emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 #+OPTIONS: auto-id:f
   3
   4 * General Notes
   5
   6 ** Delight
   7 To look up options for symbols for delight, check out https://en.wikipedia.org/wiki/Emoji#Unicode_blocks
   8
   9 * Load debugger
  10
  11 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
  12 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
  13
  14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  15 (setq debug-on-event 'siguser2)
  16 #+END_SRC
  17 * Paths
  18 ** Update PATH
  19 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  20 (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
  21 (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
  22 #+END_SRC
  23 ** Add library paths
  24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  25 (let ((default-directory "~/lib/emacs_el/"))
  26   (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
  27 ;; (eval-and-compile
  28 ;;   (let ((default-directory "~/var/emacs/elpa"))
  29 ;;     (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
  30 ;; )
  31 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el")
  32 (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  33
  34 #+END_SRC
  35 * Initial startup stuff
  36 ** Disable startup screen
  37 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  38 (setq inhibit-startup-screen t)
  39 #+END_SRC
  40 ** Disable cluter
  41 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  42 ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  43 (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  44 (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  45 #+END_SRC
  46 ** Fullscreen
  47 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  48 (setq frame-resize-pixelwise t)
  49 (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  50 #+END_SRC
  51 * Package management
  52 ** Bootstrap straight.el
  53 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  54 (defvar bootstrap-version)
  55 (setq straight-base-dir '"~/var/emacs/")
  56 (let ((bootstrap-file
  57        (expand-file-name "straight/repos/straight.el/bootstrap.el" straight-base-dir))
  58       (bootstrap-version 6))
  59   (unless (file-exists-p bootstrap-file)
  60     (with-current-buffer
  61         (url-retrieve-synchronously
  62          "https://raw.githubusercontent.com/radian-software/straight.el/develop/install.el"
  63          'silent 'inhibit-cookies)
  64       (goto-char (point-max))
  65       (eval-print-last-sexp)))
  66   (load bootstrap-file nil 'nomessage))
  67 #+END_SRC
  68 ** package repositories and package manager
  69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  70 (straight-use-package 'use-package)
  71 (setq straight-use-package-by-default t)
  72 (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file)))
  73 (require 'gnutls)
  74 (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  75 #+END_SRC
  76 ** Paradox
  77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  78 (use-package paradox
  79   ;:ensure paradox
  80   :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  81   :config
  82   (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83   (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
  84   )
  85 #+END_SRC
  86 * Disable custom-vars
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88 ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  89 (setq custom-file "/dev/null")
  90 #+END_SRC
  91 * Misc functions
  92 ** with-library
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  95 ;; execute conditional code when loading libraries
  96 ; (defmacro with-library (symbol &rest body)
  97 ;   `(when (require ,symbol nil t)
  98 ;     ,@body))
  99 ; (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 100 #+END_SRC
 101
 102 * Variables
 103 ** Safe Local Variables
 104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 105 (setq safe-local-variable-values
 106       (quote ((auto-save-default)
 107               (make-backup-files)
 108               (cperl-indent-level . 4)
 109               (indent-level . 4)
 110               (indent-tabs-mode . f)
 111               (vcl-indent-level . 4)
 112               )))
 113 #+END_SRC
 114 * Memory
 115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 116 (setq global-mark-ring-max 128
 117       mark-ring-max 128
 118       kill-ring-max 128)
 119
 120 (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 121   (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 122
 123 (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 124   (setq gc-cons-threshold 1048576))
 125
 126 (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 127 (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 128 #+END_SRC
 129 * Modules
 130 ** Tree sitter
 131 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 132 (use-package tree-sitter
 133   :defer t
 134   :config
 135   (global-tree-sitter-mode)
 136   )
 137 (use-package tree-sitter-langs
 138   :ensure t
 139   :defer 1
 140   :after tree-sitter
 141 ;   :config
 142 ;   (defun dla/python-function-at-point ()
 143 ;     "Return a list of function arguments
 144 ;
 145 ; Borrowed from https://xenodium.com/emacs-generate-a-swift-initializer/
 146 ; "
 147 ;   (interactive)
 148 ;   (cl-assert (seq-contains-p local-minor-modes 'tree-sitter-mode) "tree-sitter-mode not enabled")
 149 ;   (let* ((node (tree-sitter-node-at-point 'function_definition)
 150 ;                )
 151 ;          (args)
 152 ;          (arg)
 153 ;          (ret))
 154 ;     (unless node
 155 ;       (error "Not in function"))
 156 ;     (mapc
 157 ;      (lambda (item)
 158 ;        (cond ((eq 'func_name
 159 ;                   (car item))
 160 ;               ; (when arg
 161 ;               ;   (setq args (append args (list arg)))
 162 ;               ;   )
 163 ;               (setq arg (list (cons 'function (tsc-node-text
 164 ;                                            (cdr item))))))
 165 ;              ((eq 'ident
 166 ;                   (car item))
 167 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident (tsc-node-text
 168 ;                                                (cdr item)))))
 169 ;              ((eq 'ident_type
 170 ;                   (car item))
 171 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident_type (tsc-node-text
 172 ;                                                (cdr item)))))
 173 ;              ((eq 'ret_type
 174 ;                   (car item))
 175 ;               (setq arg (map-insert arg 'ret_type (tsc-node-text
 176 ;                                                (cdr item)))))
 177 ;              ))
 178 ;      (tsc-query-captures
 179 ;       (tsc-make-query tree-sitter-language
 180 ;                       "(function_definition (identifier) @func_name (parameters [(identifier) @ident (typed_parameter (identifier) @ident (type) @ident_type)]) (type)? @ret_type)")
 181 ;       (tree-sitter-node-at-point 'function_definition) nil))
 182 ;     (when arg
 183 ;       (setq args (append args (list arg))))
 184 ;     args))
 185
 186 )
 187 #+END_SRC
 188 ** Spacemacs theme
 189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 190 (use-package spacemacs-theme
 191   :config
 192   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 193   )
 194 #+END_SRC
 195 ** Hippie Expand
 196 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 197 (use-package hippie-exp
 198   :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 199   )
 200 #+END_SRC
 201 ** Flyspell 🐝
 202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 203 (use-package flyspell
 204   :delight flyspell-mode 🐝
 205   :config
 206   (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 207   (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 208   (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 209   (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 210   :init
 211   (setq ispell-program-name "ispell")
 212   )
 213
 214 #+END_SRC
 215
 216 ** Flycheck
 217 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 218 (use-package flycheck
 219   :delight 🦋
 220   :if (version<= "24.4" emacs-version)
 221   :commands flycheck-mode
 222   :hook ((prog-mode . flycheck-mode)
 223          )
 224 )
 225 ;; Other pkgs
 226 (use-package flycheck-tip
 227   :commands 'flycheck-tip-cycle
 228   :after flycheck
 229   :bind (:map flycheck-mode-map
 230               ("C-c C-n" . flycheck-tip-cycle)))
 231
 232 (use-package flycheck-package)
 233
 234 (use-package flycheck-checkpatch
 235   :config (flycheck-checkpatch-setup)
 236   :config (setq flycheck-checkers (delete 'checkpatch
 237   flycheck-checkers))
 238   :config (add-to-list 'flycheck-checkers 'checkpatch t))
 239 #+end_src
 240
 241 ** Flymake
 242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 243   (use-package flymake
 244     :delight "Φ")
 245 #+END_SRC
 246
 247 ** Winnermode
 248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 249   (winner-mode 1)
 250 #+END_SRC
 251 ** Eyebrowse
 252
 253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 254   (use-package eyebrowse
 255     :ensure t
 256     :delight eyebrowse-mode
 257     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 258     :config (progn
 259               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 260               (eyebrowse-mode t)
 261
 262               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 263                 (interactive)
 264                 (let ((done nil))
 265                   (dotimes (i 10)
 266                     ;; start at 1 run till 0
 267                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 268                       (when (and (not done)
 269                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 270                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 271                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 272                         (setq done t)
 273                         ))
 274                     )))
 275
 276               ;; I don't use latex-preview-pane
 277               ;; (require 'latex-preview-pane)
 278               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 279               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 280               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 281               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 282               ;;   ;; edit the TeX file.
 283               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 284               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 285
 286               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 287               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 288
 289               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 290               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 291               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 292               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 293               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 294               )
 295     )
 296 #+END_SRC
 297
 298 ** Window handling
 299
 300 *** Splitting
 301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 302   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 303     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 304     (interactive)
 305     (split-window-vertically)
 306     (other-window 1 nil)
 307     (switch-to-next-buffer))
 308
 309   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 310     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 311     (interactive)
 312     (split-window-horizontally)
 313     (other-window 1 nil)
 314     (switch-to-next-buffer))
 315
 316   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 317   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 318
 319   (setq split-width-threshold  100)
 320   (setq split-height-threshold 60)
 321
 322   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 323     "If there's only one window (excluding any possibly active
 324            minibuffer), then split the current window horizontally."
