emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'bind-key)
  75   (require 'diminish)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Paths
  86 ** Update PATH
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
  89   (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
  90 #+END_SRC
  91 ** Add library paths
  92
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  95   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  96 #+END_SRC
  97 * Disable custom-vars
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
 100   (setq custom-file "/dev/null")
 101 #+END_SRC
 102 * Misc functions
 103 ** with-library
 104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 105 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 106 ;; execute conditional code when loading libraries
 107 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 108   `(when (require ,symbol nil t)
 109      ,@body))
 110 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 111 #+END_SRC
 112
 113 * Variables
 114 ** Safe Local Variables
 115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 116 (setq safe-local-variable-values
 117       (quote ((auto-save-default)
 118               (make-backup-files)
 119               (cperl-indent-level . 4)
 120               (indent-level . 4)
 121               (indent-tabs-mode . f)
 122               (vcl-indent-level . 4)
 123               )))
 124 #+END_SRC
 125 * Memory
 126 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 127   (setq global-mark-ring-max 128
 128         mark-ring-max 128
 129         kill-ring-max 128)
 130
 131   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 132     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 133
 134   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 135     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 136
 137   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 138   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 139 #+END_SRC
 140 * Modules
 141 ** Spacemacs theme
 142 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 143 (use-package spacemacs-common
 144   :ensure spacemacs-theme
 145   :config
 146   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 147   )
 148 #+END_SRC
 149 ** Hippie Expand
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package hippie-exp
 152     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 153     )
 154 #+END_SRC
 155 ** Flyspell 🐝
 156 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 157   (use-package flyspell
 158     :ensure t
 159     :diminish flyspell-mode 🐝
 160     :config
 161     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 162     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 163     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 164     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 165     :init
 166     (setq ispell-program-name "ispell")
 167     )
 168
 169 #+END_SRC
 170 ** Flymake
 171 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 172   (use-package flymake
 173     :diminish "Φ")
 174 #+end_src
 175
 176 ** Winnermode
 177 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 178   (winner-mode 1)
 179 #+END_SRC
 180 ** Eyebrowse
 181
 182 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 183   (use-package eyebrowse
 184     :ensure t
 185     :diminish eyebrowse-mode
 186     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 187     :config (progn
 188               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 189               (eyebrowse-mode t)
 190
 191               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 192                 (interactive)
 193                 (let ((done nil))
 194                   (dotimes (i 10)
 195                     ;; start at 1 run till 0
 196                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 197                       (when (and (not done)
 198                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 199                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 200                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 201                         (setq done t)
 202                         ))
 203                     )))
 204
 205               ;; I don't use latex-preview-pane
 206               ;; (require 'latex-preview-pane)
 207               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 208               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 209               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 210               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 211               ;;   ;; edit the TeX file.
 212               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 213               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 214
 215               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 216               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 217
 218               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 219               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 220               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 221               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 222               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 223               )
 224     )
 225 #+END_SRC
 226
 227 ** Window handling
 228
 229 *** Splitting
 230 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 231   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 232     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 233     (interactive)
 234     (split-window-vertically)
 235     (other-window 1 nil)
 236     (switch-to-next-buffer))
 237
 238   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 239     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 240     (interactive)
 241     (split-window-horizontally)
 242     (other-window 1 nil)
 243     (switch-to-next-buffer))
 244
 245   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 246   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 247
 248   (setq split-width-threshold  100)
 249   (setq split-height-threshold 60)
 250
 251   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 252     "If there's only one window (excluding any possibly active
 253            minibuffer), then split the current window horizontally."
 254     (if (and (one-window-p t)
 255              (not (active-minibuffer-window))
 256              ( < (frame-width) (frame-height))
 257              )
 258         (let ((split-width-threshold nil))
 259           (split-window-sensibly window))
 260       (split-window-sensibly window)))
 261
 262   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 263   (setq window-combination-resize t)
 264 #+END_SRC
 265
 266 *** Compilation window
 267
 268 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 269 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 270 the former case, if there was no error the window closes
 271 automatically.
 272
 273 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 274   (add-to-list 'display-buffer-alist
 275                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 276                  (display-buffer-reuse-window
 277                   display-buffer-in-side-window)
 278                  (reusable-frames . visible)
 279                  (side            . bottom)
 280                  (window-height   . 0.4)))
 281 #+END_SRC
 282
 283 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 284   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 285     ;; If M-x compile exists with a 0
 286     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 287       ;; and delete the *compilation* window
 288       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 289         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 290                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 291                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 292           (delete-window compilation-window))))
 293     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 294     (cons msg code))
 295
 296   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 297   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 298 #+END_SRC
 299
 300 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 301 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 302 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 303 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 304 value, scrolling continues until there is no more output.
 305
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 308 #+END_SRC
 309
 310 ** Mode line cleaning
 311 *** Diminish
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package diminish
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 *** Delight
 318 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 319   (use-package delight
 320     :ensure t)
 321 #+END_SRC
 322
 323 ** Jumping
 324 *** Avy
 325 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 326   (use-package avy
 327     :if (>= emacs-major-version 25)
 328     :ensure t
 329     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 330            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 331            ("M-g g" . avy-goto-line))
 332     :config (progn (setq avy-background t))
 333     )
 334 #+END_SRC
 335 *** Ace-link (jumping to links)
 336 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 337   (use-package ace-link
 338     :ensure t
 339     ; bind o in most modes
 340     :config (ace-link-setup-default))
 341 #+END_SRC
 342 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 343 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 344   (use-package goto-chg
 345     :ensure t
 346     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 347            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 348     )
 349 #+END_SRC
 350 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 351 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 352   (use-package bm
 353     :ensure t
 354     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 355            ("C-c j b ," . bm-previous)
 356            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 357 #+END_SRC
 358
 359 ** Snippets
 360 *** Yasnippet
 361 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 362 (use-package yasnippet
 363   :ensure t
 364   :diminish yas-minor-mode
 365   :config (progn
 366             (yas-global-mode)
 367             (setq yas-verbosity 1)
 368             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 369             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 370             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
 371             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 372                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 373             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 374                              'yas-hippie-try-expand)
 375             (yas-reload-all)
 376             )
 377   )
 378 #+END_SRC
 379 *** Auto-YASnippet
 380 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 381   (use-package auto-yasnippet
 382     :ensure t
 383     :bind (("H-w" . aya-create)
 384            ("H-y" . aya-expand)
 385            )
 386     )
 387 #+END_SRC
 388 ** Company
 389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 390 (use-package company
 391   :ensure t
 392   :bind (("M-/" . company-complete))
 393   :config
 394   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 395         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 396         company-selection-wrap-around t
 397         company-require-match nil
 398         company-dabbrev-ignore-case t
 399         company-dabbrev-ignore-invisible t
 400         company-dabbrev-other-buffers t
 401         company-dabbrev-downcase nil
 402         company-dabbrev-code-everywhere t
 403         company-tooltip-align-annotations t
 404         company-minimum-prefix-length 1
 405         company-global-modes '(not)
 406         company-lighter-base "(C)")
 407   (global-company-mode 1)
 408   :bind (:map company-active-map
 409               ("C-n" . company-select-next)
 410               ("C-p" . company-select-previous)
 411               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 412               ("M-." . company-show-location)
 413               )
 414   )
 415 #+END_SRC
 416 *** C/C++
 417 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 418   (use-package company-c-headers
 419     :ensure t
 420     :config (progn
 421               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 422                 "Return the system include path for the current buffer."
