]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
a5a1035b2d1ed4f98c80f9c16d806efc4e4bbf84
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 * Load debugger
3
4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
6
7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
8 (setq debug-on-event 'siguser2)
9 #+END_SRC
10 * Initial startup stuff
11 ** Disable startup screen
12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
13   (setq inhibit-startup-screen t)
14 #+END_SRC
15 ** Disable cluter
16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
20 #+END_SRC
21 ** Fullscreen
22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
23   (setq frame-resize-pixelwise t)
24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
25 #+END_SRC
26 * Package management
27 ** package repositories and package manager
28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
31   (setq package-enable-at-startup nil)
32   (setq package--init-file-ensured t)
33   (eval-and-compile
34     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
35   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
36     (eval-when-compile
37       (package-initialize)
38       (unless (package-installed-p 'use-package)
39         (package-refresh-contents)
40         (package-install 'use-package))
41       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
42         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
43         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
44         (nreverse (apply #'nconc
45                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
46                  (mapcar #'(lambda (path)
47                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
48                          (list path)
49                        nil))
50                      load-path))))))
51
52   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
53                ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
54                ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
55   (require 'use-package)
56   (require 'diminish)
57   (require 'bind-key)
58 #+END_SRC
59 ** Paradox
60 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
61   (use-package paradox
62     :ensure paradox
63     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
64     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
65     )
66 #+END_SRC
67 * Add library paths
68
69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
70   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
71   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
72 #+END_SRC
73 * Disable custom-vars
74 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
75   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
76   (setq custom-file "/dev/null")
77 #+END_SRC
78 * Misc functions
79 ** with-library
80 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
81 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
82 ;; execute conditional code when loading libraries
83 (defmacro with-library (symbol &rest body)
84   `(when (require ,symbol nil t)
85      ,@body))
86 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
87 #+END_SRC
88
89 * Variables
90 ** Safe Local Variables
91 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
92   (setq safe-local-variable-values 
93         (quote ((auto-save-default)
94                 (make-backup-files)
95                 (cperl-indent-level . 4)
96                 (indent-level . 4)
97                 (indent-tabs-mode . f)
98                 )))
99 #+END_SRC
100 * Memory
101 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
102   (setq global-mark-ring-max 128
103         mark-ring-max 128
104         kill-ring-max 128)
105
106   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
107     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
108
109   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
110     (setq gc-cons-threshold 1048576))
111
112   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
113   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
114 #+END_SRC
115 * Modules
116 ** Hippie Expand
117 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
118   (use-package hippie-expand
119     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
120     )
121 #+END_SRC
122 ** Flyspell 🐝 
123 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
124   (use-package flyspell
125     :ensure t
126     :diminish flyspell-mode 🐝
127     :config
128     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
129     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
130     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
131     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
132     :init
133     (setq ispell-program-name "ispell")
134     )
135
136 #+END_SRC
137 ** Flymake
138 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
139   (use-package flymake
140     :diminish "Φ")
141 #+end_src
142
143 ** Winnermode
144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
145   (winner-mode 1)
146 #+END_SRC
147 ** Eyebrowse
148
149 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
150   (use-package eyebrowse
151     :ensure t
152     :diminish eyebrowse-mode
153     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
154     :config (progn
155               (setq eyebrowse-wrap-around t)
156               (eyebrowse-mode t)
157
158               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
159                 (interactive)
160                 (let ((done nil))
161                   (dotimes (i 10)
162                     ;; start at 1 run till 0
163                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
164                       (when (and (not done)
165                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
166                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
167                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
168                         (setq done t)
169                         ))
170                     )))
171
172               ;; I don't use latex-preview-pane
173               ;; (require 'latex-preview-pane)
174               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
175               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
176               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
177               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
178               ;;   ;; edit the TeX file.
179               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
180               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
181
182               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
183               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
184
185               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
186               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
187               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
188               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
189               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
190               )
191     )
192 #+END_SRC
193
194 ** Window handling
195
196 *** Splitting
197 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
198   (defun my/vsplit-last-buffer ()
199     "Split the window vertically and display the previous buffer."
200     (interactive)
201     (split-window-vertically)
202     (other-window 1 nil)
203     (switch-to-next-buffer))
204
205   (defun my/hsplit-last-buffer ()
206     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
207     (interactive)
208     (split-window-horizontally)
209     (other-window 1 nil)
210     (switch-to-next-buffer))
211
212   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
213   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
214
215   (setq split-width-threshold  100)
216   (setq split-height-threshold 60)
217
218   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
219     "If there's only one window (excluding any possibly active
220            minibuffer), then split the current window horizontally."
221     (if (and (one-window-p t)
222              (not (active-minibuffer-window))
223              ( < (frame-width) (frame-height))
224              )
225         (let ((split-width-threshold nil))
226           (split-window-sensibly window))
227       (split-window-sensibly window)))
228
229   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
230   (setq window-combination-resize t)
231 #+END_SRC
232
233 *** Compilation window
234
235 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
236 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
237 the former case, if there was no error the window closes
238 automatically.
239
240 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
241   (add-to-list 'display-buffer-alist
242                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
243                  (display-buffer-reuse-window
244                   display-buffer-in-side-window)
245                  (reusable-frames . visible)
246                  (side            . bottom)
247                  (window-height   . 0.4)))
248 #+END_SRC
249
250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
251   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
252     ;; If M-x compile exists with a 0
253     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
254       ;; and delete the *compilation* window
255       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
256         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
257                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
258                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
259           (delete-window compilation-window))))
260     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
261     (cons msg code))
262
263   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
264   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
265 #+END_SRC
266
267 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
268 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
269 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
270 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
271 value, scrolling continues until there is no more output.
