emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'bind-key)
  75   (require 'diminish)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-common
 138   :ensure spacemacs-theme
 139   :config
 140   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356 (use-package yasnippet
 357   :ensure t
 358   :diminish yas-minor-mode
 359   :config (progn
 360             (yas-global-mode)
 361             (setq yas-verbosity 1)
 362             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
 365             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                              'yas-hippie-try-expand)
 369             (yas-reload-all)
 370             )
 371   )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545 (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546   (interactive "P")
 547   (cond
 548    ;; if a region is active, indent
 549    ((use-region-p)
 550     (indent-region (region-beginning)
 551                    (region-end)))
 552    ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553    ((and (not (active-minibuffer-window))
 554          (or (looking-at " ")
 555              (looking-at "$"))
 556          (looking-back "[^[:space:]]")
 557          (not (looking-back "^")))
 558
 559     (cond (company-mode (company-complete-common))
 560           (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562    ;; no whitespace anywhere
 563    ((and (not (active-minibuffer-window))
 564          (looking-at "[^[:space:]]")
 565          (looking-back "[^[:space:]]")
 566          (not (looking-back "^")))
 567     (cond
 568      ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569       (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570      ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571       (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573    ;; by default just call whatever was bound
 574    (t
 575     (let ((fn (or (if (current-local-map) (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB")))
 576                   'indent-for-tab-command)))
 577       (if (not (called-interactively-p 'any))
 578           (fn arg)
 579         (setq this-command fn)
 580         (call-interactively fn))))))
 581
 582 (defun malb/toggle-fold ()
 583   (interactive)
 584   (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585          (org-force-cycle-archived))
 586         ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587          (save-excursion
 588            (end-of-line)
 589            (hs-toggle-hiding)))
 590
 591         ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592          (save-excursion
 593            (outline-cycle)))))
 594
 595 (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596 (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure t
 624     )
 625 #+END_SRC
 626
 627 ** Perl
 628 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 629   (use-package cperl-mode
 630     :config
 631     (progn
 632       ;; Use c-mode for perl .xs files
 633       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 635       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 638       (setq cperl-hairy t
 639             cperl-indent-level 4
 640             cperl-auto-newline nil
 641             cperl-auto-newline-after-colon nil
 642             cperl-continued-statement-offset 4
 643             cperl-brace-offset -1
 644             cperl-continued-brace-offset 0
 645             cperl-label-offset -4
 646             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 647             cperl-electric-lbrace-space nil
 648             cperl-indent-parens-as-block nil
 649             cperl-close-paren-offset -1
 650             cperl-tab-always-indent t)
 651       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 652   ))
 653 #+END_SRC
 654
 655 ** Markdown mode
 656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 657   (use-package markdown-mode
 658     :ensure t
 659     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 660            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 661            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 662            )
 663     :config
 664     (setq markdown-enable-math t)
 665     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 666     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 667     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 669     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 670   )
 671
 672 #+END_SRC
 673 ** SQL mode
 674 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 675   ; load sql-indent when sql is loaded
 676 (use-package sql
 677   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 678   :config
 679   (require sql-indent))
 680 #+END_SRC
 681 ** Ediff
 682 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 683   (use-package ediff
 684     :commands ediff ediff3
 685     :ensure f
 686     :config
 687     ;; ediff configuration
 688     ;; don't use the multi-window configuration
 689     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 690   )
 691 #+END_SRC
 692 ** Do the Right Thing Indenting
 693 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 694 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 695 (use-package dtrt-indent
 696   :ensure t
 697 )
 698 #+END_SRC
 699 ** VCL --editing varnish configuration files
 700 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 701   (use-package vcl-mode
 702     :ensure t
 703     :mode "\\.vcl\\'"
 704     )
 705
 706 #+END_SRC
 707 ** Helm
 708 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 709   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 710     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 711     (interactive)
 712     (unless helm-source-buffers-list
 713       (setq helm-source-buffers-list
 714             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 715     (helm-other-buffer
 716      (append
 717
 718      (if (projectile-project-p)
 719           '(helm-source-projectile-buffers-list
 720             helm-source-buffers-list)
 721         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 722
 723       `(((name . "Virtual Workspace")
 724          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 725                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 726          (action . (lambda (candidate)
 727                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 728
 729       (if (projectile-project-p)
 730           '(helm-source-projectile-recentf-list
 731             helm-source-recentf)
 732         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 733
 734       ;; always make some common files easily accessible
 735       ;;'(((name . "Common Files")
 736        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 737         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 738
 739       '(helm-source-files-in-current-dir
 740         helm-source-locate
 741         helm-source-bookmarks
 742         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 743         ))
 744      "*Helm all the things*"))
 745   (use-package helm
 746     :ensure helm
 747     :diminish helm-mode
 748     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 749            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 750            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 751            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 753     :config
 754     (require 'helm-config)
 755     (require 'helm-for-files)
 756     (require 'helm-bookmark)
 757
 758     (helm-mode 1)
 759     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 760     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 761     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 762     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 763     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 764       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 765       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 766     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 767   )
 768 #+END_SRC
 769 *** Helm Flx
 770
 771  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 772
 773  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 774  (use-package helm-flx
 775    :ensure t
 776    :config (progn
 777              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 778              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 779                    helm-bookmark-show-location           t
 780                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 781                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 782                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 783                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 784                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 785                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 786                    helm-quick-update                     t
 787                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 788                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 789              (helm-flx-mode +1)))
 790  #+END_SRC
 791 *** Helm Swoop
 792 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 793
 794   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 795   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 796     (thing-at-point 'symbol))
 797     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 798     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 799           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 800           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 801           ein:notebook-multilang-mode))
 802
 803     (defun malb/swoop-or-search ()
 804       (interactive)
 805       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 806               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 807           (isearch-forward)
 808         (helm-swoop)))
 809
 810     (use-package helm-swoop
 811       :ensure t
 812       :commands helm-swoop
 813       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 814              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 815              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 816       :config (progn
 817
 818                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 819                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 820                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 821                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 822                       helm-swoop-speed-or-color t)
 823
 824                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 825                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 826                   (interactive)
 827                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 828                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 829                           (previous-history-element 1)