 423                 (when ede-object
 424                   (ede-system-include-path ede-object)))
 425
 426               (setq company-c-headers-path-system
 427                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 428
 429               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 430 #+END_SRC
 431 *** Python
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433 (use-package company-anaconda
 434   :ensure t
 435   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 436 #+END_SRC
 437 *** Perl
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-plsense
 440     :ensure t
 441     )
 442 #+END_SRC
 443 *** LaTeX
 444 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 445   (use-package company-math
 446     :ensure t)
 447 #+END_SRC
 448 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 449   (use-package company-auctex
 450     :ensure t
 451     :config (progn
 452               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 453                 "company-auctex-labels backend"
 454                 (interactive (list 'interactive))
 455                 (case command
 456                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 457                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 458                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends
 461                            '(company-auctex-macros
 462                              company-auctex-environments
 463                              company-math-symbols-unicode
 464                              company-math-symbols-latex))
 465
 466               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 467               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 468               )
 469     )
 470 #+END_SRC
 471 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 472   (use-package company-bibtex
 473     :ensure t
 474     )
 475 #+END_SRC
 476 *** Shell
 477
 478  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 479    (use-package company-shell
 480      :ensure t
 481      :config (progn
 482                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 483                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 484  #+END_SRC
 485
 486 *** YaSnippet
 487
 488  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 489
 490  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 491
 492  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 493    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 494      "Enable yasnippet for all backends.")
 495
 496    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 497      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 498              (and (listp backend)
 499                   (member 'company-yasnippet backend)))
 500          backend
 501        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 502                '(:with company-yasnippet))))
 503
 504    (setq company-backends
 505          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 506  #+END_SRC
 507
 508 *** All the words
 509
 510  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 511
 512  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 513    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 514      (interactive)
 515      (cond
 516       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 517        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 518        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 519        (message "company-ispell disabled"))
 520       (t
 521        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 522        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 523        (message "company-ispell enabled!"))))
 524
 525    (defun malb/company-ispell-setup ()
 526      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 527      (when (boundp 'company-backends)
 528        (make-local-variable 'company-backends)
 529        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 530        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 531        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 532        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 533                 ispell-alternate-dictionary)
 534            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 535  #+END_SRC
 536
 537 *** Tab DWIM
 538
 539  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 540
 541  2. This function then hopefully does what I want:
 542
 543     a. if a region is active, just indent
 544     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 545     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 546     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 547
 548  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 549
 550 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 551 (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 552   (interactive "P")
 553   (cond
 554    ;; if a region is active, indent
 555    ((use-region-p)
 556     (indent-region (region-beginning)
 557                    (region-end)))
 558    ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 559    ((and (not (active-minibuffer-window))
 560          (or (looking-at " ")
 561              (looking-at "$"))
 562          (looking-back "[^[:space:]]")
 563          (not (looking-back "^")))
 564
 565     (cond (company-mode (company-complete-common))
 566           (auto-complete-mode (auto-complete))))
 567
 568    ;; no whitespace anywhere
 569    ((and (not (active-minibuffer-window))
 570          (looking-at "[^[:space:]]")
 571          (looking-back "[^[:space:]]")
 572          (not (looking-back "^")))
 573     (cond
 574      ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 575       (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 576      ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 577       (save-excursion (outline-cycle)))))
 578
 579    ;; by default just call whatever was bound
 580    (t
 581     (let ((fn (or (if (current-local-map) (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB")))
 582                   'indent-for-tab-command)))
 583       (if (not (called-interactively-p 'any))
 584           (fn arg)
 585         (setq this-command fn)
 586         (call-interactively fn))))))
 587
 588 (defun malb/toggle-fold ()
 589   (interactive)
 590   (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 591          (org-force-cycle-archived))
 592         ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 593          (save-excursion
 594            (end-of-line)
 595            (hs-toggle-hiding)))
 596
 597         ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 598          (save-excursion
 599            (outline-cycle)))))
 600
 601 (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 602 (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 603 #+END_SRC
 604 ** Tinyprocmail
 605
 606 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 607   ;; load tinyprocmail
 608   (use-package tinyprocmail
 609     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 610     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 611     )
 612 #+END_SRC
 613
 614 ** Magit
 615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 616   (use-package magit
 617     :ensure t
 618     :bind (("C-x g" . magit-status)
 619            ("C-x C-g" . magit-status))
 620     :config
 621     ;; refine diffs always (hilight words)
 622     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 623     )
 624   (use-package magit-annex
 625     :ensure t
 626     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 627     )
 628   (use-package magit-vcsh
 629     :ensure t
 630     )
 631 #+END_SRC
 632
 633 ** Perl
 634 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 635   (use-package cperl-mode
 636     :config
 637     (progn
 638       ;; Use c-mode for perl .xs files
 639       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 640       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 641       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 642       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 643       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 644       (setq cperl-hairy t
 645             cperl-indent-level 4
 646             cperl-auto-newline nil
 647             cperl-auto-newline-after-colon nil
 648             cperl-continued-statement-offset 4
 649             cperl-brace-offset -1
 650             cperl-continued-brace-offset 0
 651             cperl-label-offset -4
 652             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 653             cperl-electric-lbrace-space nil
 654             cperl-indent-parens-as-block nil
 655             cperl-close-paren-offset -1
 656             cperl-tab-always-indent t)
 657       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 658   ))
 659 #+END_SRC
 660
 661 ** Markdown mode
 662 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 663   (use-package markdown-mode
 664     :ensure t
 665     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 666            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 667            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 668            )
 669     :config
 670     (setq markdown-enable-math t)
 671     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 672     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 673     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 674     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 675     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 676   )
 677
 678 #+END_SRC
 679 ** SQL mode
 680 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 681   ; load sql-indent when sql is loaded
 682 (use-package sql
 683   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 684   :config
 685   (require sql-indent))
 686 #+END_SRC
 687 ** Ediff
 688 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 689   (use-package ediff
 690     :commands ediff ediff3
 691     :ensure f
 692     :config
 693     ;; ediff configuration
 694     ;; don't use the multi-window configuration
 695     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 696   )
 697 #+END_SRC
 698 ** Do the Right Thing Indenting
 699 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 700 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 701 (use-package dtrt-indent
 702   :ensure t
 703 )
 704 #+END_SRC
 705 ** VCL --editing varnish configuration files
 706 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 707   (use-package vcl-mode
 708     :ensure t
 709     :mode "\\.vcl\\'"
 710     )
 711
 712 #+END_SRC
 713 ** Helm
 714 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 715   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 716     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 717     (interactive)
 718     (unless helm-source-buffers-list
 719       (setq helm-source-buffers-list
 720             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 721     (helm-other-buffer
 722      (append
 723
 724      (if (projectile-project-p)
 725           '(helm-source-projectile-buffers-list
 726             helm-source-buffers-list)
 727         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 728
 729       `(((name . "Virtual Workspace")
 730          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 731                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 732          (action . (lambda (candidate)
 733                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 734
 735       (if (projectile-project-p)
 736           '(helm-source-projectile-recentf-list
 737             helm-source-recentf)
 738         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 739
 740       ;; always make some common files easily accessible
 741       ;;'(((name . "Common Files")
 742        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 743         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 744
 745       '(helm-source-files-in-current-dir
 746         helm-source-locate
 747         helm-source-bookmarks
 748         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 749         ))
 750      "*Helm all the things*"))
 751   (use-package helm
 752     :ensure helm
 753     :diminish helm-mode
 754     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 755            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 756            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 757            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 758            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 759     :config
 760     (require 'helm-config)
 761     (require 'helm-for-files)
 762     (require 'helm-bookmark)
 763
 764     (helm-mode 1)
