code_ruby/lib/maasha/seq/homopolymer.rb

   1 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25
  26 module Homopolymer
  27   # Error class for all exceptions to do with Homopolymer.
  28   class HomopolymerError < StandardError; end
  29
  30   def each_homopolymer(min = 1)
  31     list = []
  32
  33     self.seq.upcase.scan(/A{#{min},}|T{#{min},}|G{#{min},}|C{#{min},}|N{#{min},}/) do |match|
  34       hp = Homopolymer.new(match, match.length, $`.length)
  35
  36       if block_given?
  37         yield hp
  38       else
  39         list << hp
  40       end
  41     end
  42
  43     block_given? ? self : list
  44   end
  45
  46   class Homopolymer
  47     attr_reader :pattern, :length, :pos
  48
  49     def initialize(pattern, length, pos)
  50       @pattern = pattern
  51       @length  = length
  52       @pos     = pos
  53     end
  54   end
  55 end