sam_header.h

   1 #ifndef __SAM_HEADER_H__
   2 #define __SAM_HEADER_H__
   3
   4 #ifdef __cplusplus
   5 extern "C" {
   6 #endif
   7
   8         void *sam_header_parse2(const char *headerText);
   9         void *sam_header_merge(int n, const void **dicts);
  10         void sam_header_free(void *header);
  11         char *sam_header_write(const void *headerDict);   // returns a newly allocated string
  12
  13     /*
  14         // Usage example
  15         const char *key, *val;
  16         void *iter = sam_header_parse2(bam->header->text);
  17         while ( iter = sam_header_key_val(iter, "RG","ID","SM" &key,&val) ) printf("%s\t%s\n", key,val);
  18     */
  19     void *sam_header2key_val(void *iter, const char type[2], const char key_tag[2], const char value_tag[2], const char **key, const char **value);
  20         char **sam_header2list(const void *_dict, char type[2], char key_tag[2], int *_n);
  21
  22     /*
  23         // Usage example
  24         int i, j, n;
  25         const char *tags[] = {"SN","LN","UR","M5",NULL};
  26         void *dict = sam_header_parse2(bam->header->text);
  27         char **tbl = sam_header2tbl_n(h->dict, "SQ", tags, &n);
  28         for (i=0; i<n; i++)
  29         {
  30             for (j=0; j<4; j++)
  31                 if ( tbl[4*i+j] ) printf("\t%s", tbl[4*i+j]);
  32                 else printf("-");
  33             printf("\n");
  34         }
  35         if (tbl) free(tbl);
  36      */
  37     char **sam_header2tbl_n(const void *dict, const char type[2], const char *tags[], int *n);
  38
  39         void *sam_header2tbl(const void *dict, char type[2], char key_tag[2], char value_tag[2]);
  40         const char *sam_tbl_get(void *h, const char *key);
  41         int sam_tbl_size(void *h);
  42         void sam_tbl_destroy(void *h);
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 }
  46 #endif
  47
  48 #endif