 765     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 766     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 767     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 768     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 769     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 770       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 771       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 772     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 773   )
 774 #+END_SRC
 775 *** Helm Flx
 776
 777  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 778
 779  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 780  (use-package helm-flx
 781    :ensure t
 782    :config (progn
 783              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 784              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 785                    helm-bookmark-show-location           t
 786                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 787                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 788                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 789                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 790                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 791                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 792                    helm-quick-update                     t
 793                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 794                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 795              (helm-flx-mode +1)))
 796  #+END_SRC
 797 *** Helm Swoop
 798 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 799
 800   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 801   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 802     (thing-at-point 'symbol))
 803     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 804     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 805           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 806           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 807           ein:notebook-multilang-mode))
 808
 809     (defun malb/swoop-or-search ()
 810       (interactive)
 811       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 812               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 813           (isearch-forward)
 814         (helm-swoop)))
 815
 816     (use-package helm-swoop
 817       :ensure t
 818       :commands helm-swoop
 819       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 820              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 821              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 822       :config (progn
 823
 824                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 825                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 826                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 827                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 828                       helm-swoop-speed-or-color t)
 829
 830                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 831                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 832                   (interactive)
 833                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 834                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 835                           (previous-history-element 1)
 836                         (helm-next-line))
 837                     (helm-next-line)))
 838
 839                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 840                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 841                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 842                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 843                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 844                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 845       )
 846
 847 #+END_SRC
 848 *** Helm Ag
 849 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 850 (use-package helm-ag
 851   :ensure t
 852   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 853                 helm-ag-command-option "--all-text"
 854                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 855                 helm-ag-fuzzy-match t
 856                 helm-ag-use-temp-buffer t
 857                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 858                 helm-ag-use-agignore t))
 859 #+END_SRC
 860 *** Helm Descbinds
 861 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 862   (use-package helm-descbinds
 863     :ensure t
 864     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 865     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 866 #+END_SRC
 867
 868 *** Helm YaSnippet
 869 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 870   (use-package helm-c-yasnippet
 871     :ensure t
 872     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 873     :config (progn
 874               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 875 #+END_SRC
 876 *** Helm Org Rifle
 877 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 878   (use-package helm-org-rifle
 879     :ensure t
 880     :config (progn
 881               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 882                 (interactive "p")
 883                 (let ((current-prefix-arg nil))
 884                   (cond
 885                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 886                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 887                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 888 #+END_SRC
 889 *** Helm Google
 890 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 891 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 892   (use-package helm-google
 893     :ensure t
 894     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 895     :config
 896     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 897                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 898                                          (let ((url
 899                                                 (replace-regexp-in-string
 900                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 901                                                  "\\1" candidate)))
 902                                            (kill-new url))))
 903                         t
 904                         )
 905
 906            (add-to-list 'helm-google-actions
 907                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 908                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 909                                                      (url
 910                                                       (replace-regexp-in-string
 911                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 912                                                        "\\1" candidate)))
 913                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 914                         t)
 915            ))
 916 #+END_SRC
 917
 918 ** Projectile -- Project management
 919 #+begin_src emacs-lisp
 920   (use-package projectile
 921     :ensure t
 922     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 923            ("<f6>" . next-error))
 924     :config (progn
 925               (use-package magit :ensure t)
 926               (require 'helm-projectile)
 927               (helm-projectile-on)
 928
 929               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 930                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 931                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 932
 933               (projectile-global-mode)))
 934 #+end_src
 935
 936 *** helm integration
 937 #+begin_src emacs-lisp
 938   (use-package helm-projectile
 939     :ensure t
 940     :config (progn
 941               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 942                 (helm-build-dummy-source
 943                     "Create file"
 944                   :action 'find-file))
 945
 946               (add-to-list
 947                'helm-projectile-sources-list
 948                malb/helm-source-file-not-found t)
 949
 950               (helm-delete-action-from-source
 951                "Grep in projects `C-s'"
 952                helm-source-projectile-projects)
 953
 954               (helm-add-action-to-source
 955                "Grep in projects `C-s'"
 956                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 957 #+end_src
 958 ** Zap to char
 959 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 960   (use-package avy-zap
 961     :ensure t
 962     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 963 #+END_SRC
 964 ** Hydra
 965 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 966   (use-package hydra
 967     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 968            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 969            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 970            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 971            )
 972     :config
 973     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 974     "
 975   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 976   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 977   _p_: read papers      _R_: paper notes
 978   _h_: hpcbio
 979   _q_: quit
 980   _z_: quit
 981   "
 982     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 983     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 984     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 985     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 986     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 987     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 988     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 989     ("r" (find-file my/org-refile-file))
 990     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 991     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 992     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 993     ("q" nil "quit")
 994     ("z" nil "quit")
 995     )
 996
 997     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 998     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 999     "
1000   ^Hide^             ^Show^           ^Move
1001   ^^^^^^------------------------------------------------------
1002   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
1003   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
1004   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1005   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1006   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1007   _d_: subtree
1008
1009   "
1010     ;; Hide
1011     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1012     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1013     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1014     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1015     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1016     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1017     ;; Show
1018     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1019     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1020     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1021     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1022     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1023     ;; Move
1024     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1025     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1026     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1027     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1028     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1029     ("z" nil "leave"))
1030   )
1031 #+END_SRC
1032
1033 ** Tramp
1034 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1035   (use-package tramp
1036     :config
1037     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1038                                   (tramp-login-program "vcsh")
1039                                   (tramp-login-args
1040                                    (("enter")
1041                                     ("%h")))
1042                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1043                                   (tramp-remote-shell-args
1044                                    ("-c")))))
1045 #+END_SRC
1046 ** Reftex
1047 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1048   (use-package reftex
1049     :ensure t
1050     :config
1051     (setq-default reftex-default-bibliography
1052                     '("~/projects/research/references.bib")))
1053 #+END_SRC
1054 ** BibTex
1055 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1056   (use-package bibtex
1057     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1058                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1059                           ("abstract" "")
1060                   ("pmid" "")
