chimerabellerophoncommand.h

   1 #ifndef CHIMERABELLEROPHONCOMMAND_H
   2 #define CHIMERABELLEROPHONCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimerabellerophoncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 4/1/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
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  17
  18 /***********************************************************/
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  20 class ChimeraBellerophonCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraBellerophonCommand(string);
  23         ChimeraBellerophonCommand();
  24         ~ChimeraBellerophonCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "chimera.bellerophon"; }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "Huber T, Faulkner G, Hugenholtz P (2004). Bellerophon: a program to detect chimeric sequences in multiple sequence alignments. Bioinformatics 20: 2317-9. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.bellerophon"; }
  33         string getDescription()         { return "detect chimeric sequences"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38
  39 private:
  40
  41         bool abort, filter, correction;
  42         string fastafile, outputDir;
  43         int processors, window, increment, numSeqs;
  44         Chimera* chimera;
  45         vector<string> outputNames;
  46         vector<string> fastaFileNames;
  47 };
  48
  49 /***********************************************************/
  50
  51 #endif
  52
  53