 325     (if (and (one-window-p t)
 326              (not (active-minibuffer-window))
 327              ( < (frame-width) (frame-height))
 328              )
 329         (let ((split-width-threshold nil))
 330           (split-window-sensibly window))
 331       (split-window-sensibly window)))
 332
 333   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 334   (setq window-combination-resize t)
 335 #+END_SRC
 336
 337 *** Compilation window
 338
 339 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 340 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 341 the former case, if there was no error the window closes
 342 automatically.
 343
 344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 345   (add-to-list 'display-buffer-alist
 346                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 347                  (display-buffer-reuse-window
 348                   display-buffer-in-side-window)
 349                  (reusable-frames . visible)
 350                  (side            . bottom)
 351                  (window-height   . 0.4)))
 352 #+END_SRC
 353
 354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 355   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 356     ;; If M-x compile exists with a 0
 357     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 358       ;; and delete the *compilation* window
 359       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 360         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 361                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 362                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 363           (delete-window compilation-window))))
 364     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 365     (cons msg code))
 366
 367   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 368   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 369 #+END_SRC
 370
 371 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 372 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 373 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 374 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 375 value, scrolling continues until there is no more output.
 376
 377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 378   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 379 #+END_SRC
 380
 381 ** Mode line cleaning
 382 *** Delight
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package delight
 385   :demand t)
 386 #+END_SRC
 387
 388 ** Jumping
 389 *** Avy
 390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 391   (use-package avy
 392     :if (>= emacs-major-version 25)
 393     :ensure t
 394     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 395            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 396            ("M-g g" . avy-goto-line))
 397     :config (progn (setq avy-background t))
 398     )
 399 #+END_SRC
 400 *** Ace-link (jumping to links)
 401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 402   (use-package ace-link
 403     :ensure t
 404     ; bind o in most modes
 405     :config (ace-link-setup-default))
 406 #+END_SRC
 407 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 408 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 409   (use-package goto-chg
 410     :ensure t
 411     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 412            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 413     )
 414 #+END_SRC
 415 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 417   (use-package bm
 418     :ensure t
 419     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 420            ("C-c j b ," . bm-previous)
 421            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 422 #+END_SRC
 423
 424 ** Snippets
 425 *** Yasnippet
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package yasnippet
 428   :ensure t
 429   :delight yas-minor-mode
 430   :config (progn
 431             (yas-global-mode)
 432             (setq yas-verbosity 1)
 433             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 434             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 435             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
 436             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 437                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 438             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 439                              'yas-hippie-try-expand)
 440             (yas-reload-all)
 441             )
 442   )
 443 #+END_SRC
 444 *** Auto-YASnippet
 445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 446 (use-package auto-yasnippet
 447   :ensure t
 448   :bind (("H-w" . aya-create)
 449          ("H-y" . aya-expand)
 450          )
 451   )
 452 #+END_SRC
 453 ** Treemacs: Tree file viewer
 454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 455 ;; Provides workspaces with file browsing (tree file viewer)
 456 ;; and project management when coupled with `projectile`.
 457
 458 ; (use-package treemacs
 459 ;   :ensure t
 460 ;   :defer t
 461 ;   :config
 462 ;   (setq treemacs-no-png-images t
 463 ;         treemacs-width 24)
 464 ;   :bind ("C-c t" . treemacs))
 465 #+END_SRC
 466 ** LSP mode
 467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 468 (use-package lsp-mode
 469   :defer t
 470   :commands (lsp lsp-deferred)
 471   :init (setq lsp-keymap-prefix "C-c l")
 472   (defun my/orderless-dispatch-flex-first (_pattern index _total)
 473     (and (eq index 0) 'orderless-flex))
 474
 475   (defun my/lsp-mode-setup-completion ()
 476     (setf (alist-get 'styles (alist-get 'lsp-capf completion-category-defaults))
 477           '(orderless)))
 478
 479   ;; Optionally configure the first word as flex filtered.
 480   (add-hook 'orderless-style-dispatchers #'my/orderless-dispatch-flex-first nil 'local)
 481
 482   ;; Optionally configure the cape-capf-buster.
 483   ; (setq-local completion-at-point-functions (list (cape-capf-buster #'lsp-completion-at-point)))
 484
 485   :hook (python-mode . lsp-deferred)
 486   (lsp-completion-mode . my/lsp-mode-setup-completion)
 487   :custom
 488   (lsp-completion-provider :none) ;; we use Corfu!
 489 )
 490 ;; Provides visual help in the buffer
 491 ;; For example definitions on hover.
 492 ;; The `imenu` lets me browse definitions quickly.
 493 (use-package lsp-ui
 494   :defer t
 495   :config
 496   (setq lsp-ui-sideline-enable nil
 497             lsp-ui-doc-delay 2)
 498   :hook (lsp-mode . lsp-ui-mode)
 499   :bind (:map lsp-ui-mode-map
 500               ("C-c i" . lsp-ui-imenu)))
 501 ;; Language server for Python
 502 ;; Read the docs for the different variables set in the config.
 503 (use-package lsp-pyright
 504   :defer t
 505   :config
 506   (setq lsp-clients-python-library-directories '("/usr/"))
 507   (setq lsp-pyright-disable-language-service nil
 508         lsp-pyright-disable-organize-imports nil
 509         lsp-pyright-auto-import-completions t
 510         lsp-pyright-use-library-code-for-types t
 511         lsp-pyright-venv-path "venv")
 512   :hook ((python-mode . (lambda ()
 513                           (require 'lsp-pyright) (lsp-deferred)))))
 514 #+END_SRC
 515 ** Corfu
 516 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 517 (use-package corfu
 518   :ensure t
 519   :demand t
 520   ;; Optional customizations
 521   :custom
 522   (corfu-cycle t)                ;; Enable cycling for `corfu-next/previous'
 523   (corfu-auto t)                 ;; Enable auto completion
 524   (corfu-separator ?\s)          ;; Orderless field separator
 525   (corfu-quit-at-boundary nil)   ;; Never quit at completion boundary
 526   (corfu-quit-no-match nil)      ;; Never quit, even if there is no match
 527   (corfu-preview-current nil)    ;; Disable current candidate preview
 528   (corfu-preselect 'prompt)      ;; Preselect the prompt
 529   (corfu-on-exact-match nil)     ;; Configure handling of exact matches
 530   (corfu-scroll-margin 5)        ;; Use scroll margin
 531
 532   :config
 533   (global-corfu-mode))
 534 #+END_SRC
 535 ** Dabbrv
 536 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 537 (use-package dabbrev
 538   :ensure t
 539   ;; Swap M-/ and C-M-/
 540   :bind (("M-/" . dabbrev-completion)
 541          ("C-M-/" . dabbrev-expand))
 542   ;; Other useful Dabbrev configurations.
 543   :custom
 544   (dabbrev-ignored-buffer-regexps '("\\.\\(?:pdf\\|jpe?g\\|png\\)\\'")))
 545 #+END_SRC
 546 ** Tinyprocmail
 547
 548 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 549 ;; load tinyprocmail
 550 (use-package tinyprocmail
 551   :straight (tinytools :type git :type git :host github :repo "jaalto/project--emacs-tiny-tools")
 552   ; :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 553   :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 554   )
 555 #+END_SRC
 556
 557 ** Magit
 558 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 559 (use-package magit
 560   :defer t
 561   :bind (("C-x g" . magit-status)
 562          ("C-x C-g" . magit-status))
 563   :config
 564   ;; refine diffs always (hilight words)
 565   (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 566   )
 567 (use-package magit-annex
 568   :defer t
 569   )
 570 (use-package magit-vcsh
 571   :defer t
 572   )
 573 #+END_SRC
 574
 575 *** Forge (github/gitlab)
 576 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 577 (use-package forge
 578   :after magit
 579   )
 580 #+END_SRC
 581
 582 ** Perl
 583 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 584 (use-package cperl-mode
 585   :config
 586   (progn
 587     ;; Use c-mode for perl .xs files
 588     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 589     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 590     (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 591     (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 592     (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 593     (setq cperl-hairy t
 594           cperl-indent-level 4
 595           cperl-auto-newline nil
 596           cperl-auto-newline-after-colon nil
 597           cperl-continued-statement-offset 4
 598           cperl-brace-offset -1
 599           cperl-continued-brace-offset 0
 600           cperl-label-offset -4
 601           cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 602           cperl-electric-lbrace-space nil
 603           cperl-indent-parens-as-block nil
 604           cperl-close-paren-offset -1
 605           cperl-tab-always-indent t)
 606     (setq cperl-lazy-help-time nil)
 607     ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 608 ))
 609 #+END_SRC
 610
 611 ** Markdown mode
 612 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 613 (use-package markdown-mode
 614   :ensure t
 615   :defer t
 616   :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 617          ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 618          ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 619          )
 620   :config
 621   (setq markdown-enable-math t)
 622   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 623   (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 624   (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 625   (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 626   (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 627 )
 628
 629 #+END_SRC
 630 ** SQL mode
 631 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 632 ; load sql-indent when sql is loaded
 633 (use-package sql-indent
 634   :hook sql-mode
 635   )
 636 (use-package sql
 637   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 638   )
 639 #+END_SRC
 640 ** Ediff
 641 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 642 (use-package ediff
 643   :commands ediff ediff3
 644   :config
 645   ;; ediff configuration
 646   ;; don't use the multi-window configuration
 647   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 648 )
 649 #+END_SRC
 650 ** Do the Right Thing Indenting
 651 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 652 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 653 (use-package dtrt-indent
 654 )
 655 #+END_SRC
 656 ** VCL --editing varnish configuration files
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658 (use-package vcl-mode
 659   :mode "\\.vcl\\'"
 660   )
 661 #+END_SRC
 662 ** Vertico
 663 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 664 (use-package vertico
 665   :demand t
 666   :config
 667   (vertico-mode)
 668   ; (define-key vertico-map "\r" #'vertico-directory-enter)
 669   ; (define-key vertico-map "\d" #'vertico-directory-delete-char)
 670   ; (define-key vertico-map "\M-\d" #'vertico-directory-delete-word)
 671   ; (add-hook 'rfn-eshadow-update-overlay-hook #'vertico-directory-tidy)
 672
 673   ;; Different scroll margin
 674   ;; (setq vertico-scroll-margin 0)
 675
 676   ;; Show more candidates
 677   ;; (setq vertico-count 20)
 678
 679   ;; Grow and shrink the Vertico minibuffer
 680   ;; (setq vertico-resize t)
 681
 682   ;; Optionally enable cycling for `vertico-next' and `vertico-previous'.