1061                   ("doi" ""))))
1062     )
1063
1064 #+END_SRC
1065 ** LaTeX
1066 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1067 (use-package tex
1068   :defer t
1069   :ensure auctex
1070   :config
1071   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1072   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1073   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1074   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1075   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1076   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1077   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1078   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1079   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1080   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1081   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1082
1083   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1084   ;; support fake section headers
1085   (setq TeX-outline-extra
1086         '(("%chapter" 1)
1087           ("%section" 2)
1088           ("%subsection" 3)
1089           ("%subsubsection" 4)
1090           ("%paragraph" 5)))
1091   ;; add font locking to the headers
1092   (font-lock-add-keywords
1093    'latex-mode
1094    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1095       0 'font-lock-keyword-face t)
1096      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1097      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1098      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1099      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1100      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1101
1102   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1103   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1104   (setq TeX-open-quote "“")
1105   (setq TeX-close-quote "”")
1106
1107   ;; (TeX-add-style-hook
1108   ;;  "latex"
1109   ;;  (lambda ()
1110   ;;    (TeX-add-symbols
1111   ;;     '("DLA" 1))))
1112   ;; (custom-set-variables
1113   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1114   ;;    '(("fixme"
1115   ;;       ("DLA" "RZ")
1116   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1117   ;; )
1118   (setq-default TeX-parse-self t)
1119   (setq-default TeX-auto-save t)
1120   (setq-default TeX-master nil)
1121   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1122                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1123   (eval-after-load
1124       "latex"
1125     '(TeX-add-style-hook
1126       "cleveref"
1127       (lambda ()
1128         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1129             (add-to-list
1130              'reftex-ref-style-alist
1131              '("Cleveref" "cleveref"
1132                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1133         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1134         (TeX-add-symbols
1135          '("cref" TeX-arg-ref)
1136          '("Cref" TeX-arg-ref)
1137          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1138          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1139   (eval-after-load
1140       "latex"
1141     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1142                   '("Sexpr")))
1143
1144   (use-package font-latex
1145     :config
1146     (setq font-latex-match-reference-keywords
1147           '(
1148             ("fref" "{")
1149             ("Fref" "{")
1150             ("citep" "{")
1151             ("citet" "{")
1152             ("acs" "{")
1153             ("acsp" "{")
1154             ("ac" "{")
1155             ("acp" "{")
1156             ("acl" "{")
1157             ("aclp" "{")
1158             ("acsu" "{")
1159             ("aclu" "{")
1160             ("acused" "{")
1161             ("DLA" "{")
1162             ("RZ" "{")
1163             ("OM" "{")
1164             ("DL" "{")
1165             ("fixme" "{"))
1166           )
1167     )
1168   (setq font-latex-fontify-script nil)
1169   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1170   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1171 )
1172
1173 #+END_SRC
1174 ** ESS
1175 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1176   (use-package ess
1177     :ensure t
1178     :commands R
1179     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1180     :bind (:map ess-mode-map
1181                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1182     :init
1183     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1184     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1185     :config
1186     ; actually load the rest of ess
1187     (require 'ess-site)
1188     (defun ess-change-directory (path)
1189       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1190       (interactive "Directory to change to: ")
1191
1192       (when (file-exists-p path)
1193         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1194         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1195         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1196     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1197     ;; outlining support for ess modes
1198     (add-hook
1199      'ess-mode-hook
1200      '(lambda ()
1201         (outline-minor-mode)
1202         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1203         (defun outline-level ()
1204           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1205                 ((looking-at "^#### ") 2)
1206                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1207                 (t 1000)))
1208         ))
1209     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1210       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1211       (interactive "r")
1212       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1213       (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1214     ;; Don't restore history or save workspace image
1215     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1216     )
1217 #+END_SRC
1218
1219 ** Rainbowmode
1220 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1221
1222 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1223   (use-package rainbow-mode
1224     ;; add ess to the x major mode
1225     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1226     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1227   )
1228 #+END_SRC
1229
1230 ** YAML Mode
1231 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1232   (use-package yaml-mode
1233     ;; add ess to the x major mode
1234     :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1235   )
1236 #+END_SRC
1237
1238 ** Polymode
1239 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1240 (use-package poly-noweb
1241   :ensure t
1242   :after polymode
1243
1244   )
1245 (use-package poly-markdown
1246   :ensure t
1247   :after polymode
1248   )
1249 (use-package poly-R
1250   :ensure t
1251   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1252   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1253   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1254   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1255   )
1256 (use-package polymode
1257   :ensure t
1258   )
1259
1260 #+END_SRC
1261
1262 ** Outlining
1263 *** Outline magic
1264 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1265   (use-package outline-magic)
1266 #+END_SRC
1267 *** Outline mode
1268 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1269 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1270 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1271 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1272 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1273 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1274
1275 #+END_SRC
1276 ** Writeroom Mode
1277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1278   (use-package writeroom-mode
1279     :config
1280     (defun my/writing-mode ()
1281       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1282       (interactive)
1283       (if writeroom-mode
1284           (progn
1285             (writeroom-mode -1)
1286             (visual-line-mode -1)
1287             (auto-fill-mode -1)
1288             (visual-fill-column-mode -1)
1289             )
1290         (visual-line-mode 1)
1291         (auto-fill-mode 1)
1292         (visual-fill-column-mode 1)
1293         (writeroom-mode 1))
1294       )
1295     )
1296 #+END_SRC
1297 ** GhostText/Atomic Chrome
1298 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1299   (use-package atomic-chrome
1300     :config
1301     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1302     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1303     )
1304 #+END_SRC
1305 ** Multiple Cursors
1306    :PROPERTIES:
1307    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1308    :END:
1309 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1310 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1311   (use-package multiple-cursors
1312     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1313             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1314             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1315             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1316     )
1317 #+END_SRC
1318 ** Web Mode
1319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1320   (use-package web-mode
1321     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1322     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1323     :config
1324     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1325     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1326     (setq web-mode-engines-alist
1327           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1328     )
1329 #+END_SRC
1330 ** Spamassassin Mode
1331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1332   (use-package spamassassin-mode
1333     :commands spamassassin-mode
1334     :ensure f
1335     )
1336 #+END_SRC
1337 ** Password Store
1338 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1339   (use-package password-store
1340     :ensure f
1341     :commands password-store-edit password-store-generate
1342     )
1343 #+END_SRC
1344 ** CSS mode
1345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1346   (use-package css
1347     :mode "\\.css'"
1348     :config
1349     ;; fix up css mode to not be silly
1350     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1351     (setq cssm-indent-level 4)
1352     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1353     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1354     (setq cssm-mirror-mode nil))
1355 #+END_SRC
1356 ** Abbrev Mode
1357 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1358   (use-package abbrev
1359     :diminish abbrev-mode
1360     :config
1361     ;; load abbreviations from
1362     (setq abbrev-file-name
1363           "~/.emacs_abbrev_def")
1364
1365     ;; read the abbrev file if it exists
1366     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1367         (quietly-read-abbrev-file))
1368
1369     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1370     (setq default-abbrev-mode t))
1371 #+END_SRC
1372
1373 ** Go language
1374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1375 (use-package go-mode
1376              :diminish "go"
1377              :mode "\\.go"
1378              )
1379 #+END_SRC
1380
1381 ** Expand region
1382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1383 (use-package expand-region
1384   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1385   )
1386 #+END_SRC
1387
1388 ** Dockerfile
1389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1390 (use-package dockerfile-mode
1391   :mode "Dockerfile"
1392   )
1393 #+END_SRC
1394
1395 ** Beancount
1396 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1397 (use-package beancount
1398   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1399   :ensure f
1400   :mode "\\.beancount\\'"
1401
1402   )
1403 #+END_SRC
1404 * Email
1405 ** Mutt
1406 *** Message-mode
1407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1408 (use-package message
1409   :ensure f
1410   :diminish (message "✉")
1411   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1412   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1413   :hook 'my/message-mode-settings
1414   :hook 'turn-on-flyspell
1415   :bind (:map message-mode-map
1416       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1417   :delight (message-mode "✉")
1418   :config
1419   (defun my/message-mode-settings ()
1420     (font-lock-add-keywords nil
1421                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1422                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1423               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1424                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1425     )
1426
1427   (defun my/post-attach-file ()
1428     "Prompt for an attachment."
