]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
d54c0b83e0b655cc714bd7c68deab437669e2ea2
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 #+OPTIONS: auto-id:f
3
4 * General Notes
5
6 ** Delight
7 To look up options for symbols for delight, check out https://en.wikipedia.org/wiki/Emoji#Unicode_blocks
8
9 * Load debugger
10
11 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
12 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
13
14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
15 (setq debug-on-event 'siguser2)
16 #+END_SRC
17 * Paths
18 ** Update PATH
19 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
20 (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
21 (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
22 #+END_SRC
23 ** Add library paths
24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
25 (let ((default-directory "~/lib/emacs_el/"))
26   (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
27 ;; (eval-and-compile
28 ;;   (let ((default-directory "~/var/emacs/elpa"))
29 ;;     (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
30 ;; )
31 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el")
32 (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
33
34 #+END_SRC
35 * Initial startup stuff
36 ** Disable startup screen
37 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
38 (setq inhibit-startup-screen t)
39 #+END_SRC
40 ** Disable cluter
41 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
42 ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
43 (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
44 (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
45 #+END_SRC
46 ** Fullscreen
47 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
48 (setq frame-resize-pixelwise t)
49 (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
50 #+END_SRC
51 * Package management
52 ** Bootstrap straight.el
53 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
54 (defvar bootstrap-version)
55 (setq straight-base-dir '"~/var/emacs/")
56 (let ((bootstrap-file
57        (expand-file-name "straight/repos/straight.el/bootstrap.el" straight-base-dir))
58       (bootstrap-version 6))
59   (unless (file-exists-p bootstrap-file)
60     (with-current-buffer
61         (url-retrieve-synchronously
62          "https://raw.githubusercontent.com/radian-software/straight.el/develop/install.el"
63          'silent 'inhibit-cookies)
64       (goto-char (point-max))
65       (eval-print-last-sexp)))
66   (load bootstrap-file nil 'nomessage))
67 #+END_SRC
68 ** package repositories and package manager
69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
70 (straight-use-package 'use-package)
71 (setq straight-use-package-by-default t)
72 (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file)))
73 (require 'gnutls)
74 (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
75 #+END_SRC
76 ** Paradox
77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
78 (use-package paradox
79   ;:ensure paradox
80   :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
81   :config
82   (setq paradox-execute-asynchronously t)
83   (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
84   )
85 #+END_SRC
86 * Disable custom-vars
87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
88 ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
89 (setq custom-file "/dev/null")
90 #+END_SRC
91 * Misc functions
92 ** with-library
93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
95 ;; execute conditional code when loading libraries
96 ; (defmacro with-library (symbol &rest body)
97 ;   `(when (require ,symbol nil t)
98 ;     ,@body))
99 ; (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
100 #+END_SRC
101
102 * Variables
103 ** Safe Local Variables
104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
105 (setq safe-local-variable-values
106       (quote ((auto-save-default)
107               (make-backup-files)
108               (cperl-indent-level . 4)
109               (indent-level . 4)
110               (indent-tabs-mode . f)
111               (vcl-indent-level . 4)
112               )))
113 #+END_SRC
114 * Memory
115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
116 (setq global-mark-ring-max 128
117       mark-ring-max 128
118       kill-ring-max 128)
119
120 (defun don/minibuffer-setup-hook ()
121   (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
122
123 (defun don/minibuffer-exit-hook ()
124   (setq gc-cons-threshold 1048576))
125
126 (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
127 (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
128 #+END_SRC
129 * Modules
130 ** Tree sitter
131 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
132 (use-package tree-sitter
133   :defer t
134   :config
135   (global-tree-sitter-mode)
136   )
137 (use-package tree-sitter-langs
138   :ensure t
139   :defer 1
140   :after tree-sitter
141 ;   :config
142 ;   (defun dla/python-function-at-point ()
143 ;     "Return a list of function arguments
144
145 ; Borrowed from https://xenodium.com/emacs-generate-a-swift-initializer/
146 ; "
147 ;   (interactive)
148 ;   (cl-assert (seq-contains-p local-minor-modes 'tree-sitter-mode) "tree-sitter-mode not enabled")
149 ;   (let* ((node (tree-sitter-node-at-point 'function_definition)
150 ;                )
151 ;          (args)
152 ;          (arg)
153 ;          (ret))
154 ;     (unless node
155 ;       (error "Not in function"))
156 ;     (mapc
157 ;      (lambda (item)
158 ;        (cond ((eq 'func_name
159 ;                   (car item))
160 ;               ; (when arg
161 ;               ;   (setq args (append args (list arg)))
162 ;               ;   )
163 ;               (setq arg (list (cons 'function (tsc-node-text
164 ;                                            (cdr item))))))
165 ;              ((eq 'ident
166 ;                   (car item))
167 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident (tsc-node-text
168 ;                                                (cdr item)))))
169 ;              ((eq 'ident_type
170 ;                   (car item))
171 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident_type (tsc-node-text
172 ;                                                (cdr item)))))
173 ;              ((eq 'ret_type
174 ;                   (car item))
175 ;               (setq arg (map-insert arg 'ret_type (tsc-node-text
176 ;                                                (cdr item)))))
177 ;              ))
178 ;      (tsc-query-captures
179 ;       (tsc-make-query tree-sitter-language
180 ;                       "(function_definition (identifier) @func_name (parameters [(identifier) @ident (typed_parameter (identifier) @ident (type) @ident_type)]) (type)? @ret_type)")
181 ;       (tree-sitter-node-at-point 'function_definition) nil))
182 ;     (when arg
183 ;       (setq args (append args (list arg))))
184 ;     args))
185
186 )
187 #+END_SRC
188 ** Spacemacs theme
189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
190 (use-package spacemacs-theme
191   :config
192   (load-theme 'spacemacs-dark t)
193   )
194 #+END_SRC
195 ** Hippie Expand
196 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
197 (use-package hippie-exp
198   :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
199   )
200 #+END_SRC
201 ** Flyspell 🐝 
202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
203 (use-package flyspell
204   ; :delight flyspell-mode 🐝
205   :config
206   (setq flyspell-mode-line-string " 🐝")
207   (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
208   (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
209   (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
210   (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
211   :init
212   (setq ispell-program-name "ispell")
213   )
214 #+END_SRC
215
216 ** Flycheck
217 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
218 (use-package flycheck
219   :delight 🦋
220   :if (version<= "24.4" emacs-version)
221   :commands flycheck-mode
222   :hook ((prog-mode . flycheck-mode)
223          )
224 )
225 ;; Other pkgs
226 (use-package flycheck-tip
227   :commands 'flycheck-tip-cycle
228   :after flycheck
229   :bind (:map flycheck-mode-map
230               ("C-c C-n" . flycheck-tip-cycle)))
231
232 (use-package flycheck-package)
233
234 (use-package flycheck-checkpatch
235   :config (flycheck-checkpatch-setup)
236   :config (setq flycheck-checkers (delete 'checkpatch
237   flycheck-checkers))
238   :config (add-to-list 'flycheck-checkers 'checkpatch t))
239 #+end_src  
240
241 ** Flymake
242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
243   (use-package flymake
244     :delight "Φ")
245 #+END_SRC
246
247 ** Winnermode
248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
249   (winner-mode 1)
250 #+END_SRC
251 ** Eyebrowse
252
253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
254   (use-package eyebrowse
255     :ensure t
256     :delight eyebrowse-mode
257     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
258     :config (progn
259               (setq eyebrowse-wrap-around t)
260               (eyebrowse-mode t)
261
262               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
263                 (interactive)
264                 (let ((done nil))
265                   (dotimes (i 10)
266                     ;; start at 1 run till 0
267                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
268                       (when (and (not done)
269                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
270                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
271                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
272                         (setq done t)
273                         ))
274                     )))
275
276               ;; I don't use latex-preview-pane
277               ;; (require 'latex-preview-pane)
278               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
279               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
280               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
281               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
282               ;;   ;; edit the TeX file.
283               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
284               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
285
286               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
287               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
288
289               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
290               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
291               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
292               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
293               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
294               )
295     )
296 #+END_SRC
297
298 ** Window handling
299
300 *** Splitting
301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
302   (defun my/vsplit-last-buffer ()
303     "Split the window vertically and display the previous buffer."
304     (interactive)
305     (split-window-vertically)
306     (other-window 1 nil)
307     (switch-to-next-buffer))
308
309   (defun my/hsplit-last-buffer ()
310     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
311     (interactive)
312     (split-window-horizontally)
313     (other-window 1 nil)
314     (switch-to-next-buffer))
315
316   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
317   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
318
319   (setq split-width-threshold  100)
320   (setq split-height-threshold 60)
321
322   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
323     "If there's only one window (excluding any possibly active
324            minibuffer), then split the current window horizontally."
325     (if (and (one-window-p t)
326              (not (active-minibuffer-window))
327              ( < (frame-width) (frame-height))
328              )
329         (let ((split-width-threshold nil))
330           (split-window-sensibly window))
331       (split-window-sensibly window)))
332
333   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
334   (setq window-combination-resize t)
335 #+END_SRC
336
337 *** Compilation window
338
339 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
340 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
341 the former case, if there was no error the window closes
342 automatically.
