metastats.h

   1 #ifndef METASTATS2
   2 #define METASTATS2
   3
   4 /*
   5  *  metastats.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/16/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #ifdef __cplusplus
  14 extern "C" {
  15 #endif
  16
  17 #include <stdio.h>
  18 #include <string.h>
  19 #include <stdlib.h>
  20 #include <time.h>
  21 #include <math.h>
  22 #include "fisher2.h"
  23
  24 void testp(double *permuted_ttests,int *B,double *permuted,double
  25            *Imatrix,int *nc,int *nr,int *g,double *Tinitial,double *ps);
  26 void permute_matrix(double *Imatrix,int *nc,int *nr,double
  27                     *permuted,int *g,double *trial_ts,double *Tinitial,double
  28                     *counter);
  29 void permute_array(int *array, int n);
  30 void calc_twosample_ts(double *Pmatrix,int *g,int *nc,int *nr,double
  31                        *Ts,double *Tinitial,double *counter1);
  32 void meanvar(double *pmatrix,int *g,int *nr,int *nc,double *storage);
  33 void start(double *Imatrix,int *g,int *nr,int *nc,double *testing,
  34                          double storage[][9]);
  35
  36 int metastat_main (char*, int, int, double, int, double**, int);
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 }
  40 #endif
  41
  42 #endif
  43
  44
  45