1429     (interactive)
1430     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1431       (my/header-attach-file file "")))
1432
1433   (defun my/header-attach-file (file description)
1434     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1435   Argument DESCRIPTION MIME description."
1436     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1437     (when (> (length file) 0)
1438   (save-excursion
1439     (save-match-data
1440       (save-restriction
1441         (widen)
1442         (goto-char (point-min))
1443         (search-forward-regexp "^$")
1444         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1445                 description "\n"))
1446         (message (concat "Attached '" file "'."))
1447         (setq post-has-attachment t))))))
1448
1449   (setq mail-yank-prefix "> ")
1450   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1451 )
1452 #+END_SRC
1453 *** Muttrc mode
1454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1455   (use-package muttrc-mode
1456     :mode "muttngrc"
1457     :mode "muttrc"
1458   )
1459
1460 #+END_SRC
1461 * Base emacs
1462 ** Reverting buffers
1463 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1464   (use-package autorevert
1465     :diminish auto-revert-mode
1466     :config
1467     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1468           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1469           auto-revert-verbose nil)
1470     (global-auto-revert-mode 1))
1471 #+END_SRC
1472 * Org Mode
1473 ** Use-package and load things
1474 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1475
1476   (use-package org
1477     :delight (org-mode "ø")
1478     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1479     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1480            ("C-c a"  . org-agenda)
1481            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1482 #+END_SRC
1483 ** Agenda Configuration
1484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1485   :config
1486   (setq-default org-log-done 'time)
1487   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1488
1489   (setq org-agenda-sticky t)
1490   (defun dla/show-org-agenda ()
1491     (interactive)
1492     (let (agendabuffer
1493           '(delq nil
1494                 (mapcar (lambda (x)
1495                           (and (string-match-p
1496                                 "\*Org Agenda.*\*"
1497                                 (buffer-name x))
1498                                x)
1499                           )
1500                         (buffer-list))))
1501       (if agendabuffer
1502           (switch-to-buffer
1503            (buffer-name agendabuffer))
1504         (org-agenda-list)))
1505       (delete-other-windows))
1506
1507   ;; agenda configuration
1508   ;; Do not dim blocked tasks
1509   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1510   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1511   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1512
1513   ;; Compact the block agenda view
1514   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1515
1516   ;; Custom agenda command definitions
1517   (setq org-agenda-custom-commands
1518         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1519                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1520                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1521                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1522                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1523                   (org-agenda-sorting-strategy
1524                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1525                 (" " "Agenda"
1526                  ((agenda "" nil)
1527                   (tags "REFILE"
1528                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1529                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1530                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1531                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1532                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1533                               (org-agenda-sorting-strategy
1534                                '(category-keep))))
1535                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1536                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1537                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1538                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1539                               (org-agenda-sorting-strategy
1540                                '(category-keep))))
1541                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1542                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1543                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1544                                                                         ""
1545                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1546                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1547                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1548                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1549                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1550                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1551                               (org-agenda-sorting-strategy
1552                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1553                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1554                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1555                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1556                                                                         ""
1557                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1558                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1559                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1560                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1561                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1562                               (org-agenda-sorting-strategy
1563                                '(category-keep))))
1564                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1565                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1566                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1567                                                                         ""
1568                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1569                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1570                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1571                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1572                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1573                               (org-agenda-sorting-strategy
1574                                '(category-keep))))
1575                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1576                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1577                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1578                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1579                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1580                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1581                   (tags "-REFILE/"
1582                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1583                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1584                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1585                  nil))))
1586
1587   ; org mode agenda files
1588   (setq org-agenda-files
1589         (append
1590         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1591         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1592         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1593         )
1594   )
1595   (setq my/org-refile-file
1596         (car (seq-filter
1597               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1598               org-agenda-files)))
1599
1600   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1601   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1602   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1603   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1604   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1605   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1606   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1607   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1608   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1609   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1610   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1611     (interactive "P")
1612     (with-temp-buffer
1613       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1614         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1615         (goto-char (point-max))
1616         (newline))
1617       (write-file "/tmp/timeline.org")
1618       (org-agenda arg "L")))
1619   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1620
1621 #+END_SRC
1622 ** General config
1623 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1624   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1625   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1626
1627   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1628   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1629 #+END_SRC
1630 ** Capture Templates
1631 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1632   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1633         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1634            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1635           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1636            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1637           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1638            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1639           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1640            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1641           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1642            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1643           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1644            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1645           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1646            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1647           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1648            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1649           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1650            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1651           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1652            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1653           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1654            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1655            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1656                                        "Jobs"
1657                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1658            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1659           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1660            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1661           )
1662         )
1663
1664   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1665   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1666     (interactive)
1667     (save-excursion
1668       (beginning-of-line 0)
1669       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1670
1671   (defun my/org-add-id ()
1672     (interactive)
1673     (save-excursion
1674       (if (org-current-level)
1675           ()
1676         (forward-char 1)
1677         )
1678       (org-id-get-create)
1679       )
1680   )
1681
1682 #+END_SRC
1683 ** Org mode key bindings
1684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1685   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1686   ;; Custom Key Bindings
1687   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1688           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1689           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1690           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1691           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1692           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1693           ("<S-f5>" . bh/widen)
1694           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1695           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1696           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1697           ("<f9> b" . bbdb)
1698           ("<f9> c" . calendar)
1699           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1700           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1701           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1702           ("<f9> w" . widen)
1703
1704           ("<f9> r" . boxquote-region)
1705           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1706
1707           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1708           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1709
1710           ("<f9> v" . visible-mode)
1711           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1712           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1713           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1714           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1715           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1716           ("C-<f10>" . next-buffer)
1717           ("<f11>" . org-clock-goto)
1718           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1719           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1720           ("C-c c" . org-capture))
1721   :config
1722 #+END_SRC
1723 ** Utility Functions
1724 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1725   (defun bh/hide-other ()
1726     (interactive)
1727     (save-excursion
1728       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1729       (hide-other)
1730       (org-cycle)
1731       (org-cycle)
1732       (org-cycle)))
1733
1734   (defun bh/set-truncate-lines ()
1735     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1736     (interactive)
1737     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1738     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1739     (save-excursion
1740       (set-window-start (selected-window)
1741                         (window-start (selected-window)))))
1742
1743   (defun bh/switch-to-scratch ()
1744     (interactive)
1745     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1746
1747   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1748   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1749
1750   ; create function to create headlines in file. This comes from
1751   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1752   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1753     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1754   do not already have one."
1755     (interactive)
1756     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1757   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1758     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1759   (or narrowed region)."