272
273 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
274   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
275 #+END_SRC
276
277 ** Mode line cleaning
278 *** Diminish
279 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
280   (use-package diminish
281     :ensure t)
282 #+END_SRC
283
284 *** Delight 
285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
286   (use-package delight
287     :ensure t)
288 #+END_SRC
289
290 ** Jumping
291 *** Avy
292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
293   (use-package avy
294     :ensure t
295     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
296            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
297            ("M-g g" . avy-goto-line))
298     :config (progn (setq avy-background t))
299     )
300 #+END_SRC
301 *** Ace-link (jumping to links)
302 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
303   (use-package ace-link
304     :ensure t
305     ; bind o in most modes
306     :config (ace-link-setup-default))
307 #+END_SRC
308 *** Jumping through edit points (goto-chg)
309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
310   (use-package goto-chg
311     :ensure t
312     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
313            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
314     )
315 #+END_SRC
316 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
318   (use-package bm
319     :ensure t
320     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
321            ("C-c j b ," . bm-previous)
322            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
323 #+END_SRC
324
325 ** Snippets
326 *** Yasnippet
327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
328   (use-package yasnippet
329     :ensure t
330     :diminish yas-minor-mode
331     :config (progn
332               (yas-global-mode)
333               (setq yas-verbosity 1)
334               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
335               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
336               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
337               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
338                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
339               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
340                                'yas-hippie-try-expand)
341               )
342     )
343 #+END_SRC
344 *** Auto-YASnippet
345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
346   (use-package auto-yasnippet
347     :bind (("H-w" . aya-create)
348            ("H-y" . aya-expand)
349            )
350     )
351 #+END_SRC
352 ** Tinyprocmail
353
354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
355   ;; load tinyprocmail
356   (use-package tinyprocmail
357     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
358     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
359     )
360 #+END_SRC
361
362 ** Magit
363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
364   (use-package magit
365     :ensure t
366     :bind (("C-x g" . magit-status)
367            ("C-x C-g" . magit-status))
368     :config
369     ;; refine diffs always (hilight words)
370     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
371     )
372   (use-package magit-annex
373     :ensure t
374     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
375     )
376   (use-package magit-vcsh
377     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
378     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
379     )
380 #+END_SRC
381
382 ** Perl
383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
384   (use-package cperl-mode
385     :config
386     (progn
387       ;; Use c-mode for perl .xs files
388       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
389       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
390       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
391       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
392       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
393       (setq cperl-hairy t
394             cperl-indent-level 4
395             cperl-auto-newline nil
396             cperl-auto-newline-after-colon nil
397             cperl-continued-statement-offset 4
398             cperl-brace-offset -1
399             cperl-continued-brace-offset 0
400             cperl-label-offset -4
401             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
402             cperl-electric-lbrace-space nil
403             cperl-indent-parens-as-block nil
404             cperl-close-paren-offset -1
405             cperl-tab-always-indent t)
406       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
407   ))
408 #+END_SRC
409
410 ** Helm
411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
412   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
413     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
414     (interactive)
415     (unless helm-source-buffers-list
416       (setq helm-source-buffers-list
417             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
418     (helm-other-buffer
419      (append
420
421      (if (projectile-project-p)
422           '(helm-source-projectile-buffers-list
423             helm-source-buffers-list)
424         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
425
426       `(((name . "Virtual Workspace")
427          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
428                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
429          (action . (lambda (candidate)
430                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
431
432       (if (projectile-project-p)
433           '(helm-source-projectile-recentf-list
434             helm-source-recentf)
435         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
436
437       ;; always make some common files easily accessible
438       ;;'(((name . "Common Files")
439        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
440         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
441
442       '(helm-source-files-in-current-dir
443         helm-source-locate
444         helm-source-bookmarks
445         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
446         ))
447      "*Helm all the things*"))
448   (use-package helm
449     :ensure helm
450     :diminish helm-mode
451     :bind (("M-x" . helm-M-x)
452            ("C-x C-f" . helm-find-files)
453            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
454            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
455            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
456     :config
457     (require 'helm-config)
458     (require 'helm-for-files)
459     (require 'helm-bookmark)
460
461     (helm-mode 1)
462     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
463     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
464     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
465     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
466     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
467       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
468       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
469     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
470   )
471 #+END_SRC
472 *** Helm Flx
473
474  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
475
476  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
477  (use-package helm-flx
478    :ensure t
479    :config (progn
480              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
481              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
482                    helm-bookmark-show-location           t
483                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
484                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
485                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
486                    helm-imenu-fuzzy-match                t
487                    helm-mode-fuzzy-match                 t
488                    helm-locate-fuzzy-match               nil
489                    helm-quick-update                     t
490                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
491                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
492              (helm-flx-mode +1)))
493  #+END_SRC
494 *** Helm Swoop
495 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
496
497   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
498   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
499     (thing-at-point 'symbol))
500     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
501     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
502           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
503           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
504           ein:notebook-multilang-mode))
505
506     (defun malb/swoop-or-search ()
507       (interactive)
508       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
509               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
510           (isearch-forward)
511         (helm-swoop)))
512
513     (use-package helm-swoop
514       :ensure t
515       :commands helm-swoop
516       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
517              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
518              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
519       :config (progn
520
521                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
522                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
523                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
524                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
525                       helm-swoop-speed-or-color t)
526
527                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
528                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
529                   (interactive)
530                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
531                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
532                           (previous-history-element 1)
533                         (helm-next-line))
534                     (helm-next-line)))
535
536                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
537                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
538                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
539                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
540                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
541                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
542       )
543
544 #+END_SRC
545 *** Helm Ag
546 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
547 (use-package helm-ag
548   :ensure t
549   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
550                 helm-ag-command-option "--all-text"
551                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
552                 helm-ag-fuzzy-match t
553                 helm-ag-use-temp-buffer t
554                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
555                 helm-ag-use-agignore t))
556 #+END_SRC
557 *** Helm Descbinds
558 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
559   (use-package helm-descbinds
560     :ensure t
561     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
562     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
563 #+END_SRC
564
565 *** Helm YaSnippet
566 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
567   (use-package helm-c-yasnippet
568     :ensure t
569     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
570     :config (progn
571               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
572 #+END_SRC
573 *** Helm Org Rifle
574 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
575   (use-package helm-org-rifle
576     :ensure t
577     :config (progn
578               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
579                 (interactive "p")
580                 (let ((current-prefix-arg nil))
581                   (cond
582                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
583                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
584                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
585 #+END_SRC
586 *** Helm Google
587 This can be used to link things pretty quickly if necessary
588 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
589   (use-package helm-google
590     :ensure t
591     :bind ("C-c h g" . helm-google)
592     :config
593     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
594                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
595                                          (let ((url
596                                                 (replace-regexp-in-string
597                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
598                                                  "\\1" candidate)))
599                                            (kill-new url))))
600                         t
601                         )
602          
603            (add-to-list 'helm-google-actions
604                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
605                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
606                                                      (url
607                                                       (replace-regexp-in-string
608                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
609                                                        "\\1" candidate)))
610                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
611                         t)
612            ))
613 #+END_SRC
614
615 ** Projectile -- Project management
616 #+begin_src emacs-lisp
617   (use-package projectile
618     :ensure t
619     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
620            ("<f6>" . next-error))
621     :config (progn
622               (use-package magit :ensure t)
623               (require 'helm-projectile)
624               (helm-projectile-on)
625
626               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
627                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
628                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
629
630               (projectile-global-mode)))
631 #+end_src
632
633 *** helm integration
634 #+begin_src emacs-lisp
635   (use-package helm-projectile
636     :ensure t
637     :config (progn