 830                         (helm-next-line))
 831                     (helm-next-line)))
 832
 833                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 835                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 839       )
 840
 841 #+END_SRC
 842 *** Helm Ag
 843 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 844 (use-package helm-ag
 845   :ensure t
 846   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 847                 helm-ag-command-option "--all-text"
 848                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 849                 helm-ag-fuzzy-match t
 850                 helm-ag-use-temp-buffer t
 851                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 852                 helm-ag-use-agignore t))
 853 #+END_SRC
 854 *** Helm Descbinds
 855 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 856   (use-package helm-descbinds
 857     :ensure t
 858     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 859     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 860 #+END_SRC
 861
 862 *** Helm YaSnippet
 863 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 864   (use-package helm-c-yasnippet
 865     :ensure t
 866     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 867     :config (progn
 868               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 869 #+END_SRC
 870 *** Helm Org Rifle
 871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 872   (use-package helm-org-rifle
 873     :ensure t
 874     :config (progn
 875               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 876                 (interactive "p")
 877                 (let ((current-prefix-arg nil))
 878                   (cond
 879                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 880                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 881                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 882 #+END_SRC
 883 *** Helm Google
 884 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 885 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 886   (use-package helm-google
 887     :ensure t
 888     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 889     :config
 890     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 891                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 892                                          (let ((url
 893                                                 (replace-regexp-in-string
 894                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 895                                                  "\\1" candidate)))
 896                                            (kill-new url))))
 897                         t
 898                         )
 899
 900            (add-to-list 'helm-google-actions
 901                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 902                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 903                                                      (url
 904                                                       (replace-regexp-in-string
 905                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 906                                                        "\\1" candidate)))
 907                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 908                         t)
 909            ))
 910 #+END_SRC
 911
 912 ** Projectile -- Project management
 913 #+begin_src emacs-lisp
 914   (use-package projectile
 915     :ensure t
 916     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 917            ("<f6>" . next-error))
 918     :config (progn
 919               (use-package magit :ensure t)
 920               (require 'helm-projectile)
 921               (helm-projectile-on)
 922
 923               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 924                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 925                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 926
 927               (projectile-global-mode)))
 928 #+end_src
 929
 930 *** helm integration
 931 #+begin_src emacs-lisp
 932   (use-package helm-projectile
 933     :ensure t
 934     :config (progn
 935               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 936                 (helm-build-dummy-source
 937                     "Create file"
 938                   :action 'find-file))
 939
 940               (add-to-list
 941                'helm-projectile-sources-list
 942                malb/helm-source-file-not-found t)
 943
 944               (helm-delete-action-from-source
 945                "Grep in projects `C-s'"
 946                helm-source-projectile-projects)
 947
 948               (helm-add-action-to-source
 949                "Grep in projects `C-s'"
 950                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 951 #+end_src
 952 ** Zap to char
 953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 954   (use-package avy-zap
 955     :ensure t
 956     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 957 #+END_SRC
 958 ** Hydra
 959 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 960   (use-package hydra
 961     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 962            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 964            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 965            )
 966     :config
 967     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 968     "
 969   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 970   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 971   _p_: read papers      _R_: paper notes
 972   _h_: hpcbio
 973   _q_: quit
 974   _z_: quit
 975   "
 976     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 977     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 978     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 979     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 980     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 981     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 982     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 983     ("r" (find-file my/org-refile-file))
 984     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 985     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 986     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 987     ("q" nil "quit")
 988     ("z" nil "quit")
 989     )
 990
 991     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 992     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 993     "
 994   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 995   ^^^^^^------------------------------------------------------
 996   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 997   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 998   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 999   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1000   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1001   _d_: subtree
1002
1003   "
1004     ;; Hide
1005     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1006     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1007     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1008     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1009     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1010     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1011     ;; Show
1012     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1013     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1014     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1015     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1016     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1017     ;; Move
1018     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1019     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1020     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1021     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1022     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1023     ("z" nil "leave"))
1024   )
1025 #+END_SRC
1026
1027 ** Tramp
1028 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1029   (use-package tramp
1030     :config
1031     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1032                                   (tramp-login-program "vcsh")
1033                                   (tramp-login-args
1034                                    (("enter")
1035                                     ("%h")))
1036                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1037                                   (tramp-remote-shell-args
1038                                    ("-c")))))
1039 #+END_SRC
1040 ** Reftex
1041 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1042   (use-package reftex
1043     :ensure t
1044     :config
1045     (setq-default reftex-default-bibliography
1046                     '("~/projects/research/references.bib")))
1047 #+END_SRC
1048 ** BibTex
1049 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1050   (use-package bibtex
1051     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1052                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1053                           ("abstract" "")
1054                   ("pmid" "")
1055                   ("doi" ""))))
1056     )
1057
1058 #+END_SRC
1059 ** LaTeX
1060 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1061 (use-package tex
1062   :defer t
1063   :ensure auctex
1064   :config
1065   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1066   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1067   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1068   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1069   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1070   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1071   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1072   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1073   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1074   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1075   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1076
1077   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1078   ;; support fake section headers
1079   (setq TeX-outline-extra
1080         '(("%chapter" 1)
1081           ("%section" 2)
1082           ("%subsection" 3)
1083           ("%subsubsection" 4)
1084           ("%paragraph" 5)))
1085   ;; add font locking to the headers
1086   (font-lock-add-keywords
1087    'latex-mode
1088    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1089       0 'font-lock-keyword-face t)
1090      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1091      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1092      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1093      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1094      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1095