 683   ;; (setq vertico-cycle t)
 684   :custom
 685   (vertico-grid-separator "       ")
 686   (vertico-grid-lookahead 50)
 687 )
 688 (use-package vertico-multiform
 689   :straight nil
 690   :load-path "~/var/emacs/straight/build/vertico/extensions/"
 691   :after vertico
 692   :config
 693   (setq vertico-multiform-categories
 694      '((file reverse)
 695        (consult-grep buffer)
 696        (consult-location)
 697        (imenu buffer)
 698        (library reverse indexed)
 699        (org-roam-node reverse indexed)
 700        ; (t reverse)
 701        )
 702      )
 703   (setq vertico-multiform-commands
 704         '(("flyspell-correct-*" grid reverse)
 705           (org-refile grid reverse indexed)
 706           (consult-yank-pop indexed)
 707           (consult-flycheck)
 708           (consult-lsp-diagnostics)
 709           )
 710         )
 711   (vertico-multiform-mode)
 712   )
 713
 714 (use-package vertico-grid
 715   :straight nil
 716   :after vertico
 717   )
 718 (use-package vertico-reverse
 719   :straight nil
 720   :after vertico
 721   )
 722 (use-package vertico-indexed
 723   :straight nil
 724   :after vertico
 725   )
 726 (use-package vertico-buffer
 727   :straight nil
 728   :after vertico
 729   )
 730
 731
 732 ;; Persist history over Emacs restarts. Vertico sorts by history position.
 733 (use-package savehist
 734   :demand t
 735   :config
 736   (savehist-mode))
 737
 738 #+END_SRC
 739 ** Orderless: advanced completion style
 740 #+begin_src emacs-lisp
 741 (use-package orderless
 742   :demand t
 743   :config
 744   ;; Configure a custom style dispatcher (see the Consult wiki)
 745   ;; (setq orderless-style-dispatchers '(+orderless-dispatch)
 746   ;;       orderless-component-separator #'orderless-escapable-split-on-space)
 747   (setq completion-styles '(orderless basic)
 748         completion-category-defaults nil
 749         completion-category-overrides '((file (styles partial-completion)))))
 750 #+end_src
 751 ** Marginalia: Rich annotations in the minibuffer
 752 #+begin_src emacs-lisp
 753 (use-package marginalia
 754   :demand t
 755   :bind (:map minibuffer-local-map
 756          ("M-A" . marginalia-cycle))
 757   :config
 758   (marginalia-mode)
 759   )
 760 #+end_src
 761 ** Embark: Minibuffer actions and context menu
 762 #+begin_src emacs-lisp
 763 (use-package embark
 764   :bind
 765   (("C-." . embark-act)         ;; pick some comfortable binding
 766    ("C-;" . embark-dwim)        ;; good alternative: M-.
 767    ("C-h B" . embark-bindings)) ;; alternative for `describe-bindings'
 768
 769   :init
 770
 771   ;; Optionally replace the key help with a completing-read interface
 772   (setq prefix-help-command #'embark-prefix-help-command)
 773
 774   :config
 775
 776   ;; Hide the mode line of the Embark live/completions buffers
 777   (add-to-list 'display-buffer-alist
 778                '("\\`\\*Embark Collect \\(Live\\|Completions\\)\\*"
 779                  nil
 780                  (window-parameters (mode-line-format . none)))))
 781
 782 (use-package embark-consult
 783   :hook
 784   (embark-collect-mode . consult-preview-at-point-mode))
 785 #+end_src
 786 ** Consult
 787 #+begin_src emacs-lisp
 788 (use-package consult
 789   ;; Replace bindings. Lazily loaded due by `use-package'.
 790   :bind (;; C-c bindings in `mode-specific-map'
 791          ("C-c M-x" . consult-mode-command)
 792          ("C-c h" . consult-history)
 793          ("C-c k" . consult-kmacro)
 794          ("C-c m" . consult-man)
 795          ("C-c i" . consult-info)
 796          ([remap Info-search] . consult-info)
 797          ;; C-x bindings in `ctl-x-map'
 798          ("C-x M-:" . consult-complex-command)     ;; orig. repeat-complex-command
 799          ("C-x b" . consult-buffer)                ;; orig. switch-to-buffer
 800          ("C-x 4 b" . consult-buffer-other-window) ;; orig. switch-to-buffer-other-window
 801          ("C-x 5 b" . consult-buffer-other-frame)  ;; orig. switch-to-buffer-other-frame
 802          ("C-x r b" . consult-bookmark)            ;; orig. bookmark-jump
 803          ("C-x p b" . consult-project-buffer)      ;; orig. project-switch-to-buffer
 804          ;; Custom M-# bindings for fast register access
 805          ("M-#" . consult-register-load)
 806          ("M-'" . consult-register-store)          ;; orig. abbrev-prefix-mark (unrelated)
 807          ("C-M-#" . consult-register)
 808          ;; Other custom bindings
 809          ("M-y" . consult-yank-pop)                ;; orig. yank-pop
 810          ;; M-g bindings in `goto-map'
 811          ("M-g e" . consult-compile-error)
 812          ("M-g f" . consult-flymake)               ;; Alternative: consult-flycheck
 813          ("M-g g" . consult-goto-line)             ;; orig. goto-line
 814          ("M-g M-g" . consult-goto-line)           ;; orig. goto-line
 815          ("M-g o" . consult-outline)               ;; Alternative: consult-org-heading
 816          ("M-g m" . consult-mark)
 817          ("M-g k" . consult-global-mark)
 818          ("M-g i" . consult-imenu)
 819          ("M-g I" . consult-imenu-multi)
 820          ;; M-s bindings in `search-map'
 821          ("M-s d" . consult-find)
 822          ("M-s D" . consult-locate)
 823          ("M-s g" . consult-grep)
 824          ("M-s G" . consult-git-grep)
 825          ("M-s r" . consult-ripgrep)
 826          ("M-s l" . consult-line)
 827          ("M-s L" . consult-line-multi)
 828          ("M-s k" . consult-keep-lines)
 829          ("M-s u" . consult-focus-lines)
 830          ;; Isearch integration
 831          ("M-s e" . consult-isearch-history)
 832          :map isearch-mode-map
 833          ("M-e" . consult-isearch-history)         ;; orig. isearch-edit-string
 834          ("M-s e" . consult-isearch-history)       ;; orig. isearch-edit-string
 835          ("M-s l" . consult-line)                  ;; needed by consult-line to detect isearch
 836          ("M-s L" . consult-line-multi)            ;; needed by consult-line to detect isearch
 837          ;; Minibuffer history
 838          :map minibuffer-local-map
 839          ("M-s" . consult-history)                 ;; orig. next-matching-history-element
 840          ("M-r" . consult-history))                ;; orig. previous-matching-history-element
 841
 842   ;; Enable automatic preview at point in the *Completions* buffer. This is
 843   ;; relevant when you use the default completion UI.
 844   :hook (completion-list-mode . consult-preview-at-point-mode)
 845
 846   :commands (consult-xref)
 847
 848   ;; The :init configuration is always executed (Not lazy)
 849   :init
 850
 851   ;; Optionally configure the register formatting. This improves the register
 852   ;; preview for `consult-register', `consult-register-load',
 853   ;; `consult-register-store' and the Emacs built-ins.
 854   (setq register-preview-delay 0.5
 855         register-preview-function #'consult-register-format)
 856
 857   ;; Optionally tweak the register preview window.
 858   ;; This adds thin lines, sorting and hides the mode line of the window.