638               (defvar malb/helm-source-file-not-found
639                 (helm-build-dummy-source
640                     "Create file"
641                   :action 'find-file))
642
643               (add-to-list
644                'helm-projectile-sources-list
645                malb/helm-source-file-not-found t)
646
647               (helm-delete-action-from-source
648                "Grep in projects `C-s'"
649                helm-source-projectile-projects)
650
651               (helm-add-action-to-source
652                "Grep in projects `C-s'"
653                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
654 #+end_src
655 ** Zap to char
656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
657   (use-package avy-zap
658     :ensure t
659     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
660 #+END_SRC
661 ** Hydra
662 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
663   (use-package hydra
664     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
665            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
666            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
667            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
668            )
669     :config
670     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
671     "
672   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
673   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
674   _p_: read papers      _R_: paper notes
675   _h_: hpcbio
676   _q_: quit
677   _z_: quit
678   "
679     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
680     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
681     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
682     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
683     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
684     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
685     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
686     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
687     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
688     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
689     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
690     ("q" nil "quit")
691     ("z" nil "quit")
692     )
693
694     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
695     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
696     "
697   ^Hide^             ^Show^           ^Move
698   ^^^^^^------------------------------------------------------
699   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
700   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
701   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
702   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
703   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
704   _d_: subtree
705
706   "
707     ;; Hide
708     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
709     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
710     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
711     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
712     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
713     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
714     ;; Show
715     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
716     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
717     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
718     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
719     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
720     ;; Move
721     ("u" outline-up-heading)                ; Up
722     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
723     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
724     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
725     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
726     ("z" nil "leave"))
727   )
728 #+END_SRC
729
730 ** Tramp
731 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
732   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
733                                 (tramp-login-program "vcsh")
734                                 (tramp-login-args
735                                  (("enter")
736                                   ("%h")))
737                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
738                                 (tramp-remote-shell-args
739                                  ("-c"))))
740 #+END_SRC
741 ** Reftex
742 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
743   (use-package reftex
744     :ensure t
745     :config
746     (setq-default reftex-default-bibliography
747                     '("~/projects/research/references.bib")))
748 #+END_SRC
749 ** BibTex
750 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
751   (use-package bibtex
752     :config (setq bibtex-user-optional-fields
753                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
754                           ("abstract" "")
755                   ("pmid" "")
756                   ("doi" ""))))
757     )
758
759 #+END_SRC
760 ** LaTeX
761 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
762   (use-package tex
763     :defer t
764     :ensure auctex
765     :config
766     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
767     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
768     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
769     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
770     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
771     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
772     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
773     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
774     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
775     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
776     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
777
778     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
779     ;; support fake section headers
780     (setq TeX-outline-extra
781           '(("%chapter" 1)
782             ("%section" 2)
783             ("%subsection" 3)
784             ("%subsubsection" 4)
785             ("%paragraph" 5)))
786     ;; add font locking to the headers
787     (font-lock-add-keywords
788      'latex-mode
789      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
790         0 'font-lock-keyword-face t)
791        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
792        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
793        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
794        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
795        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
796
797     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
798     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
799     (setq TeX-open-quote "“")
800     (setq TeX-close-quote "”")
801
802     ;; (TeX-add-style-hook
803     ;;  "latex"
804     ;;  (lambda ()
805     ;;    (TeX-add-symbols
806     ;;     '("DLA" 1))))
807     ;; (custom-set-variables
808     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
809     ;;    '(("fixme" 
810     ;;       ("DLA" "RZ")
811     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
812     ;; ) 
813     (setq-default TeX-parse-self t)
814     (setq-default TeX-auto-save t)
815     (setq-default TeX-master nil)
816     (eval-after-load
817         "latex"
818       '(TeX-add-style-hook
819         "cleveref"
820         (lambda ()
821           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
822               (add-to-list
823                'reftex-ref-style-alist
824                '("Cleveref" "cleveref"
825                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
826           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
827           (TeX-add-symbols
828            '("cref" TeX-arg-ref)
829            '("Cref" TeX-arg-ref)
830            '("cpageref" TeX-arg-ref)
831            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
832     (eval-after-load
833         "latex"
834       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
835                     '("Sexpr")))
836
837     (use-package font-latex
838       :config
839       (setq font-latex-match-reference-keywords
840             '(
841               ("fref" "{")
842               ("Fref" "{")
843               ("citep" "{")
844               ("citet" "{")
845               ("acs" "{")
846               ("acsp" "{")
847               ("ac" "{")
848               ("acp" "{")
849               ("acl" "{")
850               ("aclp" "{")
851               ("acsu" "{")
852               ("aclu" "{")
853               ("acused" "{")
854               ("DLA" "{")
855               ("RZ" "{")
856               ("OM" "{")
857               ("DL" "{")
858               ("fixme" "{"))
859             )
860       )
861     (setq font-latex-fontify-script nil)
862     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
863     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
864   )
865
866 #+END_SRC
867 ** ESS
868 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
869   (use-package ess
870     :ensure t
871     :config
872     (defun ess-change-directory (path)
873       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
874       (interactive "DDirectory to change to: ")
875     
876       (when (file-exists-p path)
877         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
878         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
879         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
880     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
881     ;; outlining support for ess modes
882     (add-hook
883      'ess-mode-hook
884      '(lambda ()
885         (outline-minor-mode)
886         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
887         (defun outline-level ()
888           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
889                 ((looking-at "^#### ") 2)
890                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
891                 (t 1000)))
892         ))
893     (add-hook 'ess-mode-hook
894               '(lambda ()
895                  (local-set-key (kbd "C-c C-R")
896                                 'dla/ess-region-remote-eval)))
897
898     ;; Don't restore history or save workspace image
899     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
900     )
901 #+END_SRC
902
903 ** Rainbowmode
904 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
905
906 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
907   (use-package rainbow-mode
908     ;; add ess to the x major mode
909     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
910     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
911   )
912 #+END_SRC
913
914 ** Polymode
915 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
916   (use-package polymode
917     :config
918     (use-package poly-R)
919     (use-package poly-noweb)
920     (use-package poly-markdown)
921     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
922     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
923     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
924     )
925 #+END_SRC
926
927 ** Outlining
928 *** Outline magic
929 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
930   (use-package outline-magic)
931 #+END_SRC
932 ** Writeroom Mode
933 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
934   (use-package writeroom-mode
935     :config
936     (defun my/writing-mode ()
937       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
938       (interactive)
939       (if writeroom-mode
940           (progn
941             (writeroom-mode -1)
942             (visual-line-mode -1)
943             (auto-fill-mode -1)
944             (visual-fill-column-mode -1)
945             )
946         (visual-line-mode 1)
947         (auto-fill-mode 1)
948         (visual-fill-column-mode 1)
949         (writeroom-mode 1))
950       )
951     )
952 #+END_SRC
953 ** GhostText/Atomic Chrome
954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
955   (use-package atomic-chrome
956     :config
957     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
958     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
959     )
960 #+END_SRC
961 ** Multiple Cursors
962    :PROPERTIES:
963    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
964    :END:
965 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
966 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
967   (use-package multiple-cursors
968     :bind (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
969            ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
970            ("C->" . mc/mark-next-like-this)
971            ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
972     )
973 #+END_SRC
974 ** Web Mode
975 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
976   (use-package web-mode
977     :config
978     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
979     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
980     (setq web-mode-engines-alist
981           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
982     )
983 #+END_SRC
984 ** Spamassassin Mode
985 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
986   (use-package spamassassin-mode
987     :defer
988     :ensure f
989     )
990 #+END_SRC
991 ** Password Store
992 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
993   (use-package password-store
994     :ensure f
995     :commands password-store-edit password-store-create
996     )
997 #+END_SRC
998 * Email
999 ** Mutt
1000 *** Message-mode
1001 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1002   (use-package message
1003     :ensure f
1004     :diminish "✉"
1005     :mode "muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-"
1006     :mode "mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-"
1007     :hook 'my/message-mode-settings
1008     :hook 'turn-on-flyspell
1009     :bind (:map message-mode-map
1010                 ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1011     :config 
1012     (defun my/message-mode-settings ()
1013       (font-lock-add-keywords nil
1014                               '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1015                                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1016                                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1017                                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1018       )
1019
1020     (defun my/post-attach-file ()
1021       "Prompt for an attachment."