343
344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
345   (add-to-list 'display-buffer-alist
346                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
347                  (display-buffer-reuse-window
348                   display-buffer-in-side-window)
349                  (reusable-frames . visible)
350                  (side            . bottom)
351                  (window-height   . 0.4)))
352 #+END_SRC
353
354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
355   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
356     ;; If M-x compile exists with a 0
357     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
358       ;; and delete the *compilation* window
359       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
360         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
361                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
362                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
363           (delete-window compilation-window))))
364     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
365     (cons msg code))
366
367   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
368   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
369 #+END_SRC
370
371 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
372 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
373 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
374 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
375 value, scrolling continues until there is no more output.
376
377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
378   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
379 #+END_SRC
380
381 ** Mode line cleaning
382 *** Delight 
383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
384 (use-package delight
385   :demand t)
386 #+END_SRC
387
388 ** Jumping
389 *** Avy
390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
391   (use-package avy
392     :if (>= emacs-major-version 25)
393     :ensure t
394     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
395            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
396            ("M-g g" . avy-goto-line))
397     :config (progn (setq avy-background t))
398     )
399 #+END_SRC
400 *** Ace-link (jumping to links)
401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
402   (use-package ace-link
403     :ensure t
404     ; bind o in most modes
405     :config (ace-link-setup-default))
406 #+END_SRC
407 *** Jumping through edit points (goto-chg)
408 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
409   (use-package goto-chg
410     :ensure t
411     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
412            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
413     )
414 #+END_SRC
415 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
417   (use-package bm
418     :ensure t
419     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
420            ("C-c j b ," . bm-previous)
421            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
422 #+END_SRC
423
424 ** Snippets
425 *** Yasnippet
426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
427 (use-package yasnippet
428   :ensure t
429   :delight yas-minor-mode
430   :config (progn
431             (yas-global-mode)
432             (setq yas-verbosity 1)
433             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
434             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
435             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
436             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
437                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
438             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
439                              'yas-hippie-try-expand)
440             (yas-reload-all)
441             )
442   )
443 #+END_SRC
444 *** Auto-YASnippet
445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
446 (use-package auto-yasnippet
447   :ensure t
448   :bind (("H-w" . aya-create)
449          ("H-y" . aya-expand)
450          )
451   )
452 #+END_SRC
453 ** Treemacs: Tree file viewer
454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
455 ;; Provides workspaces with file browsing (tree file viewer)
456 ;; and project management when coupled with `projectile`.
457
458 ; (use-package treemacs
459 ;   :ensure t
460 ;   :defer t
461 ;   :config
462 ;   (setq treemacs-no-png-images t
463 ;         treemacs-width 24)
464 ;   :bind ("C-c t" . treemacs))
465 #+END_SRC
466 ** LSP mode
467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
468 (use-package lsp-mode
469   :defer t
470   :commands (lsp lsp-deferred)
471   :init (setq lsp-keymap-prefix "C-c l")
472   (defun my/orderless-dispatch-flex-first (_pattern index _total)
473     (and (eq index 0) 'orderless-flex))
474
475   (defun my/lsp-mode-setup-completion ()
476     (setf (alist-get 'styles (alist-get 'lsp-capf completion-category-defaults))
477           '(orderless)))
478
479   ;; Optionally configure the first word as flex filtered.
480   (add-hook 'orderless-style-dispatchers #'my/orderless-dispatch-flex-first nil 'local)
481
482   ;; Optionally configure the cape-capf-buster.
483   ; (setq-local completion-at-point-functions (list (cape-capf-buster #'lsp-completion-at-point)))
484
485   :hook (python-mode . lsp-deferred)
486         (cperl-mode . lsp-deferred)
487   (lsp-completion-mode . my/lsp-mode-setup-completion)
488   :custom
489   (lsp-completion-provider :none) ;; we use Corfu!
490   :config
491    (add-to-list 'lsp-file-watch-ignored-directories "[/\\\\]venv\\'")
492 )
493 #+END_SRC
494 ** LSP mode
495 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
496 ;; provides visual help in the buffer 
497 ;; for example definitions on hover. 
498 ;; the `imenu` lets me browse definitions quickly.
499 (use-package lsp-ui
500   :defer t
501   :after lsp-mode
502   :config
503   (setq lsp-ui-sideline-enable t
504             lsp-ui-doc-delay 2)
505   :hook (lsp-mode . lsp-ui-mode)
506   :bind (:map lsp-ui-mode-map
507               ("C-c i" . lsp-ui-imenu)))
508 #+END_SRC
509 *** LSP Pyright -- Python language server
510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
511 ;; language server for python 
512 ;; read the docs for the different variables set in the config.
513 (use-package lsp-pyright
514   :defer t
515   :config
516   (setq lsp-clients-python-library-directories '("/usr/"))
517   (setq lsp-pyright-disable-language-service nil
518         lsp-pyright-disable-organize-imports nil
519         lsp-pyright-auto-import-completions t
520         lsp-pyright-use-library-code-for-types t
521         lsp-pyright-venv-path "venv")
522   :hook ((python-mode . (lambda () 
523                           (require 'lsp-pyright) (lsp-deferred)))))
524 #+END_SRC
525 ** Corfu
526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
527 (use-package corfu
528   ;; Optional customizations
529   :custom
530   (corfu-cycle t)                ;; Enable cycling for `corfu-next/previous'
531   (corfu-auto t)                 ;; Enable auto completion
532   (corfu-separator ?\s)          ;; Orderless field separator
533   (corfu-quit-at-boundary t)
534   (corfu-quit-no-match 'separator)
535   (corfu-preview-current nil)    ;; Disable current candidate preview
536   (corfu-preselect 'prompt)      ;; Preselect the prompt
537   (corfu-on-exact-match nil)     ;; Configure handling of exact matches
538   (corfu-scroll-margin 5)        ;; Use scroll margin
539
540   :bind (
541          :map corfu-map
542               ("M-m" . corfu-move-to-minibuffer)
543               )
544   :init
545   (global-corfu-mode)
546   (setq completion-cycle-threshold 3)
547   (setq tab-always-indent 'complete)
548   :config
549   (defun corfu-move-to-minibuffer ()
550     (interactive)
551     (when completion-in-region--data
552       (let ((completion-extra-properties corfu--extra)
553             completion-cycle-threshold completion-cycling)
554         (apply #'consult-completion-in-region completion-in-region--data))))
555   (add-to-list 'corfu-continue-commands #'corfu-move-to-minibuffer)
556   )
557 #+END_SRC
558 ** Dabbrv
559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
560 (use-package dabbrev
561   :ensure t
562   ;; Swap M-/ and C-M-/
563   :bind (("M-/" . dabbrev-completion)
564          ("C-M-/" . dabbrev-expand))
565   ;; Other useful Dabbrev configurations.
566   :custom
567   (dabbrev-ignored-buffer-regexps '("\\.\\(?:pdf\\|jpe?g\\|png\\)\\'")))
568 #+END_SRC
569 ** Tinyprocmail
570
571 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
572 ;; load tinyprocmail
573 (use-package tinyprocmail
574   :straight (tinytools :type git :type git :host github :repo "jaalto/project--emacs-tiny-tools")
575   ; :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
576   :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
577   )
578 #+END_SRC
579
580 ** Magit
581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
582 (use-package magit
583   :defer t
584   :bind (("C-x g" . magit-status)
585          ("C-x C-g" . magit-status))
586   :config
587   ;; refine diffs always (hilight words)
588   (setq magit-diff-refine-hunk nil)
589   )
590 (use-package magit-annex
591   :defer t
592   :after magit
593   )
594 (use-package magit-vcsh
595   :defer t
596   :after magit
597   )
598 #+END_SRC
599
600 *** Forge (github/gitlab)
601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
602 (use-package forge
603   :defer t
604   :after magit
605   )
606 #+END_SRC
607
608 ** Perl
609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
610 (use-package cperl-mode
611   :mode ("\\.pl'" . cperl-mode)
612   ("\\.perl5\\'" . cperl-mode)
613   ("\\.perl\\'" . cperl-mode)
614   ("\\.miniperl\\'" . cperl-mode)
615   ("\\.\\([Pp][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode)
616     ;; use c-mode for perl .xs files
617   ("\\.xs\\'" . c-mode)
618   :config
619        (setq cperl-hairy t
620           cperl-indent-level 4
621           cperl-auto-newline nil
622           cperl-auto-newline-after-colon nil
623           cperl-continued-statement-offset 4
624           cperl-brace-offset -1
625           cperl-continued-brace-offset 0
626           cperl-label-offset -4
627           cperl-highlight-variables-indiscriminately t
628           cperl-electric-lbrace-space nil
629           cperl-indent-parens-as-block nil
630           cperl-close-paren-offset -1
631           cperl-tab-always-indent t)
632     (setq cperl-lazy-help-time nil)
633     ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
634 )
635 #+END_SRC
636
637 ** Markdown mode
638 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
639 (use-package markdown-mode
640   :defer t
641   :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
642          ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
643          ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
644          )
645   :config
646   (setq markdown-enable-math t)
647   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
648   (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
649   (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
650   (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
651   (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
652 )
653
654 #+END_SRC
655 ** SQL mode
656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
657 ; load sql-indent when sql is loaded
658 (use-package sql-indent
659   :after sql
660   :hook sql-mode
661   )
662 (use-package sql
663   :commands (sql-mode)
664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
665   )
666 #+END_SRC
667 ** Ediff
668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
669 (use-package ediff
670   :commands ediff ediff3
671   :config
672   ;; ediff configuration
673   ;; don't use the multi-window configuration
674   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
675 )
676 #+END_SRC
677 ** Do the Right Thing Indenting
678 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
679 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
680 (use-package dtrt-indent
681 )  
682 #+END_SRC
683 ** VCL --editing varnish configuration files
684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
685 (use-package vcl-mode
686   :mode "\\.vcl\\'"
687   )
688 #+END_SRC
689 ** Vertico
690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
691 (use-package vertico
692   :demand t
693   :config
694   (vertico-mode)
695   ; (define-key vertico-map "\r" #'vertico-directory-enter)
696   ; (define-key vertico-map "\d" #'vertico-directory-delete-char)
697   ; (define-key vertico-map "\M-\d" #'vertico-directory-delete-word)
698   ; (add-hook 'rfn-eshadow-update-overlay-hook #'vertico-directory-tidy)
699
700   ;; Different scroll margin
701   ;; (setq vertico-scroll-margin 0)
702
703   ;; Show more candidates
704   ;; (setq vertico-count 20)
705
706   ;; Grow and shrink the Vertico minibuffer
707   ;; (setq vertico-resize t)
708
709   ;; Optionally enable cycling for `vertico-next' and `vertico-previous'.