 859   (advice-add #'register-preview :override #'consult-register-window)
 860
 861   ;; Use Consult to select xref locations with preview
 862   (setq xref-show-xrefs-function #'consult-xref
 863         xref-show-definitions-function #'consult-xref)
 864
 865   ;; Configure other variables and modes in the :config section,
 866   ;; after lazily loading the package.
 867   :config
 868   ;; Optionally configure preview. The default value
 869   ;; is 'any, such that any key triggers the preview.
 870   ;; (setq consult-preview-key 'any)
 871   ;; (setq consult-preview-key "M-.")
 872   ;; (setq consult-preview-key '("S-<down>" "S-<up>"))
 873   ;; For some commands and buffer sources it is useful to configure the
 874   ;; :preview-key on a per-command basis using the `consult-customize' macro.
 875   (consult-customize
 876    consult-theme :preview-key '(:debounce 0.2 any)
 877    consult-ripgrep consult-git-grep consult-grep
 878    consult-bookmark consult-recent-file consult-xref
 879    consult--source-bookmark consult--source-file-register
 880    consult--source-recent-file consult--source-project-recent-file
 881    ;; :preview-key "M-."
 882    :preview-key '(:debounce 0.4 any))
 883
 884   ;; Optionally configure the narrowing key.
 885   ;; Both < and C-+ work reasonably well.
 886   (setq consult-narrow-key "<") ;; "C-+"
 887
 888   ;; Optionally make narrowing help available in the minibuffer.
 889   ;; You may want to use `embark-prefix-help-command' or which-key instead.
 890   ;; (define-key consult-narrow-map (vconcat consult-narrow-key "?") #'consult-narrow-help)
 891
 892   ;; By default `consult-project-function' uses `project-root' from project.el.
 893   ;; Optionally configure a different project root function.
 894   ;;;; 1. project.el (the default)
 895   ;; (setq consult-project-function #'consult--default-project--function)
 896   ;;;; 2. vc.el (vc-root-dir)
 897   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (vc-root-dir)))
 898   ;;;; 3. locate-dominating-file
 899   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (locate-dominating-file "." ".git")))
 900   ;;;; 4. projectile.el (projectile-project-root)
 901   ;; (autoload 'projectile-project-root "projectile")
 902   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (projectile-project-root)))
 903   ;;;; 5. No project support
 904   ;; (setq consult-project-function nil)
 905 )
 906 #+end_src
 907 ** Projectile -- Project management
 908 #+begin_src emacs-lisp
 909 (use-package projectile
 910   :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 911          ("<f6>" . next-error))
 912   :config (projectile-global-mode))
 913 #+end_src
 914
 915 ** Zap to char
 916 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 917 (use-package avy-zap
 918   :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 919 #+END_SRC
 920 ** Hydra
 921 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 922 (use-package hydra
 923   :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 924          ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 925          ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 926          ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 927          )
 928   :config
 929   (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 930   "
 931 _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 932 _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 933 _p_: read papers      _R_: paper notes
 934 _h_: hpcbio
 935 _q_: quit
 936 _z_: quit
 937 "
 938   ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 939   ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 940   ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 941   ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 942   ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 943   ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 944   ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 945   ("r" (find-file my/org-refile-file))
 946   ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 947   ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 948   ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 949   ("q" nil "quit")
 950   ("z" nil "quit")
 951   )
 952
 953   ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 954   (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 955   "
 956 ^Hide^             ^Show^           ^Move
 957 ^^^^^^------------------------------------------------------
 958 _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 959 _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 960 _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 961 _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 962 _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 963 _d_: subtree
 964
 965 "
 966   ;; Hide
 967   ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 968   ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 969   ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 970   ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 971   ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 972   ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 973   ;; Show
 974   ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 975   ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 976   ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 977   ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 978   ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 979   ;; Move
 980   ("u" outline-up-heading)                ; Up
 981   ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
 982   ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 983   ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 984   ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 985   ("z" nil "leave"))
 986 )
 987 #+END_SRC
 988
 989 ** Tramp
 990 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 991 (use-package tramp
 992   :demand t
 993   ; use the built in tramp
 994   :straight nil
 995   :config
 996   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
 997   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
 998                                 (tramp-login-program "vcsh")
 999                                 (tramp-login-args
1000                                  (("enter")
1001                                   ("%h")))
1002                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1003                                 (tramp-remote-shell-args
1004                                  ("-c")))))
1005 #+END_SRC
1006 ** Reftex
1007 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1008 (use-package reftex
1009   :config
1010   (setq-default reftex-default-bibliography
1011                   '("~/projects/research/references.bib")))
1012 #+END_SRC
1013 ** BibTex
1014 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1015 (use-package bibtex
1016   :config (setq bibtex-user-optional-fields
1017                 (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1018                         ("abstract" "")
1019                 ("pmid" "")
1020                 ("doi" ""))))
1021   )
1022
1023 #+END_SRC
1024 ** LaTeX
1025 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1026 (use-package tex
1027   :defer t
1028   :straight auctex
1029   :mode "\\.tex\\'"
1030   :config
1031   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1032   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1033   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1034   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1035   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1036   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1037   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1038   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1039   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1040   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1041   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1042
1043   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1044   ;; support fake section headers
1045   (setq TeX-outline-extra
1046         '(("%chapter" 1)
1047           ("%section" 2)
1048           ("%subsection" 3)
1049           ("%subsubsection" 4)
1050           ("%paragraph" 5)))
1051   ;; add font locking to the headers
1052   (font-lock-add-keywords
1053    'latex-mode
1054    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1055       0 'font-lock-keyword-face t)
1056      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1057      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1058      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1059      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1060      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1061
1062   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1063   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1064   (setq TeX-open-quote "“")
1065   (setq TeX-close-quote "”")
1066
1067   ;; (TeX-add-style-hook
1068   ;;  "latex"
1069   ;;  (lambda ()
1070   ;;    (TeX-add-symbols
1071   ;;     '("DLA" 1))))
1072   ;; (custom-set-variables
1073   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1074   ;;    '(("fixme"
1075   ;;       ("DLA" "RZ")
1076   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1077   ;; )
1078   (setq-default TeX-parse-self t)
1079   (setq-default TeX-auto-save t)
1080   (setq-default TeX-master nil)
1081   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1082                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1083   (eval-after-load
1084       "latex"
1085     '(TeX-add-style-hook
1086       "cleveref"
1087       (lambda ()
1088         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1089             (add-to-list
1090              'reftex-ref-style-alist
1091              '("Cleveref" "cleveref"
1092                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1093         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1094         (TeX-add-symbols
1095          '("cref" TeX-arg-ref)
1096          '("Cref" TeX-arg-ref)
1097          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1098          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1099   (eval-after-load
1100       "latex"
1101     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1102                   '("Sexpr")))
1103
1104   (setq font-latex-match-reference-keywords
1105         '(
1106           ("fref" "{")
1107           ("Fref" "{")
1108           ("citep" "{")
1109           ("citet" "{")
1110           ("acs" "{")
1111           ("acsp" "{")
1112           ("ac" "{")
1113           ("acp" "{")
1114           ("acl" "{")
1115           ("aclp" "{")
1116           ("acsu" "{")
1117           ("aclu" "{")
1118           ("acused" "{")
1119           ("DLA" "{")
1120           ("RZ" "{")
1121           ("OM" "{")
1122           ("DL" "{")
1123           ("fixme" "{"))
1124         )
1125   (setq font-latex-fontify-script nil)
1126   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1127   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1128 )
1129
1130 #+END_SRC
1131 ** ESS
1132 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1133 (use-package ess
1134   :commands R
1135   :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1136   :bind (:map ess-mode-map