1022       (interactive)
1023       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
1024             (description (string-read "Description: ")))
1025         (my/header-attach-file file description)))
1026
1027     (defun my/header-attach-file (file description)
1028       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1029     Argument DESCRIPTION MIME description."
1030       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1031       (when (> (length file) 0)
1032         (save-excursion
1033           (save-match-data
1034             (save-restriction
1035               (widen)
1036               (goto-char (point-min))
1037               (search-forward-regexp "^$")
1038               (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1039                               description "\n"))
1040               (message (concat "Attached '" file "'."))
1041               (setq post-has-attachment t))))))
1042
1043     (setq mail-yank-prefix "> ")
1044   )
1045 #+END_SRC
1046 *** Muttrc mode
1047 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1048   (use-package muttrc-mode
1049     :mode "muttngrc"
1050     :mode "muttrc"
1051   )
1052
1053 #+END_SRC
1054 * Base emacs
1055 ** Reverting buffers
1056 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1057   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1058         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1059         auto-revert-verbose nil)
1060   (global-auto-revert-mode 1)
1061 #+END_SRC
1062 * Org Mode
1063 ** Use-package and load things
1064 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1065
1066   (use-package org
1067     :config 
1068
1069 #+END_SRC
1070 ** Agenda Configuration
1071 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1072   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1073   :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1074          ("C-c a"  . org-agenda)
1075          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1076   :config
1077   (setq-default org-log-done 'time)
1078   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1079
1080   ;; agenda configuration
1081   ;; Do not dim blocked tasks
1082   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1083   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1084   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1085
1086   ;; Compact the block agenda view
1087   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1088
1089   ;; Custom agenda command definitions
1090   (setq org-agenda-custom-commands
1091         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1092                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1093                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1094                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1095                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1096                   (org-agenda-sorting-strategy
1097                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1098                 (" " "Agenda"
1099                  ((agenda "" nil)
1100                   (tags "REFILE"
1101                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1102                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1103                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1104                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1105                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1106                               (org-agenda-sorting-strategy
1107                                '(category-keep))))
1108                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1109                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1110                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1111                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1112                               (org-agenda-sorting-strategy
1113                                '(category-keep))))
1114                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1115                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1116                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1117                                                                         ""
1118                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1119                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1120                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1121                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1122                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1123                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1124                               (org-agenda-sorting-strategy
1125                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1126                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1127                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1128                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1129                                                                         ""
1130                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1131                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1132                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1133                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1134                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1135                               (org-agenda-sorting-strategy
1136                                '(category-keep))))
1137                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1138                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1139                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1140                                                                         ""
1141                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1142                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1143                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1144                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1145                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1146                               (org-agenda-sorting-strategy
1147                                '(category-keep))))
1148                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1149                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1150                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1151                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1152                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1153                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1154                   (tags "-REFILE/"
1155                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1156                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1157                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1158                  nil))))
1159
1160   ; org mode agenda files
1161   (setq org-agenda-files
1162         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1163             "~/projects/org-notes/notes.org"
1164             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1165             "~/projects/org-notes/refile.org"
1166             "~/projects/org-notes/diary.org"
1167             "~/projects/org-notes/ool.org"
1168             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1169             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1170             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1171             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1172             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1173             "~/org-mode/from-mobile.org"
1174             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1175
1176   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1177   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1178   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1179   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1180   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1181   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1182   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1183   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1184   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1185   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1186   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1187     (interactive "P")
1188     (with-temp-buffer
1189       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1190         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1191         (goto-char (point-max))
1192         (newline))
1193       (write-file "/tmp/timeline.org")
1194       (org-agenda arg "L")))
1195   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1196
1197 #+END_SRC
1198 ** General config
1199 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1200   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1201   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1202
1203   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1204   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1205 #+END_SRC
1206 ** Capture Templates
1207 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1208   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1209         '(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1210            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1211           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1212            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1213           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1214            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1215           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1216            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1217           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1218            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1219           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1220            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1221           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1222            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1223           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1224            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1225           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1226            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1227           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1228            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1229           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1230            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1231           ("J" "job" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1232            "* TODO Apply for %a%? :job:\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d 17:00-17:30>\")\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1233           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1234            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1235           )
