssp.short_name AS subpart_name,
  66               gss.pvalue AS pvalue,
  67               gss.qvalue AS qvalue,
  68               gss.fdr AS fdr,
  69               gss.significant AS significant
  70               FROM ga_study_snp gss
  71          JOIN ga_study_subpart gssp ON gss.ga_subpart_id = gssp.ga_subpart_id
  72          JOIN ga_study gs ON gssp.ga_id=gs.ga_id;
  73
  74 CREATE OR REPLACE VIEW ga_chr_pos AS
  75        SELECT gsc.chr AS chr,
  76               gsc.pos AS pos,
  77               gs.short_name AS study_name,
  78               gssp.short_name AS subpart_name,
  79               gsc.pvalue AS pvalue,
  80               gsc.qvalue AS qvalue,
  81               gsc.fdr AS fdr,
  82               gsc.significant AS significant
  83               FROM ga_study_chr_pos gsc
  84          JOIN ga_study_subpart gssp ON gsc.ga_subpart_id = gssp.ga_subpart_id
  85          JOIN ga_study gs ON gssp.ga_id=gs.ga_id;
  86