clusterclassic.h

   1 #ifndef CLUSTERCLASSIC_H
   2 #define CLUSTERCLASSIC_H
   3
   4
   5 #include "mothurout.h"
   6 #include "listvector.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "nameassignment.hpp"
   9 #include "counttable.h"
  10
  11 /*
  12  *  clusterclassic.h
  13  *  Mothur
  14  *
  15  *  Created by westcott on 10/29/10.
  16  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  17  *
  18  */
  19
  20
  21 class ClusterClassic {
  22
  23 public:
  24         ClusterClassic(float, string, bool);
  25         int readPhylipFile(string, NameAssignment*);
  26     int readPhylipFile(string, CountTable*);
  27         void update(double&);
  28         double getSmallDist() { return smallDist; }
  29         int getNSeqs() { return nseqs; }
  30         ListVector* getListVector() { return list; }
  31         RAbundVector* getRAbundVector() { return rabund; }
  32         string getTag() { return tag; }
  33         void setMapWanted(bool m);
  34         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  35
  36 private:
  37         double getSmallCell();
  38         void clusterBins();
  39         void clusterNames();
  40         void updateMap();
  41         void print();
  42
  43         struct colDist {
  44                 int col;
  45                 int row;
  46                 float dist;
  47                 colDist(int r, int c, double d) : row(r), col(c), dist(d) {}
  48         };
  49
  50         RAbundVector* rabund;
  51         ListVector* list;
  52         vector< vector<float> > dMatrix;
  53         //vector<colDist> rowSmallDists;
  54
  55         int smallRow;
  56         int smallCol, nseqs;
  57         double smallDist;
  58         bool mapWanted, sim;
  59         double cutoff, aboveCutoff;
  60         map<string, int> seq2Bin;
  61         string method, tag;
  62
  63         MothurOut* m;
  64 };
  65
  66 #endif
  67
  68