1096   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1097   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1098   (setq TeX-open-quote "“")
1099   (setq TeX-close-quote "”")
1100
1101   ;; (TeX-add-style-hook
1102   ;;  "latex"
1103   ;;  (lambda ()
1104   ;;    (TeX-add-symbols
1105   ;;     '("DLA" 1))))
1106   ;; (custom-set-variables
1107   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1108   ;;    '(("fixme"
1109   ;;       ("DLA" "RZ")
1110   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1111   ;; )
1112   (setq-default TeX-parse-self t)
1113   (setq-default TeX-auto-save t)
1114   (setq-default TeX-master nil)
1115   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1116                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1117   (eval-after-load
1118       "latex"
1119     '(TeX-add-style-hook
1120       "cleveref"
1121       (lambda ()
1122         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1123             (add-to-list
1124              'reftex-ref-style-alist
1125              '("Cleveref" "cleveref"
1126                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1127         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1128         (TeX-add-symbols
1129          '("cref" TeX-arg-ref)
1130          '("Cref" TeX-arg-ref)
1131          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1132          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1133   (eval-after-load
1134       "latex"
1135     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1136                   '("Sexpr")))
1137
1138   (use-package font-latex
1139     :config
1140     (setq font-latex-match-reference-keywords
1141           '(
1142             ("fref" "{")
1143             ("Fref" "{")
1144             ("citep" "{")
1145             ("citet" "{")
1146             ("acs" "{")
1147             ("acsp" "{")
1148             ("ac" "{")
1149             ("acp" "{")
1150             ("acl" "{")
1151             ("aclp" "{")
1152             ("acsu" "{")
1153             ("aclu" "{")
1154             ("acused" "{")
1155             ("DLA" "{")
1156             ("RZ" "{")
1157             ("OM" "{")
1158             ("DL" "{")
1159             ("fixme" "{"))
1160           )
1161     )
1162   (setq font-latex-fontify-script nil)
1163   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1164   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1165 )
1166
1167 #+END_SRC
1168 ** ESS
1169 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1170   (use-package ess
1171     :ensure t
1172     :commands R
1173     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1174     :bind (:map ess-mode-map
1175                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1176     :init
1177     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1178     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1179     :config
1180     ; actually load the rest of ess
1181     (require 'ess-site)
1182     (defun ess-change-directory (path)
1183       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1184       (interactive "Directory to change to: ")
1185
1186       (when (file-exists-p path)
1187         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1188         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1189         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1190     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1191     ;; outlining support for ess modes
1192     (add-hook
1193      'ess-mode-hook
1194      '(lambda ()
1195         (outline-minor-mode)
1196         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1197         (defun outline-level ()
1198           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1199                 ((looking-at "^#### ") 2)
1200                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1201                 (t 1000)))
1202         ))
1203     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1204       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1205       (interactive "r")
1206       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1207       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1208     ;; Don't restore history or save workspace image
1209     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1210     )
1211 #+END_SRC
1212
1213 ** Rainbowmode
1214 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1215
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217   (use-package rainbow-mode
1218     ;; add ess to the x major mode
1219     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1220     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1221   )
1222 #+END_SRC
1223
1224 ** Polymode
1225 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1226 (use-package poly-noweb
1227   :ensure t
1228   :after polymode
1229
1230   )
1231 (use-package poly-markdown
1232   :ensure t
1233   :after polymode
1234   )
1235 (use-package poly-R
1236   :ensure t
1237   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1238   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1239   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1240   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1241   )
1242 (use-package polymode
1243   :ensure t
1244   )
1245
1246 #+END_SRC
1247
1248 ** Outlining
1249 *** Outline magic
1250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1251   (use-package outline-magic)
1252 #+END_SRC
1253 *** Outline mode
1254 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1255 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1256 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1257 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1258 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1259 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1260
1261 #+END_SRC
1262 ** Writeroom Mode
1263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1264   (use-package writeroom-mode
1265     :config
1266     (defun my/writing-mode ()
1267       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1268       (interactive)
1269       (if writeroom-mode
1270           (progn
1271             (writeroom-mode -1)
1272             (visual-line-mode -1)
1273             (auto-fill-mode -1)
1274             (visual-fill-column-mode -1)
1275             )
1276         (visual-line-mode 1)
1277         (auto-fill-mode 1)
1278         (visual-fill-column-mode 1)
1279         (writeroom-mode 1))
1280       )
1281     )
1282 #+END_SRC
1283 ** GhostText/Atomic Chrome
1284 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1285   (use-package atomic-chrome
1286     :config
1287     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1288     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1289     )
1290 #+END_SRC
1291 ** Multiple Cursors
1292    :PROPERTIES:
1293    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1294    :END:
1295 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1296 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1297   (use-package multiple-cursors
1298     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1299             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1300             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1301             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1302     )
1303 #+END_SRC
1304 ** Web Mode
1305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1306   (use-package web-mode
1307     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1308     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1309     :config
1310     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1311     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1312     (setq web-mode-engines-alist
1313           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1314     )
1315 #+END_SRC
1316 ** Spamassassin Mode
1317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1318   (use-package spamassassin-mode
1319     :commands spamassassin-mode
1320     :ensure f
1321     )
1322 #+END_SRC
1323 ** Password Store
1324 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1325   (use-package password-store
1326     :ensure f
1327     :commands password-store-edit password-store-generate
1328     )
1329 #+END_SRC
1330 ** CSS mode
1331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1332   (use-package css
1333     :mode "\\.css'"
1334     :config
1335     ;; fix up css mode to not be silly
1336     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1337     (setq cssm-indent-level 4)
1338     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1339     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1340     (setq cssm-mirror-mode nil))
1341 #+END_SRC
1342 ** Abbrev Mode
1343 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1344   (use-package abbrev
1345     :diminish abbrev-mode
1346     :config
1347     ;; load abbreviations from
1348     (setq abbrev-file-name
1349           "~/.emacs_abbrev_def")
1350
1351     ;; read the abbrev file if it exists
1352     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1353         (quietly-read-abbrev-file))
1354
1355     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1356     (setq default-abbrev-mode t))
1357 #+END_SRC
1358
1359 ** Go language
1360 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1361 (use-package go-mode
1362              :diminish "go"
1363              :mode "\\.go"
1364              )
1365 #+END_SRC
1366
1367 ** Expand region
1368 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1369 (use-package expand-region
1370   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1371   )
1372 #+END_SRC
1373
1374 ** Dockerfile
1375 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1376 (use-package dockerfile-mode
1377   :mode "Dockerfile"
1378   )
1379 #+END_SRC
1380
1381 ** Beancount
1382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1383 (use-package beancount
1384   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1385   :ensure f
1386   :mode "\\.beancount\\'"
1387
1388   )
1389 #+END_SRC
1390 * Email
1391 ** Mutt
1392 *** Message-mode
1393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1394 (use-package message
1395   :ensure f
1396   :diminish (message "✉")
1397   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1398   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1399   :hook 'my/message-mode-settings
1400   :hook 'turn-on-flyspell
1401   :bind (:map message-mode-map
1402       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1403   :delight (message-mode "✉")
1404   :config
1405   (defun my/message-mode-settings ()
1406     (font-lock-add-keywords nil
1407                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1408                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1409               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1410                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1411     )
1412
1413   (defun my/post-attach-file ()
1414     "Prompt for an attachment."