710   ;; (setq vertico-cycle t)
711   :custom
712   (vertico-grid-separator "       ")
713   (vertico-grid-lookahead 50)
714 )
715 (use-package vertico-multiform
716   :straight nil
717   :load-path "~/var/emacs/straight/build/vertico/extensions/"
718   :after vertico
719   :config
720   (setq vertico-multiform-categories
721      '((file reverse)
722        (consult-grep buffer)
723        (consult-location)
724        (imenu buffer)
725        (library reverse indexed)
726        (org-roam-node reverse indexed)
727        ; (t reverse)
728        )
729      )
730   (setq vertico-multiform-commands
731         '(("flyspell-correct-*" grid reverse)
732           (org-refile grid reverse indexed)
733           (consult-yank-pop indexed)
734           (consult-flycheck)
735           (consult-lsp-diagnostics)
736           )
737         )
738   (vertico-multiform-mode)
739   )
740
741 (use-package vertico-grid
742   :straight nil
743   :after vertico
744   )
745 (use-package vertico-reverse
746   :straight nil
747   :after vertico
748   )
749 (use-package vertico-indexed
750   :straight nil
751   :after vertico
752   )
753 (use-package vertico-buffer
754   :straight nil
755   :after vertico
756   )
757
758
759 ;; Persist history over Emacs restarts. Vertico sorts by history position.
760 (use-package savehist
761   :demand t
762   :config
763   (savehist-mode))
764
765 #+END_SRC
766 ** Orderless: advanced completion style
767 #+begin_src emacs-lisp
768 (use-package orderless
769   :init
770   ;; Configure a custom style dispatcher (see the Consult wiki)
771   ;; (setq orderless-style-dispatchers '(+orderless-dispatch)
772   ;;       orderless-component-separator #'orderless-escapable-split-on-space)
773   (setq completion-styles '(orderless basic)
774         completion-category-defaults nil
775         completion-category-overrides '((file (styles partial-completion)))))
776 #+end_src
777 ** Marginalia: Rich annotations in the minibuffer
778 #+begin_src emacs-lisp
779 (use-package marginalia
780   :demand t
781   :bind (:map minibuffer-local-map
782          ("M-A" . marginalia-cycle))
783   :config
784   (marginalia-mode)
785   )
786 #+end_src
787 ** Embark: Minibuffer actions and context menu
788 #+begin_src emacs-lisp
789 (use-package embark
790   :bind
791   (("C-." . embark-act)         ;; pick some comfortable binding
792    ("C-;" . embark-dwim)        ;; good alternative: M-.
793    ("C-h B" . embark-bindings)) ;; alternative for `describe-bindings'
794
795   :init
796
797   ;; Optionally replace the key help with a completing-read interface
798   (setq prefix-help-command #'embark-prefix-help-command)
799
800   :config
801
802   ;; Hide the mode line of the Embark live/completions buffers
803   (add-to-list 'display-buffer-alist
804                '("\\`\\*Embark Collect \\(Live\\|Completions\\)\\*"
805                  nil
806                  (window-parameters (mode-line-format . none)))))
807
808 (use-package embark-consult
809   :hook
810   (embark-collect-mode . consult-preview-at-point-mode))
811 #+end_src
812 ** which-key (show possible completions of a key combination)
813 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
814 (use-package which-key
815   :demand t
816   )
817 #+END_SRC
818 ** Consult
819 #+begin_src emacs-lisp
820 (use-package consult
821   ;; Replace bindings. Lazily loaded due by `use-package'.
822   :bind (;; C-c bindings in `mode-specific-map'
823          ("C-c M-x" . consult-mode-command)
824          ("C-c h" . consult-history)
825          ("C-c k" . consult-kmacro)
826          ("C-c m" . consult-man)
827          ("C-c i" . consult-info)
828          ([remap Info-search] . consult-info)
829          ;; C-x bindings in `ctl-x-map'
830          ("C-x M-:" . consult-complex-command)     ;; orig. repeat-complex-command
831          ("C-x b" . consult-buffer)                ;; orig. switch-to-buffer
832          ("C-x 4 b" . consult-buffer-other-window) ;; orig. switch-to-buffer-other-window
833          ("C-x 5 b" . consult-buffer-other-frame)  ;; orig. switch-to-buffer-other-frame
834          ("C-x r b" . consult-bookmark)            ;; orig. bookmark-jump
835          ("C-x p b" . consult-project-buffer)      ;; orig. project-switch-to-buffer
836          ;; Custom M-# bindings for fast register access
837          ("M-#" . consult-register-load)
838          ("M-'" . consult-register-store)          ;; orig. abbrev-prefix-mark (unrelated)
839          ("C-M-#" . consult-register)
840          ;; Other custom bindings
841          ("M-y" . consult-yank-pop)                ;; orig. yank-pop
842          ;; M-g bindings in `goto-map'
843          ("M-g e" . consult-compile-error)
844          ("M-g f" . consult-flymake)               ;; Alternative: consult-flycheck
845          ("M-g g" . consult-goto-line)             ;; orig. goto-line
846          ("M-g M-g" . consult-goto-line)           ;; orig. goto-line
847          ("M-g o" . consult-outline)               ;; Alternative: consult-org-heading
848          ("M-g m" . consult-mark)
849          ("M-g k" . consult-global-mark)
850          ("M-g i" . consult-imenu)
851          ("M-g I" . consult-imenu-multi)
852          ;; M-s bindings in `search-map'
853          ("M-s d" . consult-find)
854          ("M-s D" . consult-locate)
855          ("M-s g" . consult-grep)
856          ("M-s G" . consult-git-grep)
857          ("M-s r" . consult-ripgrep)
858          ("M-s l" . consult-line)
859          ("M-s L" . consult-line-multi)
860          ("M-s k" . consult-keep-lines)
861          ("M-s u" . consult-focus-lines)
862          ;; Isearch integration
863          ("M-s e" . consult-isearch-history)
864          :map isearch-mode-map
865          ("M-e" . consult-isearch-history)         ;; orig. isearch-edit-string
866          ("M-s e" . consult-isearch-history)       ;; orig. isearch-edit-string
867          ("M-s l" . consult-line)                  ;; needed by consult-line to detect isearch
868          ("M-s L" . consult-line-multi)            ;; needed by consult-line to detect isearch
869          ;; Minibuffer history
870          :map minibuffer-local-map
871          ("M-s" . consult-history)                 ;; orig. next-matching-history-element
872          ("M-r" . consult-history))                ;; orig. previous-matching-history-element
873
874   ;; Enable automatic preview at point in the *Completions* buffer. This is
875   ;; relevant when you use the default completion UI.
876   :hook (completion-list-mode . consult-preview-at-point-mode)
877
878   :commands (consult-xref)
879
880   ;; The :init configuration is always executed (Not lazy)
881   :init
882
883   ;; Optionally configure the register formatting. This improves the register
884   ;; preview for `consult-register', `consult-register-load',
885   ;; `consult-register-store' and the Emacs built-ins.
886   (setq register-preview-delay 0.5
887         register-preview-function #'consult-register-format)
888
889   ;; Optionally tweak the register preview window.
890   ;; This adds thin lines, sorting and hides the mode line of the window.
891   (advice-add #'register-preview :override #'consult-register-window)
892
893   ;; Use Consult to select xref locations with preview
894   (setq xref-show-xrefs-function #'consult-xref
895         xref-show-definitions-function #'consult-xref)
896
897   ;; Configure other variables and modes in the :config section,
898   ;; after lazily loading the package.
899   :config
900   ;; Optionally configure preview. The default value
901   ;; is 'any, such that any key triggers the preview.
