phylosummary.h

   1 #ifndef RAWTRAININGDATAMAKER_H
   2 #define RAWTRAININGDATAMAKER_H
   3
   4 /*
   5  *  rawTrainingDataMaker.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 4/21/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "mothurout.h"
  15 #include "groupmap.h"
  16 #include "counttable.h"
  17
  18 /**************************************************************************************************/
  19
  20 struct rawTaxNode {
  21         map<string, int> children;  //childs name to index in tree
  22         int parent, level;
  23         string name, rank;
  24         map<string, int> groupCount;
  25         int total;
  26
  27         rawTaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1), total(0) {}
  28         rawTaxNode(){}
  29 };
  30
  31 /**************************************************************************************************/
  32 //doesn't use MPI ifdefs since only pid 0 uses this class
  33 class PhyloSummary {
  34
  35 public:
  36         PhyloSummary(GroupMap*);
  37         PhyloSummary(string, GroupMap*);
  38     PhyloSummary(CountTable*);
  39         PhyloSummary(string, CountTable*);
  40         ~PhyloSummary() {}
  41
  42         int summarize(string);  //pass it a taxonomy file and a group file and it makes the tree
  43         int addSeqToTree(string, string);
  44         int addSeqToTree(string, map<string, bool>);
  45         void print(ofstream&);
  46         int getMaxLevel() { return maxLevel; }
  47
  48 private:
  49         string getNextTaxon(string&);
  50         vector<rawTaxNode> tree;
  51         void print(int, ofstream&);
  52         void assignRank(int);
  53         void readTreeStruct(ifstream&);
  54         GroupMap* groupmap;
  55     CountTable* ct;
  56         bool ignore;
  57
  58         int numNodes;
  59         int numSeqs;
  60         int maxLevel;
  61         MothurOut* m;
  62 };
  63
  64 /**************************************************************************************************/
  65
  66 #endif
  67
  68