1137               ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1138   :init
1139   (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1140   (autoload 'R "ess-site" nil t)
1141   :config
1142   ; actually load the rest of ess
1143   (require 'ess-site)
1144   (defun ess-change-directory (path)
1145     "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1146     (interactive "Directory to change to: ")
1147
1148     (when (file-exists-p path)
1149       (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1150       ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1151       (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1152   (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1153   ;; outlining support for ess modes
1154   (add-hook
1155    'ess-mode-hook
1156    '(lambda ()
1157       (outline-minor-mode)
1158       (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1159       (defun outline-level ()
1160         (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1161               ((looking-at "^#### ") 2)
1162               ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1163               (t 1000)))
1164       ))
1165   (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1166     "Evaluate region in a remote ESS instance"
1167     (interactive "r")
1168     (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1169     (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1170   ;; Don't restore history or save workspace image
1171   '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1172   )
1173 #+END_SRC
1174
1175 ** Rainbowmode
1176 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1177
1178 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1179 (use-package rainbow-mode
1180   ;; add ess to the x major mode
1181   :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1182   (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1183 )
1184 #+END_SRC
1185
1186 ** YAML Mode
1187 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1188 (use-package yaml-mode
1189   ;; add ess to the x major mode
1190   :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1191 )
1192 #+END_SRC
1193
1194 ** Polymode
1195 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1196 (use-package poly-noweb
1197   :after polymode
1198
1199   )
1200 (use-package poly-markdown
1201   :after polymode
1202   )
1203 (use-package poly-R
1204   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1205   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1206   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1207   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1208   )
1209 (use-package polymode
1210   )
1211
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** Outlining
1215 *** outline minor mode
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217 (use-package outline
1218    :ensure f
1219    :delight
1220    :config
1221    (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1222 )
1223 #+END_SRC
1224 *** outshine (outlining) integration
1225 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1226 (use-package outshine
1227   :after outline
1228   :hook (outline-minor-mode . outshine-mode)
1229 )
1230 #+END_SRC
1231 ** Writeroom Mode
1232 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1233 (use-package writeroom-mode
1234   :config
1235   (defun my/writing-mode ()
1236     "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1237     (interactive)
1238     (if writeroom-mode
1239         (progn
1240           (writeroom-mode -1)
1241           (visual-line-mode -1)
1242           (auto-fill-mode -1)
1243           (visual-fill-column-mode -1)
1244           )
1245       (visual-line-mode 1)
1246       (auto-fill-mode 1)
1247       (visual-fill-column-mode 1)
1248       (writeroom-mode 1))
1249     )
1250   )
1251 #+END_SRC
1252 ** GhostText/Atomic Chrome
1253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1254 (use-package atomic-chrome
1255   :config
1256   (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1257   (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1258   )
1259 #+END_SRC
1260 ** Edit Server
1261 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1262 (use-package edit-server
1263   :commands edit-server-start
1264   :init (if after-init-time
1265             (edit-server-start)
1266           (add-hook 'after-init-hook
1267                     #'(lambda() (edit-server-start))))
1268   :config (setq edit-server-new-frame-alist
1269                 '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1270                   (top . 200)
1271                   (left . 200)
1272                   (width . 80)
1273                   (height . 25)
1274                   (minibuffer . t)
1275                   (menu-bar-lines . t)
1276                   (window-system . x)))
1277   )
1278 #+END_SRC
1279 ** Multiple Cursors
1280 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1281 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1282 (use-package multiple-cursors
1283   :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1284           ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1285           ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1286           ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1287   )
1288 #+END_SRC
1289 ** Web Mode
1290 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1291 (use-package web-mode
1292   :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1293   :config
1294   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1295   (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1296   (setq web-mode-engines-alist
1297         '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1298   )
1299 #+END_SRC
1300 ** Spamassassin Mode
1301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1302 (use-package spamassassin-mode
1303   :straight nil
1304   :load-path "~/lib/emacs_el"
1305   :commands spamassassin-mode
1306   )
1307 #+END_SRC
1308 ** Password Store
1309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1310 (use-package password-store
1311   :commands password-store-edit password-store-generate
1312   :config
1313   (defun dla/password-store-edit (entry)
1314     "Edit password for ENTRY which doesn't require it to already exist"
1315     (interactive (list (password-store--completing-read nil)))
1316     (password-store--run-edit entry))
1317   (advice-add 'password-store-edit :override #'dla/password-store-edit)
1318   )
1319 #+END_SRC
1320 ** CSS mode
1321 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1322 (use-package css
1323   :straight css-mode
1324   :mode "\\.css'"
1325   :config
1326   ;; fix up css mode to not be silly
1327   ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1328   (setq cssm-indent-level 4)
1329   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1330   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1331   (setq cssm-mirror-mode nil))
1332 #+END_SRC
1333 ** Abbrev Mode
1334 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1335 (use-package abbrev
1336   :straight nil
1337   :delight abbrev-mode
1338   :config
1339   ;; load abbreviations from
1340   (setq abbrev-file-name
1341         "~/.emacs_abbrev_def")
1342
1343   ;; read the abbrev file if it exists
1344   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1345       (quietly-read-abbrev-file))
1346
1347   ;; for now, use abbrev mode everywhere
1348   :init
1349   (setq default-abbrev-mode t))
1350 #+END_SRC
1351
1352 ** Debugging (realgud)
1353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1354 (use-package realgud
1355   :commands (realgud:pdb realgud:gdb)
1356   )
1357 #+END_SRC
1358 ** Python Programming
1359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1360 (use-package python-mode
1361   :delight Py 🐍
1362   :hook
1363   (python-mode . pyenv-mode)
1364   (python-mode . flycheck-mode)
1365   (python-mode . blacken-mode)
1366   (python-mode . yas-minor-mode)
1367   (python-mode . anaconda-mode)
1368   )
1369 (use-package pyenv-mode
1370   :after python-mode
1371   )
1372 (use-package blacken
1373   :delight ⚑
1374   :after python-mode
1375   :config
1376   (setq-default blacken-fast-unsafe t)
1377 )
1378 #+END_SRC
1379 *** Black
1380 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1381 (use-package python-black
1382   :demand t
1383   :after python)
1384 #+end_src
1385 *** Sphinx Documentation
1386 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1387 (use-package numpydoc
1388   :after python
1389   :bind (:map python-mode-map
1390               ("C-c C-n" . numpydoc-generate)))
1391 (use-package sphinx-doc
1392   :config
1393   (sphinx-doc-mode t)
1394   (setq sphinx-doc-include-types t)
1395   :after python
1396   :hook (python-mode . sphinx-doc)
1397   )
1398 (use-package python-docstring
1399   :delight
1400   :after python
1401   :hook (python-mode . python-docstring-mode)
1402   )
1403 #+end_src
1404 ** Go language
1405 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1406 (use-package go-mode
1407              :delight "go"
1408              :mode "\\.go"
1409              )
1410 #+END_SRC
1411
1412 ** Expand region
1413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1414 (use-package expand-region
1415   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1416   )
1417 #+END_SRC
1418
1419 ** Dockerfile
1420 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1421 (use-package dockerfile-mode
1422   :mode "Dockerfile"
1423   )
1424 #+END_SRC
1425
1426 ** Beancount
1427 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1428 (use-package beancount
1429   :straight nil
1430   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1431   :mode "\\.beancount\\'"
1432
1433   )
1434 #+END_SRC
1435 * Email
1436 ** Mutt
1437 *** Message-mode
1438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1439 (use-package message
1440   :straight nil
1441   :delight (message "✉")
1442   :delight (message-mode "✉")
1443   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1444   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1445   :hook 'my/message-mode-settings
1446   :hook 'turn-on-flyspell
1447   :bind (:map message-mode-map
1448       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1449   :config
1450   (defun my/message-mode-settings ()
1451     (font-lock-add-keywords nil
1452                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1453                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1454               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1455                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1456     )
1457
1458   (defun my/post-attach-file ()
1459     "Prompt for an attachment."
1460     (interactive)
1461     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1462       (my/header-attach-file file "")))
1463
1464   (defun my/header-attach-file (file description)
1465     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1466   Argument DESCRIPTION MIME description."
1467     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1468     (when (> (length file) 0)
1469   (save-excursion
1470     (save-match-data
1471       (save-restriction
1472         (widen)
1473         (goto-char (point-min))
1474         (search-forward-regexp "^$")
1475         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1476                 description "\n"))
1477         (message (concat "Attached '" file "'."))