902   ;; (setq consult-preview-key 'any)
903   ;; (setq consult-preview-key "M-.")
904   ;; (setq consult-preview-key '("S-<down>" "S-<up>"))
905   ;; For some commands and buffer sources it is useful to configure the
906   ;; :preview-key on a per-command basis using the `consult-customize' macro.
907   (consult-customize
908    consult-theme :preview-key '(:debounce 0.2 any)
909    consult-ripgrep consult-git-grep consult-grep
910    consult-bookmark consult-recent-file consult-xref
911    consult--source-bookmark consult--source-file-register
912    consult--source-recent-file consult--source-project-recent-file
913    ;; :preview-key "M-."
914    :preview-key '(:debounce 0.4 any))
915
916   ;; Optionally configure the narrowing key.
917   ;; Both < and C-+ work reasonably well.
918   (setq consult-narrow-key "<") ;; "C-+"
919
920   ;; Optionally make narrowing help available in the minibuffer.
921   ;; You may want to use `embark-prefix-help-command' or which-key instead.
922   ;; (define-key consult-narrow-map (vconcat consult-narrow-key "?") #'consult-narrow-help)
923
924   ;; By default `consult-project-function' uses `project-root' from project.el.
925   ;; Optionally configure a different project root function.
926   ;;;; 1. project.el (the default)
927   ;; (setq consult-project-function #'consult--default-project--function)
928   ;;;; 2. vc.el (vc-root-dir)
929   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (vc-root-dir)))
930   ;;;; 3. locate-dominating-file
931   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (locate-dominating-file "." ".git")))
932   ;;;; 4. projectile.el (projectile-project-root)
933   ;; (autoload 'projectile-project-root "projectile")
934   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (projectile-project-root)))
935   ;;;; 5. No project support
936   ;; (setq consult-project-function nil)
937 )
938 #+end_src
939 ** Projectile -- Project management
940 #+begin_src emacs-lisp
941 (use-package projectile
942   :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
943          ("<f6>" . next-error))
944   :config (projectile-global-mode))
945 #+end_src
946
947 ** Zap to char
948 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
949 (use-package avy-zap
950   :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
951 #+END_SRC
952 ** Hydra
953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
954 (use-package hydra
955   :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
956          ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
957          ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
958          ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
959          )
960   :config
961   (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
962   "
963 _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
964 _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
965 _p_: read papers      _R_: paper notes
966 _h_: hpcbio
967 _q_: quit
968 _z_: quit
969 "
970   ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
971   ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
972   ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
973   ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
974   ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
975   ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
976   ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
977   ("r" (find-file my/org-refile-file))
978   ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
979   ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
980   ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
981   ("q" nil "quit")
982   ("z" nil "quit")
983   )
984
985   ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
986   (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
987   "
988 ^Hide^             ^Show^           ^Move
989 ^^^^^^------------------------------------------------------
990 _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
991 _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
992 _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
993 _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
994 _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
995 _d_: subtree
996
997 "
998   ;; Hide
999   ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1000   ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1001   ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1002   ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1003   ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1004   ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1005   ;; Show
1006   ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1007   ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1008   ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1009   ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1010   ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1011   ;; Move
1012   ("u" outline-up-heading)                ; Up
1013   ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1014   ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1015   ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1016   ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1017   ("z" nil "leave"))
1018 )
1019 #+END_SRC
1020
1021 ** Tramp
1022 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1023 (use-package tramp
1024   :demand t
1025   ; use the built in tramp
1026   :straight nil
1027   :config
1028   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1029   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1030                                 (tramp-login-program "vcsh")
1031                                 (tramp-login-args
1032                                  (("enter")
1033                                   ("%h")))
1034                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1035                                 (tramp-remote-shell-args
1036                                  ("-c")))))
1037 #+END_SRC
1038 ** Reftex
1039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1040 (use-package reftex
1041   :hook ((LaTeX-mode latex-mode) . reftex-mode)
1042   :config
1043   (setq-default reftex-default-bibliography
1044                   '("~/projects/research/references.bib"))
1045   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1046   )
1047 #+END_SRC
1048 ** BibTex
1049 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1050 (use-package bibtex
1051   :mode "\\.bib\\'"
1052   :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                 (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                         ("abstract" "")
1055                 ("pmid" "")
1056                 ("doi" ""))))
1057   )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062 (use-package tex
1063   :straight auctex
1064   :mode ("\\.tex\\'" . LaTeX-mode)
1065   :config
1066   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1068   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1069
1070   ;; support fake section headers
1071   (setq TeX-outline-extra
1072         '(("%chapter" 1)
1073           ("%section" 2)
1074           ("%subsection" 3)
1075           ("%subsubsection" 4)
1076           ("%paragraph" 5)))
1077   ;; add font locking to the headers
1078   (font-lock-add-keywords
1079    'latex-mode
1080    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1081       0 'font-lock-keyword-face t)
1082      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1083      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1084      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1085      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1086      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1087
1088   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1089   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1090   (setq TeX-open-quote "“")
1091   (setq TeX-close-quote "”")
1092
1093   ;; (TeX-add-style-hook
1094   ;;  "latex"
1095   ;;  (lambda ()
1096   ;;    (TeX-add-symbols
1097   ;;     '("DLA" 1))))
1098   ;; (custom-set-variables
1099   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
1100   ;;    '(("fixme" 
1101   ;;       ("DLA" "RZ")
1102   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1103   ;; ) 
1104   (setq-default TeX-parse-self t)
1105   (setq-default TeX-auto-save t)
1106   (setq-default TeX-master nil)
1107   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1108                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1109   (eval-after-load
1110       "latex"
1111     '(TeX-add-style-hook
1112       "cleveref"
1113       (lambda ()
1114         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1115             (add-to-list
1116              'reftex-ref-style-alist
1117              '("Cleveref" "cleveref"
1118                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1119         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1120         (TeX-add-symbols
1121          '("cref" TeX-arg-ref)
1122          '("Cref" TeX-arg-ref)
1123          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1124          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1125   (eval-after-load
1126       "latex"
1127     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1128                   '("Sexpr")))
1129   
1130   (setq font-latex-match-reference-keywords
1131         '(
1132           ("fref" "{")
1133           ("Fref" "{")
1134           ("citep" "{")
1135           ("citet" "{")
1136           ("acs" "{")
1137           ("acsp" "{")
1138           ("ac" "{")
1139           ("acp" "{")
1140           ("acl" "{")
1141           ("aclp" "{")
1142           ("acsu" "{")
1143           ("aclu" "{")
1144           ("acused" "{")
1145           ("DLA" "{")
1146           ("RZ" "{")
1147           ("OM" "{")
1148           ("DL" "{")
1149           ("fixme" "{"))
1150         )
1151   (setq font-latex-fontify-script nil)
1152   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1153   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1154 )
1155
1156 #+END_SRC
1157 ** ESS
1158 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1159 (use-package ess
1160   :commands R
1161   :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1162   :bind (:map ess-mode-map
1163               ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1164   :init
1165   (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1166   (autoload 'R "ess-site" nil t)
1167   :config
1168   ; actually load the rest of ess
1169   (require 'ess-site)
1170   (defun ess-change-directory (path)
1171     "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1172     (interactive "Directory to change to: ")
1173
1174     (when (file-exists-p path)
1175       (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1176       ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1177       (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1178   (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1179   ;; outlining support for ess modes
1180   (add-hook
1181    'ess-mode-hook
1182    '(lambda ()
1183       (outline-minor-mode)
1184       (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1185       (defun outline-level ()
1186         (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1187               ((looking-at "^#### ") 2)
1188               ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1189               (t 1000)))
1190       ))
1191   (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1192     "Evaluate region in a remote ESS instance"
1193     (interactive "r")
1194     (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1195     (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1196   ;; Don't restore history or save workspace image
1197   '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1198   )
1199 #+END_SRC
1200
1201 ** Rainbowmode
1202 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1203