1415     (interactive)
1416     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1417       (my/header-attach-file file "")))
1418
1419   (defun my/header-attach-file (file description)
1420     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1421   Argument DESCRIPTION MIME description."
1422     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1423     (when (> (length file) 0)
1424   (save-excursion
1425     (save-match-data
1426       (save-restriction
1427         (widen)
1428         (goto-char (point-min))
1429         (search-forward-regexp "^$")
1430         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1431                 description "\n"))
1432         (message (concat "Attached '" file "'."))
1433         (setq post-has-attachment t))))))
1434
1435   (setq mail-yank-prefix "> ")
1436   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1437 )
1438 #+END_SRC
1439 *** Muttrc mode
1440 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1441   (use-package muttrc-mode
1442     :mode "muttngrc"
1443     :mode "muttrc"
1444   )
1445
1446 #+END_SRC
1447 * Base emacs
1448 ** Reverting buffers
1449 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1450   (use-package autorevert
1451     :diminish auto-revert-mode
1452     :config
1453     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1454           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1455           auto-revert-verbose nil)
1456     (global-auto-revert-mode 1))
1457 #+END_SRC
1458 * Org Mode
1459 ** Use-package and load things
1460 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1461
1462   (use-package org
1463     :delight (org-mode "ø")
1464     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1465     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1466            ("C-c a"  . org-agenda)
1467            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1468 #+END_SRC
1469 ** Agenda Configuration
1470 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1471   :config
1472   (setq-default org-log-done 'time)
1473   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1474
1475   (setq org-agenda-sticky t)
1476   (defun dla/show-org-agenda ()
1477     (interactive)
1478     (let (agendabuffer
1479           '(delq nil
1480                 (mapcar (lambda (x)
1481                           (and (string-match-p
1482                                 "\*Org Agenda.*\*"
1483                                 (buffer-name x))
1484                                x)
1485                           )
1486                         (buffer-list))))
1487       (if agendabuffer
1488           (switch-to-buffer
1489            (buffer-name agendabuffer))
1490         (org-agenda-list)))
1491       (delete-other-windows))
1492
1493   ;; agenda configuration
1494   ;; Do not dim blocked tasks
1495   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1496   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1497   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1498
1499   ;; Compact the block agenda view
1500   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1501
1502   ;; Custom agenda command definitions
1503   (setq org-agenda-custom-commands
1504         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1505                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1506                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1507                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1508                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1509                   (org-agenda-sorting-strategy
1510                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1511                 (" " "Agenda"
1512                  ((agenda "" nil)
1513                   (tags "REFILE"
1514                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1515                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1516                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1517                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1518                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1519                               (org-agenda-sorting-strategy
1520                                '(category-keep))))
1521                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1522                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1523                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1524                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1525                               (org-agenda-sorting-strategy
1526                                '(category-keep))))
1527                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1528                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1529                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1530                                                                         ""
1531                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1532                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1533                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1534                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1535                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1536                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1537                               (org-agenda-sorting-strategy
1538                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1539                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1540                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1541                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1542                                                                         ""
1543                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1544                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1545                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1546                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1547                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1548                               (org-agenda-sorting-strategy
1549                                '(category-keep))))
1550                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1551                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1552                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1553                                                                         ""
1554                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1555                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1556                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1557                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1558                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1559                               (org-agenda-sorting-strategy
1560                                '(category-keep))))
1561                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1562                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1563                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1564                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1565                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1566                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1567                   (tags "-REFILE/"
1568                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1569                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1570                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1571                  nil))))
1572
1573   ; org mode agenda files
1574   (setq org-agenda-files
1575         (append
1576         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1577         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1578         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1579         )
1580   )
1581   (setq my/org-refile-file
1582         (car (seq-filter
1583               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1584               org-agenda-files)))
1585
1586   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1587   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1588   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1589   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1590   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1591   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1592   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1593   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1594   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1595   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1596   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1597     (interactive "P")
1598     (with-temp-buffer
1599       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1600         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1601         (goto-char (point-max))
1602         (newline))
1603       (write-file "/tmp/timeline.org")
1604       (org-agenda arg "L")))
1605   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1606
1607 #+END_SRC
1608 ** General config
1609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1610   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1611   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1612
1613   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1614   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1615 #+END_SRC
1616 ** Capture Templates
1617 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1618   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1619         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1620            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1621           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1622            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1623           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1624            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1625           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1626            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1627           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1628            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1629           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1630            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1631           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1632            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1633           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1634            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1635           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1636            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1637           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1638            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1639           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1640            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1641            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1642                                        "Jobs"
1643                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1644            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1645           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1646            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1647           )
1648         )
1649
1650   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1651   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1652     (interactive)
1653     (save-excursion
1654       (beginning-of-line 0)
1655       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1656
1657   (defun my/org-add-id ()
1658     (interactive)
1659     (save-excursion
1660       (if (org-current-level)
1661           ()
1662         (forward-char 1)
1663         )
1664       (org-id-get-create)
1665       )
1666   )
1667
1668 #+END_SRC
1669 ** Org mode key bindings
1670 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1671   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1672   ;; Custom Key Bindings
1673   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1674           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1675           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1676           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1677           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1678           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1679           ("<S-f5>" . bh/widen)
1680           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1681           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1682           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1683           ("<f9> b" . bbdb)
1684           ("<f9> c" . calendar)
1685           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1686           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1687           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1688           ("<f9> w" . widen)
1689
1690           ("<f9> r" . boxquote-region)
1691           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1692
1693           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1694           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1695
1696           ("<f9> v" . visible-mode)
1697           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1698           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1699           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1700           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1701           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1702           ("C-<f10>" . next-buffer)
1703           ("<f11>" . org-clock-goto)
1704           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1705           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1706           ("C-c c" . org-capture))
1707   :config
1708 #+END_SRC
1709 ** Utility Functions
1710 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1711   (defun bh/hide-other ()
1712     (interactive)
1713     (save-excursion
1714       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1715       (hide-other)
1716       (org-cycle)
1717       (org-cycle)
1718       (org-cycle)))
1719
1720   (defun bh/set-truncate-lines ()
1721     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1722     (interactive)
1723     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1724     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1725     (save-excursion
1726       (set-window-start (selected-window)
1727                         (window-start (selected-window)))))
1728
1729   (defun bh/switch-to-scratch ()
1730     (interactive)
1731     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1732
1733   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1734   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1735
1736   ; create function to create headlines in file. This comes from
1737   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1738   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1739     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1740   do not already have one."
