code_ruby/lib/maasha/fasta.rb

   1 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 require 'maasha/seq'
  26 require 'maasha/filesys'
  27
  28 # Error class for all exceptions to do with FASTA.
  29 class FastaError < StandardError; end
  30
  31 class Fasta < Filesys
  32   # Method to get the next FASTA entry form an ios and return this
  33   # as a Seq object. If no entry is found or eof then nil is returned.
  34   def get_entry
  35     block = nil
  36
  37     while block = @io.gets($/ + '>') and block.chomp($/ + '>').empty?
  38     end
  39
  40     return nil if block.nil?
  41
  42     block.chomp!($/ + '>')
  43
  44     (seq_name, seq) = block.split($/, 2)
  45
  46     raise FastaError, "Bad FASTA format" if seq_name.nil? or seq.nil?
  47
  48     entry          = Seq.new
  49     entry.seq      = seq.gsub(/\s/, '')
  50     entry.seq_name = seq_name.sub(/^>/, '').rstrip
  51     entry.type     = nil
  52
  53     raise FastaError, "Bad FASTA format" if entry.seq_name.empty?
  54     raise FastaError, "Bad FASTA format" if entry.seq.empty?
  55
  56     entry
  57   end
  58
  59   # Method to get the next pseudo FASTA entry consisting of a sequence name and
  60   # space seperated quality scores in decimals instead of sequence. This is
  61   # the quality format used by Sanger and 454.
  62   def get_decimal_qual
  63     block = @io.gets($/ + '>')
  64     return nil if block.nil?
  65
  66     block.chomp!($/ + '>')
  67
  68     (seq_name, qual) = block.split($/, 2)
  69
  70     raise FastaError, "Bad FASTA qual format" if seq_name.nil? or qual.nil?
  71
  72     entry          = Seq.new
  73     entry.seq_name = seq_name.sub(/^>/, '').rstrip
  74     entry.seq      = nil
  75     entry.type     = nil
  76     entry.qual     = qual.tr("\n", " ").strip.split(" ").collect { |q| (q.to_i + SCORE_BASE).chr }.join("")
  77
  78     raise FastaError, "Bad FASTA format" if entry.seq_name.empty?
  79     raise FastaError, "Bad FASTA format" if entry.qual.empty?
  80
  81     entry
  82   end
  83 end
  84
  85
  86 __END__