1204 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1205 (use-package rainbow-mode
1206   :hook ((LaTeX-mode ess-mode python-mode cperl-mode) . rainbow-mode)
1207   :delight 🌈
1208   ;; add ess to the x major mode
1209   :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1210   (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1211 )
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** YAML Mode
1215 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1216 (use-package yaml-mode
1217   ;; add ess to the x major mode
1218   :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1219 )
1220 #+END_SRC
1221
1222 ** Polymode
1223 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1224 (use-package poly-noweb
1225   :after polymode
1226
1227   )
1228 (use-package poly-markdown
1229   :after polymode
1230   )
1231 (use-package poly-R
1232   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1233   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1234   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1235   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1236   )
1237 (use-package polymode
1238   :defer t
1239   )
1240
1241 #+END_SRC
1242
1243 ** Outlining
1244 *** outline minor mode
1245 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1246 (use-package outline
1247    :straight nil
1248    :delight
1249    :init
1250    (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1251    :config
1252    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
1253    (global-set-key "\M-o" cm-map)
1254    ; Outline-minor-mode key map
1255 ; HIDE
1256 (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1257 (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1258 (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
1259 (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1260 (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1261 (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1262 ; SHOW
1263 (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1264 (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1265 (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1266 (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1267 (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1268 ; MOVE
1269 (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
1270 (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
1271 (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1272 (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1273 (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1274
1275 )
1276 #+END_SRC
1277 *** outshine (outlining) integration
1278 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1279 ; (use-package outshine
1280 ;   :after outline
1281 ;   :hook (outline-minor-mode . outshine-mode)
1282 ; )
1283 #+END_SRC
1284 ** Writeroom Mode
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286 (use-package writeroom-mode
1287   :commands (writeroom-mode)
1288   :config
1289   (defun my/writing-mode ()
1290     "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1291     (interactive)
1292     (if writeroom-mode
1293         (progn
1294           (writeroom-mode -1)
1295           (visual-line-mode -1)
1296           (auto-fill-mode -1)
1297           (visual-fill-column-mode -1)
1298           )
1299       (visual-line-mode 1)
1300       (auto-fill-mode 1)
1301       (visual-fill-column-mode 1)
1302       (writeroom-mode 1))
1303     )
1304   )
1305 #+END_SRC
1306 ** GhostText/Atomic Chrome
1307 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1308 (use-package atomic-chrome
1309   :config
1310   (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1311   (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1312   )
1313 #+END_SRC
1314 ** Edit Server
1315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1316 (use-package edit-server
1317   :commands edit-server-start
1318   :init (if after-init-time
1319             (edit-server-start)
1320           (add-hook 'after-init-hook
1321                     #'(lambda() (edit-server-start))))
1322   :config (setq edit-server-new-frame-alist
1323                 '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1324                   (top . 200)
1325                   (left . 200)
1326                   (width . 80)
1327                   (height . 25)
1328                   (minibuffer . t)
1329                   (menu-bar-lines . t)
1330                   (window-system . x)))
1331   )
1332 #+END_SRC
1333 ** Multiple Cursors
1334 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1335 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1336 (use-package multiple-cursors
1337   :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1338           ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1339           ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1340           ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1341   )
1342 #+END_SRC
1343 ** Web Mode
1344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1345 (use-package web-mode
1346   :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1347   :config
1348   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1349   (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1350   (setq web-mode-engines-alist
1351         '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1352   )
1353 #+END_SRC
1354 ** Spamassassin Mode
1355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1356 (use-package spamassassin-mode
1357   :straight nil
1358   :load-path "~/lib/emacs_el"
1359   :commands spamassassin-mode
1360   )
1361 #+END_SRC
1362 ** Password Store
1363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1364 (use-package password-store
1365   :commands password-store-edit password-store-generate
1366   :config
1367   (defun dla/password-store-edit (entry)
1368     "Edit password for ENTRY which doesn't require it to already exist"
1369     (interactive (list (password-store--completing-read nil)))
1370     (password-store--run-edit entry))
1371   (advice-add 'password-store-edit :override #'dla/password-store-edit)
1372   )
1373 #+END_SRC
1374 ** CSS mode
1375 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1376 (use-package css
1377   :straight css-mode
1378   :mode "\\.css'"
1379   :config
1380   ;; fix up css mode to not be silly
1381   ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1382   (setq cssm-indent-level 4)
1383   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1384   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1385   (setq cssm-mirror-mode nil))
1386 #+END_SRC
1387 ** Abbrev Mode
1388 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1389 (use-package abbrev
1390   :straight nil
1391   :delight abbrev-mode
1392   :config
1393   ;; load abbreviations from 
1394   (setq abbrev-file-name       
1395         "~/.emacs_abbrev_def")
1396
1397   ;; read the abbrev file if it exists
1398   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1399       (quietly-read-abbrev-file))
1400
1401   ;; for now, use abbrev mode everywhere
1402   :init 
1403   (setq default-abbrev-mode t))
1404 #+END_SRC
1405
1406 ** Debugging (realgud)
1407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1408 (use-package realgud
1409   :commands (realgud:pdb realgud:gdb)
1410   )
1411 #+END_SRC
1412 ** Python Programming
1413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1414 (use-package python-mode
1415   :delight Py 🐍
1416   :hook
1417   (python-mode . pyvenv-mode)
1418   (python-mode . flycheck-mode)
1419   (python-mode . blacken-mode)
1420   (python-mode . yas-minor-mode)
1421   (python-mode . anaconda-mode)
1422   )
1423 (use-package pyvenv
1424   :delight
1425   :after python-mode
1426   )
1427 (use-package blacken
1428   :delight
1429   :after python-mode
1430   :commands (blacken-buffer)
1431   :config
1432   (setq-default blacken-fast-unsafe t)
1433 )
1434 #+END_SRC
1435 *** Black
1436 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1437 (use-package python-black
1438   :delight
1439   :commands (python-black-buffer python-black-statement)
1440   :after python)
1441 #+end_src
1442 *** Sphinx Documentation
1443 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1444 (use-package numpydoc
1445   :after python
1446   :bind (:map python-mode-map
1447               ("C-c C-n" . numpydoc-generate)))
1448 (use-package sphinx-doc
1449   :delight 🐈
1450   :config
1451   (setq sphinx-doc-include-types t)
1452   :after python
1453   :hook (python-mode . sphinx-doc-mode)
1454   )
1455 (use-package python-docstring
1456   :delight 
1457   :after python
1458   :hook (python-mode . python-docstring-mode)
1459   )
1460 #+end_src
1461 *** Anaconda Mode (Documentation lookup and completion)
1462 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1463 (use-package anaconda-mode
1464   :delight
1465   :after python
1466 )
1467 #+END_SRC
1468 ** Go language
1469 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1470 (use-package go-mode
1471              :delight "go"
1472              :mode "\\.go"
1473              )
1474 #+END_SRC
1475
1476 ** Expand region
1477 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1478 (use-package expand-region
1479   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1480   )
1481 #+END_SRC
1482
1483 ** Dockerfile
1484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1485 (use-package dockerfile-mode
1486   :mode "Dockerfile"
1487   )
1488 #+END_SRC
1489
1490 ** Beancount
1491 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1492 (use-package beancount
1493   :straight (beancount
1494              :type git
1495              :host github
1496              :repo "cnsunyour/beancount.el")
1497   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1498   :mode "\\.bean\\(?:count\\)?\\'"
1499   
1500   )
1501 #+END_SRC
1502 ** Apache
1503 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1504 (use-package apache-mode
1505   :delight 🪶
1506   :mode "apache\\.conf\\'"
1507   )
1508 #+END_SRC
1509 ** ELDoc
1510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1511 (use-package eldoc
1512   :delight
1513   :commands eldoc-mode
1514   :straight nil
1515   )
1516 #+END_SRC
1517
1518 * Email
1519 ** Mutt
1520 *** Message-mode
1521 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1522 (use-package message
1523   :straight nil
1524   :delight (message "✉")
1525   :delight (message-mode "✉")
1526   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1527   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1528   :hook 'my/message-mode-settings
1529   :hook 'turn-on-flyspell
1530   :bind (:map message-mode-map
1531       ("C-c C-a" . my/post-attach-file)
1532       ("C-x p" . my/message-kill-buffer)
1533       )
1534   :config
1535   (defun my/message-mode-settings ()
1536     (font-lock-add-keywords nil
1537                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1538                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1539               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1540                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1541     )
1542   (defun my/message-kill-buffer ()
1543     (interactive)
1544     (kill-buffer nil)
1545     )
1546   (defun my/post-attach-file ()
1547     "Prompt for an attachment."
1548     (interactive)
1549     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1550       (my/header-attach-file file "")))
1551
1552   (defun my/header-attach-file (file description)
1553     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1554   Argument DESCRIPTION MIME description."
1555     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1556     (when (> (length file) 0)
1557   (save-excursion
1558     (save-match-data
1559       (save-restriction
1560         (widen)
1561         (goto-char (point-min))
1562         (search-forward-regexp "^$")
1563         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1564                 description "\n"))
1565         (message (concat "Attached '" file "'."))
