bam_tview_curses.c

   1 #include "bam_tview_curses.h"
   2
   3
   4
   5
   6 static void curses_tv_destroy(tview_t* base)
   7         {
   8         curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
   9
  10
  11         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
  12         endwin();
  13
  14         base_tv_destroy(base);
  15
  16         free(tv);
  17         }
  18
  19 curses_tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
  20         {
  21         curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
  22         tview_t* base=(tview_t*)tv;
  23         if(tv==0)
  24                 {
  25                 fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
  26                 return 0;
  27                 }
  28
  29         base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
  30         /* initialize callbacks */
  31         base->destroy=curses_tv_destroy;
  32
  33         initscr();
  34         keypad(stdscr, TRUE);
  35         clear();
  36         noecho();
  37         cbreak();
  38
  39         getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
  40         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
  41         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
  42
  43         start_color();
  44         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
  45         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
  46         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
  47         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
  48         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
  49         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
  50         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
  51         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
  52         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
  53         return tv;
  54         }
  55
  56
  57 static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
  58         {
  59         char str[256], *p;
  60         int i, l = 0;
  61         tview_t *base=(tview_t*)tv;
  62         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
  63         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
  64         for (;;) {
  65                 int c = wgetch(tv->wgoto);
  66                 wrefresh(tv->wgoto);
  67                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
  68                         if(l > 0) --l;
  69                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
  70                         int _tid = -1, _beg, _end;
  71                         if (str[0] == '=') {
  72                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
  73                                 if (_beg > 0) {
  74                                         *pos = _beg;
  75                                         return;
  76                                 }
  77                         } else {
  78                                 bam_parse_region(base->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
  79                                 if (_tid >= 0) {
  80                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
  81                                         return;
  82                                 }
  83                         }
  84                 } else if (isgraph(c)) {
  85                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
  86                 } else if (c == '\027') l = 0;
  87                 else if (c == '\033') return;
  88                 str[l] = '\0';
  89                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
  90                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
  91         }
  92 }
  93
  94
  95
  96
  97 static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
  98         int r = 1;
  99         tview_t* base=(tview_t*)base;
 100         WINDOW *win = tv->whelp;
 101         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 102         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 103         r++;
 104         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 105         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 106         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 107         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 108         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 109         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 110         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 111         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 112         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 113         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 114         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 115         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 116         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 117         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 118         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 119         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 120         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 121         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 122         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 123         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 124         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 125         r++;
 126         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 127         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 128         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 129         wrefresh(win);
 130         wgetch(win);
 131 }
 132
 133 void tv_loop(curses_tview_t *CTV)
 134 {
 135         int tid, pos;
 136         tview_t* tv=(tview_t*)CTV;
 137         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 138         while (1) {
 139                 int c = getch();
 140                 switch (c) {
 141                         case '?': tv_win_help(CTV); break;
 142                         case '\033':
 143                         case 'q': goto end_loop;
 144                         case '/':
 145                         case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
 146                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 147                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 148                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 149                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 150                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 151                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 152                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 153                         case KEY_LEFT:
 154                         case 'h': --pos; break;
 155                         case KEY_RIGHT:
 156                         case 'l': ++pos; break;
 157                         case KEY_SLEFT:
 158                         case 'H': pos -= 20; break;
 159                         case KEY_SRIGHT:
 160                         case 'L': pos += 20; break;
 161                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 162                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 163                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 164                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 165                         case '\010': pos -= 1000; break;
 166                         case '\014': pos += 1000; break;
 167                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 168                         case KEY_UP:
 169                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 170                         case KEY_DOWN:
 171                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 172                         case KEY_BACKSPACE:
 173                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 174                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 175                         default: continue;
 176                 }
 177                 if (pos < 0) pos = 0;
 178                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 179                 tv_draw_aln(tv, tid, pos);
 180         }
 181 end_loop:
 182         return;
 183 }
 184
 185 void error(const char *format, ...)
 186 {
 187     if ( !format )
 188     {
 189         fprintf(stderr, "\n");
 190         fprintf(stderr, "Usage: bamtk tview [options] <aln.bam> [ref.fasta]\n");
 191         fprintf(stderr, "Options:\n");
 192         fprintf(stderr, "   -p chr:pos      go directly to this position\n");
 193         fprintf(stderr, "   -s STR          display only reads from this sample or grou\n");
 194         fprintf(stderr, "\n\n");
 195     }
 196     else
 197     {
 198         va_list ap;
 199         va_start(ap, format);
 200         vfprintf(stderr, format, ap);
 201         va_end(ap);
 202     }
 203     exit(-1);
 204 }
 205
 206
 207 int bam_tview_main(int argc, char *argv[])
 208 {
 209         curses_tview_t *CTV;
 210         tview_t* tv=NULL;
 211     char *samples=NULL, *position=NULL;
 212     int c;
 213     while ((c = getopt(argc, argv, "s:p:")) >= 0) {
 214         switch (c) {
 215             case 's': samples=optarg; break;
 216             case 'p': position=optarg; break;
 217             default: error(NULL);
 218         }
 219     }
 220         if (argc==optind) error(NULL);
 221         CTV = curses_tv_init(argv[optind], (optind+1>=argc)? 0 : argv[optind+1], samples);
 222         tv=(tview_t*)CTV;
 223     if ( position )
 224     {
 225         int _tid = -1, _beg, _end;
 226         bam_parse_region(tv->header, position, &_tid, &_beg, &_end);
 227         if (_tid >= 0) { tv->curr_tid = _tid; tv->left_pos = _beg; }
 228     }
 229         tv_draw_aln(tv, tv->curr_tid, tv->left_pos);
 230         tv_loop(CTV);
 231         tv->destroy(tv);
 232         free(tv);
 233         return 0;
 234 }