1236         )
1237
1238   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1239   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1240     (interactive)
1241     (save-excursion
1242       (beginning-of-line 0)
1243       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1244
1245   (defun my/org-add-id ()
1246     (interactive)
1247     (save-excursion
1248       (if (org-current-level)
1249           ()
1250         (forward-char 1)
1251         )
1252       (org-id-get-create)
1253       )
1254   )
1255
1256 #+END_SRC
1257 ** Org mode key bindings
1258 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1259   ; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1260   ;; Custom Key Bindings
1261   (global-set-key (kbd "<f12>") 'org-agenda)
1262   ; (global-set-key (kbd "<f5>") 'bh/org-todo)
1263   (global-set-key (kbd "<S-f5>") 'bh/widen)
1264   (global-set-key (kbd "<f7>") 'bh/set-truncate-lines)
1265   (global-set-key (kbd "<f8>") 'org-cycle-agenda-files)
1266   (global-set-key (kbd "<f9> <f9>") 'bh/show-org-agenda)
1267   (global-set-key (kbd "<f9> b") 'bbdb)
1268   (global-set-key (kbd "<f9> c") 'calendar)
1269   (global-set-key (kbd "<f9> f") 'boxquote-insert-file)
1270   (global-set-key (kbd "<f9> h") 'bh/hide-other)
1271   (global-set-key (kbd "<f9> n") 'bh/toggle-next-task-display)
1272   (global-set-key (kbd "<f9> w") 'widen)
1273
1274   ; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1275   (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1276   ;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1277   ;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1278   ;                                    outline-mode-prefix-map)))
1279
1280   (global-set-key (kbd "<f9> I") 'bh/punch-in)
1281   (global-set-key (kbd "<f9> O") 'bh/punch-out)
1282
1283   (global-set-key (kbd "<f9> o") 'bh/make-org-scratch)
1284
1285   (global-set-key (kbd "<f9> r") 'boxquote-region)
1286   (global-set-key (kbd "<f9> s") 'bh/switch-to-scratch)
1287
1288   (global-set-key (kbd "<f9> t") 'bh/insert-inactive-timestamp)
1289   (global-set-key (kbd "<f9> T") 'bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1290
1291   (global-set-key (kbd "<f9> v") 'visible-mode)
1292   (global-set-key (kbd "<f9> l") 'org-toggle-link-display)
1293   (global-set-key (kbd "<f9> SPC") 'bh/clock-in-last-task)
1294   (global-set-key (kbd "C-<f9>") 'previous-buffer)
1295   (global-set-key (kbd "M-<f9>") 'org-toggle-inline-images)
1296   (global-set-key (kbd "C-x n r") 'narrow-to-region)
1297   (global-set-key (kbd "C-<f10>") 'next-buffer)
1298   (global-set-key (kbd "<f11>") 'org-clock-goto)
1299   (global-set-key (kbd "C-<f11>") 'org-clock-in)
1300   (global-set-key (kbd "C-s-<f12>") 'bh/save-then-publish)
1301   (global-set-key (kbd "C-c c") 'org-capture)
1302
1303 #+END_SRC
1304 ** Utility Functions
1305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1306   (defun bh/hide-other ()
1307     (interactive)
1308     (save-excursion
1309       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1310       (hide-other)
1311       (org-cycle)
1312       (org-cycle)
1313       (org-cycle)))
1314
1315   (defun bh/set-truncate-lines ()
1316     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1317     (interactive)
1318     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1319     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1320     (save-excursion
1321       (set-window-start (selected-window)
1322                         (window-start (selected-window)))))
1323
1324   (defun bh/make-org-scratch ()
1325     (interactive)
1326     (find-file "/tmp/publish/scratch.org")
1327     (gnus-make-directory "/tmp/publish"))
1328
1329   (defun bh/switch-to-scratch ()
1330     (interactive)
1331     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1332
1333   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1334   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1335
1336   ; create function to create headlines in file. This comes from
1337   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1338   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1339     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1340   do not already have one."
1341     (interactive)
1342     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1343   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1344   ; (add-hook 'org-mode-hook
1345   ;           (lambda ()
1346   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1347 #+END_SRC
1348 ** Keywords (TODO)
1349 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1350   (setq org-todo-keywords
1351         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1352                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1353
1354   (setq org-todo-keyword-faces
1355         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1356                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1357                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1358                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1359                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1360                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1361                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1362                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1363
1364   (setq org-todo-state-tags-triggers
1365         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1366                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1367                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1368                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1369                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1370                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1371                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1372
1373
1374
1375   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1376   ; add ids on creation of nodes
1377   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1378
1379
1380   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1381   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1382   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1383
1384   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1385   ; use C-M-r for org mode capture
1386   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1387
1388   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1389   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1390                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1391
1392   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1393   (setq org-refile-use-outline-path t)
1394
1395   ; Targets complete directly with IDO
1396   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1397
1398   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1399   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1400
1401   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1402   ; (setq org-completion-use-ido t)
1403   ; (setq ido-everywhere t)
1404   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1405   ; (ido-mode (quote both))
1406   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1407   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1408   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1409   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1410   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1411
1412
1413   ;;;; Refile settings
1414   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1415   (defun bh/verify-refile-target ()
1416     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1417     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1418
1419   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1420
1421   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1422   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1423   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1424   (require 'org-protocol)
1425   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1426   (setq my-org-protocol-flag nil)
1427   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1428     "Delete frame at remember finalization"
1429     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1430            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1431   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1432     "Delete frame at remember refile"
1433     (if my-org-protocol-flag
1434         (progn
1435           (setq my-org-protocol-flag nil)
1436           ad-do-it
1437           (delete-frame))
1438       ad-do-it)
1439     )
1440   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1441     "Delete frame at remember abort"
1442     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1443            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1444   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1445     (setq my-org-protocol-flag t))
1446
1447   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1448     (org-id-get-create)
1449     )
1450
1451   ;; org modules
1452   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1453
1454   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1455   (defun open-mail-in-mutt (message)
1456     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1457
1458   Message can be specified either by a path pointing inside a
1459   Maildir, or by Message-ID."
1460     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1461     (shell-command
1462      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1463          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1464
1465   ;; add support for "mutt:ID" links
1466   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1467
1468   (defun my-org-mode-setup ()
1469     ; (load-library "reftex")
1470     (and (buffer-file-name)
1471          (file-exists-p (buffer-file-name))
1472          (progn
1473            ; (reftex-parse-all)
1474            (reftex-set-cite-format
1475             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1476               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1477               (?c . "\\cite{%l}")
1478               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1479            ))
1480     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1481     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1482     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1483     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1484     )
1485   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1486
1487   (defun org-mode-reftex-search ()
1488     (interactive)
1489     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1490
1491   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1492     "Open a paper by bibtex key"
1493     (interactive "bibtex key: ")
1494     (shell-command
1495      (format "%s %s"
1496          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1497   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1498   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1499     "Open a paper pdf by bibtex key"
1500     (interactive "bibtex key: ")
1501     (shell-command
1502      (format "%s -p evince_annot %s"
1503          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1504   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1505
1506   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1507                '("notes" .
