code_c/Maasha/src/lib/ucsc.c

   1 #include "common.h"
   2 #include "ucsc.h"
   3
   4 void bed_get_entry( FILE *fp, struct bed_entry3 *bed, int cols )
   5 {
   6     /* Martin A. Hansen, June 2008 */
   7
   8     /* Get next 3 column bed entry from stream. */
   9
  10     char bed_buffer[ BED_BUFFER ];
  11     struct bed_entry12 *bed12 = NULL;
  12
  13     MEM_GET( bed12 );
  14
  15     if ( ( fgets( bed_buffer, sizeof( bed_buffer ), fp ) != NULL ) )
  16     {
  17         printf( "buffer: %s\n", bed_buffer );
  18
  19         bed_split( bed_buffer, bed12, 3 );
  20
  21         return;
  22     }
  23
  24     return NULL;
  25 }
  26
  27
  28 void bed_split( char *string, struct bed_entry12 *bed, int cols )
  29 {
  30     int   i;
  31     int   field_num;
  32     int   offset;
  33     char *new_line;
  34     int   new_line_pos;
  35     char *pt;
  36     int   pos;
  37     int   field_seps[ cols ];
  38     int   field_len;
  39     char *field;
  40
  41     if ( ( new_line = memchr( string, '\n', 1024 ) ) != NULL ) {
  42         new_line_pos = new_line - string;
  43     } else {
  44         die( "bed_split: no newline found." );
  45     }
  46
  47     field_num = 0;
  48     offset    = 0;
  49
  50     for ( i = 0; i < cols; i++ )
  51     {
  52         if ( ( pt = memchr( &string[ offset ], '\t', new_line_pos - offset ) ) != NULL )
  53         {
  54             pos = pt - string;
  55
  56             pos = MIN( pos, new_line_pos );
  57
  58             field_seps[ field_num ] = pos;
  59
  60             field_num++;
  61         }
  62         else
  63         {
  64             die( "bed_split: no tab found." );
  65         }
  66
  67         offset += pos + 1;
  68     }
  69
  70     offset = 0;
  71
  72     for ( i = 0; i < cols; i++ )
  73     {
  74         field_len = field_seps[ i ] - offset;
  75
  76         field = mem_get( field_len );
  77
  78         field[ field_len ] = '\0';
  79
  80         memcpy( field, &string[ offset ], field_len );
  81
  82         if ( i == 0 ) {
  83             bed->chr = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
  84         } else if ( i == 1 ) {
  85             bed->chr_beg = strtod( field, &pt );
  86         } else if ( i == 2 ) {
  87             bed->chr_end = strtod( field, &pt );
  88         } else if ( i == 3 ) {
  89             bed->q_id = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
  90         } else if ( i == 4 ) {
  91             bed->score = strtof( field, &pt );
  92         } else if ( i == 5 ) {
  93             bed->strand = field[ 0 ];
  94         } else if ( i == 6 ) {
  95             bed->thick_beg = strtod( field, &pt );
  96         } else if ( i == 7 ) {
  97             bed->thick_end = strtod( field, &pt );
  98         } else if ( i == 8 ) {
  99             bed->itemrgb = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 100         } else if ( i == 9 ) {
 101             bed->blockcount = strtod( field, &pt );
 102         } else if ( i == 10 ) {
 103             bed->blocksizes = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 104         } else if ( i == 11 ) {
 105             bed->q_begs = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 106         }
 107
 108         if ( pt == NULL ) {
 109             die( "bed parse failed." );
 110         }
 111
 112         offset = field_seps[ i ] + 1;
 113     }
 114
 115     printf( "chr    ->%s\n", bed->chr );
 116     printf( "chr_beg->%u\n", bed->chr_beg );
 117     printf( "chr_end->%u\n", bed->chr_end );
 118 }
 119
 120