1760     (interactive)
1761     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1762   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1763   ; (add-hook 'org-mode-hook
1764   ;           (lambda ()
1765   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1766 #+END_SRC
1767 ** Org ID locations
1768 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1769 (use-package find-lisp
1770   :ensure t)
1771 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1772       (append '(agenda-archives)
1773               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1774               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1775               ))
1776 #+END_SRC
1777 ** Keywords (TODO)
1778 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1779 (setq org-todo-keywords
1780       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1781               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1782
1783 (setq org-todo-keyword-faces
1784       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1785               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1786               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1787               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1788               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1789               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1790               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1791               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1792
1793 (setq org-todo-state-tags-triggers
1794       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1795               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1796               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1797               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1798               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1799               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1800               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1801
1802
1803
1804 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1805 ; add ids on creation of nodes
1806 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1807
1808
1809 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1810 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1811 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1812
1813 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1814 ; use C-M-r for org mode capture
1815 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1816
1817 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1818 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1819                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1820
1821 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1822 (setq org-refile-use-outline-path t)
1823
1824 ; Targets complete directly with IDO
1825 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1826
1827 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1828 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1829
1830 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1831 ; (setq org-completion-use-ido t)
1832 ; (setq ido-everywhere t)
1833 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1834 ; (ido-mode (quote both))
1835 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1836 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1837 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1838 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1839 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1840
1841
1842 ;;;; Refile settings
1843 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1844 (defun bh/verify-refile-target ()
1845   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1846   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1847
1848 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1849
1850 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1851 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1852 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1853 (require 'org-protocol)
1854 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1855 (setq my-org-protocol-flag nil)
1856 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1857   "Delete frame at remember finalization"
1858   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1859          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1860 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1861   "Delete frame at remember refile"
1862   (if my-org-protocol-flag
1863       (progn
1864         (setq my-org-protocol-flag nil)
1865         ad-do-it
1866         (delete-frame))
1867     ad-do-it)
1868   )
1869 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1870   "Delete frame at remember abort"
1871   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1872          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1873 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1874   (setq my-org-protocol-flag t))
1875
1876 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1877   (unless (org-in-item-p)
1878     (org-id-get-create)
1879     )
1880   )
1881
1882 ;; org modules
1883 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1884
1885 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1886 (defun open-mail-in-mutt (message)
1887   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1888
1889 Message can be specified either by a path pointing inside a
1890 Maildir, or by Message-ID."
1891   (interactive "MPath or Message-ID: ")
1892   (shell-command
1893    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1894        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1895
1896 ;; add support for "mutt:ID" links
1897 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1898
1899 (defun my-org-mode-setup ()
1900   ; (load-library "reftex")
1901   (and (buffer-file-name)
1902        (file-exists-p (buffer-file-name))
1903        (progn
1904          ; (reftex-parse-all)
1905          (reftex-set-cite-format
1906           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1907             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1908             (?c . "\\cite{%l}")
1909             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1910          ))
1911   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1912   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1913   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1914   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1915   )
1916 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1917
1918 (defun org-mode-reftex-search ()
1919   (interactive)
1920   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1921
1922 (defun open-research-paper (bibtexkey)
1923   "Open a paper by bibtex key"
1924   (interactive "bibtex key: ")
1925   (shell-command
1926    (format "%s %s"
1927        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1928 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1929 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1930   "Open a paper pdf by bibtex key"
1931   (interactive "bibtex key: ")
1932   (shell-command
1933    (format "%s -p evince_annot %s"
1934        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1935 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1936
1937 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1938              '("notes" .
1939                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1940
1941 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1942 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1943
1944 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1945 (add-to-list 'org-structure-template-alist
1946              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1947
1948  ;; stolen from
1949 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1950 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1951   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1952   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1953                    (match-string 1 path)))
1954          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1955     (cond ((eq format 'latex)
1956            (if (or (not desc)
1957                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1958                (format "\\cite{%s}" search)
1959              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1960
1961 (org-add-link-type "rtcite"
1962                    'org-bibtex-open
1963                    'my-rtcite-export-handler)
1964
1965
1966 #+END_SRC
1967 ** Org Mobile Configuration
1968 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1969   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1970   (when (string= system-name "linnode")
1971     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1972   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1973   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1974
1975 #+END_SRC
1976 ** Org iCal Support
1977 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1978   ;; org mode ical export
1979   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1980   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1981   ;; we already add the id manually
1982   (setq org-icalendar-store-UID t)
1983
1984 #+END_SRC
1985 ** General Org Babel Configuration
1986 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1987 ;; org babel support
1988 (org-babel-do-load-languages
1989  'org-babel-load-languages
1990  '((emacs-lisp . t )
1991    (R . t)
1992    (latex . t)
1993    (ditaa . t)
1994    (dot . t)
1995    ))
1996 ;; set the right path to ditaa.jar
1997 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1998 ;; use graphviz-dot for dot things
1999 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2000 ;; do not indent begin_src blocks
2001 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2002 ;; org-babel-by-backend
2003 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2004    `(case (if (boundp 'backend)
2005               (org-export-backend-name backend)
2006             nil) ,@body))
2007
2008 (defun my/fix-inline-images ()
2009   (when org-inline-image-overlays
2010     (org-redisplay-inline-images)))
2011
2012 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2013            'my/fix-inline-images)
2014
2015 #+END_SRC
2016 ** LaTeX configuration
2017    :PROPERTIES:
2018    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2019    :END:
2020 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2021 (use-package ox-extra
2022   :config
2023   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2024 (require 'ox-latex)
2025 (add-to-list 'org-latex-classes
2026          '("memarticle"
2027        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2028        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2029        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2030        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2031        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2032        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2033
2034 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2035 (add-to-list 'org-latex-classes
2036          '("beamer"
2037        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2038 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2039 [PACKAGES]
2040 [EXTRA]"
2041        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2042        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2043        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2044        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2045        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2046
2047 (add-to-list 'org-latex-classes
2048          '("membook"
2049        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2050        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2051        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2052        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2053        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2054
2055 (add-to-list 'org-latex-classes
2056          '("letter"
2057        "\\documentclass[11pt]{letter}
2058 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2059 [PACKAGES]
2060 [EXTRA]"