1508                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1509
1510   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1511   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1512
1513   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1514   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1515                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1516
1517    ;; stolen from
1518   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1519   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1520     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1521     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1522                      (match-string 1 path)))
1523            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1524       (cond ((eq format 'latex)
1525              (if (or (not desc) 
1526                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1527                  (format "\\cite{%s}" search)
1528                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1529
1530   (org-add-link-type "rtcite" 
1531                      'org-bibtex-open
1532                      'my-rtcite-export-handler)
1533
1534
1535 #+END_SRC
1536 ** Org Mobile Configuration
1537 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1538   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1539   (when (string= system-name "linnode")
1540     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1541   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1542   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1543
1544 #+END_SRC
1545 ** Org iCal Support
1546 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1547   ;; org mode ical export
1548   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1549   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1550   ;; we already add the id manually
1551   (setq org-icalendar-store-UID t)
1552
1553 #+END_SRC
1554 ** General Org Babel Configuration
1555 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1556   ;; org babel support
1557   (org-babel-do-load-languages
1558    'org-babel-load-languages
1559    '((emacs-lisp . t )
1560      (R . t)
1561      (latex . t)
1562      (ditaa . t)
1563      (dot . t)
1564      ))
1565   ;; use graphviz-dot for dot things
1566   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1567   ;; org-babel-by-backend
1568   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1569      `(case (if (boundp 'backend) 
1570                 (org-export-backend-name backend)
1571               nil) ,@body))
1572
1573   (defun my/fix-inline-images ()
1574     (when org-inline-image-overlays
1575       (org-redisplay-inline-images)))
1576
1577   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1578              'my/fix-inline-images)
1579
1580 #+END_SRC
1581 ** LaTeX configuration
1582    :PROPERTIES:
1583    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1584    :END:
1585 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1586   (require 'ox-latex)
1587   (add-to-list 'org-latex-classes
1588            '("memarticle"
1589          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1590          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1591          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1592          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1593          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1594          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1595
1596   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1597   (add-to-list 'org-latex-classes
1598            '("beamer"
1599          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1600   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1601   [PACKAGES]
1602   [EXTRA]"
1603          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1604          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1605          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1606          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1607          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1608
1609   (add-to-list 'org-latex-classes
1610            '("membook"
1611          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1612          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1613          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1614          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1615          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1616
1617   (add-to-list 'org-latex-classes
1618            '("letter"
1619          "\\documentclass[11pt]{letter}
1620   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1621   [PACKAGES]
1622   [EXTRA]"
1623      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1624          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1625          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1626          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1627          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1628
1629   (add-to-list 'org-latex-classes
1630            '("dlacv"
1631          "\\documentclass{dlacv}
1632   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1633   [NO-PACKAGES]
1634   [NO-EXTRA]"
1635          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1636          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1637          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1638          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1639          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1640
1641
1642   (add-to-list 'org-latex-classes
1643            '("dlaresume"
1644          "\\documentclass{dlaresume}
1645   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1646   [NO-PACKAGES]
1647   [NO-EXTRA]"
1648          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1649          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1650          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1651          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1652          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1653
1654
1655   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1656   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
1657   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1658
1659   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1660   (setq org-latex-default-packages-alist
1661     '(("" "amsmath" t)
1662       ("" "unicode-math" t)
1663       ))
1664   (setq org-latex-packages-alist
1665     '(("" "graphicx" t)
1666       ("" "fontspec" t)
1667       ("" "xunicode" t)
1668       ("" "hyperref" t)
1669       ("" "url" t)
1670       ("" "rotating" t)
1671       ("" "longtable" nil)
1672       ("" "float" )))
1673
1674   ;; make equations larger
1675   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
1676
1677   (defun org-create-formula--latex-header ()
1678     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
1679     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
1680              (org-export-get-backend 'latex))
1681             (org-export--get-inbuffer-options
1682              (org-export-get-backend 'latex)))))
1683       (org-latex-guess-babel-language
1684        (org-latex-guess-inputenc
1685     (org-splice-latex-header
1686      org-format-latex-header
1687      org-latex-default-packages-alist
1688      nil t
1689      (plist-get info :latex-header)))
1690        info)))
1691
1692
1693   ; support ignoring headers in org mode export to latex
1694   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
1695   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
1696                     (headline contents info) activate)
1697     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
1698     (setq ad-return-value contents)
1699       ad-do-it))
1700
1701   ;; keep latex logfiles
1702
1703   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
1704
1705   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
1706   (org-clock-persistence-insinuate)
1707   ;;
1708   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
1709   (setq org-clock-history-length 23)
1710   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
1711   (setq org-clock-in-resume t)
1712   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
1713   ;; there are things like PHONE calls
1714   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
1715   ;; Separate drawers for clocking and logs
1716   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
1717   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
1718   (setq org-clock-into-drawer t)
1719   (setq org-log-into-drawer t)
1720   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
1721   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
1722   ;; Clock out when moving task to a done state
1723   (setq org-clock-out-when-done t)
1724   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
1725   (setq org-clock-persist t)
1726   ;; Do not prompt to resume an active clock
1727   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
1728   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
1729   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
1730   ;; Include current clocking task in clock reports
1731   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
1732
1733   ;; the cache seems to be broken
1734   (setq org-element-use-cache nil)
1735
1736   (defvar bh/keep-clock-running nil)
1737
1738   (defun bh/is-task-p ()
1739     "Any task with a todo keyword and no subtask"
1740     (save-restriction
1741       (widen)
1742       (let ((has-subtask)
1743             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1744             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1745         (save-excursion
1746           (forward-line 1)
1747           (while (and (not has-subtask)
1748                       (< (point) subtree-end)
1749                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1750             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1751               (setq has-subtask t))))
1752         (and is-a-task (not has-subtask)))))
1753   (defun bh/is-project-p ()
1754     "Any task with a todo keyword subtask"
1755     (save-restriction
1756       (widen)
1757       (let ((has-subtask)
1758             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1759             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1760         (save-excursion
1761           (forward-line 1)
1762           (while (and (not has-subtask)
1763                       (< (point) subtree-end)
1764                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1765             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1766               (setq has-subtask t))))
1767         (and is-a-task has-subtask))))
1768
1769   (defun bh/is-subproject-p ()
1770     "Any task which is a subtask of another project"
1771     (let ((is-subproject)
1772           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1773       (save-excursion
1774         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
1775           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1776             (setq is-subproject t))))
1777       (and is-a-task is-subproject)))
1778
1779
1780   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
1781     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
1782   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
1783   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
1784     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
1785       (cond
1786        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
1787          (bh/is-task-p))
1788     "NEXT")
1789        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
1790          (bh/is-project-p))
1791     "TODO"))))
1792
1793   (defun bh/punch-in (arg)
1794     "Start continuous clocking and set the default task to the
1795   selected task.  If no task is selected set the Organization task
1796   as the default task."
