deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "utilities.hpp"
  14 #include "fastamap.h"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17 /* The deconvolute command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  18         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
  19
  20 using namespace std;
  21
  22 class DeconvoluteCommand : public Command {
  23
  24 public:
  25         DeconvoluteCommand() {};
  26         ~DeconvoluteCommand() { delete fastamap; };
  27         int execute();
  28
  29 private:
  30         GlobalData* globaldata;
  31         FastaMap* fastamap;
  32         ifstream in;
  33         ofstream out, outFasta;
  34         string filename, outputFileName, outFastafile;
  35
  36 };
  37
  38 #endif