1 // Generated by /p/py/alphac.py
2 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.
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78 5 , // [ 71] 'G' = Gly
79 6 , // [ 72] 'H' = His
80 7 , // [ 73] 'I' = Ile
81 INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
82 8 , // [ 75] 'K' = Lys
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88 13 , // [ 81] 'Q' = Gln
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91 16 , // [ 84] 'T' = Thr
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100 INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
101 INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
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103 INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
104 0 , // [ 97] 'a' = Ala
105 INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
106 1 , // [ 99] 'c' = Cys
107 2 , // [100] 'd' = Asp
108 3 , // [101] 'e' = Glu
109 4 , // [102] 'f' = Phe
110 5 , // [103] 'g' = Gly
111 6 , // [104] 'h' = His
112 7 , // [105] 'i' = Ile
113 INVALID_LETTER, // [106] 'j'
114 8 , // [107] 'k' = Lys
115 9 , // [108] 'l' = Leu
116 10 , // [109] 'm' = Met
117 11 , // [110] 'n' = Asn
118 INVALID_LETTER, // [111] 'o'
119 12 , // [112] 'p' = Pro
120 13 , // [113] 'q' = Gln
121 14 , // [114] 'r' = Arg
122 15 , // [115] 's' = Ser
123 16 , // [116] 't' = Thr
124 INVALID_LETTER, // [117] 'u'
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126 18 , // [119] 'w' = Trp
127 INVALID_LETTER, // [120] 'x'
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130 INVALID_LETTER, // [123] '{'
131 INVALID_LETTER, // [124] '|'
132 INVALID_LETTER, // [125] '}'
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883 0 , // [ 97] = a (Nucleotide)
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886 INVALID_LETTER, // [100] = 100
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1299 INVALID_CHAR, // [253]
1300 INVALID_CHAR, // [254]
1301 INVALID_CHAR, // [255]
1304 unsigned g_CodonWordToAminoLetter[4*4*4] =
1306 8 , // [ 0] = AAA K (Lys)
1307 11, // [ 1] = AAC N (Asn)
1308 8 , // [ 2] = AAG K (Lys)
1309 11, // [ 3] = AAT N (Asn)
1310 16, // [ 4] = ACA T (Thr)
1311 16, // [ 5] = ACC T (Thr)
1312 16, // [ 6] = ACG T (Thr)
1313 16, // [ 7] = ACT T (Thr)
1314 14, // [ 8] = AGA R (Arg)
1315 15, // [ 9] = AGC S (Ser)
1316 14, // [10] = AGG R (Arg)
1317 15, // [11] = AGT S (Ser)
1318 7 , // [12] = ATA I (Ile)
1319 7 , // [13] = ATC I (Ile)
1320 10, // [14] = ATG M (Met)
1321 7 , // [15] = ATT I (Ile)
1322 13, // [16] = CAA Q (Gln)
1323 6 , // [17] = CAC H (His)
1324 13, // [18] = CAG Q (Gln)
1325 6 , // [19] = CAT H (His)
1326 12, // [20] = CCA P (Pro)
1327 12, // [21] = CCC P (Pro)
1328 12, // [22] = CCG P (Pro)
1329 12, // [23] = CCT P (Pro)
1330 14, // [24] = CGA R (Arg)
1331 14, // [25] = CGC R (Arg)