1741     (interactive)
1742     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1743   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1744     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1745   (or narrowed region)."
1746     (interactive)
1747     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1748   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1749   ; (add-hook 'org-mode-hook
1750   ;           (lambda ()
1751   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1752 #+END_SRC
1753 ** Org ID locations
1754 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1755 (use-package find-lisp
1756   :ensure t)
1757 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1758       (append '(agenda-archives)
1759               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1760               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1761               ))
1762 #+END_SRC
1763 ** Keywords (TODO)
1764 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1765 (setq org-todo-keywords
1766       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1767               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1768
1769 (setq org-todo-keyword-faces
1770       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1771               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1772               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1773               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1774               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1775               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1776               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1777               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1778
1779 (setq org-todo-state-tags-triggers
1780       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1781               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1782               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1783               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1784               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1785               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1786               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1787
1788
1789
1790 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1791 ; add ids on creation of nodes
1792 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1793
1794
1795 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1796 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1797 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1798
1799 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1800 ; use C-M-r for org mode capture
1801 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1802
1803 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1804 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1805                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1806
1807 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1808 (setq org-refile-use-outline-path t)
1809
1810 ; Targets complete directly with IDO
1811 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1812
1813 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1814 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1815
1816 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1817 ; (setq org-completion-use-ido t)
1818 ; (setq ido-everywhere t)
1819 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1820 ; (ido-mode (quote both))
1821 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1822 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1823 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1824 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1825 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1826
1827
1828 ;;;; Refile settings
1829 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1830 (defun bh/verify-refile-target ()
1831   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1832   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1833
1834 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1835
1836 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1837 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1838 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1839 (require 'org-protocol)
1840 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1841 (setq my-org-protocol-flag nil)
1842 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1843   "Delete frame at remember finalization"
1844   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1845          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1846 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1847   "Delete frame at remember refile"
1848   (if my-org-protocol-flag
1849       (progn
1850         (setq my-org-protocol-flag nil)
1851         ad-do-it
1852         (delete-frame))
1853     ad-do-it)
1854   )
1855 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1856   "Delete frame at remember abort"
1857   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1858          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1859 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1860   (setq my-org-protocol-flag t))
1861
1862 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1863   (unless (org-in-item-p)
1864     (org-id-get-create)
1865     )
1866   )
1867
1868 ;; org modules
1869 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1870
1871 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1872 (defun open-mail-in-mutt (message)
1873   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1874
1875 Message can be specified either by a path pointing inside a
1876 Maildir, or by Message-ID."
1877   (interactive "MPath or Message-ID: ")
1878   (shell-command
1879    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1880        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1881
1882 ;; add support for "mutt:ID" links
1883 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1884
1885 (defun my-org-mode-setup ()
1886   ; (load-library "reftex")
1887   (and (buffer-file-name)
1888        (file-exists-p (buffer-file-name))
1889        (progn
1890          ; (reftex-parse-all)
1891          (reftex-set-cite-format
1892           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1893             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1894             (?c . "\\cite{%l}")
1895             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1896          ))
1897   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1898   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1899   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1900   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1901   )
1902 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1903
1904 (defun org-mode-reftex-search ()
1905   (interactive)
1906   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1907
1908 (defun open-research-paper (bibtexkey)
1909   "Open a paper by bibtex key"
1910   (interactive "bibtex key: ")
1911   (shell-command
1912    (format "%s %s"
1913        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1914 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1915 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1916   "Open a paper pdf by bibtex key"
1917   (interactive "bibtex key: ")
1918   (shell-command
1919    (format "%s -p evince_annot %s"
1920        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1921 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1922
1923 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1924              '("notes" .
