code_c/Maasha/src/inc/ucsc.h

   1 #define BED_BUFFER 1024
   2
   3 struct bed_entry3
   4 {
   5     char *chr;
   6     uint  chr_beg;
   7     uint  chr_end;
   8 };
   9
  10 struct bed_entry12
  11 {
  12     char  *chr;
  13     uint   chr_beg;
  14     uint   chr_end;
  15     char  *q_id;
  16     float  score;
  17     char   strand;
  18     uint   thick_beg;
  19     uint   thick_end;
  20     char  *itemrgb;
  21     uint   blockcount;
  22     char  *blocksizes;
  23     char  *q_begs;
  24 };
  25
  26 void bed_get_entry( FILE *fp, struct bed_entry3 *bed, int cols );
  27 void     bed_split( char *string, struct bed_entry12 *bed, int cols );
  28