1478         (setq post-has-attachment t))))))
1479
1480   (setq mail-yank-prefix "> ")
1481   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1482 )
1483 #+END_SRC
1484 *** Muttrc mode
1485 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1486 (use-package mutt-mode
1487   :mode "muttngrc"
1488   :mode "muttrc"
1489 )
1490 #+END_SRC
1491 *** Set mail User agent
1492 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1493 (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1494 #+END_SRC
1495 *** Mail aliases
1496 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1497 ; (use-package
1498 ;   :straight t
1499 ;   :hook message
1500 ;   :config
1501 ;   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1502 ; )
1503 #+END_SRC
1504 * Base emacs
1505 ** Reverting buffers
1506 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1507 (use-package autorevert
1508   :delight auto-revert-mode
1509   :config
1510   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1511         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1512         auto-revert-verbose nil)
1513   (global-auto-revert-mode 1))
1514 #+END_SRC
1515 * Org Mode
1516 ** Use-package and load things
1517 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1518
1519 (use-package org
1520   :delight (org-mode "ø")
1521   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1522   :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1523          ("C-c a"  . org-agenda)
1524          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1525 #+END_SRC
1526 ** Agenda Configuration
1527 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1528   :config
1529   (setq-default org-log-done 'time)
1530   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1531
1532   (setq org-agenda-sticky t)
1533   (defun dla/show-org-agenda ()
1534     (interactive)
1535     (let (agendabuffer
1536           '(delq nil
1537                 (mapcar (lambda (x)
1538                           (and (string-match-p
1539                                 "\*Org Agenda.*\*"
1540                                 (buffer-name x))
1541                                x)
1542                           )
1543                         (buffer-list))))
1544       (if agendabuffer
1545           (switch-to-buffer
1546            (buffer-name agendabuffer))
1547         (org-agenda-list)))
1548       (delete-other-windows))
1549
1550   ;; agenda configuration
1551   ;; Do not dim blocked tasks
1552   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1553   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1554   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1555
1556   ;; Compact the block agenda view
1557   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1558
1559   ;; Custom agenda command definitions
1560   (setq org-agenda-custom-commands
1561         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1562                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1563                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1564                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1565                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1566                   (org-agenda-sorting-strategy
1567                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1568                 (" " "Agenda"
1569                  ((agenda "" nil)
1570                   (tags "REFILE"
1571                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1572                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1573                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1574                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1575                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1576                               (org-agenda-sorting-strategy
1577                                '(category-keep))))
1578                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1579                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1580                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1581                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1582                               (org-agenda-sorting-strategy
1583                                '(category-keep))))
1584                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1585                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1586                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1587                                                                         ""
1588                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1589                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1590                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1591                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1592                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1593                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1594                               (org-agenda-sorting-strategy
1595                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1596                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1597                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1598                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1599                                                                         ""
1600                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1601                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1602                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1603                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1604                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1605                               (org-agenda-sorting-strategy
1606                                '(category-keep))))
1607                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1608                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1609                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1610                                                                         ""
1611                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1612                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1613                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1614                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1615                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1616                               (org-agenda-sorting-strategy
1617                                '(category-keep))))
1618                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1619                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1620                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1621                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1622                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1623                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1624                   (tags "-REFILE/"
1625                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1626                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1627                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1628                  nil))))
1629
1630   ; org mode agenda files
1631   (setq org-agenda-files
1632         (append
1633         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1634         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1635         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1636         )
1637   )
1638   (setq my/org-refile-file
1639         (car (seq-filter
1640               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1641               org-agenda-files)))
1642
1643   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1644   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1645   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1646   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1647   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1648   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1649   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1650   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1651   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1652   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1653   ; (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1654   ;   (interactive "P")
1655   ;   (with-temp-buffer
1656   ;     (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1657   ;       (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1658   ;       (goto-char (point-max))
1659   ;       (newline))
1660   ;     (write-file "/tmp/timeline.org")
1661   ;     (org-agenda arg "L")))
1662   ; (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1663
1664 #+END_SRC
1665 ** General config
1666 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1667   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1668   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1669
1670   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1671   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1672 #+END_SRC
1673 ** Capture Templates
1674 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1675   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1676         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1677            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1678           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1679            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1680           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1681            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1682           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1683            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1684           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1685            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1686           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1687            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1688           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1689            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1690           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1691            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1692           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1693            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1694           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1695            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1696           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1697            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1698            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1699                                        "Jobs"
1700                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1701            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1702           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1703            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1704           )
1705         )
1706
1707   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1708   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1709     (interactive)
1710     (save-excursion
1711       (beginning-of-line 0)
1712       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1713
1714   (defun my/org-add-id ()
1715     (interactive)
1716     (save-excursion
1717       (if (org-current-level)
1718           ()
1719         (forward-char 1)
1720         )
1721       (org-id-get-create)
1722       )
1723   )
1724
1725 #+END_SRC
1726 ** Org mode key bindings
1727 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1728   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1729   ;; Custom Key Bindings
1730   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1731           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1732           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1733           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1734           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1735           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1736           ("<S-f5>" . bh/widen)
1737           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1738           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1739           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1740           ("<f9> b" . bbdb)
1741           ("<f9> c" . calendar)
1742           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1743           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1744           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1745           ("<f9> w" . widen)
1746
1747           ("<f9> r" . boxquote-region)
1748           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1749
1750           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1751           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1752
1753           ("<f9> v" . visible-mode)
1754           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1755           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1756           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1757           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1758           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1759           ("C-<f10>" . next-buffer)
1760           ("<f11>" . org-clock-goto)
1761           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1762           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1763           ("C-c c" . org-capture))
1764   :config
1765 #+END_SRC
1766 ** Utility Functions
1767 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1768 (defun bh/hide-other ()
1769   (interactive)
1770   (save-excursion
1771     (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1772     (outline-hide-other)
1773     (org-cycle)
1774     (org-cycle)
1775     (org-cycle)))
1776
1777 (defun bh/set-truncate-lines ()
1778   "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1779   (interactive)
1780   (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1781   ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1782   (save-excursion
1783     (set-window-start (selected-window)
1784                       (window-start (selected-window)))))
1785
1786 (defun bh/switch-to-scratch ()
1787   (interactive)
1788   (switch-to-buffer "*scratch*"))
1789
1790 (setq org-use-fast-todo-selection t)
1791 (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1792
1793 ; create function to create headlines in file. This comes from
1794 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1795 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1796   "Add ID properties to all headlines in the current file which
1797 do not already have one."
1798   (interactive)
1799   (save-excursion
1800     (widen)
1801     (goto-char (point-min))
1802     (when (not (re-search-forward "^#\\+OPTIONS:.*auto-id:f" (point-max) t))
1803       (org-map-entries 'org-id-get-create))))
1804 (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1805   "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1806 (or narrowed region)."
1807   (interactive)
1808
1809   (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1810 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1811 (add-hook 'org-mode-hook
1812           (lambda ()
1813             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1814 #+END_SRC
1815 ** Org ID locations
1816 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1817 (use-package find-lisp
1818   :demand t)
1819 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1820       (append '(agenda-archives)
1821               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1822               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1823               ))
1824 #+END_SRC
1825 ** Keywords (TODO)
1826 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1827 (setq org-todo-keywords
1828       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1829               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1830
1831 (setq org-todo-keyword-faces
1832       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1833               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1834               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1835               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1836               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1837               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1838               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1839               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1840
1841 (setq org-todo-state-tags-triggers
1842       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1843               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1844               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1845               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1846               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1847               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1848               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1849
1850
1851
1852 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1853 ; add ids on creation of nodes
1854 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1855
1856
1857 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1858 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1859 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1860
1861 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1862 ; use C-M-r for org mode capture
1863 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1864
1865 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1866 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1867                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1868
1869 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1870 (setq org-refile-use-outline-path t)
1871
1872 ; Targets complete directly with IDO
1873 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1874
1875 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1876 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1877
1878 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1879 ; (setq org-completion-use-ido t)
1880 ; (setq ido-everywhere t)
1881 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1882 ; (ido-mode (quote both))
1883 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1884 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1885 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1886 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1887 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1888
1889
1890 ;;;; Refile settings
1891 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1892 (defun bh/verify-refile-target ()
1893   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1894   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1895
1896 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1897
1898 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1899 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1900 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1901 (require 'org-protocol)
1902 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1903 (setq my-org-protocol-flag nil)
1904 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1905   "Delete frame at remember finalization"
1906   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1907          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1908 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1909   "Delete frame at remember refile"
1910   (if my-org-protocol-flag
1911       (progn
1912         (setq my-org-protocol-flag nil)
1913         ad-do-it
1914         (delete-frame))
1915     ad-do-it)
1916   )
1917 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1918   "Delete frame at remember abort"
1919   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1920          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1921 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1922   (setq my-org-protocol-flag t))
1923
1924 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1925   (unless (org-in-item-p)
1926     (org-id-get-create)
1927     )
1928   )
1929
1930 ;; org modules
1931 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1932
1933 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1934 (defun open-mail-in-mutt (message)
1935   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1936
1937 Message can be specified either by a path pointing inside a
1938 Maildir, or by Message-ID."
1939   (interactive "MPath or Message-ID: ")
1940   (shell-command
1941    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1942        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1943
1944 ;; add support for "mutt:ID" links
1945 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1946
1947 (defun my-org-mode-setup ()
1948   ; (load-library "reftex")
1949   (and (buffer-file-name)
1950        (file-exists-p (buffer-file-name))
1951        (progn
1952          ; (reftex-parse-all)
1953          (reftex-set-cite-format
1954           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1955             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1956             (?c . "\\cite{%l}")
1957             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1958          ))
1959   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1960   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1961   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1962   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1963   )
1964 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1965
1966 (defun org-mode-reftex-search ()
1967   (interactive)
1968   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1969
1970 (defun open-research-paper (bibtexkey)
1971   "Open a paper by bibtex key"
1972   (interactive "bibtex key: ")
1973   (shell-command
1974    (format "%s %s"
1975        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1976 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1977 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1978   "Open a paper pdf by bibtex key"
1979   (interactive "bibtex key: ")
1980   (shell-command
1981    (format "%s -p evince_annot %s"
1982        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1983 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1984
1985 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1986              '("notes" .