1925                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1926
1927 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1928 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1929
1930 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1931 (add-to-list 'org-structure-template-alist
1932              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1933
1934  ;; stolen from
1935 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1936 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1937   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1938   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1939                    (match-string 1 path)))
1940          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1941     (cond ((eq format 'latex)
1942            (if (or (not desc)
1943                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1944                (format "\\cite{%s}" search)
1945              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1946
1947 (org-add-link-type "rtcite"
1948                    'org-bibtex-open
1949                    'my-rtcite-export-handler)
1950
1951
1952 #+END_SRC
1953 ** Org Mobile Configuration
1954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1955   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1956   (when (string= system-name "linnode")
1957     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1958   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1959   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1960
1961 #+END_SRC
1962 ** Org iCal Support
1963 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1964   ;; org mode ical export
1965   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1966   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1967   ;; we already add the id manually
1968   (setq org-icalendar-store-UID t)
1969
1970 #+END_SRC
1971 ** General Org Babel Configuration
1972 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1973 ;; org babel support
1974 (org-babel-do-load-languages
1975  'org-babel-load-languages
1976  '((emacs-lisp . t )
1977    (R . t)
1978    (latex . t)
1979    (ditaa . t)
1980    (dot . t)
1981    ))
1982 ;; set the right path to ditaa.jar
1983 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1984 ;; use graphviz-dot for dot things
1985 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1986 ;; do not indent begin_src blocks
1987 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1988 ;; org-babel-by-backend
1989 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1990    `(case (if (boundp 'backend)
1991               (org-export-backend-name backend)
1992             nil) ,@body))
1993
1994 (defun my/fix-inline-images ()
1995   (when org-inline-image-overlays
1996     (org-redisplay-inline-images)))
1997
1998 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1999            'my/fix-inline-images)
2000
2001 #+END_SRC
2002 ** LaTeX configuration
2003    :PROPERTIES:
2004    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2005    :END:
2006 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2007 (use-package ox-extra
2008   :config
2009   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2010 (require 'ox-latex)
2011 (add-to-list 'org-latex-classes
2012          '("memarticle"
2013        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2014        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2015        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2016        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2017        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2018        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2019
2020 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2021 (add-to-list 'org-latex-classes
2022          '("beamer"
2023        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2024 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2025 [PACKAGES]
2026 [EXTRA]"
2027        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2028        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2029        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2030        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2031        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2032
2033 (add-to-list 'org-latex-classes
2034          '("membook"
2035        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2036        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2037        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2038        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2039        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2040
2041 (add-to-list 'org-latex-classes
2042          '("letter"
2043        "\\documentclass[11pt]{letter}
2044 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2045 [PACKAGES]
2046 [EXTRA]"
2047    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2048        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2049        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2050        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2051        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2052
2053 (add-to-list 'org-latex-classes
2054          '("dlacv"
2055        "\\documentclass{dlacv}
2056 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2057 [NO-PACKAGES]
2058 [NO-EXTRA]"
2059        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2060        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2061        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2062        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2063        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2064
2065
2066 (add-to-list 'org-latex-classes
2067          '("dlaresume"
2068        "\\documentclass{dlaresume}
2069 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2070 [NO-PACKAGES]
2071 [NO-EXTRA]"
2072        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2073        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2074        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2075        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2076        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2077
2078
2079 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2080 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2081 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2082
2083 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2084 (setq org-latex-default-packages-alist
2085   '(("" "amsmath" t)
2086     ("" "unicode-math" t)
2087     ))
2088 (setq org-latex-packages-alist
2089   '(("" "graphicx" t)
2090     ("" "fontspec" t)
2091     ("" "xunicode" t)
2092     ("" "hyperref" t)
2093     ("" "url" t)
2094     ("" "rotating" t)
2095     ("" "longtable" nil)
2096     ("" "float" )))
2097
2098 ;; make equations larger
2099 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2100
2101 (defun org-create-formula--latex-header ()
2102   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2103   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2104            (org-export-get-backend 'latex))
2105           (org-export--get-inbuffer-options
2106            (org-export-get-backend 'latex)))))
2107     (org-latex-guess-babel-language
2108      (org-latex-guess-inputenc
2109   (org-splice-latex-header
2110    org-format-latex-header
2111    org-latex-default-packages-alist
2112    nil t
2113    (plist-get info :latex-header)))
2114      info)))
2115
2116
2117 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2118 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2119 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2120                   (headline contents info) activate)
2121   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2122   (setq ad-return-value contents)
2123     ad-do-it))
2124
2125 ;; keep latex logfiles
2126
2127 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2128
2129 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2130 (org-clock-persistence-insinuate)
2131 ;;
2132 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2133 (setq org-clock-history-length 23)
2134 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2135 (setq org-clock-in-resume t)
2136 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2137 ;; there are things like PHONE calls
2138 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2139 ;; Separate drawers for clocking and logs
2140 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2141 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2142 (setq org-clock-into-drawer t)
2143 (setq org-log-into-drawer t)
2144 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2145 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2146 ;; Clock out when moving task to a done state
2147 (setq org-clock-out-when-done t)
2148 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2149 (setq org-clock-persist t)
2150 ;; Do not prompt to resume an active clock
2151 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2152 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2153 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2154 ;; Include current clocking task in clock reports
2155 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2156
2157 ;; the cache seems to be broken
2158 (setq org-element-use-cache nil)
2159
2160 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2161
2162 (defun bh/is-task-p ()
2163   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2164   (save-restriction
2165     (widen)
2166     (let ((has-subtask)
2167           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2168           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2169       (save-excursion
2170         (forward-line 1)
2171         (while (and (not has-subtask)
2172                     (< (point) subtree-end)
2173                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2174           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2175             (setq has-subtask t))))
2176       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2177 (defun bh/is-project-p ()
2178   "Any task with a todo keyword subtask"
2179   (save-restriction
2180     (widen)
2181     (let ((has-subtask)
2182           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2183           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2184       (save-excursion
2185         (forward-line 1)
2186         (while (and (not has-subtask)
2187                     (< (point) subtree-end)
2188                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2189           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2190             (setq has-subtask t))))
2191       (and is-a-task has-subtask))))
2192
2193 (defun bh/is-subproject-p ()
2194   "Any task which is a subtask of another project"
2195   (let ((is-subproject)
2196         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2197     (save-excursion
2198       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2199         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2200           (setq is-subproject t))))
2201     (and is-a-task is-subproject)))
2202
2203
2204 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2205   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2206 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2207 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2208   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2209     (cond
2210      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2211        (bh/is-task-p))
2212   "NEXT")
2213      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2214        (bh/is-project-p))
2215   "TODO"))))
2216
2217 (defun bh/punch-in (arg)
2218   "Start continuous clocking and set the default task to the
2219 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2220 as the default task."
