deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
  14 #include "counttable.h"
  15 #include "sequence.hpp"
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  17 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  18         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
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  21 class DeconvoluteCommand : public Command {
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  23 public:
  24         DeconvoluteCommand(string);
  25         DeconvoluteCommand();
  26         ~DeconvoluteCommand() {}
  27
  28         vector<string> setParameters();
  29         string getCommandName()                 { return "unique.seqs";         }
  30         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  31
  32         string getHelpString();
  33     string getOutputPattern(string);
  34         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Unique.seqs"; }
  35         string getDescription()         { return "creates a fasta containing the unique sequences as well as a namesfile with the names each sequence represents"; }
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  38         int execute();
  39         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  40
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  42 private:
  43         string inFastaName, oldNameMapFName, outputDir, countfile;
  44         vector<string> outputNames;
  45
  46         bool abort;
  47 };
  48
  49 multimap<size_t,std::pair<std::streampos,string>>::iterator
  50   in_fasta_from_hash_map(multimap<size_t,pair<streampos,string>>&,
  51                             Sequence&,
  52                             ifstream&);
  53
  54 pair<bool,streampos> store_filepos(ifstream&);
  55 void restore_filepos(ifstream&, pair<bool,streampos>&);
  56 streampos reliable_tellg(ifstream&);
  57
  58 string primary_seqname(string);
  59
  60 #endif