2061    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2062        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2063        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2064        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2065        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2066
2067 (add-to-list 'org-latex-classes
2068          '("dlacv"
2069        "\\documentclass{dlacv}
2070 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2071 [NO-PACKAGES]
2072 [NO-EXTRA]"
2073        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2074        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2075        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2076        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2077        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2078
2079
2080 (add-to-list 'org-latex-classes
2081          '("dlaresume"
2082        "\\documentclass{dlaresume}
2083 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2084 [NO-PACKAGES]
2085 [NO-EXTRA]"
2086        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2087        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2088        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2089        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2090        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2091
2092
2093 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2094 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2095 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2096
2097 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2098 (setq org-latex-default-packages-alist
2099   '(("" "amsmath" t)
2100     ("" "unicode-math" t)
2101     ))
2102 (setq org-latex-packages-alist
2103   '(("" "graphicx" t)
2104     ("" "fontspec" t)
2105     ("" "xunicode" t)
2106     ("" "hyperref" t)
2107     ("" "url" t)
2108     ("" "rotating" t)
2109     ("" "longtable" nil)
2110     ("" "float" )))
2111
2112 ;; make equations larger
2113 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2114
2115 (defun org-create-formula--latex-header ()
2116   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2117   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2118            (org-export-get-backend 'latex))
2119           (org-export--get-inbuffer-options
2120            (org-export-get-backend 'latex)))))
2121     (org-latex-guess-babel-language
2122      (org-latex-guess-inputenc
2123   (org-splice-latex-header
2124    org-format-latex-header
2125    org-latex-default-packages-alist
2126    nil t
2127    (plist-get info :latex-header)))
2128      info)))
2129
2130
2131 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2132 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2133 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2134                   (headline contents info) activate)
2135   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2136   (setq ad-return-value contents)
2137     ad-do-it))
2138
2139 ;; keep latex logfiles
2140
2141 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2142
2143 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2144 (org-clock-persistence-insinuate)
2145 ;;
2146 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2147 (setq org-clock-history-length 23)
2148 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2149 (setq org-clock-in-resume t)
2150 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2151 ;; there are things like PHONE calls
2152 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2153 ;; Separate drawers for clocking and logs
2154 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2155 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2156 (setq org-clock-into-drawer t)
2157 (setq org-log-into-drawer t)
2158 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2159 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2160 ;; Clock out when moving task to a done state
2161 (setq org-clock-out-when-done t)
2162 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2163 (setq org-clock-persist t)
2164 ;; Do not prompt to resume an active clock
2165 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2166 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2167 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2168 ;; Include current clocking task in clock reports
2169 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2170
2171 ;; the cache seems to be broken
2172 (setq org-element-use-cache nil)
2173
2174 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2175
2176 (defun bh/is-task-p ()
2177   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2178   (save-restriction
2179     (widen)
2180     (let ((has-subtask)
2181           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2182           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2183       (save-excursion
2184         (forward-line 1)
2185         (while (and (not has-subtask)
2186                     (< (point) subtree-end)
2187                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2188           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2189             (setq has-subtask t))))
2190       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2191 (defun bh/is-project-p ()
2192   "Any task with a todo keyword subtask"
2193   (save-restriction
2194     (widen)
2195     (let ((has-subtask)
2196           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2197           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2198       (save-excursion
2199         (forward-line 1)
2200         (while (and (not has-subtask)
2201                     (< (point) subtree-end)
2202                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2203           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2204             (setq has-subtask t))))
2205       (and is-a-task has-subtask))))
2206
2207 (defun bh/is-subproject-p ()
2208   "Any task which is a subtask of another project"
2209   (let ((is-subproject)
2210         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2211     (save-excursion
2212       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2213         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2214           (setq is-subproject t))))
2215     (and is-a-task is-subproject)))
2216
2217
2218 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2219   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2220 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2221 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2222   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2223     (cond
2224      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2225        (bh/is-task-p))
2226   "NEXT")
2227      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2228        (bh/is-project-p))
2229   "TODO"))))
2230
2231 (defun bh/punch-in (arg)
2232   "Start continuous clocking and set the default task to the
2233 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2234 as the default task."
2235   (interactive "p")
2236   (setq bh/keep-clock-running t)
2237   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2238   ;;
2239   ;; We're in the agenda
2240   ;;
2241   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2242          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2243     (if (and (eq arg 4) tags)
2244         (org-agenda-clock-in '(16))
2245       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2246     ;;
2247     ;; We are not in the agenda
2248     ;;
2249     (save-restriction
2250   (widen)
2251   ; Find the tags on the current task
2252   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2253       (org-clock-in '(16))
2254     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2255
2256 (defun bh/punch-out ()
2257   (interactive)
2258   (setq bh/keep-clock-running nil)
2259   (when (org-clock-is-active)
2260     (org-clock-out))
2261   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2262
2263 (defun bh/clock-in-default-task ()
2264   (save-excursion
2265     (org-with-point-at org-clock-default-task
2266   (org-clock-in))))
2267
2268 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2269   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2270   (let ((parent-task))
2271     (save-excursion
2272   (save-restriction
2273     (widen)
2274     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2275       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2276         (setq parent-task (point))))
2277     (if parent-task
2278         (org-with-point-at parent-task
2279       (org-clock-in))
2280       (when bh/keep-clock-running
2281         (bh/clock-in-default-task)))))))
2282
2283 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2284
2285 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2286   (interactive)
2287   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2288     (org-clock-in '(16))))
2289
2290 (defun bh/clock-out-maybe ()
2291   (when (and bh/keep-clock-running
2292          (not org-clock-clocking-in)
2293          (marker-buffer org-clock-default-task)
2294          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2295     (bh/clock-in-parent-task)))
2296
2297 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2298
2299 (require 'org-id)
2300 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2301   "Clock in a task by id"
2302   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2303     (org-clock-in nil)))
2304
2305 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2306   "Clock in the interrupted task if there is one
2307 Skip the default task and get the next one.
2308 A prefix arg forces clock in of the default task."
2309   (interactive "p")
2310   (let ((clock-in-to-task
2311      (cond
2312       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2313       ((and (org-clock-is-active)
2314         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2315        (caddr org-clock-history))
2316       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2317       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2318       (t (car org-clock-history)))))
2319     (widen)
2320     (org-with-point-at clock-in-to-task
2321   (org-clock-in nil))))
2322
2323
2324 (defun org-export-to-ods ()
2325   (interactive)
2326   (let ((csv-file "data.csv"))
2327     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2328     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2329
2330 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2331 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2332 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2333 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2334
2335 ;; support inserting screen shots
2336 (defun my/org-insert-screenshot ()
2337   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2338 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2339   (interactive)
2340   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2341   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2342     (read-file-name
2343      "Screenshot to insert: "
2344      nil
2345      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2346      )
2347     )
2348   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2349   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2350   (org-display-inline-images))
2351
2352 (defun my/fix-inline-images ()
2353   (when org-inline-image-overlays
2354     (org-redisplay-inline-images)))
2355
2356 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2357
2358 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2359 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2360          '(xelateximagemagick
2361       :programs ("xelatex" "convert")
2362       :description "pdf > png"
2363       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2364       :use-xcolor t
2365       :image-input-type "pdf"
2366       :image-output-type "png"
2367       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2368       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2369       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2370          )
2371 ;; use xelatex by default
2372 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2373
2374 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2375 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2376   "Fix properties drawers in current buffer.