2221   (interactive "p")
2222   (setq bh/keep-clock-running t)
2223   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2224   ;;
2225   ;; We're in the agenda
2226   ;;
2227   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2228          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2229     (if (and (eq arg 4) tags)
2230         (org-agenda-clock-in '(16))
2231       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2232     ;;
2233     ;; We are not in the agenda
2234     ;;
2235     (save-restriction
2236   (widen)
2237   ; Find the tags on the current task
2238   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2239       (org-clock-in '(16))
2240     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2241
2242 (defun bh/punch-out ()
2243   (interactive)
2244   (setq bh/keep-clock-running nil)
2245   (when (org-clock-is-active)
2246     (org-clock-out))
2247   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2248
2249 (defun bh/clock-in-default-task ()
2250   (save-excursion
2251     (org-with-point-at org-clock-default-task
2252   (org-clock-in))))
2253
2254 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2255   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2256   (let ((parent-task))
2257     (save-excursion
2258   (save-restriction
2259     (widen)
2260     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2261       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2262         (setq parent-task (point))))
2263     (if parent-task
2264         (org-with-point-at parent-task
2265       (org-clock-in))
2266       (when bh/keep-clock-running
2267         (bh/clock-in-default-task)))))))
2268
2269 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2270
2271 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2272   (interactive)
2273   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2274     (org-clock-in '(16))))
2275
2276 (defun bh/clock-out-maybe ()
2277   (when (and bh/keep-clock-running
2278          (not org-clock-clocking-in)
2279          (marker-buffer org-clock-default-task)
2280          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2281     (bh/clock-in-parent-task)))
2282
2283 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2284
2285 (require 'org-id)
2286 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2287   "Clock in a task by id"
2288   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2289     (org-clock-in nil)))
2290
2291 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2292   "Clock in the interrupted task if there is one
2293 Skip the default task and get the next one.
2294 A prefix arg forces clock in of the default task."
2295   (interactive "p")
2296   (let ((clock-in-to-task
2297      (cond
2298       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2299       ((and (org-clock-is-active)
2300         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2301        (caddr org-clock-history))
2302       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2303       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2304       (t (car org-clock-history)))))
2305     (widen)
2306     (org-with-point-at clock-in-to-task
2307   (org-clock-in nil))))
2308
2309
2310 (defun org-export-to-ods ()
2311   (interactive)
2312   (let ((csv-file "data.csv"))
2313     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2314     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2315
2316 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2317 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2318 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2319 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2320
2321 ;; support inserting screen shots
2322 (defun my/org-insert-screenshot ()
2323   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2324 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2325   (interactive)
2326   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2327   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2328     (read-file-name
2329      "Screenshot to insert: "
2330      nil
2331      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2332      )
2333     )
2334   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2335   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2336   (org-display-inline-images))
2337
2338 (defun my/fix-inline-images ()
2339   (when org-inline-image-overlays
2340     (org-redisplay-inline-images)))
2341
2342 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2343
2344 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2345 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2346          '(xelateximagemagick
2347       :programs ("xelatex" "convert")
2348       :description "pdf > png"
2349       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2350       :use-xcolor t
2351       :image-input-type "pdf"
2352       :image-output-type "png"
2353       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2354       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2355       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2356          )
2357 ;; use xelatex by default
2358 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2359
2360 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2361 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2362   "Fix properties drawers in current buffer.
2363  Ignore non Org buffers."
2364   (interactive)
2365   (when (eq major-mode 'org-mode)
2366     (org-with-wide-buffer
2367      (goto-char (point-min))
2368      (let ((case-fold-search t)
2369        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2370                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2371                    "END[ \t]*$"))))
2372    (org-map-entries
2373     (lambda ()
2374       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2375         (save-excursion
2376       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2377         (forward-line)
2378         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2379         (when (and (< (point) end)
2380                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2381                (save-excursion
2382                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2383                   (eq (org-element-type
2384                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2385                   'drawer))))
2386           (insert (delete-and-extract-region
2387                (match-beginning 0)
2388                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2389           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2390
2391 #+END_SRC
2392 ** Org-Gcal
2393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2394 (use-package calfw
2395   :ensure f
2396   )
2397 (use-package calfw-org
2398   :ensure f
2399   )
2400 (use-package org-gcal
2401   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2402   :ensure f
2403   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2404                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2405             )
2406   )
2407 #+END_SRC
2408 ** appt integration
2409 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2410   (use-package appt
2411     :ensure f
2412     :config
2413     ;; Show notification 10 minutes before event
2414     (setq appt-message-warning-time 10)
2415     ;; Disable multiple reminders
2416     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2417     (setq appt-display-mode-line nil)
2418
2419     ;; add automatic reminders for appointments
2420     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2421       (interactive)
2422       (setq appt-time-msg-list nil)
2423       (org-agenda-to-appt))
2424     ;; add reminders when starting emacs
2425     (my/org-agenda-to-appt)
2426     ;; when rebuilding the agenda
2427     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2428       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2429       (my/org-agenda-to-appt)
2430       )
2431     ;; when saving all org buffers
2432     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2433       "Re-add appts after saving all org buffers"
2434       (my/org-agenda-to-appt))
2435     ;; Display appointments as a window manager notification
2436     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2437     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2438
2439     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2440
2441     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2442       (if (atom min-to-app)
2443       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2444     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2445       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2446                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2447       )
2448     )
2449
2450
2451 #+END_SRC
2452 ** outshine (outlining) integration
2453 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2454 (use-package outshine
2455   :ensure t
2456   :hook (outline-minor-mode . outshine-hook-function)
2457 )
2458 #+END_SRC
2459 ** End use-package
2460 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2461   )
2462 #+END_SRC
2463 * Keybindings
2464 ** Goto line
2465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2466   (global-unset-key "\M-g")
2467   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2468 #+END_SRC
2469 * Debian
2470 ** debian-changelog
2471 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2472   (use-package debian-changelog-mode
2473     :mode "debian/changelog"
2474     :config
2475     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2476     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2477 #+END_SRC
2478 * Misc (uncharacterized)
2479 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2480   (setq calendar-latitude 38.6)
2481   (setq calendar-longitude -121.5)
2482   (setq case-fold-search t)
2483   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2484   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2485 #+END_SRC
2486 ** Turn on fontlock and icomplete
2487 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2488   (global-font-lock-mode 1)
2489   (icomplete-mode 1)
2490   (setq log-edit-keep-buffer t)
2491 #+END_SRC
2492 ** Set mail User agent
2493 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2494   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2495   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2496 #+END_SRC
2497 ** PS Printing
2498 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2499   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2500   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2501   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2502   (setq ps-line-number-color "blue")
2503   (setq ps-print-footer t)
2504   (setq ps-print-footer-frame nil)
2505   (setq ps-print-only-one-header t)
2506 #+END_SRC
2507 ** Only single spacing on sentences
2508 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2509   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2510   ]*")
2511   (setq sentence-end-double-space nil)
2512   ; enable matching parenthesis
2513 #+END_SRC
2514 ** Display paren mode
2515 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2516   (show-paren-mode 1)
2517   (setq show-paren-delay 0.2)
2518
2519   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2520
2521   ;; switch back to the old primary selection method
2522   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2523   (setq x-select-enable-primary t)
2524   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2525
2526   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2527   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2528
2529   ;; tramp configuration
2530   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2531
2532   (setq-default c-indent-level 4)
2533   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2534   (setq-default c-brace-offset -4)
2535   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2536   (setq-default c-label-offset -4)
2537   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2538   ; tabs are annoying
2539   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2540   (setq-default tab-width 4)
2541
2542
2543   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2544   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2545   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2546   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2547   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2548
2549
2550   (defun insert-date ()
2551     "Insert date at point."