1566         (setq post-has-attachment t))))))
1567
1568   (setq mail-yank-prefix "> ")
1569   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1570 )
1571 #+END_SRC
1572 *** Muttrc mode
1573 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1574 (use-package mutt-mode
1575   :mode "muttngrc"
1576   :mode "muttrc"
1577 )
1578 #+END_SRC
1579 *** Set mail User agent
1580 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1581 (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1582 #+END_SRC
1583 *** Mail aliases
1584 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1585 ; (use-package
1586 ;   :straight t
1587 ;   :hook message
1588 ;   :config
1589 ;   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1590 ; )
1591 #+END_SRC
1592 * Base emacs
1593 ** Reverting buffers
1594 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1595 (use-package autorevert
1596   :delight auto-revert-mode
1597   :demand t
1598   :config
1599   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1600         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1601         auto-revert-verbose nil)
1602   (global-auto-revert-mode 1))
1603 #+END_SRC
1604 * Org Mode
1605 ** Use-package and load things
1606 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1607
1608 (use-package org
1609   :delight (org-mode "ø")
1610   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1611   :bind (("C-c l l" . org-store-link)
1612          ("C-c a"  . org-agenda)
1613          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1614 #+END_SRC
1615 ** Agenda Configuration
1616 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1617   :config
1618   (setq-default org-log-done 'time)
1619   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1620
1621   (setq org-agenda-sticky t)
1622   (defun dla/show-org-agenda ()
1623     (interactive)
1624     (let (agendabuffer
1625           '(delq nil 
1626                 (mapcar (lambda (x)
1627                           (and (string-match-p
1628                                 "\*Org Agenda.*\*"
1629                                 (buffer-name x))
1630                                x)
1631                           )
1632                         (buffer-list))))
1633       (if agendabuffer
1634           (switch-to-buffer
1635            (buffer-name agendabuffer))
1636         (org-agenda-list)))
1637       (delete-other-windows))
1638
1639   ;; agenda configuration
1640   ;; Do not dim blocked tasks
1641   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1642   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1643   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1644
1645   ;; Compact the block agenda view
1646   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1647
1648   ;; Custom agenda command definitions
1649   (setq org-agenda-custom-commands
1650         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1651                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1652                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1653                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1654                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1655                   (org-agenda-sorting-strategy
1656                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1657                 (" " "Agenda"
1658                  ((agenda "" nil)
1659                   (tags "REFILE"
1660                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1661                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1662                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1663                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1664                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1665                               (org-agenda-sorting-strategy
1666                                '(category-keep))))
1667                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1668                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1669                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1670                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1671                               (org-agenda-sorting-strategy
1672                                '(category-keep))))
1673                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1674                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1675                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1676                                                                         ""
1677                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1678                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1679                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1680                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1681                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1682                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1683                               (org-agenda-sorting-strategy
1684                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1685                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1686                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1687                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1688                                                                         ""
1689                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1690                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1691                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1692                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1693                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1694                               (org-agenda-sorting-strategy
1695                                '(category-keep))))
1696                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1697                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1698                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1699                                                                         ""
1700                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1701                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1702                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1703                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1704                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1705                               (org-agenda-sorting-strategy
1706                                '(category-keep))))
1707                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1708                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1709                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1710                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1711                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1712                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1713                   (tags "-REFILE/"
1714                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1715                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1716                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1717                  nil))))
1718
1719   ; org mode agenda files
1720   (setq org-agenda-files
1721         (append
1722         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1723         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1724         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1725         )
1726   )
1727   (setq my/org-refile-file
1728         (car (seq-filter
1729               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1730               org-agenda-files)))
1731
1732   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1733   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1734   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1735   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1736   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1737   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1738   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1739   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1740   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1741   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1742   ; (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1743   ;   (interactive "P")
1744   ;   (with-temp-buffer
1745   ;     (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1746   ;       (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1747   ;       (goto-char (point-max))
1748   ;       (newline))
1749   ;     (write-file "/tmp/timeline.org")
1750   ;     (org-agenda arg "L")))
1751   ; (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1752
1753 #+END_SRC
1754 ** General config
1755 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1756   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1757   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1758
1759   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1760   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1761 #+END_SRC
1762 ** Capture Templates
1763 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1764   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1765         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1766            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1767           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1768            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1769           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1770            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1771           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1772            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1773           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1774            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1775           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1776            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1777           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1778            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1779           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1780            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1781           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1782            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1783           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1784            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1785           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1786            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1787            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1788                                        "Jobs"
1789                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1790            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1791           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1792            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1793           )
1794         )
1795
1796   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1797   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1798     (interactive)
1799     (save-excursion
1800       (beginning-of-line 0)
1801       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1802
1803   (defun my/org-add-id ()
1804     (interactive)
1805     (save-excursion
1806       (if (org-current-level)
1807           ()
1808         (forward-char 1)
1809         )
1810       (org-id-get-create)
1811       )
1812   )
1813
1814 #+END_SRC
1815 ** Org mode key bindings
1816 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1817   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1818   ;; Custom Key Bindings
1819   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1820           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1821           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1822           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1823           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1824           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1825           ("<S-f5>" . bh/widen)
1826           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1827           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1828           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1829           ("<f9> b" . bbdb)
1830           ("<f9> c" . calendar)
1831           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1832           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1833           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1834           ("<f9> w" . widen)
1835
1836           ("<f9> r" . boxquote-region)
1837           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1838
1839           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1840           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1841
1842           ("<f9> v" . visible-mode)
1843           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1844           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1845           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1846           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1847           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1848           ("C-<f10>" . next-buffer)
1849           ("<f11>" . org-clock-goto)
1850           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1851           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1852           ("C-c c" . org-capture))
1853   :config
1854 #+END_SRC
1855 ** Utility Functions
1856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1857 (defun bh/hide-other ()
1858   (interactive)
1859   (save-excursion
1860     (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1861     (outline-hide-other)
1862     (org-cycle)
1863     (org-cycle)
1864     (org-cycle)))
1865
1866 (defun bh/set-truncate-lines ()
1867   "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1868   (interactive)
1869   (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1870   ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1871   (save-excursion
1872     (set-window-start (selected-window)
1873                       (window-start (selected-window)))))
1874
1875 (defun bh/switch-to-scratch ()
1876   (interactive)
1877   (switch-to-buffer "*scratch*"))
1878
1879 (setq org-use-fast-todo-selection t)
1880 (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1881
1882 ; create function to create headlines in file. This comes from
1883 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1884 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1885   "Add ID properties to all headlines in the current file which
1886 do not already have one."
1887   (interactive)
1888   (save-excursion
1889     (widen)
1890     (goto-char (point-min))
1891     (when (not (re-search-forward "^#\\+OPTIONS:.*auto-id:f" (point-max) t))
1892       (org-map-entries 'org-id-get-create))))
1893 (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1894   "Add or replace ID properties to all headlines in the current file 
1895 (or narrowed region)."
1896   (interactive)
1897
1898   (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1899 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1900 (add-hook 'org-mode-hook
1901           (lambda ()
1902             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1903 #+END_SRC
1904 ** Org ID locations
1905 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1906 (use-package find-lisp
1907   :demand t)
1908 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1909       (append '(agenda-archives)
1910               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1911               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1912               ))
1913 #+END_SRC
1914 ** Keywords (TODO)
1915 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1916 (setq org-todo-keywords
1917       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1918               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1919
1920 (setq org-todo-keyword-faces
1921       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1922               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1923               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1924               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1925               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1926               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1927               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1928               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1929
1930 (setq org-todo-state-tags-triggers
1931       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1932               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1933               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1934               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1935               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1936               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1937               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1938
1939
1940
1941 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1942 ; add ids on creation of nodes
1943 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1944
1945
1946 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1947 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1948 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1949
1950 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1951 ; use C-M-r for org mode capture
1952 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1953
1954 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1955 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1956                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1957
1958 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1959 (setq org-refile-use-outline-path t)
1960
1961 ; Targets complete directly with IDO
1962 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1963
1964 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1965 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1966
1967 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1968 ; (setq org-completion-use-ido t)
1969 ; (setq ido-everywhere t)
1970 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1971 ; (ido-mode (quote both))
1972 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1973 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1974 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1975 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1976 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1977
1978
1979 ;;;; Refile settings
1980 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1981 (defun bh/verify-refile-target ()
1982   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1983   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1984
1985 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1986
1987 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1988 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1989 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1990 (require 'org-protocol)
1991 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1992 (setq my-org-protocol-flag nil)
1993 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1994   "Delete frame at remember finalization"
1995   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1996          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1997 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1998   "Delete frame at remember refile"
1999   (if my-org-protocol-flag
2000       (progn
2001         (setq my-org-protocol-flag nil)
2002         ad-do-it
2003         (delete-frame))
2004     ad-do-it)
2005   )
2006 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
2007   "Delete frame at remember abort"
2008   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
2009          (setq my-org-protocol-flag nil)))
2010 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
2011   (setq my-org-protocol-flag t))
2012
2013 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
2014   (unless (org-in-item-p)
2015     (org-id-get-create)
2016     )
2017   )
2018
2019 ;; org modules
2020 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
2021
2022 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
2023 (defun open-mail-in-mutt (message)
2024   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
2025
2026 Message can be specified either by a path pointing inside a
2027 Maildir, or by Message-ID."
2028   (interactive "MPath or Message-ID: ")
2029   (shell-command
2030    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
2031        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
2032
2033 ;; add support for "mutt:ID" links
2034 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
2035
2036 (defun my-org-mode-setup ()
2037   ; (load-library "reftex")
2038   (and (buffer-file-name)
2039        (file-exists-p (buffer-file-name))
2040        (progn
2041          ; (reftex-parse-all)
2042          (reftex-set-cite-format
2043           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
2044             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
2045             (?c . "\\cite{%l}")
2046             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
2047          ))
2048   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
2049   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
2050   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
2051   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
2052   )
2053 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
2054
2055 (defun org-mode-reftex-search ()
2056   (interactive)
2057   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
2058
2059 (defun open-research-paper (bibtexkey)
2060   "Open a paper by bibtex key"
2061   (interactive "bibtex key: ")
2062   (shell-command
2063    (format "%s %s"
2064        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2065 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
2066 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
2067   "Open a paper pdf by bibtex key"
2068   (interactive "bibtex key: ")
2069   (shell-command
2070    (format "%s -p evince_annot %s"
2071        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2072 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
2073
2074 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
2075              '("notes" .