2377  Ignore non Org buffers."
2378   (interactive)
2379   (when (eq major-mode 'org-mode)
2380     (org-with-wide-buffer
2381      (goto-char (point-min))
2382      (let ((case-fold-search t)
2383        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2384                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2385                    "END[ \t]*$"))))
2386    (org-map-entries
2387     (lambda ()
2388       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2389         (save-excursion
2390       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2391         (forward-line)
2392         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2393         (when (and (< (point) end)
2394                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2395                (save-excursion
2396                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2397                   (eq (org-element-type
2398                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2399                   'drawer))))
2400           (insert (delete-and-extract-region
2401                (match-beginning 0)
2402                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2403           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2404
2405 #+END_SRC
2406 ** Org-Gcal
2407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2408 (use-package calfw
2409   :ensure f
2410   )
2411 (use-package calfw-org
2412   :ensure f
2413   )
2414 (use-package org-gcal
2415   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2416   :ensure f
2417   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2418                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2419             )
2420   )
2421 #+END_SRC
2422 ** appt integration
2423 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2424   (use-package appt
2425     :ensure f
2426     :config
2427     ;; Show notification 10 minutes before event
2428     (setq appt-message-warning-time 10)
2429     ;; Disable multiple reminders
2430     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2431     (setq appt-display-mode-line nil)
2432
2433     ;; add automatic reminders for appointments
2434     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2435       (interactive)
2436       (setq appt-time-msg-list nil)
2437       (org-agenda-to-appt))
2438     ;; add reminders when starting emacs
2439     (my/org-agenda-to-appt)
2440     ;; when rebuilding the agenda
2441     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2442       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2443       (my/org-agenda-to-appt)
2444       )
2445     ;; when saving all org buffers
2446     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2447       "Re-add appts after saving all org buffers"
2448       (my/org-agenda-to-appt))
2449     ;; Display appointments as a window manager notification
2450     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2451     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2452
2453     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2454
2455     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2456       (if (atom min-to-app)
2457       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2458     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2459       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2460                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2461       )
2462     )
2463
2464
2465 #+END_SRC
2466 ** outshine (outlining) integration
2467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2468 (use-package outshine
2469   :ensure t
2470   :hook (outline-minor-mode . outshine-hook-function)
2471 )
2472 #+END_SRC
2473 ** End use-package
2474 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2475   )
2476 #+END_SRC
2477 * Keybindings
2478 ** Home/End Begining/End of line
2479 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2480   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2481   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2482 #+END_SRC
2483 ** Goto line
2484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2485   (global-unset-key "\M-g")
2486   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2487 #+END_SRC
2488 * Debian
2489 ** debian-changelog
2490 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2491   (use-package debian-changelog-mode
2492     :mode "debian/changelog"
2493     :config
2494     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2495     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2496 #+END_SRC
2497 * Misc (uncharacterized)
2498 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2499   (setq calendar-latitude 38.6)
2500   (setq calendar-longitude -121.5)
2501   (setq case-fold-search t)
2502   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2503   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2504 #+END_SRC
2505 ** Turn on fontlock and icomplete
2506 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2507   (global-font-lock-mode 1)
2508   (icomplete-mode 1)
2509   (setq log-edit-keep-buffer t)
2510 #+END_SRC
2511 ** Set mail User agent
2512 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2513   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2514   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2515 #+END_SRC
2516 ** PS Printing
2517 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2518   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2519   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2520   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2521   (setq ps-line-number-color "blue")
2522   (setq ps-print-footer t)
2523   (setq ps-print-footer-frame nil)
2524   (setq ps-print-only-one-header t)
2525 #+END_SRC
2526 ** Only single spacing on sentences
2527 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2528   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2529   ]*")
2530   (setq sentence-end-double-space nil)
2531   ; enable matching parenthesis
2532 #+END_SRC
2533 ** Display paren mode
2534 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2535   (show-paren-mode 1)
2536   (setq show-paren-delay 0.2)
2537
2538   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2539
2540   ;; switch back to the old primary selection method
2541   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2542   (setq x-select-enable-primary t)
2543   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2544
2545   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2546   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2547
2548   ;; tramp configuration
2549   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2550
2551   (setq-default c-indent-level 4)
2552   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2553   (setq-default c-brace-offset -4)
2554   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2555   (setq-default c-label-offset -4)
2556   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2557   ; tabs are annoying
2558   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2559   (setq-default tab-width 4)
2560
2561
2562   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2563   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2564   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2565   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2566   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2567
2568
2569   (defun insert-date ()
2570     "Insert date at point."
2571     (interactive)
2572     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2573   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2574
2575   (defun unfill-paragraph (arg)
2576     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2577     (interactive "*p")
2578     (let ((fill-column 10000))
2579       (fill-paragraph arg))
2580     )
2581
2582   (column-number-mode t)
2583
2584 #+END_SRC
2585 ** Desktop-save-mode
2586 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2587 emacs, and use a different desktop file to restore history
2588 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2589   (use-package desktop
2590     :demand
2591     :config
2592     (setq desktop-base-file-name
2593           (convert-standard-filename
2594            (concat ".emacs"
2595                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2596                        "")
2597                    ".desktop")
2598            ))
2599     (setq desktop-base-lock-name
2600           (convert-standard-filename
2601            (concat desktop-base-file-name
2602                    ".lock")))
2603     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2604     (setq desktop-restore-eager 5)
2605     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2606     (desktop-save-mode 1)
2607     ; (desktop-read)
2608   )
2609 #+END_SRC
2610 ** Misc (Uncharacterized)
2611 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2612   '(icomplete-mode on)
2613   (custom-set-faces
2614    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2615    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2616    ;; Your init file should contain only one such instance.
2617    ;; If there is more than one, they won't work right.
2618    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2619
2620
2621   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2622   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2623   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2624
2625   ; (defun turn-on-flyspell ()
2626   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2627   ;    (interactive)
2628   ;    (flyspell-mode 1))
2629
2630
2631    ; Outline-minor-mode key map
2632    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2633    ; HIDE
2634    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2635    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2636    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2637    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2638    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2639    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2640    ; SHOW
2641    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2642    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2643    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2644    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2645    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2646    ; MOVE
2647    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2648    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2649    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2650    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2651    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2652    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2653   ; fix up tmux xterm keys
2654   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2655   (defun fix-up-tmux-keys ()
2656       "Fix up tmux xterm keys"
2657       (if (getenv "TMUX")
2658           (progn
2659             (let ((x 2) (tkey ""))
2660               (while (<= x 8)
2661                 ;; shift
2662                 (if (= x 2)
2663                     (setq tkey "S-"))
2664                 ;; alt
2665                 (if (= x 3)
2666                     (setq tkey "M-"))
2667                 ;; alt + shift
2668                 (if (= x 4)
2669                     (setq tkey "M-S-"))
2670                 ;; ctrl
2671                 (if (= x 5)
2672                     (setq tkey "C-"))
2673                 ;; ctrl + shift
2674                 (if (= x 6)
2675                     (setq tkey "C-S-"))
2676                 ;; ctrl + alt
2677                 (if (= x 7)
2678                     (setq tkey "C-M-"))
2679                 ;; ctrl + alt + shift
2680                 (if (= x 8)
2681                     (setq tkey "C-M-S-"))
2682
2683                 ;; arrows
2684                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2685                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2686                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2687                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2688                 ;; home
2689                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2690                 ;; end
2691                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2692                 ;; page up
2693                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2694                 ;; page down
2695                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2696                 ;; insert
2697                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2698                 ;; delete
2699                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2700                 ;; f1
2701                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2702                 ;; f2
2703                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2704                 ;; f3
2705                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2706                 ;; f4
2707                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2708                 ;; f5
2709                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2710                 ;; f6
2711                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2712                 ;; f7
2713                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2714                 ;; f8
2715                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2716                 ;; f9
2717                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2718                 ;; f10
2719                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2720                 ;; f11
2721                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2722                 ;; f12
2723                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2724                 ;; f13
2725                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2726                 ;; f14
2727                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2728                 ;; f15
2729                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2730                 ;; f16
2731                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2732                 ;; f17
2733                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2734                 ;; f18
2735                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2736                 ;; f19
2737                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2738                 ;; f20
2739                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2740
2741                 (setq x (+ x 1))
2742                 ))
2743             )
2744         )
2745       )
2746   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2747
2748   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2749     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2750     (if (or (buffer-modified-p)
2751             (verify-visited-file-modtime)
2752             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2753             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2754         ad-do-it
2755       (clear-visited-file-modtime)
2756       (not-modified)))
2757   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2758 #+END_SRC
2759
2760 * Start Server
2761 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2762   (use-package server
2763     :config
2764     (setq server-name
2765           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2766               "server"))
2767     (unless (server-running-p)
2768       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2769       (server-start)))
2770 #+END_SRC
2771
2772
2773
2774 * END
2775 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2776   (provide 'don-configuration)
2777 #+END_SRC