1987                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1988
1989 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1990 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1991
1992 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1993 (add-to-list 'org-structure-template-alist
1994              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1995
1996  ;; stolen from
1997 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1998 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1999   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
2000   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
2001                    (match-string 1 path)))
2002          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
2003     (cond ((eq format 'latex)
2004            (if (or (not desc)
2005                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
2006                (format "\\cite{%s}" search)
2007              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
2008
2009 (org-add-link-type "rtcite"
2010                    'org-bibtex-open
2011                    'my-rtcite-export-handler)
2012
2013
2014 #+END_SRC
2015 ** Org Mobile Configuration
2016 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2017   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2018   (when (string= system-name "linnode")
2019     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2020   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2021   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2022
2023 #+END_SRC
2024 ** Org iCal Support
2025 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2026   ;; org mode ical export
2027   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2028   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2029   ;; we already add the id manually
2030   (setq org-icalendar-store-UID t)
2031
2032 #+END_SRC
2033 ** General Org Babel Configuration
2034 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2035 ;; org babel support
2036 (org-babel-do-load-languages
2037  'org-babel-load-languages
2038  '((emacs-lisp . t )
2039    (R . t)
2040    (latex . t)
2041    (ditaa . t)
2042    (dot . t)
2043    ))
2044 ;; set the right path to ditaa.jar
2045 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2046 ;; use graphviz-dot for dot things
2047 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2048 ;; do not indent begin_src blocks
2049 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2050 ;; org-babel-by-backend
2051 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2052    `(case (if (boundp 'backend)
2053               (org-export-backend-name backend)
2054             nil) ,@body))
2055
2056 (defun my/fix-inline-images ()
2057   (when org-inline-image-overlays
2058     (org-redisplay-inline-images)))
2059
2060 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2061            'my/fix-inline-images)
2062
2063 #+END_SRC
2064 ** LaTeX configuration
2065 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2066 (use-package org-contrib
2067   :no-require t
2068   :after org
2069   :config
2070   (require 'ox-extra)
2071   (ox-extras-activate '(latex-header-blocks ignore-headlines))
2072   (require 'ox-latex)
2073 (add-to-list 'org-latex-classes
2074          '("memarticle"
2075        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2076        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2077        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2078        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2079        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2080        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2081
2082 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2083 (add-to-list 'org-latex-classes
2084          '("beamer"
2085        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2086 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2087 [PACKAGES]
2088 [EXTRA]"
2089        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2090        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2091        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2092        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2093        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2094
2095 (add-to-list 'org-latex-classes
2096          '("membook"
2097        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2098        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2099        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2100        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2101        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2102
2103 (add-to-list 'org-latex-classes
2104          '("letter"
2105        "\\documentclass[11pt]{letter}
2106 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2107 [PACKAGES]
2108 [EXTRA]"
2109    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2110        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2111        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2112        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2113        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2114
2115 (add-to-list 'org-latex-classes
2116          '("dlacv"
2117        "\\documentclass{dlacv}
2118 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2119 [NO-PACKAGES]
2120 [NO-EXTRA]"
2121        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2122        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2123        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2124        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2125        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2126
2127
2128 (add-to-list 'org-latex-classes
2129          '("dlaresume"
2130        "\\documentclass{dlaresume}
2131 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2132 [NO-PACKAGES]
2133 [NO-EXTRA]"
2134        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2135        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2136        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2137        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2138        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2139
2140
2141 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2142 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2143 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2144
2145 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2146 (setq org-latex-default-packages-alist
2147   '(("" "amsmath" t)
2148     ("" "unicode-math" t)
2149     ))
2150 (setq org-latex-packages-alist
2151   '(("" "graphicx" t)
2152     ("" "fontspec" t)
2153     ("" "xunicode" t)
2154     ("" "hyperref" t)
2155     ("" "url" t)
2156     ("" "rotating" t)
2157     ("" "longtable" nil)
2158     ("" "float" )))
2159
2160 ;; make equations larger
2161 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2162
2163 (defun org-create-formula--latex-header ()
2164   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2165   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2166            (org-export-get-backend 'latex))
2167           (org-export--get-inbuffer-options
2168            (org-export-get-backend 'latex)))))
2169     (org-latex-guess-babel-language
2170      (org-latex-guess-inputenc
2171   (org-splice-latex-header
2172    org-format-latex-header
2173    org-latex-default-packages-alist
2174    nil t
2175    (plist-get info :latex-header)))
2176      info)))
2177
2178
2179 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2180 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2181 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2182                   (headline contents info) activate)
2183   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2184   (setq ad-return-value contents)
2185     ad-do-it))
2186
2187 ;; keep latex logfiles
2188
2189 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2190 )
2191
2192 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2193 (org-clock-persistence-insinuate)
2194 ;;
2195 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2196 (setq org-clock-history-length 23)
2197 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2198 (setq org-clock-in-resume t)
2199 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2200 ;; there are things like PHONE calls
2201 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2202 ;; Separate drawers for clocking and logs
2203 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2204 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2205 (setq org-clock-into-drawer t)
2206 (setq org-log-into-drawer t)
2207 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2208 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2209 ;; Clock out when moving task to a done state
2210 (setq org-clock-out-when-done t)
2211 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2212 (setq org-clock-persist t)
2213 ;; Do not prompt to resume an active clock
2214 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2215 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2216 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2217 ;; Include current clocking task in clock reports
2218 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2219
2220 ;; the cache seems to be broken
2221 (setq org-element-use-cache nil)
2222
2223 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2224
2225 (defun bh/is-task-p ()
2226   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2227   (save-restriction
2228     (widen)
2229     (let ((has-subtask)
2230           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2231           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2232       (save-excursion
2233         (forward-line 1)
2234         (while (and (not has-subtask)
2235                     (< (point) subtree-end)
2236                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2237           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2238             (setq has-subtask t))))
2239       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2240 (defun bh/is-project-p ()
2241   "Any task with a todo keyword subtask"
2242   (save-restriction
2243     (widen)
2244     (let ((has-subtask)
2245           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2246           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2247       (save-excursion
2248         (forward-line 1)
2249         (while (and (not has-subtask)
2250                     (< (point) subtree-end)
2251                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2252           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2253             (setq has-subtask t))))
2254       (and is-a-task has-subtask))))
2255
2256 (defun bh/is-subproject-p ()
2257   "Any task which is a subtask of another project"
2258   (let ((is-subproject)
2259         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2260     (save-excursion
2261       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2262         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2263           (setq is-subproject t))))
2264     (and is-a-task is-subproject)))
2265
2266
2267 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2268   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2269 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2270 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2271   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2272     (cond
2273      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2274        (bh/is-task-p))
2275   "NEXT")
2276      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2277        (bh/is-project-p))
2278   "TODO"))))
2279
2280 (defun bh/punch-in (arg)
2281   "Start continuous clocking and set the default task to the
2282 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2283 as the default task."
2284   (interactive "p")
2285   (setq bh/keep-clock-running t)
2286   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2287   ;;
2288   ;; We're in the agenda
2289   ;;
2290   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2291          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags))))
2292     (if (and (eq arg 4) tags)
2293         (org-agenda-clock-in '(16))
2294       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2295     ;;
2296     ;; We are not in the agenda
2297     ;;
2298     (save-restriction
2299   (widen)
2300   ; Find the tags on the current task
2301   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2302       (org-clock-in '(16))
2303     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2304
2305 (defun bh/punch-out ()
2306   (interactive)
2307   (setq bh/keep-clock-running nil)
2308   (when (org-clock-is-active)
2309     (org-clock-out))
2310   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2311
2312 (defun bh/clock-in-default-task ()
2313   (save-excursion
2314     (org-with-point-at org-clock-default-task
2315   (org-clock-in))))
2316
2317 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2318   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2319   (let ((parent-task))
2320     (save-excursion
2321   (save-restriction
2322     (widen)
2323     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2324       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2325         (setq parent-task (point))))
2326     (if parent-task
2327         (org-with-point-at parent-task
2328       (org-clock-in))
2329       (when bh/keep-clock-running
2330         (bh/clock-in-default-task)))))))
2331
2332 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2333
2334 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2335   (interactive)
2336   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2337     (org-clock-in '(16))))
2338
2339 (defun bh/clock-out-maybe ()
2340   (when (and bh/keep-clock-running
2341          (not org-clock-clocking-in)
2342          (marker-buffer org-clock-default-task)
2343          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2344     (bh/clock-in-parent-task)))
2345
2346 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2347
2348 (require 'org-id)
2349 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2350   "Clock in a task by id"
2351   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2352     (org-clock-in nil)))
2353
2354 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2355   "Clock in the interrupted task if there is one
2356 Skip the default task and get the next one.
2357 A prefix arg forces clock in of the default task."
2358   (interactive "p")
2359   (let ((clock-in-to-task
2360      (cond
2361       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2362       ((and (org-clock-is-active)
2363         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2364        (caddr org-clock-history))
2365       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2366       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2367       (t (car org-clock-history)))))
2368     (widen)
2369     (org-with-point-at clock-in-to-task
2370   (org-clock-in nil))))
2371
2372
2373 (defun org-export-to-ods ()
2374   (interactive)
2375   (let ((csv-file "data.csv"))
2376     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2377     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2378
2379 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2380 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2381 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2382 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2383
2384 ;; support inserting screen shots
2385 (defun my/org-insert-screenshot ()
2386   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2387 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2388   (interactive)
2389   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2390   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2391     (read-file-name
2392      "Screenshot to insert: "
2393      nil
2394      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2395      )
2396     )
2397   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2398   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2399   (org-display-inline-images))
2400
2401 (defun my/fix-inline-images ()
2402   (when org-inline-image-overlays
2403     (org-redisplay-inline-images)))
2404
2405 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2406
2407 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2408 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2409          '(xelateximagemagick
2410       :programs ("xelatex" "convert")
2411       :description "pdf > png"
2412       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2413       :use-xcolor t
2414       :image-input-type "pdf"
2415       :image-output-type "png"
2416       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2417       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2418       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2419          )
2420 ;; use xelatex by default
2421 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2422
2423 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2424 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2425   "Fix properties drawers in current buffer.
