Mothur.1

   1 .\"Modified from man(1) of FreeBSD, the NetBSD mdoc.template, and mdoc.samples.
   2 .\"See Also:
   3 .\"man mdoc.samples for a complete listing of options
   4 .\"man mdoc for the short list of editing options
   5 .\"/usr/share/misc/mdoc.template
   6 .Dd 1/4/11               \" DATE
   7 .Dt mothur 1      \" Program name and manual section number
   8 .Os Darwin
   9 .Sh NAME                 \" Section Header - required - don't modify
  10 .Nm mothur,
  11 .\" The following lines are read in generating the apropos(man -k) database. Use only key
  12 .\" words here as the database is built based on the words here and in the .ND line.
  13 .Nm Other_name_for_same_program(),
  14 .Nm Yet another name for the same program.
  15 .\" Use .Nm macro to designate other names for the documented program.
  16 .Nd This line parsed for whatis database.
  17 .Sh SYNOPSIS             \" Section Header - required - don't modify
  18 .Nm
  19 .Op Fl abcd              \" [-abcd]
  20 .Op Fl a Ar path         \" [-a path]
  21 .Op Ar file              \" [file]
  22 .Op Ar                   \" [file ...]
  23 .Ar arg0                 \" Underlined argument - use .Ar anywhere to underline
  24 arg2 ...                 \" Arguments
  25 .Sh DESCRIPTION          \" Section Header - required - don't modify
  26 Use the .Nm macro to refer to your program throughout the man page like such:
  27 .Nm
  28 Underlining is accomplished with the .Ar macro like this:
  29 .Ar underlined text .
  30 .Pp                      \" Inserts a space
  31 A list of items with descriptions:
  32 .Bl -tag -width -indent  \" Begins a tagged list
  33 .It item a               \" Each item preceded by .It macro
  34 Description of item a
  35 .It item b
  36 Description of item b
  37 .El                      \" Ends the list
  38 .Pp
  39 A list of flags and their descriptions:
  40 .Bl -tag -width -indent  \" Differs from above in tag removed
  41 .It Fl a                 \"-a flag as a list item
  42 Description of -a flag
  43 .It Fl b
  44 Description of -b flag
  45 .El                      \" Ends the list
  46 .Pp
  47 .\" .Sh ENVIRONMENT      \" May not be needed
  48 .\" .Bl -tag -width "ENV_VAR_1" -indent \" ENV_VAR_1 is width of the string ENV_VAR_1
  49 .\" .It Ev ENV_VAR_1
  50 .\" Description of ENV_VAR_1
  51 .\" .It Ev ENV_VAR_2
  52 .\" Description of ENV_VAR_2
  53 .\" .El
  54 .Sh FILES                \" File used or created by the topic of the man page
  55 .Bl -tag -width "/Users/joeuser/Library/really_long_file_name" -compact
  56 .It Pa /usr/share/file_name
  57 FILE_1 description
  58 .It Pa /Users/joeuser/Library/really_long_file_name
  59 FILE_2 description
  60 .El                      \" Ends the list
  61 .\" .Sh DIAGNOSTICS       \" May not be needed
  62 .\" .Bl -diag
  63 .\" .It Diagnostic Tag
  64 .\" Diagnostic informtion here.
  65 .\" .It Diagnostic Tag
  66 .\" Diagnostic informtion here.
  67 .\" .El
  68 .Sh SEE ALSO
  69 .\" List links in ascending order by section, alphabetically within a section.
  70 .\" Please do not reference files that do not exist without filing a bug report
  71 .Xr a 1 ,
  72 .Xr b 1 ,
  73 .Xr c 1 ,
  74 .Xr a 2 ,
  75 .Xr b 2 ,
  76 .Xr a 3 ,
  77 .Xr b 3
  78 .\" .Sh BUGS              \" Document known, unremedied bugs
  79 .\" .Sh HISTORY           \" Document history if command behaves in a unique manner