2552     (interactive)
2553     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2554   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2555
2556   (defun unfill-paragraph (arg)
2557     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2558     (interactive "*p")
2559     (let ((fill-column 10000))
2560       (fill-paragraph arg))
2561     )
2562
2563   (column-number-mode t)
2564
2565 #+END_SRC
2566 ** Desktop-save-mode
2567 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2568 emacs, and use a different desktop file to restore history
2569 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2570   (use-package desktop
2571     :demand
2572     :config
2573     (setq desktop-base-file-name
2574           (convert-standard-filename
2575            (concat ".emacs"
2576                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2577                        "")
2578                    ".desktop")
2579            ))
2580     (setq desktop-base-lock-name
2581           (convert-standard-filename
2582            (concat desktop-base-file-name
2583                    ".lock")))
2584     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2585     (setq desktop-restore-eager 5)
2586     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2587     (desktop-save-mode 1)
2588     ; (desktop-read)
2589   )
2590 #+END_SRC
2591 ** Misc (Uncharacterized)
2592 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2593   '(icomplete-mode on)
2594   (custom-set-faces
2595    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2596    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2597    ;; Your init file should contain only one such instance.
2598    ;; If there is more than one, they won't work right.
2599    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2600
2601
2602   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2603   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2604   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2605
2606   ; (defun turn-on-flyspell ()
2607   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2608   ;    (interactive)
2609   ;    (flyspell-mode 1))
2610
2611
2612    ; Outline-minor-mode key map
2613    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2614    ; HIDE
2615    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2616    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2617    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2618    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2619    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2620    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2621    ; SHOW
2622    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2623    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2624    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2625    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2626    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2627    ; MOVE
2628    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2629    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2630    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2631    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2632    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2633    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2634   ; fix up tmux xterm keys
2635   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2636   (defun fix-up-tmux-keys ()
2637       "Fix up tmux xterm keys"
2638       (if (getenv "TMUX")
2639           (progn
2640             (let ((x 2) (tkey ""))
2641               (while (<= x 8)
2642                 ;; shift
2643                 (if (= x 2)
2644                     (setq tkey "S-"))
2645                 ;; alt
2646                 (if (= x 3)
2647                     (setq tkey "M-"))
2648                 ;; alt + shift
2649                 (if (= x 4)
2650                     (setq tkey "M-S-"))
2651                 ;; ctrl
2652                 (if (= x 5)
2653                     (setq tkey "C-"))
2654                 ;; ctrl + shift
2655                 (if (= x 6)
2656                     (setq tkey "C-S-"))
2657                 ;; ctrl + alt
2658                 (if (= x 7)
2659                     (setq tkey "C-M-"))
2660                 ;; ctrl + alt + shift
2661                 (if (= x 8)
2662                     (setq tkey "C-M-S-"))
2663
2664                 ;; arrows
2665                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2666                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2667                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2668                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2669                 ;; home
2670                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2671                 ;; end
2672                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2673                 ;; page up
2674                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2675                 ;; page down
2676                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2677                 ;; insert
2678                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2679                 ;; delete
2680                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2681                 ;; f1
2682                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2683                 ;; f2
2684                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2685                 ;; f3
2686                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2687                 ;; f4
2688                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2689                 ;; f5
2690                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2691                 ;; f6
2692                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2693                 ;; f7
2694                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2695                 ;; f8
2696                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2697                 ;; f9
2698                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2699                 ;; f10
2700                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2701                 ;; f11
2702                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2703                 ;; f12
2704                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2705                 ;; f13
2706                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2707                 ;; f14
2708                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2709                 ;; f15
2710                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2711                 ;; f16
2712                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2713                 ;; f17
2714                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2715                 ;; f18
2716                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2717                 ;; f19
2718                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2719                 ;; f20
2720                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2721
2722                 (setq x (+ x 1))
2723                 ))
2724             )
2725         )
2726       )
2727   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2728
2729   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2730     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2731     (if (or (buffer-modified-p)
2732             (verify-visited-file-modtime)
2733             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2734             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2735         ad-do-it
2736       (clear-visited-file-modtime)
2737       (not-modified)))
2738   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2739 #+END_SRC
2740
2741 * Start Server
2742 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2743   (use-package server
2744     :config
2745     (setq server-name
2746           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2747               "server"))
2748     (unless (server-running-p)
2749       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2750       (server-start)))
2751 #+END_SRC
2752
2753
2754
2755 * END
2756 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2757   (provide 'don-configuration)
2758 #+END_SRC