2426  Ignore non Org buffers."
2427   (interactive)
2428   (when (eq major-mode 'org-mode)
2429     (org-with-wide-buffer
2430      (goto-char (point-min))
2431      (let ((case-fold-search t)
2432        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2433                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2434                    "END[ \t]*$"))))
2435    (org-map-entries
2436     (lambda ()
2437       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2438         (save-excursion
2439       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2440         (forward-line)
2441         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2442         (when (and (< (point) end)
2443                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2444                (save-excursion
2445                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2446                   (eq (org-element-type
2447                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2448                   'drawer))))
2449           (insert (delete-and-extract-region
2450                (match-beginning 0)
2451                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2452           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2453
2454 #+END_SRC
2455 ** Org-Gcal
2456 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2457 (use-package calfw
2458   :ensure f
2459   )
2460 (use-package calfw-org
2461   :ensure f
2462   )
2463 (use-package org-gcal
2464   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2465   :ensure f
2466   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2467                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2468             )
2469   )
2470 #+END_SRC
2471 ** appt integration
2472 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2473   (use-package appt
2474     :ensure f
2475     :config
2476     ;; Show notification 10 minutes before event
2477     (setq appt-message-warning-time 10)
2478     ;; Disable multiple reminders
2479     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2480     (setq appt-display-mode-line nil)
2481
2482     ;; add automatic reminders for appointments
2483     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2484       (interactive)
2485       (setq appt-time-msg-list nil)
2486       (org-agenda-to-appt))
2487     ;; add reminders when starting emacs
2488     (my/org-agenda-to-appt)
2489     ;; when rebuilding the agenda
2490     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2491       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2492       (my/org-agenda-to-appt)
2493       )
2494     ;; when saving all org buffers
2495     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2496       "Re-add appts after saving all org buffers"
2497       (my/org-agenda-to-appt))
2498     ;; Display appointments as a window manager notification
2499     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2500     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2501
2502     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2503
2504     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2505       (if (atom min-to-app)
2506       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2507     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2508       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2509                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2510       )
2511     )
2512
2513
2514 #+END_SRC
2515 ** End use-package
2516 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2517   )
2518 #+END_SRC
2519 * Keybindings
2520 ** Home/End Begining/End of line
2521 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2522   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2523   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2524 #+END_SRC
2525 ** Goto line
2526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2527   ; (global-unset-key "\M-g")
2528   ; (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2529 #+END_SRC
2530 * Debian
2531 ** debian-changelog
2532 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2533 (use-package debian-changelog-mode
2534   :mode "debian/changelog"
2535   :ensure debian-el
2536   :config
2537   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2538   (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2539 #+END_SRC
2540 * Misc (uncharacterized)
2541 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2542   (setq calendar-latitude 38.6)
2543   (setq calendar-longitude -121.5)
2544   (setq case-fold-search t)
2545   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2546
2547 #+END_SRC
2548 ** Turn on fontlock
2549 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2550   (global-font-lock-mode 1)
2551 #+END_SRC
2552 ** PS Printing
2553 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2554   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2555   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2556   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2557   (setq ps-line-number-color "blue")
2558   (setq ps-print-footer t)
2559   (setq ps-print-footer-frame nil)
2560   (setq ps-print-only-one-header t)
2561 #+END_SRC
2562 ** Only single spacing on sentences
2563 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2564   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2565   ]*")
2566   (setq sentence-end-double-space nil)
2567   ; enable matching parenthesis
2568 #+END_SRC
2569 ** Display paren mode
2570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2571   (show-paren-mode 1)
2572   (setq show-paren-delay 0.2)
2573
2574 #+END_SRC
2575 ** My Username
2576 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2577   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2578
2579 #+END_SRC
2580 ** Use primary selection on unix machines
2581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2582 ;; switch back to the old primary selection method
2583 (if (or (string-equal system-type "darwin")
2584         (string-equal system-type "windows")
2585         )
2586     (progn
2587       (setq select-enable-clipboard t)
2588       (setq select-enable-primary nil)
2589       )
2590   (progn
2591     (setq select-enable-clipboard nil)
2592     (setq select-enable-primary t)
2593     ))
2594 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2595
2596 ;; tramp configuration
2597 (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2598
2599 (setq-default c-indent-level 4)
2600 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2601 (setq-default c-brace-offset -4)
2602 (setq-default c-argdecl-indent 4)
2603 (setq-default c-label-offset -4)
2604 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2605 ; tabs are annoying
2606 (setq-default indent-tabs-mode nil)
2607 (setq-default tab-width 4)
2608
2609 (defun insert-date ()
2610   "Insert date at point."
2611   (interactive)
2612   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2613 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2614
2615 (defun unfill-paragraph (arg)
2616   "Pull this whole paragraph up onto one line."
2617   (interactive "*p")
2618   (let ((fill-column 10000))
2619     (fill-paragraph arg))
2620   )
2621
2622 (column-number-mode t)
2623
2624 #+END_SRC
2625 ** Desktop-save-mode
2626 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2627 emacs, and use a different desktop file to restore history
2628 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2629 (use-package desktop
2630   :demand
2631   :config
2632   (setq desktop-base-file-name
2633         (convert-standard-filename
2634          (concat ".emacs"
2635                  (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2636                      "")
2637                  ".desktop")
2638          ))
2639   (setq desktop-base-lock-name
2640         (convert-standard-filename
2641          (concat desktop-base-file-name
2642                  ".lock")))
2643   (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2644   (setq desktop-restore-eager 5)
2645   (setq desktop-lazy-verbose nil)
2646   (desktop-save-mode 1)
2647   ; (desktop-read)
2648 )
2649 #+END_SRC
2650 ** Misc (Uncharacterized)
2651 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2652
2653 (put 'upcase-region 'disabled nil)
2654 (put 'downcase-region 'disabled nil)
2655 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2656
2657 ; Outline-minor-mode key map
2658 (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2659 ; HIDE
2660 (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2661 (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2662 (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2663 (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2664 (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2665 (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2666 ; SHOW
2667 (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2668 (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2669 (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2670 (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2671 (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2672 ; MOVE
2673 (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2674 (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2675 (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2676 (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2677 (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2678 (global-set-key "\M-o" cm-map)
2679 ; fix up tmux xterm keys
2680 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2681 (defun fix-up-tmux-keys ()
2682     "Fix up tmux xterm keys"
2683     (if (getenv "TMUX")
2684         (progn
2685           (let ((x 2) (tkey ""))
2686             (while (<= x 8)
2687               ;; shift
2688               (if (= x 2)
2689                   (setq tkey "S-"))
2690               ;; alt
2691               (if (= x 3)
2692                   (setq tkey "M-"))
2693               ;; alt + shift
2694               (if (= x 4)
2695                   (setq tkey "M-S-"))
2696               ;; ctrl
2697               (if (= x 5)
2698                   (setq tkey "C-"))
2699               ;; ctrl + shift
2700               (if (= x 6)
2701                   (setq tkey "C-S-"))
2702               ;; ctrl + alt
2703               (if (= x 7)
2704                   (setq tkey "C-M-"))
2705               ;; ctrl + alt + shift
2706               (if (= x 8)
2707                   (setq tkey "C-M-S-"))
2708
2709               ;; arrows
2710               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2711               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2712               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2713               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2714               ;; home
2715               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2716               ;; end
2717               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2718               ;; page up
2719               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2720               ;; page down
2721               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2722               ;; insert
2723               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2724               ;; delete
2725               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2726               ;; f1
2727               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2728               ;; f2
2729               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2730               ;; f3
2731               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2732               ;; f4
2733               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2734               ;; f5
2735               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2736               ;; f6
2737               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2738               ;; f7
2739               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2740               ;; f8
2741               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2742               ;; f9
2743               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2744               ;; f10
2745               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2746               ;; f11
2747               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2748               ;; f12
2749               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2750               ;; f13
2751               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2752               ;; f14
2753               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2754               ;; f15
2755               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2756               ;; f16
2757               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2758               ;; f17
2759               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2760               ;; f18
2761               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2762               ;; f19
2763               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2764               ;; f20
2765               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2766
2767               (setq x (+ x 1))
2768               ))
2769           )
2770       )
2771     )
2772 ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2773
2774 (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2775   "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2776   (if (or (buffer-modified-p)
2777           (verify-visited-file-modtime)
2778           (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2779           (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2780       ad-do-it
2781     (clear-visited-file-modtime)
2782     (not-modified)))
2783 (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2784 #+END_SRC
2785
2786 * Start Server
2787 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2788   (use-package server
2789     :config
2790     (setq server-name
2791           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2792               "server"))
2793     (unless (server-running-p)
2794       ; (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2795       (server-start)))
2796 #+END_SRC
2797
2798 * END
2799 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2800 (provide 'don-configuration)
2801 #+END_SRC