bp_conf/bashrc

   1 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
   2
   3
   4 # Stuff that enables biotools.
   5
   6 export TOOLS_DIR="/Users/m.hansen/tools"      # Contains binaries for BLAST and Vmatch.
   7 export  INST_DIR="/Users/m.hansen/maasha"     # Contains scripts and modules.
   8 export  DATA_DIR="/Users/m.hansen/DATA"       # Contains genomic data etc.
   9 export   TMP_DIR="/Users/m.hansen/maasha/tmp" # Required temporary directory.
  10 export   LOG_DIR="/Users/m.hansen/maasha/log" # Log directory
  11
  12 export     PATH="$PATH:$TOOLS_DIR/blast-2.2.17/bin:$TOOLS_DIR/vmatch.distribution"
  13 export     PATH="$INST_DIR/bin/:$INST_DIR/perl/bin:$INST_DIR/perl_scripts/:$INST_DIR/biotools:$PATH"
  14 export PERL5LIB="$PERL5LIB:$INST_DIR/perl_modules"
  15
  16 # Alias allowing power scripting with biotools
  17
  18 alias bioscript="perl -MMaasha::Biotools=read_stream,get_record,put_record -e"
  19
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<