1332 14, // [26] = CGG R (Arg)
1333 14, // [27] = CGT R (Arg)
1334 9 , // [28] = CTA L (Leu)
1335 9 , // [29] = CTC L (Leu)
1336 9 , // [30] = CTG L (Leu)
1337 9 , // [31] = CTT L (Leu)
1338 3 , // [32] = GAA E (Glu)
1339 2 , // [33] = GAC D (Asp)
1340 3 , // [34] = GAG E (Glu)
1341 2 , // [35] = GAT D (Asp)
1342 0 , // [36] = GCA A (Ala)
1343 0 , // [37] = GCC A (Ala)
1344 0 , // [38] = GCG A (Ala)
1345 0 , // [39] = GCT A (Ala)
1346 5 , // [40] = GGA G (Gly)
1347 5 , // [41] = GGC G (Gly)
1348 5 , // [42] = GGG G (Gly)
1349 5 , // [43] = GGT G (Gly)
1350 17, // [44] = GTA V (Val)
1351 17, // [45] = GTC V (Val)
1352 17, // [46] = GTG V (Val)
1353 17, // [47] = GTT V (Val)
1354 20, // [48] = TAA * (STP)
1355 19, // [49] = TAC Y (Tyr)
1356 20, // [50] = TAG * (STP)
1357 19, // [51] = TAT Y (Tyr)
1358 15, // [52] = TCA S (Ser)
1359 15, // [53] = TCC S (Ser)
1360 15, // [54] = TCG S (Ser)
1361 15, // [55] = TCT S (Ser)
1362 20, // [56] = TGA * (STP)
1363 1 , // [57] = TGC C (Cys)
1364 18, // [58] = TGG W (Trp)
1365 1 , // [59] = TGT C (Cys)
1366 9 , // [60] = TTA L (Leu)
1367 4 , // [61] = TTC F (Phe)
1368 9 , // [62] = TTG L (Leu)
1369 4 , // [63] = TTT F (Phe)
1372 char g_CodonWordToAminoChar[4*4*4] =
1374 'K', // [ 0] = AAA (Lys)
1375 'N', // [ 1] = AAC (Asn)
1376 'K', // [ 2] = AAG (Lys)
1377 'N', // [ 3] = AAT (Asn)
1378 'T', // [ 4] = ACA (Thr)
1379 'T', // [ 5] = ACC (Thr)
1380 'T', // [ 6] = ACG (Thr)
1381 'T', // [ 7] = ACT (Thr)
1382 'R', // [ 8] = AGA (Arg)
1383 'S', // [ 9] = AGC (Ser)
1384 'R', // [10] = AGG (Arg)
1385 'S', // [11] = AGT (Ser)
1386 'I', // [12] = ATA (Ile)
1387 'I', // [13] = ATC (Ile)
1388 'M', // [14] = ATG (Met)
1389 'I', // [15] = ATT (Ile)
1390 'Q', // [16] = CAA (Gln)
1391 'H', // [17] = CAC (His)
1392 'Q', // [18] = CAG (Gln)
1393 'H', // [19] = CAT (His)
1394 'P', // [20] = CCA (Pro)
1395 'P', // [21] = CCC (Pro)
1396 'P', // [22] = CCG (Pro)
1397 'P', // [23] = CCT (Pro)
1398 'R', // [24] = CGA (Arg)
1399 'R', // [25] = CGC (Arg)
1400 'R', // [26] = CGG (Arg)
1401 'R', // [27] = CGT (Arg)
1402 'L', // [28] = CTA (Leu)
1403 'L', // [29] = CTC (Leu)
1404 'L', // [30] = CTG (Leu)
1405 'L', // [31] = CTT (Leu)
1406 'E', // [32] = GAA (Glu)
1407 'D', // [33] = GAC (Asp)
1408 'E', // [34] = GAG (Glu)
1409 'D', // [35] = GAT (Asp)
1410 'A', // [36] = GCA (Ala)
1411 'A', // [37] = GCC (Ala)
1412 'A', // [38] = GCG (Ala)
1413 'A', // [39] = GCT (Ala)
1414 'G', // [40] = GGA (Gly)
1415 'G', // [41] = GGC (Gly)
1416 'G', // [42] = GGG (Gly)
1417 'G', // [43] = GGT (Gly)
1418 'V', // [44] = GTA (Val)
1419 'V', // [45] = GTC (Val)
1420 'V', // [46] = GTG (Val)
1421 'V', // [47] = GTT (Val)
1422 '*', // [48] = TAA (STP)
1423 'Y', // [49] = TAC (Tyr)
1424 '*', // [50] = TAG (STP)
1425 'Y', // [51] = TAT (Tyr)
1426 'S', // [52] = TCA (Ser)