2076                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
2077
2078 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
2079 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
2080
2081 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
2082 (add-to-list 'org-structure-template-alist
2083              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
2084
2085  ;; stolen from
2086 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
2087 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
2088   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
2089   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
2090                    (match-string 1 path)))
2091          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
2092     (cond ((eq format 'latex)
2093            (if (or (not desc) 
2094                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
2095                (format "\\cite{%s}" search)
2096              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
2097
2098 (org-add-link-type "rtcite" 
2099                    'org-bibtex-open
2100                    'my-rtcite-export-handler)
2101
2102
2103 #+END_SRC
2104 ** Org Mobile Configuration
2105 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2106   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2107   (when (string= system-name "linnode")
2108     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2109   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2110   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2111
2112 #+END_SRC
2113 ** Org iCal Support
2114 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2115   ;; org mode ical export
2116   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2117   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2118   ;; we already add the id manually
2119   (setq org-icalendar-store-UID t)
2120
2121 #+END_SRC
2122 ** General Org Babel Configuration
2123 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2124 ;; org babel support
2125 (org-babel-do-load-languages
2126  'org-babel-load-languages
2127  '((emacs-lisp . t )
2128    (R . t)
2129    (latex . t)
2130    (ditaa . t)
2131    (dot . t)
2132    ))
2133 ;; set the right path to ditaa.jar
2134 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2135 ;; use graphviz-dot for dot things
2136 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2137 ;; do not indent begin_src blocks
2138 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2139 ;; org-babel-by-backend
2140 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2141    `(case (if (boundp 'backend) 
2142               (org-export-backend-name backend)
2143             nil) ,@body))
2144
2145 (defun my/fix-inline-images ()
2146   (when org-inline-image-overlays
2147     (org-redisplay-inline-images)))
2148
2149 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2150            'my/fix-inline-images)
2151
2152 #+END_SRC
2153 ** LaTeX configuration
2154 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2155 (use-package org-contrib
2156   :no-require t
2157   :after org
2158   :config
2159   (require 'ox-extra)
2160   (ox-extras-activate '(latex-header-blocks ignore-headlines))
2161   (require 'ox-latex)
2162 (add-to-list 'org-latex-classes
2163          '("memarticle"
2164        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2165        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2166        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2167        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2168        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2169        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2170
2171 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2172 (add-to-list 'org-latex-classes
2173          '("beamer"
2174        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2175 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2176 [PACKAGES]
2177 [EXTRA]"
2178        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2179        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2180        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2181        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2182        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2183
2184 (add-to-list 'org-latex-classes
2185          '("membook"
2186        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2187        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2188        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2189        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2190        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2191
2192 (add-to-list 'org-latex-classes
2193          '("letter"
2194        "\\documentclass[11pt]{letter}
2195 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2196 [PACKAGES]
2197 [EXTRA]"
2198    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2199        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2200        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2201        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2202        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2203
2204 (add-to-list 'org-latex-classes
2205          '("dlacv"
2206        "\\documentclass{dlacv}
2207 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2208 [NO-PACKAGES]
2209 [NO-EXTRA]"
2210        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2211        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2212        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2213        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2214        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2215
2216
2217 (add-to-list 'org-latex-classes
2218          '("dlaresume"
2219        "\\documentclass{dlaresume}
2220 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2221 [NO-PACKAGES]
2222 [NO-EXTRA]"
2223        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2224        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2225        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2226        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2227        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2228
2229
2230 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2231 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
2232 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2233
2234 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2235 (setq org-latex-default-packages-alist
2236   '(("" "amsmath" t)
2237     ("" "unicode-math" t)
2238     ))
2239 (setq org-latex-packages-alist
2240   '(("" "graphicx" t)
2241     ("" "fontspec" t)
2242     ("" "xunicode" t)
2243     ("" "hyperref" t)
2244     ("" "url" t)
2245     ("" "rotating" t)
2246     ("" "longtable" nil)
2247     ("" "float" )))
2248
2249 ;; make equations larger
2250 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2251
2252 (defun org-create-formula--latex-header ()
2253   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2254   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2255            (org-export-get-backend 'latex))
2256           (org-export--get-inbuffer-options
2257            (org-export-get-backend 'latex)))))
2258     (org-latex-guess-babel-language
2259      (org-latex-guess-inputenc
2260   (org-splice-latex-header
2261    org-format-latex-header
2262    org-latex-default-packages-alist
2263    nil t
2264    (plist-get info :latex-header)))
2265      info)))
2266
2267
2268 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2269 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2270 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2271                   (headline contents info) activate)
2272   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2273   (setq ad-return-value contents)
2274     ad-do-it))
2275
2276 ;; keep latex logfiles
2277
2278 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2279 )
2280
2281 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2282 (org-clock-persistence-insinuate)
2283 ;;
2284 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2285 (setq org-clock-history-length 23)
2286 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2287 (setq org-clock-in-resume t)
2288 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2289 ;; there are things like PHONE calls
2290 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2291 ;; Separate drawers for clocking and logs
2292 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2293 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2294 (setq org-clock-into-drawer t)
2295 (setq org-log-into-drawer t)
2296 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2297 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2298 ;; Clock out when moving task to a done state
2299 (setq org-clock-out-when-done t)
2300 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2301 (setq org-clock-persist t)
2302 ;; Do not prompt to resume an active clock
2303 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2304 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2305 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2306 ;; Include current clocking task in clock reports
2307 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2308
2309 ;; the cache seems to be broken
2310 (setq org-element-use-cache nil)
2311
2312 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2313
2314 (defun bh/is-task-p ()
2315   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2316   (save-restriction
2317     (widen)
2318     (let ((has-subtask)
2319           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2320           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2321       (save-excursion
2322         (forward-line 1)
2323         (while (and (not has-subtask)
2324                     (< (point) subtree-end)
2325                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2326           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2327             (setq has-subtask t))))
2328       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2329 (defun bh/is-project-p ()
2330   "Any task with a todo keyword subtask"
2331   (save-restriction
2332     (widen)
2333     (let ((has-subtask)
2334           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2335           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2336       (save-excursion
2337         (forward-line 1)
2338         (while (and (not has-subtask)
2339                     (< (point) subtree-end)
2340                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2341           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2342             (setq has-subtask t))))
2343       (and is-a-task has-subtask))))
2344
2345 (defun bh/is-subproject-p ()
2346   "Any task which is a subtask of another project"
2347   (let ((is-subproject)
2348         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2349     (save-excursion
2350       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2351         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2352           (setq is-subproject t))))
2353     (and is-a-task is-subproject)))
2354
2355
2356 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2357   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2358 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2359 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2360   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2361     (cond
2362      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2363        (bh/is-task-p))
2364   "NEXT")
2365      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2366        (bh/is-project-p))
2367   "TODO"))))
2368
2369 (defun bh/punch-in (arg)
2370   "Start continuous clocking and set the default task to the
2371 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2372 as the default task."
2373   (interactive "p")
2374   (setq bh/keep-clock-running t)
2375   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2376   ;;
2377   ;; We're in the agenda
2378   ;;
2379   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2380          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags))))
2381     (if (and (eq arg 4) tags)
2382         (org-agenda-clock-in '(16))
2383       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2384     ;;
2385     ;; We are not in the agenda
2386     ;;
2387     (save-restriction
2388   (widen)
2389   ; Find the tags on the current task
2390   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2391       (org-clock-in '(16))
2392     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2393
2394 (defun bh/punch-out ()
2395   (interactive)
2396   (setq bh/keep-clock-running nil)
2397   (when (org-clock-is-active)
2398     (org-clock-out))
2399   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2400
2401 (defun bh/clock-in-default-task ()
2402   (save-excursion
2403     (org-with-point-at org-clock-default-task
2404   (org-clock-in))))
2405
2406 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2407   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2408   (let ((parent-task))
2409     (save-excursion
2410   (save-restriction
2411     (widen)
2412     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2413       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2414         (setq parent-task (point))))
2415     (if parent-task
2416         (org-with-point-at parent-task
2417       (org-clock-in))
2418       (when bh/keep-clock-running
2419         (bh/clock-in-default-task)))))))
2420
2421 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2422
2423 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2424   (interactive)
2425   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2426     (org-clock-in '(16))))
2427
2428 (defun bh/clock-out-maybe ()
2429   (when (and bh/keep-clock-running
2430          (not org-clock-clocking-in)
2431          (marker-buffer org-clock-default-task)
2432          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2433     (bh/clock-in-parent-task)))
2434
2435 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2436
2437 (require 'org-id)
2438 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2439   "Clock in a task by id"
2440   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2441     (org-clock-in nil)))
2442
2443 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2444   "Clock in the interrupted task if there is one
2445 Skip the default task and get the next one.
2446 A prefix arg forces clock in of the default task."
2447   (interactive "p")
2448   (let ((clock-in-to-task
2449      (cond
2450       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2451       ((and (org-clock-is-active)
2452         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2453        (caddr org-clock-history))
2454       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2455       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2456       (t (car org-clock-history)))))
2457     (widen)
2458     (org-with-point-at clock-in-to-task
2459   (org-clock-in nil))))
2460
2461
2462 (defun org-export-to-ods ()
2463   (interactive)
2464   (let ((csv-file "data.csv"))
2465     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2466     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2467
2468 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2469 ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
2470 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2471 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2472
2473 ;; support inserting screen shots
2474 (defun my/org-insert-screenshot ()
2475   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2476 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2477   (interactive)
2478   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2479   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2480     (read-file-name
2481      "Screenshot to insert: "
2482      nil
2483      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2484      )
2485     )
2486   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2487   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2488   (org-display-inline-images))
2489
2490 (defun my/fix-inline-images ()
2491   (when org-inline-image-overlays
2492     (org-redisplay-inline-images)))
2493
2494 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2495
2496 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2497 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2498          '(xelateximagemagick
2499       :programs ("xelatex" "convert")
2500       :description "pdf > png"
2501       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2502       :use-xcolor t
2503       :image-input-type "pdf"
2504       :image-output-type "png"
2505       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2506       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2507       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2508          )
2509 ;; use xelatex by default
2510 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2511
2512 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2513 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2514   "Fix properties drawers in current buffer.
