code_ruby/lib/maasha/roche/mids.rb

   1 # Copyright (C) 2013 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 # Module containing Roche's MID tags hashed according to name or barcode.
  26 module Roche
  27   # Hard coded Roche Genome Sequencing MIDs
  28   GSMID_HASH = {
  29     ACGAGTGCGT: "MID1",
  30     TCTCTATGCG: "MID10",
  31     TAGACTGCAC: "MID100",
  32     TAGCGCGCGC: "MID101",
  33     TAGCTCTATC: "MID102",
  34     TATAGACATC: "MID103",
  35     TATGATACGC: "MID104",
  36     TCACTCATAC: "MID105",
  37     TCATCGAGTC: "MID106",
  38     TCGAGCTCTC: "MID107",
  39     TCGCAGACAC: "MID108",
  40     TCTGTCTCGC: "MID109",
  41     TGATACGTCT: "MID11",
  42     TGAGTGACGC: "MID110",
  43     TGATGTGTAC: "MID111",
  44     TGCTATAGAC: "MID112",
  45     TGCTCGCTAC: "MID113",
  46     ACGTGCAGCG: "MID114",
  47     ACTCACAGAG: "MID115",
  48     AGACTCAGCG: "MID116",
  49     AGAGAGTGTG: "MID117",
  50     AGCTATCGCG: "MID118",
  51     AGTCTGACTG: "MID119",
  52     TACTGAGCTA: "MID12",
  53     AGTGAGCTCG: "MID120",
  54     ATAGCTCTCG: "MID121",
  55     ATCACGTGCG: "MID122",
  56     ATCGTAGCAG: "MID123",
  57     ATCGTCTGTG: "MID124",
  58     ATGTACGATG: "MID125",
  59     ATGTGTCTAG: "MID126",
  60     CACACGATAG: "MID127",
  61     CACTCGCACG: "MID128",
  62     CAGACGTCTG: "MID129",
  63     CATAGTAGTG: "MID13",
  64     CAGTACTGCG: "MID130",
  65     CGACAGCGAG: "MID131",
  66     CGATCTGTCG: "MID132",
  67     CGCGTGCTAG: "MID133",
  68     CGCTCGAGTG: "MID134",
  69     CGTGATGACG: "MID135",
  70     CTATGTACAG: "MID136",
  71     CTCGATATAG: "MID137",
  72     CTCGCACGCG: "MID138",
  73     CTGCGTCACG: "MID139",
  74     CGAGAGATAC: "MID14",
  75     CTGTGCGTCG: "MID140",
  76     TAGCATACTG: "MID141",
  77     TATACATGTG: "MID142",
  78     TATCACTCAG: "MID143",
  79     TATCTGATAG: "MID144",
  80     TCGTGACATG: "MID145",
  81     TCTGATCGAG: "MID146",
  82     TGACATCTCG: "MID147",
  83     TGAGCTAGAG: "MID148",
  84     TGATAGAGCG: "MID149",
  85     ATACGACGTA: "MID15",
  86     TGCGTGTGCG: "MID150",
  87     TGCTAGTCAG: "MID151",
  88     TGTATCACAG: "MID152",
  89     TGTGCGCGTG: "MID153",
  90     TCACGTACTA: "MID16",
  91     CGTCTAGTAC: "MID17",
  92     TCTACGTAGC: "MID18",
  93     TGTACTACTC: "MID19",
  94     ACGCTCGACA: "MID2",
  95     ACGACTACAG: "MID20",
  96     CGTAGACTAG: "MID21",
  97     TACGAGTATG: "MID22",
  98     TACTCTCGTG: "MID23",
  99     TAGAGACGAG: "MID24",
 100     TCGTCGCTCG: "MID25",
 101     ACATACGCGT: "MID26",
 102     ACGCGAGTAT: "MID27",
 103     ACTACTATGT: "MID28",
 104     ACTGTACAGT: "MID29",
 105     AGACGCACTC: "MID3",
 106     AGACTATACT: "MID30",
 107     AGCGTCGTCT: "MID31",
 108     AGTACGCTAT: "MID32",
 109     ATAGAGTACT: "MID33",
 110     CACGCTACGT: "MID34",
 111     CAGTAGACGT: "MID35",
 112     CGACGTGACT: "MID36",
 113     TACACACACT: "MID37",
 114     TACACGTGAT: "MID38",
 115     TACAGATCGT: "MID39",
 116     AGCACTGTAG: "MID4",
 117     TACGCTGTCT: "MID40",
 118     TAGTGTAGAT: "MID41",
 119     TCGATCACGT: "MID42",
 120     TCGCACTAGT: "MID43",
 121     TCTAGCGACT: "MID44",
 122     TCTATACTAT: "MID45",
 123     TGACGTATGT: "MID46",
 124     TGTGAGTAGT: "MID47",
 125     ACAGTATATA: "MID48",