1797     (interactive "p")
1798     (setq bh/keep-clock-running t)
1799     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
1800     ;;
1801     ;; We're in the agenda
1802     ;;
1803     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
1804            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
1805       (if (and (eq arg 4) tags)
1806           (org-agenda-clock-in '(16))
1807         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
1808       ;;
1809       ;; We are not in the agenda
1810       ;;
1811       (save-restriction
1812     (widen)
1813     ; Find the tags on the current task
1814     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
1815         (org-clock-in '(16))
1816       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
1817
1818   (defun bh/punch-out ()
1819     (interactive)
1820     (setq bh/keep-clock-running nil)
1821     (when (org-clock-is-active)
1822       (org-clock-out))
1823     (org-agenda-remove-restriction-lock))
1824
1825   (defun bh/clock-in-default-task ()
1826     (save-excursion
1827       (org-with-point-at org-clock-default-task
1828     (org-clock-in))))
1829
1830   (defun bh/clock-in-parent-task ()
1831     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
1832     (let ((parent-task))
1833       (save-excursion
1834     (save-restriction
1835       (widen)
1836       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
1837         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1838           (setq parent-task (point))))
1839       (if parent-task
1840           (org-with-point-at parent-task
1841         (org-clock-in))
1842         (when bh/keep-clock-running
1843           (bh/clock-in-default-task)))))))
1844
1845   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
1846
1847   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
1848     (interactive)
1849     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
1850       (org-clock-in '(16))))
1851
1852   (defun bh/clock-out-maybe ()
1853     (when (and bh/keep-clock-running
1854            (not org-clock-clocking-in)
1855            (marker-buffer org-clock-default-task)
1856            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
1857       (bh/clock-in-parent-task)))
1858
1859   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
1860
1861   (require 'org-id)
1862   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
1863     "Clock in a task by id"
1864     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
1865       (org-clock-in nil)))
1866
1867   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
1868     "Clock in the interrupted task if there is one
1869   Skip the default task and get the next one.
1870   A prefix arg forces clock in of the default task."
1871     (interactive "p")
1872     (let ((clock-in-to-task
1873        (cond
1874         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
1875         ((and (org-clock-is-active)
1876           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
1877          (caddr org-clock-history))
1878         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
1879         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
1880         (t (car org-clock-history)))))
1881       (widen)
1882       (org-with-point-at clock-in-to-task
1883     (org-clock-in nil))))
1884
1885
1886   (defun org-export-to-ods ()
1887     (interactive)
1888     (let ((csv-file "data.csv"))
1889       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
1890       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
1891
1892   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
1893   ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
1894   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
1895   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
1896
1897   ;; support inserting screen shots
1898   (defun my/org-insert-screenshot ()
1899     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
1900   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
1901     (interactive)
1902     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
1903     (setq my/org-insert-screenshot/filename
1904       (read-file-name
1905        "Screenshot to insert: "
1906        nil
1907        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
1908        )
1909       )
1910     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
1911     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
1912     (org-display-inline-images))
1913
1914   (defun my/fix-inline-images ()
1915     (when org-inline-image-overlays
1916       (org-redisplay-inline-images)))
1917
1918   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
1919
1920   ;; use xelatex to preview with imagemagick
1921   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
1922            '(xelateximagemagick
1923         :programs ("xelatex" "convert")
1924         :description "pdf > png"
1925         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
1926         :use-xcolor t
1927         :image-input-type "pdf"
1928         :image-output-type "png"
1929         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
1930         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
1931         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
1932            )
1933   ;; use xelatex by default
1934   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
1935
1936   ; from http://orgmode.org/Changes.html
1937   (defun my/org-repair-property-drawers ()
1938     "Fix properties drawers in current buffer.
1939    Ignore non Org buffers."
1940     (interactive)
1941     (when (eq major-mode 'org-mode)
1942       (org-with-wide-buffer
1943        (goto-char (point-min))
1944        (let ((case-fold-search t)
1945          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
1946                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
1947                      "END[ \t]*$"))))
1948      (org-map-entries
1949       (lambda ()
1950         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
1951           (save-excursion
1952         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
1953           (forward-line)
1954           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
1955           (when (and (< (point) end)
1956                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
1957                  (save-excursion
1958                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
1959                     (eq (org-element-type
1960                      (save-match-data (org-element-at-point)))
1961                     'drawer))))
1962             (insert (delete-and-extract-region
1963                  (match-beginning 0)
1964                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
1965             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
1966
1967 #+END_SRC
1968 ** Org-Gcal
1969 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1970   (use-package calfw
1971     :ensure f
1972     )
1973   (use-package calfw-org
1974     :ensure f
1975     )
1976   (use-package org-gcal
1977     :ensure f
1978     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
1979                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
1980               )
1981     )
1982 #+END_SRC
1983 ** appt integration
1984 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1985   (use-package appt
1986     :ensure f
1987     :config
1988     ;; Show notification 10 minutes before event
1989     (setq appt-message-warning-time 10)
1990     ;; Disable multiple reminders
1991     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
1992     (setq appt-display-mode-line nil)
1993
1994     ;; add automatic reminders for appointments
1995     (defun my/org-agenda-to-appt ()
1996       (interactive)
1997       (setq appt-time-msg-list nil)
1998       (org-agenda-to-appt))
1999     ;; add reminders when starting emacs
2000     (my/org-agenda-to-appt)
2001     ;; when rebuilding the agenda
2002     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2003       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2004       (my/org-agenda-to-appt)
2005       )
2006     ;; when saving all org buffers
2007     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2008       "Re-add appts after saving all org buffers"
2009       (my/org-agenda-to-appt))
2010     ;; Display appointments as a window manager notification
2011     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2012     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2013
2014     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2015
2016     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2017       (if (atom min-to-app)
2018       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2019     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2020       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2021                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2022       )
2023     )
2024
2025
2026 #+END_SRC
2027 ** End use-package
2028 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2029   )
2030 #+END_SRC
2031 * Keybindings
2032 ** Goto line
2033 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2034   (global-unset-key "\M-g")
2035   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2036 #+END_SRC
2037 * Debian
2038 ** debian-changelog
2039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2040   (use-package debian-changelog
2041     :ensure f
2042     :mode "debian/changelog"
2043     :config
2044     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2045     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2046 #+END_SRC
2047 * Misc (uncharacterized)
2048 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2049   (setq calendar-latitude 38.6)
2050   (setq calendar-longitude -121.5)
2051   (setq case-fold-search t)
2052   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2053   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2054   (display-time)
2055   (setq display-time-24hr-format t)
2056   (setq display-time-day-and-date t)
2057   (display-time-mode 1)
2058   (global-font-lock-mode 1)
2059   (icomplete-mode 1)
2060   (setq log-edit-keep-buffer t)
2061   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2062   (setq markdown-enable-math t)
2063   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2064   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2065   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2066   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2067   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2068   (setq ps-line-number-color "blue")
2069   (setq ps-print-footer t)
2070   (setq ps-print-footer-frame nil)
2071   (setq ps-print-only-one-header t)
2072   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2073   ]*")
2074   (setq sentence-end-double-space nil)
2075   ; enable matching parenthesis
2076   (show-paren-mode 1)
2077   (tool-bar-mode -1)
2078   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2079   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2080   (setq vc-follow-symlinks t)
2081
2082   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2083   ;; repositories inside of git directories
2084   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2085
2086   ;; switch back to the old primary selection method
2087   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2088   (setq x-select-enable-primary t)
2089   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2090
2091   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2092   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2093
2094   (require 'vcl-mode)
2095
2096   (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2097
2098   (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" . 