2515  Ignore non Org buffers."
2516   (interactive)
2517   (when (eq major-mode 'org-mode)
2518     (org-with-wide-buffer
2519      (goto-char (point-min))
2520      (let ((case-fold-search t)
2521        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2522                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2523                    "END[ \t]*$"))))
2524    (org-map-entries
2525     (lambda ()
2526       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2527         (save-excursion
2528       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2529         (forward-line)
2530         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2531         (when (and (< (point) end)
2532                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2533                (save-excursion
2534                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2535                   (eq (org-element-type
2536                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2537                   'drawer))))
2538           (insert (delete-and-extract-region
2539                (match-beginning 0)
2540                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2541           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2542
2543 #+END_SRC
2544 ** Org-Gcal
2545 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2546 (use-package calfw
2547   :ensure f
2548   )
2549 (use-package calfw-org
2550   :ensure f
2551   )
2552 (use-package org-gcal
2553   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2554   :ensure f
2555   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2556                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2557             )
2558   )
2559 #+END_SRC
2560 ** appt integration
2561 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2562 (use-package appt
2563   :straight nil
2564   :config
2565   ;; Show notification 10 minutes before event
2566   (setq appt-message-warning-time 10)
2567   ;; Disable multiple reminders
2568   (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2569   (setq appt-display-mode-line nil)
2570
2571   ;; add automatic reminders for appointments
2572   (defun my/org-agenda-to-appt ()
2573     (interactive)
2574     (setq appt-time-msg-list nil)
2575     (org-agenda-to-appt))
2576   ;; add reminders when starting emacs
2577   (my/org-agenda-to-appt)
2578   ;; when rebuilding the agenda
2579   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2580     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2581     (my/org-agenda-to-appt)
2582     )
2583   ;; when saving all org buffers
2584   (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2585     "Re-add appts after saving all org buffers"
2586     (my/org-agenda-to-appt))
2587   ;; Display appointments as a window manager notification
2588   (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2589   (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2590
2591   (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2592
2593   (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2594     (if (atom min-to-app)
2595     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2596   (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2597     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2598              (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2599     )
2600   )
2601
2602
2603 #+END_SRC
2604 ** End use-package
2605 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2606   )
2607 #+END_SRC
2608 * Keybindings
2609 ** Home/End Begining/End of line
2610 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2611   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2612   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2613 #+END_SRC
2614 ** Goto line
2615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2616   ; (global-unset-key "\M-g")
2617   ; (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2618 #+END_SRC
2619 * Debian
2620 ** debian-changelog
2621 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2622 (use-package debian-changelog-mode
2623   :mode "debian/changelog"
2624   :ensure debian-el
2625   :config
2626   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2627   (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2628 #+END_SRC
2629 * Misc (uncharacterized)
2630 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2631   (setq calendar-latitude 38.6)
2632   (setq calendar-longitude -121.5)
2633   (setq case-fold-search t)
2634   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2635
2636 #+END_SRC
2637 ** Turn on fontlock
2638 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2639   (global-font-lock-mode 1)
2640 #+END_SRC
2641 ** PS Printing
2642 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2643   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2644   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2645   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2646   (setq ps-line-number-color "blue")
2647   (setq ps-print-footer t)
2648   (setq ps-print-footer-frame nil)
2649   (setq ps-print-only-one-header t)
2650 #+END_SRC
2651 ** Only single spacing on sentences
2652 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2653   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2654   ]*")
2655   (setq sentence-end-double-space nil)
2656   ; enable matching parenthesis
2657 #+END_SRC
2658 ** Display paren mode
2659 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2660   (show-paren-mode 1)
2661   (setq show-paren-delay 0.2)
2662
2663 #+END_SRC
2664 ** My Username
2665 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2666   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2667
2668 #+END_SRC
2669 ** Use primary selection on unix machines
2670 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2671 ;; switch back to the old primary selection method
2672 (if (or (string-equal system-type "darwin")
2673         (string-equal system-type "windows")
2674         )
2675     (progn
2676       (setq select-enable-clipboard t)
2677       (setq select-enable-primary nil)
2678       )
2679   (progn
2680     (setq select-enable-clipboard nil)
2681     (setq select-enable-primary t)
2682     ))
2683 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2684
2685 (setq-default c-indent-level 4)
2686 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2687 (setq-default c-brace-offset -4)
2688 (setq-default c-argdecl-indent 4)
2689 (setq-default c-label-offset -4)
2690 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2691 ; tabs are annoying
2692 (setq-default indent-tabs-mode nil)
2693 (setq-default tab-width 4)
2694
2695 (defun insert-date ()
2696   "Insert date at point."
2697   (interactive)
2698   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2699 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2700
2701 (defun unfill-paragraph (arg)
2702   "Pull this whole paragraph up onto one line."
2703   (interactive "*p")
2704   (let ((fill-column 10000))
2705     (fill-paragraph arg))
2706   )
2707
2708 (column-number-mode t)
2709
2710 #+END_SRC
2711 ** Desktop-save-mode
2712 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2713 emacs, and use a different desktop file to restore history
2714 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2715 (use-package desktop
2716   :demand
2717   :config
2718   (setq desktop-base-file-name
2719         (convert-standard-filename
2720          (concat ".emacs"
2721                  (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2722                      "")
2723                  ".desktop")
2724          ))
2725   (setq desktop-base-lock-name
2726         (convert-standard-filename
2727          (concat desktop-base-file-name
2728                  ".lock")))
2729   (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2730   (setq desktop-restore-eager 5)
2731   (setq desktop-lazy-verbose nil)
2732   (desktop-save-mode 1)
2733   ; (desktop-read)
2734 )
2735 #+END_SRC
2736 ** Misc (Uncharacterized)
2737 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2738
2739 (put 'upcase-region 'disabled nil)
2740 (put 'downcase-region 'disabled nil)
2741 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2742
2743 ; fix up tmux xterm keys
2744 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2745 (defun fix-up-tmux-keys ()
2746     "Fix up tmux xterm keys"
2747     (if (getenv "TMUX")
2748         (progn
2749           (let ((x 2) (tkey ""))
2750             (while (<= x 8)
2751               ;; shift
2752               (if (= x 2)
2753                   (setq tkey "S-"))
2754               ;; alt
2755               (if (= x 3)
2756                   (setq tkey "M-"))
2757               ;; alt + shift
2758               (if (= x 4)
2759                   (setq tkey "M-S-"))
2760               ;; ctrl
2761               (if (= x 5)
2762                   (setq tkey "C-"))
2763               ;; ctrl + shift
2764               (if (= x 6)
2765                   (setq tkey "C-S-"))
2766               ;; ctrl + alt
2767               (if (= x 7)
2768                   (setq tkey "C-M-"))
2769               ;; ctrl + alt + shift
2770               (if (= x 8)
2771                   (setq tkey "C-M-S-"))
2772
2773               ;; arrows
2774               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2775               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2776               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2777               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2778               ;; home
2779               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2780               ;; end
2781               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2782               ;; page up
2783               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2784               ;; page down
2785               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2786               ;; insert
2787               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2788               ;; delete
2789               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2790               ;; f1
2791               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2792               ;; f2
2793               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2794               ;; f3
2795               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2796               ;; f4
2797               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2798               ;; f5
2799               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2800               ;; f6
2801               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2802               ;; f7
2803               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2804               ;; f8
2805               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2806               ;; f9
2807               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2808               ;; f10
2809               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2810               ;; f11
2811               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2812               ;; f12
2813               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2814               ;; f13
2815               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2816               ;; f14
2817               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2818               ;; f15
2819               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2820               ;; f16
2821               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2822               ;; f17
2823               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2824               ;; f18
2825               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2826               ;; f19
2827               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2828               ;; f20
2829               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2830
2831               (setq x (+ x 1))
2832               ))
2833           )
2834       )
2835     )
2836 ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2837
2838 (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2839   "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2840   (if (or (buffer-modified-p)
2841           (verify-visited-file-modtime)
2842           (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2843           (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2844       ad-do-it
2845     (clear-visited-file-modtime)
2846     (not-modified)))
2847 (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2848 #+END_SRC
2849
2850 * Start Server
2851 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2852   (use-package server
2853     :config
2854     (setq server-name
2855           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2856               "server"))
2857     (unless (server-running-p)
2858       ; (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2859       (server-start)))
2860 #+END_SRC
2861
2862 * END
2863 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2864 (provide 'don-configuration)
2865 #+END_SRC