 126     ACGCGATCGA: "MID49",
 127     ATCAGACACG: "MID5",
 128     ACTAGCAGTA: "MID50",
 129     AGCTCACGTA: "MID51",
 130     AGTATACATA: "MID52",
 131     AGTCGAGAGA: "MID53",
 132     AGTGCTACGA: "MID54",
 133     CGATCGTATA: "MID55",
 134     CGCAGTACGA: "MID56",
 135     CGCGTATACA: "MID57",
 136     CGTACAGTCA: "MID58",
 137     CGTACTCAGA: "MID59",
 138     ATATCGCGAG: "MID6",
 139     CTACGCTCTA: "MID60",
 140     CTATAGCGTA: "MID61",
 141     TACGTCATCA: "MID62",
 142     TAGTCGCATA: "MID63",
 143     TATATATACA: "MID64",
 144     TATGCTAGTA: "MID65",
 145     TCACGCGAGA: "MID66",
 146     TCGATAGTGA: "MID67",
 147     TCGCTGCGTA: "MID68",
 148     TCTGACGTCA: "MID69",
 149     CGTGTCTCTA: "MID7",
 150     TGAGTCAGTA: "MID70",
 151     TGTAGTGTGA: "MID71",
 152     TGTCACACGA: "MID72",
 153     TGTCGTCGCA: "MID73",
 154     ACACATACGC: "MID74",
 155     ACAGTCGTGC: "MID75",
 156     ACATGACGAC: "MID76",
 157     ACGACAGCTC: "MID77",
 158     ACGTCTCATC: "MID78",
 159     ACTCATCTAC: "MID79",
 160     CTCGCGTGTC: "MID8",
 161     ACTCGCGCAC: "MID80",
 162     AGAGCGTCAC: "MID81",
 163     AGCGACTAGC: "MID82",
 164     AGTAGTGATC: "MID83",
 165     AGTGACACAC: "MID84",
 166     AGTGTATGTC: "MID85",
 167     ATAGATAGAC: "MID86",
 168     ATATAGTCGC: "MID87",
 169     ATCTACTGAC: "MID88",
 170     CACGTAGATC: "MID89",
 171     TAGTATCAGC: "MID9",
 172     CACGTGTCGC: "MID90",
 173     CATACTCTAC: "MID91",
 174     CGACACTATC: "MID92",
 175     CGAGACGCGC: "MID93",
 176     CGTATGCGAC: "MID94",
 177     CGTCGATCTC: "MID95",
 178     CTACGACTGC: "MID96",
 179     CTAGTCACTC: "MID97",
 180     CTCTACGCTC: "MID98",
 181     CTGTACATAC: "MID99"
 182   }
 183
 184   # Hard coded Roche Rapid Labrary MIDs
 185   RLMID_HASH = {
 186     ACACGACGACT: "RL1",
 187     ACACGTAGTAT: "RL2",
 188     ACACTACTCGT: "RL3",
 189     ACGACACGTAT: "RL4",
 190     ACGAGTAGACT: "RL5",
 191     ACGCGTCTAGT: "RL6",
 192     ACGTACACACT: "RL7",
 193     ACGTACTGTGT: "RL8",
 194     ACGTAGATCGT: "RL9",
 195     ACTACGTCTCT: "RL10",
 196     ACTATACGAGT: "RL11",
 197     ACTCGCGTCGT: "RL12",
 198     AGACTCGACGT: "RL13",
 199     AGTACGAGAGT: "RL14",
 200     AGTACTACTAT: "RL15",
 201     AGTAGACGTCT: "RL16",
 202     AGTCGTACACT: "RL17",
 203     AGTGTAGTAGT: "RL18",
 204     ATAGTATACGT: "RL19",
 205     CAGTACGTACT: "RL20",
 206     CGACGACGCGT: "RL21",
 207     CGACGAGTACT: "RL22",
 208     CGATACTACGT: "RL23",
 209     CGTACGTCGAT: "RL24",
 210     CTACTCGTAGT: "RL25",
 211     GTACAGTACGT: "RL26",
 212     GTCGTACGTAT: "RL27",
 213     GTGTACGACGT: "RL28",
 214     ACACAGTGAGT: "RL29",
 215     ACACTCATACT: "RL30",
 216     ACAGACAGCGT: "RL31",
 217     ACAGACTATAT: "RL32",
 218     ACAGAGACTCT: "RL33",
 219     ACAGCTCGTGT: "RL34",
 220     ACAGTGTCGAT: "RL35",
 221     ACGAGCGCGCT: "RL36",
 222     ACGATGAGTGT: "RL37",
 223     ACGCGAGAGAT: "RL38",
 224     ACGCTCTCTCT: "RL39",
 225     ACGTCGCTGAT: "RL40",
 226     ACGTCTAGCAT: "RL41",
 227     ACTAGTGATAT: "RL42",
 228     ACTCACACTGT: "RL43",
 229     ACTCACTAGCT: "RL44",
 230     ACTCTATATAT: "RL45",
 231     ACTGATCTCGT: "RL46",
 232     ACTGCTGTACT: "RL47",
 233     ACTGTAGCGCT: "RL48",
 234     AGACACTCACT: "RL49",
 235     AGACATATAGT: "RL50"
 236   }
 237 end