2099                     (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
2100                   auto-mode-alist))
2101
2102
2103   ; use markdown mode for mdwn files
2104   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
2105   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.md$" . markdown-mode))
2106
2107
2108   ;; tramp configuration
2109   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2110
2111   (setq-default c-indent-level 4)
2112   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2113   (setq-default c-brace-offset -4)
2114   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2115   (setq-default c-label-offset -4)
2116   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2117   ; tabs are annoying
2118   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2119   (setq-default tab-width 4)
2120
2121
2122   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2123   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2124   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2125   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2126   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2127
2128
2129   (defun insert-date ()
2130     "Insert date at point."
2131     (interactive)
2132     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2133   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2134
2135   (defun unfill-paragraph (arg)
2136     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2137     (interactive "*p")
2138     (let ((fill-column 10000))
2139       (fill-paragraph arg))
2140     )
2141
2142   (column-number-mode t)
2143  
2144   ; abbrev mode settings
2145   ; load abbreviations from 
2146   (setq abbrev-file-name       
2147         "~/.emacs_abbrev_def")
2148
2149   ; read the abbrev file if it exists
2150   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
2151       (quietly-read-abbrev-file))
2152
2153   ; for now, use abbrev mode everywhere
2154   (setq default-abbrev-mode t)
2155
2156   (desktop-load-default)
2157   (desktop-read)
2158   '(icomplete-mode on)
2159   (custom-set-faces
2160    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2161    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2162    ;; Your init file should contain only one such instance.
2163    ;; If there is more than one, they won't work right.
2164    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2165
2166
2167   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2168   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2169   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2170
2171   ; (defun turn-on-flyspell ()
2172   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2173   ;    (interactive)
2174   ;    (flyspell-mode 1))
2175
2176
2177    ; Outline-minor-mode key map
2178    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2179    ; HIDE
2180    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2181    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2182    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2183    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2184    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2185    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2186    ; SHOW
2187    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2188    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2189    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2190    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2191    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2192    ; MOVE
2193    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2194    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2195    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2196    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2197    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2198    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2199
2200   ; ediff configuration
2201   ; don't use the multi-window configuration
2202   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
2203
2204   ; fix up css mode to not be silly
2205   ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
2206   (setq cssm-indent-level 4)
2207   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
2208   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
2209   (setq cssm-mirror-mode nil)
2210
2211   (require 'multi-web-mode)
2212   (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
2213   (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
2214                     (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
2215                     (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
2216   (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
2217   (multi-web-global-mode 1)
2218
2219   ; load sql-indent when sql is loaded
2220   (eval-after-load "sql"
2221     '(load-library "sql-indent"))
2222
2223   ; fix up tmux xterm keys
2224   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2225   (defun fix-up-tmux-keys ()
2226       "Fix up tmux xterm keys"
2227       (if (getenv "TMUX")
2228           (progn
2229             (let ((x 2) (tkey ""))
2230               (while (<= x 8)
2231                 ;; shift
2232                 (if (= x 2)
2233                     (setq tkey "S-"))
2234                 ;; alt
2235                 (if (= x 3)
2236                     (setq tkey "M-"))
2237                 ;; alt + shift
2238                 (if (= x 4)
2239                     (setq tkey "M-S-"))
2240                 ;; ctrl
2241                 (if (= x 5)
2242                     (setq tkey "C-"))
2243                 ;; ctrl + shift
2244                 (if (= x 6)
2245                     (setq tkey "C-S-"))
2246                 ;; ctrl + alt
2247                 (if (= x 7)
2248                     (setq tkey "C-M-"))
2249                 ;; ctrl + alt + shift
2250                 (if (= x 8)
2251                     (setq tkey "C-M-S-"))
2252
2253                 ;; arrows
2254                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2255                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2256                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2257                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2258                 ;; home
2259                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2260                 ;; end
2261                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2262                 ;; page up
2263                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2264                 ;; page down
2265                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2266                 ;; insert
2267                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2268                 ;; delete
2269                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2270                 ;; f1
2271                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2272                 ;; f2
2273                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2274                 ;; f3
2275                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2276                 ;; f4
2277                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2278                 ;; f5
2279                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2280                 ;; f6
2281                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2282                 ;; f7
2283                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2284                 ;; f8
2285                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2286                 ;; f9
2287                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2288                 ;; f10
2289                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2290                 ;; f11
2291                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2292                 ;; f12
2293                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2294                 ;; f13
2295                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2296                 ;; f14
2297                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2298                 ;; f15
2299                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2300                 ;; f16
2301                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2302                 ;; f17
2303                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2304                 ;; f18
2305                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2306                 ;; f19
2307                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2308                 ;; f20
2309                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2310
2311                 (setq x (+ x 1))
2312                 ))
2313             )
2314         )
2315       )
2316   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2317
2318   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2319     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2320     (if (or (buffer-modified-p)
2321             (verify-visited-file-modtime)
2322             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2323             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2324         ad-do-it
2325       (clear-visited-file-modtime)
2326       (not-modified)))
2327   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2328 #+END_SRC
2329
2330 * Server
2331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2332   (unless (server-running-p)
2333   (server-start))
2334 #+END_SRC
2335
2336
2337
2338 * END
2339 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2340   (provide 'don-configuration)
2341 #+END_SRC