1427 'S', // [53] = TCC (Ser)
1428 'S', // [54] = TCG (Ser)
1429 'S', // [55] = TCT (Ser)
1430 '*', // [56] = TGA (STP)
1431 'C', // [57] = TGC (Cys)
1432 'W', // [58] = TGG (Trp)
1433 'C', // [59] = TGT (Cys)
1434 'L', // [60] = TTA (Leu)
1435 'F', // [61] = TTC (Phe)
1436 'L', // [62] = TTG (Leu)
1437 'F', // [63] = TTT (Phe)
1440 unsigned char g_CharToCompChar[256] =
1442 INVALID_CHAR, // [ 0]
1443 INVALID_CHAR, // [ 1]
1444 INVALID_CHAR, // [ 2]
1445 INVALID_CHAR, // [ 3]
1446 INVALID_CHAR, // [ 4]
1447 INVALID_CHAR, // [ 5]
1448 INVALID_CHAR, // [ 6]
1449 INVALID_CHAR, // [ 7]
1450 INVALID_CHAR, // [ 8]
1451 INVALID_CHAR, // [ 9]
1452 INVALID_CHAR, // [ 10]
1453 INVALID_CHAR, // [ 11]
1454 INVALID_CHAR, // [ 12]
1455 INVALID_CHAR, // [ 13]
1456 INVALID_CHAR, // [ 14]
1457 INVALID_CHAR, // [ 15]
1458 INVALID_CHAR, // [ 16]
1459 INVALID_CHAR, // [ 17]
1460 INVALID_CHAR, // [ 18]
1461 INVALID_CHAR, // [ 19]
1462 INVALID_CHAR, // [ 20]
1463 INVALID_CHAR, // [ 21]
1464 INVALID_CHAR, // [ 22]
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1492 INVALID_CHAR, // [ 50]
1493 INVALID_CHAR, // [ 51]
1494 INVALID_CHAR, // [ 52]
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1499 INVALID_CHAR, // [ 57]
1500 INVALID_CHAR, // [ 58]
1501 INVALID_CHAR, // [ 59]
1502 INVALID_CHAR, // [ 60]
1503 INVALID_CHAR, // [ 61]
1504 INVALID_CHAR, // [ 62]
1505 INVALID_CHAR, // [ 63]
1506 INVALID_CHAR, // [ 64]
1507 'T', // [ 65] A -> T
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1513 'C', // [ 71] G -> C
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1523 INVALID_CHAR, // [ 81]
1524 INVALID_CHAR, // [ 82]
1525 INVALID_CHAR, // [ 83]
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1530 INVALID_CHAR, // [ 88]
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1532 INVALID_CHAR, // [ 90]
1533 INVALID_CHAR, // [ 91]
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1535 INVALID_CHAR, // [ 93]
1536 INVALID_CHAR, // [ 94]
1537 INVALID_CHAR, // [ 95]
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1539 'T', // [ 97] a -> T
1540 INVALID_CHAR, // [ 98]
1541 'G', // [ 99] c -> G
1542 INVALID_CHAR, // [100]
1543 INVALID_CHAR, // [101]
1544 INVALID_CHAR, // [102]
1545 'C', // [103] g -> C
1546 INVALID_CHAR, // [104]
1547 INVALID_CHAR, // [105]
1548 INVALID_CHAR, // [106]
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1550 INVALID_CHAR, // [108]
1551 INVALID_CHAR, // [109]
1552 INVALID_CHAR, // [110]
1553 INVALID_CHAR, // [111]
1554 INVALID_CHAR, // [112]
1555 INVALID_CHAR, // [113]
1556 INVALID_CHAR, // [114]
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1558 'A', // [116] t -> A
1559 'A', // [117] u -> A
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1700 unsigned g_CharToCompLetter[256] =
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