]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - code_ruby/test/maasha/align/test_matches.rb
8603055d04f779835c4c4630abe1a722bafea244
[biopieces.git] / code_ruby / test / maasha / align / test_matches.rb
1 #!/usr/bin/env ruby
2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
3
4 # Copyright (C) 2012 Martin A. Hansen.
5
6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
9 # of the License, or (at your option) any later version.
10
11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
14 # GNU General Public License for more details.
15
16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
17 # along with this program; if not, write to the Free Software
18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
19
20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28 require 'test/unit'
29 require 'test/helper'
30 require 'maasha/align/matches'
31
32 class MatchesTest < Test::Unit::TestCase
33   test "Matches.find with no match returns correctly" do
34     assert_equal("[]", Matches.find("atcg", "atcg", 0, 0, 3, 3, 8).to_s)
35   end
36
37   test "Matches.find with one match returns correctly" do
38     assert_equal("[q: 2 3 s: 0 1 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("01cg", "cg23", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
39     assert_equal("[q: 0 1 s: 2 3 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("cg23", "01cg", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
40   end
41
42   test "Matches.find with two matches returns correctly" do
43     assert_equal("[q: 0 1 s: 0 1 l: 2 s: 0.0, q: 3 4 s: 3 4 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atXcg", "atYcg", 0, 0, 4, 4, 2).to_s)
44     assert_equal("[q: 0 1 s: 0 1 l: 2 s: 0.0, q: 3 4 s: 3 4 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atYcg", "atXcg", 0, 0, 4, 4, 2).to_s)
45   end
46
47   test "Matches.find dont expand match outside space" do
48     assert_equal("[q: 1 2 s: 1 2 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atcg", "atcg", 1, 1, 2, 2, 2).to_s)
49   end
50
51   test "Matches.find right expands correctly" do
52     assert_equal("[q: 0 3 s: 0 3 l: 4 s: 0.0]", Matches.find("atcg", "atcg", 0, 0, 3, 3, 3).to_s)
53   end
54
55 #  test "Matches.find left expands correctly" do
56 #    flunk
57 #    assert_equal("[q: 1 2 s: 1 2 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("ccccc", "cccc", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
58 #  end
59 end
60